# TARGET T0296 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0296.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.47333 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.018 0.002 0.001 0.019 0.010 0.019 0.157 0.003 0.001 0.036 0.735 2 L 0.021 0.001 0.001 0.046 0.041 0.056 0.213 0.007 0.001 0.066 0.549 3 S 0.020 0.003 0.001 0.124 0.034 0.084 0.166 0.002 0.001 0.071 0.493 4 L 0.044 0.004 0.001 0.106 0.038 0.063 0.123 0.001 0.001 0.070 0.549 5 A 0.013 0.004 0.001 0.075 0.045 0.068 0.191 0.002 0.001 0.054 0.547 6 P 0.036 0.035 0.001 0.037 0.017 0.027 0.167 0.005 0.001 0.038 0.636 7 T 0.216 0.062 0.004 0.018 0.018 0.021 0.132 0.017 0.003 0.074 0.434 8 P 0.103 0.050 0.003 0.010 0.008 0.013 0.116 0.011 0.002 0.059 0.625 9 A 0.211 0.124 0.004 0.008 0.006 0.013 0.087 0.006 0.002 0.071 0.467 10 V 0.103 0.332 0.004 0.008 0.006 0.009 0.061 0.005 0.001 0.077 0.394 11 G 0.033 0.636 0.001 0.003 0.003 0.006 0.035 0.003 0.001 0.032 0.247 12 D 0.017 0.766 0.001 0.004 0.004 0.006 0.026 0.002 0.001 0.044 0.129 13 S 0.006 0.882 0.001 0.003 0.004 0.004 0.013 0.001 0.001 0.041 0.046 14 V 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.008 15 A 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 16 R 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 17 V 0.007 0.940 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.026 0.013 18 L 0.034 0.135 0.365 0.002 0.001 0.001 0.013 0.015 0.219 0.171 0.044 19 E 0.531 0.134 0.008 0.002 0.002 0.002 0.039 0.021 0.006 0.071 0.183 20 E 0.064 0.029 0.005 0.005 0.001 0.004 0.069 0.004 0.005 0.042 0.771 21 M 0.034 0.017 0.005 0.020 0.003 0.009 0.143 0.001 0.001 0.057 0.711 22 G 0.014 0.026 0.003 0.038 0.014 0.052 0.110 0.004 0.001 0.125 0.613 23 L 0.063 0.009 0.003 0.014 0.014 0.020 0.112 0.004 0.001 0.063 0.696 24 E 0.063 0.010 0.001 0.103 0.031 0.052 0.104 0.005 0.001 0.107 0.523 25 T 0.053 0.009 0.001 0.037 0.015 0.036 0.123 0.001 0.001 0.073 0.651 26 V 0.015 0.007 0.002 0.086 0.025 0.054 0.156 0.005 0.001 0.041 0.609 27 G 0.128 0.039 0.002 0.052 0.022 0.036 0.121 0.006 0.001 0.111 0.483 28 T 0.054 0.040 0.002 0.048 0.019 0.029 0.106 0.004 0.001 0.267 0.430 29 H 0.030 0.267 0.002 0.021 0.013 0.026 0.087 0.006 0.001 0.084 0.463 30 G 0.028 0.626 0.003 0.009 0.013 0.017 0.038 0.006 0.001 0.068 0.192 31 T 0.009 0.864 0.001 0.003 0.005 0.007 0.012 0.002 0.001 0.039 0.057 32 T 0.011 0.911 0.001 0.002 0.004 0.006 0.006 0.001 0.001 0.024 0.034 33 A 0.004 0.955 0.002 0.002 0.002 0.003 0.004 0.002 0.001 0.010 0.017 34 A 0.006 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.008 0.011 35 L 0.016 0.561 0.002 0.005 