# TARGET T0296 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0296.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.47333 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.262 0.214 0.067 0.151 0.119 0.072 0.046 0.033 0.021 0.010 0.004 2 L 0.014 0.010 0.004 0.016 0.028 0.050 0.115 0.145 0.198 0.200 0.220 3 S 0.152 0.172 0.086 0.212 0.158 0.093 0.057 0.031 0.022 0.010 0.006 4 L 0.011 0.015 0.024 0.072 0.074 0.086 0.161 0.132 0.145 0.158 0.122 5 A 0.015 0.015 0.018 0.036 0.053 0.072 0.137 0.150 0.180 0.169 0.154 6 P 0.018 0.028 0.026 0.086 0.076 0.088 0.161 0.148 0.159 0.123 0.089 7 T 0.027 0.035 0.037 0.068 0.086 0.097 0.147 0.144 0.135 0.126 0.100 8 P 0.093 0.084 0.036 0.101 0.097 0.099 0.136 0.115 0.106 0.074 0.060 9 A 0.233 0.223 0.046 0.158 0.109 0.072 0.062 0.040 0.030 0.017 0.010 10 V 0.134 0.111 0.026 0.092 0.107 0.108 0.126 0.092 0.091 0.066 0.048 11 G 0.287 0.179 0.048 0.165 0.121 0.081 0.058 0.026 0.021 0.009 0.005 12 D 0.180 0.100 0.069 0.205 0.139 0.105 0.091 0.049 0.033 0.019 0.009 13 S 0.009 0.021 0.016 0.037 0.058 0.087 0.172 0.191 0.169 0.140 0.100 14 V 0.004 0.018 0.019 0.051 0.057 0.088 0.145 0.174 0.190 0.137 0.118 15 A 0.005 0.008 0.027 0.042 0.069 0.113 0.184 0.158 0.172 0.136 0.087 16 R 0.019 0.035 0.069 0.233 0.239 0.165 0.135 0.065 0.024 0.011 0.004 17 V 0.001 0.001 0.003 0.005 0.006 0.011 0.055 0.106 0.252 0.307 0.254 18 L 0.001 0.002 0.010 0.009 0.016 0.027 0.085 0.134 0.244 0.268 0.205 19 E 0.005 0.023 0.180 0.143 0.158 0.159 0.175 0.063 0.047 0.033 0.013 20 E 0.016 0.043 0.194 0.188 0.154 0.169 0.148 0.052 0.021 0.011 0.004 21 M 0.029 0.025 0.034 0.049 0.045 0.084 0.232 0.188 0.146 0.108 0.060 22 G 0.160 0.162 0.083 0.141 0.100 0.096 0.110 0.071 0.042 0.023 0.012 23 L 0.080 0.065 0.070 0.095 0.111 0.125 0.151 0.096 0.090 0.068 0.049 24 E 0.245 0.161 0.131 0.182 0.118 0.070 0.049 0.018 0.014 0.008 0.005 25 T 0.135 0.116 0.071 0.196 0.130 0.102 0.118 0.057 0.039 0.025 0.013 26 V 0.030 0.025 0.018 0.033 0.040 0.059 0.130 0.156 0.175 0.179 0.158 27 G 0.090 0.114 0.058 0.138 0.125 0.126 0.121 0.091 0.069 0.040 0.028 28 T 0.125 0.133 0.116 0.171 0.132 0.103 0.078 0.051 0.045 0.030 0.017 29 H 0.103 0.078 0.037 0.117 0.115 0.122 0.147 0.096 0.082 0.060 0.044 30 G 0.055 0.073 0.024 0.098 0.098 0.110 0.152 0.121 0.124 0.086 0.059 31 T 0.014 0.028 0.021 0.068 0.075 0.099 0.156 0.134 0.157 0.136 0.115 32 T 0.015 0.023 0.028 0.086 0.105 0.133 0.190 0.133 0.124 0.093 0.068 33 A 0.010 0.016 0.029 0.098 0.101 0.112 0.194 0.145 0.128 0.100 0.068 34 A 0.001 0.002 0.006 0.012 0.019 0.029 0.088 0.141 0.233 0.255 0.215 35 