# TARGET T0296 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0296.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.033 0.017 0.007 0.006 0.491 0.445 2 L 0.172 0.101 0.009 0.008 0.375 0.336 3 S 0.308 0.027 0.012 0.009 0.284 0.361 4 L 0.267 0.036 0.022 0.014 0.326 0.335 5 A 0.226 0.059 0.008 0.011 0.263 0.432 6 P 0.134 0.050 0.007 0.012 0.145 0.653 7 T 0.058 0.030 0.012 0.017 0.258 0.625 8 P 0.031 0.027 0.105 0.064 0.428 0.344 9 A 0.019 0.028 0.098 0.064 0.641 0.150 10 V 0.016 0.014 0.096 0.116 0.633 0.125 11 G 0.009 0.010 0.033 0.119 0.620 0.209 12 D 0.011 0.014 0.036 0.343 0.414 0.182 13 S 0.011 0.031 0.016 0.638 0.093 0.211 14 V 0.001 0.001 0.004 0.987 0.004 0.003 15 A 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 16 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 18 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 19 E 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 0.002 20 E 0.001 0.001 0.005 0.977 0.012 0.006 21 M 0.001 0.001 0.005 0.920 0.030 0.044 22 G 0.002 0.003 0.022 0.305 0.200 0.468 23 L 0.014 0.006 0.096 0.187 0.362 0.335 24 E 0.043 0.011 0.207 0.191 0.396 0.153 25 T 0.046 0.016 0.213 0.159 0.400 0.166 26 V 0.053 0.012 0.072 0.185 0.352 0.326 27 G 0.023 0.014 0.013 0.116 0.304 0.529 28 T 0.012 0.015 0.008 0.345 0.326 0.294 29 H 0.009 0.008 0.007 0.675 0.172 0.128 30 G 0.007 0.010 0.006 0.788 0.077 0.112 31 T 0.001 0.001 0.001 0.989 0.004 0.005 32 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 35 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 37 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.004 38 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.004 39 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 40 D 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 41 Q 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.001 42 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 43 K 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.003 44 K 0.001 0.001 0.001 0.973 0.012 0.014 45 G 0.001 0.001 0.003 0.910 0.032 0.055 46 G 0.002 0.003 0.027 0.781 0.085 0.102 47 V 0.005 0.005 0.129 0.694 0.119 0.050 48 M 0.006 0.002 0.233 0.602 0.128 0.029 49 A 0.018 0.004 0.227 0.483 0.207 0.062 50 C 0.108 0.006 0.073 0.167 0.440 0.206 51 N 0.108 0.008 0.023 0.049 0.476 0.337 52 Q 0.117 0.018 0.007 0.011 0.367 0.481 53 V 0.376 0.022 0.008 0.007 0.252 0.335 54 G 0.483 0.025 0.013 0.006 0.211 0.262 55 G 0.434 0.034 0.028 0.006 0.259 0.239 56 L 0.308 0.021 0.122 0.009 0.389 0.151 57 S 0.139 0.008 0.130 0.011 0.476 0.236 58 G 0.076 0.005 0.133 0.010 0.567 0.208 59 A 0.118 0.015 0.043 0.008 0.449 0.367 60 F 0.191 0.059 0.020 0.012 0.258 0.460 61 I 0.283 0.073 0.007 0.009 0.171 0.457 62 P 0.198 0.016 0.021 0.108 0.335 0.322 63 V 0.026 0.003 0.135 0.489 0.258 0.089 64 S 0.030 0.007 0.103 0.475 0.246 0.139 65 E 0.014 0.007 0.078 0.517 0.274 0.110 66 D 0.002 0.001 0.016 0.576 0.134 0.270 67 E 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.003 68 G 0.001 0.001 0.003 0.991 0.005 0.001 69 M 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 70 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 72 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.005 0.001 73 V 0.001 0.001 0.002 0.986 0.008 0.003 74 Q 0.001 0.001 0.005 0.982 0.009 0.003 75 N 0.001 0.001 0.014 0.911 0.031 0.044 76 G 0.003 0.001 0.008 0.135 0.125 0.729 77 S 0.045 0.005 0.008 0.016 0.160 0.767 78 L 0.285 0.104 0.003 0.004 0.118 0.485 79 N 0.295 0.032 0.003 0.010 0.134 0.526 80 L 0.008 0.001 0.110 0.741 0.117 0.023 81 E 0.003 0.001 0.113 0.820 0.060 0.005 82 K 0.006 0.001 0.100 0.822 0.065 0.006 83 L 0.016 0.002 0.029 0.883 0.044 0.026 84 E 0.026 0.005 0.016 0.886 0.035 0.032 85 A 0.036 0.006 0.020 0.870 0.038 0.029 86 M 0.053 0.002 0.015 0.771 0.060 0.100 87 T 0.098 0.010 0.012 0.707 0.066 0.107 88 A 0.216 0.005 0.014 0.509 0.109 0.147 89 I 0.356 0.015 0.013 0.405 0.087 0.125 90 C 0.488 0.026 0.020 0.289 0.104 0.073 91 S 0.299 