0.005 0.005 0.010 0.002 0.001 0.358 0.035 36 A 0.010 0.657 0.006 0.007 0.002 0.003 0.018 0.002 0.001 0.246 0.048 37 L 0.019 0.831 0.013 0.005 0.002 0.002 0.015 0.009 0.002 0.049 0.052 38 L 0.011 0.916 0.004 0.002 0.001 0.001 0.006 0.009 0.001 0.005 0.044 39 N 0.032 0.839 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.001 0.024 0.086 40 D 0.023 0.599 0.024 0.003 0.001 0.001 0.020 0.010 0.011 0.180 0.130 41 Q 0.163 0.291 0.069 0.003 0.001 0.001 0.040 0.021 0.031 0.238 0.143 42 V 0.253 0.115 0.040 0.007 0.001 0.002 0.057 0.015 0.027 0.174 0.308 43 K 0.137 0.165 0.002 0.005 0.001 0.002 0.074 0.005 0.001 0.030 0.578 44 K 0.040 0.229 0.003 0.009 0.001 0.004 0.081 0.007 0.001 0.021 0.605 45 G 0.050 0.193 0.005 0.014 0.005 0.013 0.118 0.026 0.001 0.066 0.510 46 G 0.118 0.285 0.009 0.021 0.007 0.017 0.078 0.010 0.003 0.119 0.333 47 V 0.195 0.183 0.011 0.032 0.012 0.027 0.075 0.008 0.003 0.099 0.356 48 M 0.110 0.188 0.010 0.064 0.021 0.044 0.097 0.009 0.004 0.077 0.375 49 A 0.120 0.078 0.007 0.065 0.026 0.041 0.117 0.008 0.003 0.056 0.479 50 C 0.092 0.033 0.006 0.085 0.044 0.070 0.127 0.013 0.003 0.079 0.449 51 N 0.068 0.020 0.002 0.046 0.021 0.056 0.127 0.006 0.001 0.054 0.596 52 Q 0.060 0.015 0.003 0.102 0.036 0.074 0.110 0.006 0.001 0.085 0.508 53 V 0.032 0.006 0.002 0.074 0.041 0.068 0.140 0.002 0.001 0.077 0.558 54 G 0.010 0.002 0.003 0.113 0.069 0.134 0.132 0.002 0.001 0.061 0.473 55 G 0.155 0.014 0.003 0.085 0.059 0.095 0.121 0.006 0.002 0.102 0.358 56 L 0.123 0.008 0.004 0.094 0.025 0.056 0.170 0.006 0.002 0.116 0.397 57 S 0.025 0.009 0.001 0.074 0.031 0.106 0.147 0.005 0.001 0.081 0.521 58 G 0.021 0.003 0.001 0.091 0.058 0.134 0.148 0.002 0.001 0.067 0.474 59 A 0.006 0.003 0.001 0.117 0.177 0.194 0.094 0.001 0.001 0.036 0.372 60 F 0.011 0.004 0.001 0.101 0.092 0.128 0.088 0.001 0.001 0.053 0.522 61 I 0.006 0.003 0.001 0.058 0.162 0.103 0.110 0.002 0.001 0.053 0.502 62 P 0.039 0.076 0.002 0.091 0.047 0.086 0.127 0.012 0.001 0.055 0.465 63 V 0.166 0.178 0.003 0.043 0.014 0.019 0.068 0.011 0.002 0.125 0.372 64 S 0.086 0.134 0.020 0.028 0.008 0.011 0.088 0.004 0.007 0.288 0.326 65 E 0.020 0.579 0.002 0.005 0.003 0.005 0.042 0.005 0.001 0.059 0.278 66 D 0.032 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.018 0.030 67 E 0.008 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.016 0.027 68 G 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 69 M 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 70 I 0.005 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.007 71 A 0.015 0.516 0.004 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.433 