L 0.001 0.001 0.005 0.010 0.019 0.036 0.115 0.143 0.242 0.228 0.202 36 A 0.010 0.010 0.095 0.085 0.096 0.103 0.181 0.132 0.129 0.102 0.057 37 L 0.002 0.009 0.031 0.089 0.111 0.147 0.282 0.153 0.089 0.054 0.032 38 L 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.007 0.039 0.092 0.235 0.317 0.300 39 N 0.011 0.017 0.028 0.093 0.175 0.211 0.256 0.110 0.054 0.031 0.014 40 D 0.186 0.094 0.434 0.141 0.069 0.038 0.019 0.009 0.007 0.003 0.001 41 Q 0.030 0.040 0.032 0.129 0.143 0.175 0.264 0.108 0.047 0.020 0.010 42 V 0.003 0.003 0.004 0.004 0.006 0.014 0.069 0.116 0.223 0.269 0.289 43 K 0.038 0.087 0.162 0.267 0.194 0.117 0.085 0.024 0.013 0.008 0.004 44 K 0.093 0.121 0.356 0.193 0.114 0.068 0.031 0.013 0.006 0.003 0.001 45 G 0.030 0.019 0.019 0.040 0.058 0.107 0.202 0.185 0.166 0.107 0.067 46 G 0.070 0.068 0.032 0.087 0.089 0.120 0.175 0.141 0.115 0.061 0.040 47 V 0.018 0.024 0.063 0.078 0.075 0.080 0.134 0.118 0.149 0.144 0.118 48 M 0.025 0.038 0.077 0.108 0.115 0.126 0.186 0.109 0.088 0.070 0.059 49 A 0.027 0.046 0.056 0.122 0.100 0.103 0.158 0.116 0.118 0.093 0.061 50 C 0.023 0.030 0.029 0.070 0.076 0.096 0.171 0.136 0.139 0.131 0.098 51 N 0.084 0.082 0.061 0.143 0.123 0.118 0.136 0.085 0.079 0.055 0.035 52 Q 0.068 0.080 0.062 0.150 0.134 0.127 0.142 0.082 0.072 0.052 0.029 53 V 0.044 0.038 0.029 0.075 0.091 0.113 0.170 0.136 0.134 0.103 0.067 54 G 0.037 0.029 0.026 0.058 0.064 0.086 0.143 0.137 0.158 0.138 0.124 55 G 0.029 0.058 0.037 0.109 0.112 0.118 0.160 0.126 0.104 0.080 0.067 56 L 0.010 0.016 0.013 0.035 0.039 0.048 0.107 0.122 0.167 0.204 0.240 57 S 0.038 0.042 0.018 0.078 0.094 0.103 0.154 0.127 0.135 0.115 0.097 58 G 0.113 0.114 0.055 0.199 0.172 0.119 0.082 0.052 0.051 0.028 0.015 59 A 0.005 0.006 0.004 0.018 0.031 0.054 0.134 0.130 0.200 0.215 0.202 60 F 0.011 0.019 0.012 0.065 0.077 0.086 0.159 0.159 0.160 0.135 0.116 61 I 0.001 0.002 0.006 0.010 0.014 0.024 0.074 0.115 0.208 0.264 0.282 62 P 0.009 0.020 0.034 0.068 0.095 0.111 0.162 0.161 0.139 0.107 0.093 63 V 0.006 0.007 0.011 0.030 0.040 0.057 0.139 0.138 0.216 0.190 0.167 64 S 0.078 0.046 0.059 0.110 0.087 0.086 0.141 0.100 0.116 0.096 0.081 65 E 0.011 0.051 0.022 0.089 0.102 0.123 0.210 0.136 0.122 0.080 0.053 66 D 0.011 0.023 0.018 0.046 0.053 0.090 0.198 0.154 0.165 0.132 0.110 67 E 0.175 0.094 0.088 0.217 0.159 0.106 0.088 0.037 0.020 0.011 0.005 68 G 0.144 0.130 0.127 0.202 0.163 0.110 0.067 0.034 0.016 0.006 0.001 69 M 0.002 0.004 0.007 0.009 0.010 0.019 0.069 0.113 0.248 0.263 0.257 70 I 0.005 0.010 0.026 0.048 0.115 0.189 0.301 0.134 0.091 0.056 0.026 71 A 0.022 0.033 