0.012 0.028 0.265 0.249 0.146 92 V 0.180 0.010 0.051 0.257 0.326 0.177 93 G 0.183 0.018 0.065 0.078 0.511 0.145 94 L 0.191 0.009 0.084 0.067 0.490 0.159 95 D 0.307 0.007 0.083 0.048 0.359 0.197 96 M 0.625 0.022 0.029 0.024 0.176 0.123 97 I 0.735 0.010 0.008 0.016 0.089 0.142 98 A 0.747 0.012 0.004 0.014 0.075 0.148 99 I 0.575 0.051 0.005 0.013 0.126 0.229 100 P 0.179 0.029 0.016 0.015 0.573 0.188 101 E 0.039 0.004 0.023 0.014 0.758 0.162 102 D 0.009 0.006 0.020 0.009 0.739 0.218 103 T 0.010 0.078 0.005 0.014 0.509 0.383 104 P 0.004 0.008 0.003 0.080 0.100 0.804 105 A 0.001 0.001 0.007 0.982 0.005 0.006 106 E 0.001 0.001 0.004 0.985 0.007 0.004 107 T 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 108 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 109 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 110 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 111 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 112 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 113 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 114 D 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.005 115 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 116 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 117 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 118 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 119 G 0.001 0.001 0.001 0.989 0.006 0.003 120 V 0.001 0.001 0.005 0.977 0.012 0.005 121 I 0.002 0.001 0.012 0.940 0.034 0.010 122 N 0.003 0.002 0.017 0.850 0.083 0.045 123 M 0.008 0.006 0.016 0.180 0.371 0.420 124 K 0.016 0.023 0.008 0.021 0.353 0.579 125 T 0.025 0.003 0.004 0.002 0.219 0.748 126 T 0.340 0.009 0.004 0.003 0.183 0.460 127 A 0.893 0.008 0.001 0.001 0.018 0.079 128 V 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 129 R 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 130 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 131 I 0.953 0.001 0.001 0.001 0.009 0.037 132 P 0.764 0.006 0.001 0.001 0.054 0.175 133 K 0.335 0.035 0.004 0.001 0.216 0.409 134 G 0.052 0.012 0.014 0.002 0.630 0.290 135 K 0.019 0.004 0.039 0.006 0.800 0.131 136 E 0.061 0.017 0.023 0.008 0.696 0.195 137 G 0.158 0.022 0.014 0.011 0.473 0.322 138 D 0.527 0.011 0.006 0.014 0.123 0.320 139 M 0.911 0.011 0.004 0.014 0.022 0.037 140 I 0.943 0.007 0.003 0.012 0.014 0.022 141 E 0.940 0.007 0.004 0.013 0.020 0.018 142 F 0.650 0.006 0.044 0.060 0.144 0.096 143 G 0.247 0.009 0.098 0.058 0.409 0.179 144 G 0.170 0.010 0.152 0.044 0.477 0.147 145 L 0.213 0.025 0.113 0.035 0.488 0.126 146 L 0.253 0.046 0.108 0.019 0.472 0.102 147 G 0.134 0.005 0.038 0.006 0.639 0.178 148 T 0.184 0.011 0.050 0.007 0.498 0.250 149 A 0.359 0.022 0.008 0.004 0.260 0.348 150 P 0.390 0.006 0.006 0.003 0.128 0.466 151 V 0.789 0.017 0.002 0.002 0.037 0.153 152 M 0.855 0.011 0.002 0.002 0.028 0.101 153 K 0.833 0.015 0.003 0.004 0.038 0.108 154 V 0.537 0.012 0.013 0.008 0.126 0.303 155 N 0.196 0.012 0.036 0.012 0.422 0.321 156 G 0.055 0.012 0.066 0.048 0.563 0.257 157 A 0.039 0.033 0.027 0.057 0.443 0.401 158 S 0.026 0.034 0.008 0.058 0.231 0.643 159 S 0.013 0.006 0.023 0.543 0.126 0.288 160 V 0.004 0.001 0.009 0.944 0.026 0.016 161 D 0.006 0.001 0.016 0.949 0.023 0.005 162 F 0.015 0.003 0.022 0.927 0.029 0.004 163 I 0.018 0.001 0.022 0.906 0.047 0.007 164 S 0.022 0.002 0.016 0.860 0.079 0.021 165 R 0.016 0.002 0.015 0.687 0.161 0.119 166 G 0.022 0.005 0.003 0.079 0.219 0.673 167 G 0.096 0.016 0.004 0.018 0.168 0.698 168 Q 0.298 0.034 0.006 0.012 0.164 0.487 169 I 0.401 0.031 0.008 0.010 0.126 0.425 170 P 0.340 0.016 0.006 0.010 0.116 0.512 171 A 0.123 0.013 0.005 0.013 0.140 0.706 172 P 0.115 0.012 0.011 0.028 0.141 0.694 173 I 0.106 0.021 0.206 0.091 0.263 0.314 174 H 0.082 0.010 0.377 0.075 0.267 0.188 175 S 0.058 0.010 0.446 0.064 0.269 0.153 176 F 0.063 0.015 0.264 0.082 0.290 0.286 177 K 0.051 0.032 0.077 0.074 0.268 0.497 178 N 0.004 0.007 0.005 0.011 0.092 0.881