0.021 72 A 0.037 0.186 0.190 0.004 0.001 0.001 0.017 0.010 0.054 0.448 0.052 73 V 0.272 0.086 0.046 0.008 0.001 0.002 0.058 0.021 0.022 0.294 0.188 74 Q 0.113 0.136 0.004 0.007 0.001 0.003 0.059 0.005 0.005 0.059 0.609 75 N 0.055 0.045 0.002 0.004 0.001 0.003 0.103 0.004 0.001 0.050 0.732 76 G 0.057 0.104 0.004 0.012 0.003 0.012 0.109 0.023 0.001 0.088 0.588 77 S 0.190 0.164 0.003 0.008 0.003 0.008 0.085 0.003 0.001 0.047 0.487 78 L 0.023 0.221 0.006 0.026 0.004 0.010 0.070 0.004 0.002 0.034 0.601 79 N 0.044 0.843 0.001 0.003 0.001 0.002 0.017 0.005 0.001 0.010 0.074 80 L 0.052 0.834 0.004 0.005 0.001 0.001 0.012 0.007 0.001 0.016 0.066 81 E 0.027 0.788 0.004 0.006 0.003 0.006 0.022 0.005 0.001 0.033 0.105 82 K 0.025 0.795 0.005 0.004 0.002 0.004 0.018 0.005 0.002 0.043 0.096 83 L 0.085 0.413 0.013 0.013 0.011 0.011 0.042 0.010 0.003 0.269 0.129 84 E 0.052 0.390 0.009 0.024 0.015 0.033 0.057 0.006 0.003 0.200 0.210 85 A 0.044 0.397 0.007 0.022 0.018 0.036 0.066 0.005 0.002 0.091 0.312 86 M 0.028 0.392 0.008 0.048 0.026 0.052 0.073 0.006 0.002 0.094 0.272 87 T 0.019 0.107 0.002 0.034 0.043 0.079 0.068 0.002 0.001 0.443 0.202 88 A 0.016 0.131 0.006 0.072 0.052 0.080 0.070 0.004 0.002 0.261 0.305 89 I 0.056 0.142 0.015 0.092 0.046 0.070 0.090 0.007 0.004 0.121 0.357 90 C 0.071 0.051 0.006 0.115 0.076 0.103 0.066 0.005 0.002 0.261 0.243 91 S 0.063 0.033 0.004 0.087 0.046 0.089 0.109 0.004 0.003 0.149 0.412 92 V 0.080 0.020 0.009 0.129 0.047 0.082 0.140 0.007 0.006 0.100 0.379 93 G 0.053 0.015 0.004 0.146 0.055 0.099 0.183 0.008 0.002 0.090 0.346 94 L 0.027 0.009 0.002 0.145 0.043 0.070 0.187 0.003 0.001 0.118 0.396 95 D 0.010 0.006 0.001 0.268 0.063 0.138 0.121 0.004 0.001 0.156 0.232 96 M 0.007 0.003 0.001 0.240 0.057 0.134 0.113 0.001 0.001 0.095 0.349 97 I 0.003 0.001 0.001 0.249 0.139 0.241 0.073 0.001 0.001 0.083 0.209 98 A 0.009 0.001 0.001 0.288 0.054 0.129 0.091 0.001 0.001 0.124 0.300 99 I 0.056 0.003 0.001 0.158 0.053 0.100 0.137 0.004 0.001 0.158 0.328 100 P 0.176 0.006 0.001 0.035 0.010 0.012 0.157 0.002 0.001 0.085 0.514 101 E 0.008 0.002 0.001 0.008 0.008 0.015 0.194 0.004 0.001 0.029 0.732 102 D 0.084 0.039 0.001 0.008 0.003 0.006 0.146 0.005 0.001 0.049 0.659 103 T 0.062 0.066 0.002 0.007 0.004 0.006 0.087 0.008 0.001 0.511 0.247 104 P 0.024 0.566 0.003 0.001 0.001 0.002 0.037 0.004 0.001 0.160 0.201 105 A 0.027 0.869 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.004 0.001 0.021 0.064 106 E 0.013 0.847 0.002 0.002 0.001 0.002 0.010 0.002 0.001 0.061 0.059 107 T 0.005 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.009 