0.603 0.205 0.069 0.032 0.021 0.007 0.004 0.003 0.001 72 A 0.009 0.019 0.086 0.121 0.115 0.183 0.303 0.105 0.036 0.017 0.006 73 V 0.001 0.002 0.006 0.004 0.006 0.014 0.083 0.134 0.222 0.287 0.241 74 Q 0.063 0.123 0.155 0.258 0.173 0.108 0.080 0.024 0.009 0.005 0.002 75 N 0.181 0.143 0.387 0.143 0.081 0.038 0.014 0.006 0.004 0.002 0.001 76 G 0.203 0.096 0.078 0.114 0.107 0.120 0.158 0.060 0.040 0.017 0.008 77 S 0.302 0.125 0.056 0.148 0.115 0.084 0.077 0.050 0.027 0.012 0.004 78 L 0.026 0.016 0.026 0.020 0.033 0.069 0.135 0.208 0.200 0.152 0.115 79 N 0.034 0.348 0.129 0.239 0.124 0.069 0.032 0.017 0.006 0.002 0.001 80 L 0.004 0.005 0.007 0.015 0.023 0.049 0.138 0.132 0.188 0.225 0.216 81 E 0.461 0.157 0.094 0.163 0.080 0.026 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 82 K 0.069 0.111 0.051 0.257 0.203 0.157 0.093 0.038 0.016 0.004 0.001 83 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.023 0.058 0.184 0.316 0.409 84 E 0.011 0.032 0.063 0.158 0.208 0.209 0.200 0.067 0.032 0.016 0.006 85 A 0.005 0.025 0.405 0.161 0.095 0.084 0.083 0.053 0.039 0.034 0.015 86 M 0.002 0.003 0.016 0.022 0.037 0.093 0.266 0.186 0.150 0.125 0.099 87 T 0.017 0.018 0.030 0.050 0.053 0.079 0.157 0.175 0.193 0.147 0.081 88 A 0.008 0.013 0.037 0.059 0.073 0.097 0.175 0.147 0.149 0.135 0.106 89 I 0.017 0.027 0.046 0.068 0.074 0.090 0.152 0.132 0.147 0.127 0.122 90 C 0.006 0.009 0.008 0.025 0.034 0.055 0.134 0.144 0.197 0.206 0.183 91 S 0.046 0.069 0.047 0.128 0.124 0.120 0.137 0.105 0.095 0.071 0.057 92 V 0.011 0.014 0.009 0.038 0.049 0.076 0.152 0.135 0.180 0.172 0.165 93 G 0.047 0.058 0.027 0.111 0.116 0.110 0.138 0.116 0.119 0.091 0.067 94 L 0.003 0.005 0.004 0.020 0.027 0.040 0.108 0.114 0.190 0.228 0.260 95 D 0.007 0.013 0.014 0.048 0.068 0.085 0.163 0.141 0.167 0.154 0.139 96 M 0.004 0.006 0.011 0.041 0.048 0.058 0.136 0.130 0.187 0.199 0.180 97 I 0.005 0.005 0.011 0.024 0.038 0.055 0.136 0.150 0.200 0.202 0.173 98 A 0.005 0.010 0.013 0.040 0.046 0.052 0.129 0.155 0.186 0.183 0.180 99 I 0.006 0.008 0.008 0.019 0.029 0.043 0.126 0.157 0.205 0.206 0.194 100 P 0.129 0.092 0.072 0.148 0.138 0.103 0.108 0.069 0.065 0.043 0.033 101 E 0.231 0.143 0.072 0.175 0.129 0.090 0.084 0.031 0.025 0.013 0.007 102 D 0.320 0.148 0.043 0.119 0.092 0.069 0.084 0.053 0.037 0.023 0.012 103 T 0.148 0.109 0.020 0.069 0.076 0.099 0.158 0.130 0.089 0.056 0.046 104 P 0.273 0.385 0.088 0.121 0.071 0.034 0.014 0.008 0.004 0.001 0.001 105 A 0.227 0.106 0.059 0.137 0.138 0.119 0.096 0.049 0.036 0.020 0.012 106 E 0.501 0.140 0.070 0.119 0.077 0.044 0.025 0.012 0.007 0.003 0.001 107 