0.016 108 I 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.004 0.012 109 A 0.020 0.829 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.103 0.030 110 A 0.006 0.836 0.004 0.002 0.001 0.001 0.016 0.002 0.001 0.073 0.058 111 M 0.010 0.927 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.001 0.011 0.029 112 I 0.015 0.914 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.027 0.028 113 A 0.017 0.801 0.005 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 0.003 0.068 0.087 114 D 0.041 0.784 0.006 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.002 0.082 0.062 115 E 0.050 0.486 0.027 0.006 0.001 0.002 0.030 0.009 0.009 0.280 0.100 116 A 0.055 0.671 0.005 0.006 0.002 0.005 0.040 0.005 0.002 0.047 0.161 117 A 0.053 0.550 0.005 0.013 0.004 0.011 0.041 0.006 0.001 0.064 0.252 118 I 0.066 0.270 0.021 0.027 0.013 0.025 0.088 0.008 0.006 0.191 0.285 119 G 0.176 0.132 0.023 0.038 0.018 0.054 0.094 0.017 0.011 0.149 0.287 120 V 0.188 0.014 0.022 0.023 0.013 0.038 0.085 0.010 0.011 0.080 0.517 121 I 0.172 0.004 0.003 0.020 0.019 0.029 0.102 0.003 0.002 0.041 0.606 122 N 0.017 0.001 0.001 0.018 0.010 0.022 0.105 0.001 0.001 0.019 0.806 123 M 0.007 0.001 0.001 0.016 0.029 0.042 0.127 0.002 0.001 0.026 0.749 124 K 0.012 0.001 0.001 0.043 0.079 0.087 0.165 0.005 0.001 0.047 0.560 125 T 0.004 0.001 0.001 0.094 0.053 0.076 0.101 0.001 0.001 0.035 0.633 126 T 0.001 0.001 0.001 0.328 0.153 0.270 0.040 0.001 0.001 0.060 0.145 127 A 0.001 0.001 0.001 0.296 0.138 0.283 0.028 0.001 0.001 0.051 0.201 128 V 0.001 0.001 0.001 0.362 0.230 0.190 0.022 0.001 0.001 0.033 0.161 129 R 0.001 0.001 0.001 0.301 0.255 0.285 0.019 0.001 0.001 0.033 0.105 130 I 0.006 0.001 0.001 0.221 0.146 0.167 0.048 0.001 0.001 0.051 0.361 131 I 0.005 0.001 0.001 0.161 0.225 0.273 0.088 0.002 0.001 0.042 0.201 132 P 0.080 0.003 0.003 0.065 0.044 0.077 0.101 0.002 0.003 0.054 0.568 133 K 0.185 0.002 0.002 0.021 0.036 0.043 0.091 0.007 0.002 0.065 0.545 134 G 0.031 0.001 0.001 0.006 0.004 0.009 0.076 0.002 0.001 0.023 0.848 135 K 0.070 0.005 0.002 0.010 0.009 0.015 0.114 0.003 0.001 0.030 0.742 136 E 0.045 0.011 0.001 0.010 0.027 0.031 0.134 0.006 0.001 0.036 0.699 137 G 0.030 0.017 0.001 0.011 0.033 0.046 0.135 0.006 0.001 0.034 0.687 138 D 0.016 0.039 0.001 0.060 0.144 0.245 0.105 0.004 0.001 0.068 0.318 139 M 0.016 0.024 0.003 0.067 0.101 0.211 0.095 0.001 0.001 0.074 0.406 140 I 0.021 0.013 0.005 0.103 0.215 0.211 0.071 0.002 0.001 0.069 0.289 141 E 0.056 0.027 0.002 0.074 0.139 0.205 0.073 0.007 0.001 0.126 0.292 142 F 0.134 0.055 0.004 0.053 0.073 0.120 0.094 0.007 0.002 0.081 0.377 143 G 0.039 0.020 0.007 0.049 0.076 0.173 0.124 0.008 0.004 0.047 0.452 144 G 0.078 0.007 0.004 0.023 0.103 0.174 0.105 0.005 0.002 0.085 0.415 145 L 0.083 0.008 0.002 0.038 0.080 0.129 0.101 0.007 0.001 0.089 0.461 146 L 0.079 0.008 0.003 0.039 0.027 0.052 0.113 0.002 0.001 0.040 0.636 147 G 0.014 0.004 0.002 0.048 0.080 0.158 0.124 0.003 0.001 0.045 0.521 148 T 0.018 0.007 0.001 0.033 0.069 0.089 0.101 0.004 0.001 0.044 0.633 149 A 0.029 0.004 0.001 0.051 0.144 0.105 0.115 0.008 0.001 0.045 0.497 150 P 0.014 0.006 0.001 0.130 0.118 0.207 0.090 0.004 0.001 0.040 0.390 151 V 0.016 0.003 0.001 0.091 0.086 0.157 0.076 0.002 0.001 0.054 0.514 152 M 0.006 0.001 0.001 0.187 0.197 0.162 0.084 0.002 0.001 0.037 0.322 153 K 0.047 0.006 0.003 0.134 0.060 0.117 0.105 0.004 0.003 0.050 0.471 154 V 0.202 0.005 0.003 0.057 0.028 0.032 0.082 0.007 0.002 0.058 0.523 155 N 0.047 0.003 0.001 0.019 0.010 0.017 0.100 0.003 0.001 0.039 0.761 156 G 0.035 0.008 0.001 0.014 0.009 0.020 0.118 0.003 0.001 0.026 0.766 157 A 0.034 0.015 0.001 0.026 0.032 0.036 0.146 0.004 0.001 0.042 0.663 158 S 0.032 0.100 0.002 0.028 0.047 0.051 0.114 0.006 0.001 0.036 0.584 159 S 0.071 0.217 0.002 0.026 0.045 0.065 0.090 0.016 0.001 0.039 0.428 160 V 0.050 0.124 0.002 0.038 0.067 0.079 0.083 0.007 0.001 0.109 0.441 161 D 0.022 0.108 0.010 0.079 0.062 0.139 0.090 0.005 0.003 0.217 0.265 162 F 0.095 0.027 0.031 0.068 0.062 0.112 0.083 0.007 0.010 0.191 0.315 163 I 0.118 0.012 0.011 0.084 0.090 0.107 0.076 0.007 0.007 0.098 0.390 164 S 0.142 0.004 0.002 0.022 0.022 0.046 0.092 0.003 0.001 0.037 0.630 165 R 0.034 0.002 0.001 0.023 0.013 0.034 0.100 0.007 0.001 0.039 0.746 166 G 0.025 0.001 0.001 0.010 0.012 0.024 0.138 0.003 0.001 0.035 0.751 167 G 0.012 0.001 0.001 0.035 0.050 0.107 0.130 0.003 0.001 0.048 0.614 168 Q 0.026 0.002 0.001 0.035 0.026 0.035 0.099 0.001 0.001 0.042 0.734 169 I 0.010 0.001 0.001 0.039 0.104 0.093 0.121 0.005 0.001 0.041 0.585 170 P 0.069 0.017 0.001 0.031 0.017 0.023 0.118 0.003 0.001 0.035 0.685 171 A 0.075 0.007 0.002 0.033 0.058 0.063 0.143 0.018 0.001 0.078 0.522 172 P 0.042 0.030 0.002 0.052 0.020 0.043 0.138 0.005 0.001 0.043 0.624 173 I 0.140 0.037 0.005 0.060 0.044 0.079 0.108 0.010 0.002 0.065 0.450 174 H 0.082 0.016 0.002 0.084 0.086 0.097 0.123 0.006 0.001 0.078 0.425 175 S 0.031 0.011 0.002 0.073 0.037 0.089 0.140 0.002 0.001 0.047 0.566 176 F 0.067 0.014 0.004 0.084 0.053 0.069 0.131 0.003 0.002 0.061 0.513 177 K 0.059 0.013 0.002 0.040 0.031 0.047 0.162 0.006 0.001 0.050 0.588 178 N 0.117 0.026 0.002 0.025 0.018 0.032 0.136 0.008 0.002 0.054 0.580