T 0.021 0.056 0.039 0.155 0.150 0.143 0.186 0.115 0.075 0.041 0.020 108 I 0.001 0.002 0.006 0.006 0.010 0.024 0.077 0.119 0.211 0.266 0.278 109 A 0.007 0.018 0.092 0.150 0.179 0.197 0.182 0.081 0.053 0.029 0.013 110 A 0.005 0.014 0.115 0.149 0.152 0.173 0.197 0.102 0.051 0.030 0.011 111 M 0.001 0.001 0.004 0.005 0.006 0.013 0.065 0.117 0.226 0.282 0.281 112 I 0.001 0.001 0.005 0.005 0.010 0.022 0.090 0.179 0.248 0.248 0.192 113 A 0.006 0.023 0.134 0.105 0.123 0.125 0.148 0.116 0.100 0.071 0.049 114 D 0.010 0.026 0.065 0.094 0.125 0.181 0.222 0.110 0.086 0.050 0.031 115 E 0.031 0.028 0.031 0.089 0.087 0.111 0.197 0.125 0.141 0.102 0.059 116 A 0.019 0.022 0.028 0.082 0.076 0.101 0.229 0.131 0.128 0.107 0.077 117 A 0.007 0.013 0.028 0.055 0.063 0.086 0.200 0.161 0.153 0.136 0.100 118 I 0.008 0.010 0.033 0.035 0.045 0.065 0.145 0.153 0.185 0.176 0.145 119 G 0.040 0.051 0.100 0.130 0.124 0.122 0.157 0.101 0.083 0.055 0.036 120 V 0.041 0.052 0.064 0.105 0.100 0.102 0.164 0.111 0.113 0.086 0.061 121 I 0.071 0.062 0.037 0.082 0.088 0.104 0.177 0.123 0.115 0.084 0.058 122 N 0.212 0.177 0.091 0.187 0.122 0.083 0.063 0.029 0.020 0.010 0.005 123 M 0.156 0.118 0.090 0.143 0.117 0.111 0.114 0.059 0.045 0.030 0.016 124 K 0.100 0.112 0.057 0.142 0.136 0.129 0.132 0.080 0.057 0.035 0.020 125 T 0.036 0.037 0.033 0.078 0.081 0.119 0.184 0.138 0.130 0.096 0.069 126 T 0.017 0.043 0.045 0.133 0.146 0.142 0.171 0.113 0.080 0.063 0.046 127 A 0.003 0.006 0.010 0.034 0.047 0.069 0.150 0.140 0.186 0.187 0.167 128 V 0.002 0.002 0.006 0.018 0.026 0.038 0.099 0.121 0.214 0.240 0.234 129 R 0.001 0.002 0.007 0.030 0.059 0.083 0.205 0.189 0.172 0.145 0.106 130 I 0.001 0.001 0.004 0.006 0.008 0.010 0.039 0.089 0.208 0.297 0.338 131 I 0.001 0.001 0.003 0.005 0.012 0.022 0.076 0.154 0.240 0.243 0.243 132 P 0.012 0.020 0.037 0.052 0.061 0.067 0.129 0.146 0.178 0.149 0.149 133 K 0.044 0.065 0.036 0.111 0.136 0.152 0.193 0.108 0.076 0.045 0.034 134 G 0.251 0.144 0.033 0.096 0.084 0.078 0.094 0.073 0.071 0.045 0.031 135 K 0.351 0.199 0.028 0.126 0.091 0.069 0.061 0.031 0.023 0.013 0.009 136 E 0.322 0.181 0.039 0.114 0.098 0.078 0.067 0.039 0.032 0.018 0.011 137 G 0.194 0.113 0.044 0.123 0.116 0.105 0.107 0.070 0.060 0.039 0.029 138 D 0.112 0.110 0.061 0.141 0.126 0.118 0.128 0.078 0.062 0.038 0.026 139 M 0.038 0.050 0.052 0.117 0.102 0.100 0.142 0.108 0.112 0.099 0.080 140 I 0.025 0.024 0.031 0.059 0.069 0.093 0.167 0.128 0.149 0.141 0.115 141 E 0.055 0.088 0.082 0.210 0.155 0.122 0.120 0.067 0.049 0.033 0.019 142 F 0.015 0.021 0.020 0.048 0.059 0.085 0.165 0.153 0.159 0.159 0.115 143 G 0.079 0.062 0.038 0.098 0.101 0.107 0.133 0.118 0.119 0.086 0.058 144 G 0.083 0.067 0.056 0.115 0.112 0.112 0.130 0.093 0.101 0.075 0.053 145 L 0.044 0.065 0.034 0.112 0.117 0.117 0.165 0.116 0.096 0.076 0.058 146 L 0.023 0.026 0.014 0.048 0.050 0.063 0.130 0.134 0.167 0.171 0.173 147 G 0.052 0.070 0.040 0.107 0.116 0.112 0.141 0.106 0.105 0.087 0.064 148 T 0.080 0.100 0.049 0.193 0.168 0.128 0.106 0.070 0.055 0.033 0.017 149 A 0.009 0.007 0.005 0.018 0.032 0.057 0.128 0.144 0.200 0.203 0.195 150 P 0.031 0.072 0.026 0.155 0.136 0.110 0.156 0.120 0.091 0.060 0.043 151 V 0.004 0.005 0.008 0.022 0.027 0.033 0.090 0.118 0.196 0.254 0.243 152 M 0.028 0.018 0.030 0.045 0.069 0.080 0.146 0.144 0.164 0.153 0.123 153 K 0.067 0.144 0.066 0.293 0.195 0.101 0.069 0.036 0.018 0.007 0.003 154 V 0.005 0.004 0.003 0.005 0.010 0.024 0.079 0.133 0.216 0.259 0.262 155 N 0.263 0.234 0.054 0.186 0.116 0.063 0.045 0.020 0.012 0.005 0.003 156 G 0.347 0.203 0.102 0.152 0.091 0.048 0.029 0.014 0.009 0.004 0.001 157 A 0.277 0.104 0.035 0.073 0.089 0.101 0.112 0.090 0.058 0.035 0.025 158 S 0.245 0.326 0.044 0.137 0.088 0.064 0.046 0.026 0.016 0.005 0.003 159 S 0.106 0.115 0.085 0.156 0.130 0.111 0.109 0.067 0.057 0.040 0.024 160 V 0.174 0.091 0.103 0.154 0.145 0.119 0.102 0.046 0.034 0.020 0.012 161 D 0.101 0.099 0.108 0.268 0.168 0.113 0.083 0.033 0.017 0.007 0.002 162 F 0.003 0.004 0.014 0.016 0.018 0.029 0.094 0.129 0.190 0.259 0.244 163 I 0.011 0.019 0.031 0.048 0.069 0.106 0.199 0.180 0.147 0.110 0.079 164 S 0.047 0.095 0.252 0.203 0.132 0.090 0.069 0.043 0.034 0.023 0.012 165 R 0.052 0.057 0.049 0.105 0.129 0.164 0.189 0.112 0.071 0.047 0.026 166 G 0.204 0.119 0.043 0.109 0.094 0.083 0.090 0.082 0.088 0.054 0.033 167 G 0.070 0.049 0.018 0.076 0.083 0.109 0.177 0.131 0.123 0.094 0.071 168 Q 0.087 0.121 0.069 0.169 0.140 0.101 0.093 0.071 0.061 0.047 0.039 169 I 0.009 0.013 0.009 0.028 0.039 0.064 0.150 0.141 0.184 0.190 0.174 170 P 0.107 0.111 0.053 0.194 0.159 0.111 0.090 0.070 0.051 0.033 0.021 171 A 0.014 0.012 0.008 0.026 0.039 0.064 0.134 0.151 0.198 0.191 0.164 172 P 0.064 0.143 0.035 0.179 0.149 0.104 0.104 0.088 0.067 0.039 0.027 173 I 0.006 0.005 0.004 0.013 0.019 0.030 0.089 0.111 0.209 0.251 0.263 174 H 0.158 0.130 0.087 0.212 0.156 0.091 0.077 0.037 0.026 0.016 0.010 175 S 0.075 0.108 0.070 0.216 0.163 0.118 0.115 0.063 0.042 0.022 0.009 176 F 0.012 0.008 0.008 0.012 0.020 0.038 0.108 0.147 0.208 0.228 0.210 177 K 0.182 0.204 0.092 0.220 0.140 0.079 0.047 0.020 0.011 0.004 0.002 178 N 0.102 0.095 0.137 0.140 0.113 0.106 0.114 0.073 0.058 0.041 0.020