# TARGET T0296 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0296.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.47333 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.075 0.044 0.112 0.167 0.018 0.129 0.355 0.011 0.085 0.001 0.001 2 L 0.205 0.292 0.294 0.144 0.024 0.024 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 3 S 0.176 0.271 0.329 0.085 0.044 0.050 0.017 0.004 0.019 0.005 0.001 4 L 0.181 0.222 0.333 0.178 0.026 0.024 0.010 0.004 0.019 0.002 0.001 5 A 0.043 0.217 0.548 0.001 0.038 0.009 0.011 0.001 0.128 0.004 0.001 6 P 0.269 0.002 0.541 0.019 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.152 7 T 0.076 0.172 0.543 0.008 0.099 0.012 0.012 0.005 0.060 0.014 0.001 8 P 0.339 0.006 0.580 0.010 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 9 A 0.428 0.074 0.228 0.168 0.019 0.025 0.021 0.017 0.016 0.002 0.001 10 V 0.244 0.151 0.362 0.187 0.018 0.018 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 11 G 0.181 0.022 0.077 0.021 0.070 0.002 0.019 0.191 0.002 0.414 0.001 12 D 0.296 0.062 0.382 0.105 0.055 0.061 0.016 0.006 0.009 0.005 0.003 13 S 0.581 0.090 0.215 0.020 0.057 0.017 0.002 0.005 0.006 0.007 0.001 14 V 0.990 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.975 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 M 0.455 0.004 0.010 0.528 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 G 0.134 0.002 0.025 0.018 0.015 0.003 0.140 0.514 0.005 0.144 0.001 23 L 0.555 0.053 0.198 0.126 0.015 0.034 0.006 0.002 0.004 0.005 0.001 24 E 0.691 0.066 0.094 0.091 0.027 0.013 0.008 0.003 0.004 0.003 0.001 25 T 0.479 0.174 0.157 0.100 0.029 0.032 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 26 V 0.249 0.148 0.134 0.388 0.014 0.021 0.012 0.001 0.032 0.001 0.001 27 G 0.072 0.011 0.083 0.036 0.073 0.006 0.089 0.354 0.003 0.273 0.001 28 T 0.165 0.238 0.349 0.085 0.064 0.040 0.010 0.004 0.032 0.012 0.001 29 H 0.310 0.048 0.362 0.180 0.018 0.019 0.036 0.007 0.006 0.010 0.003 30 G 0.182 0.010 0.099 0.029 0.093 0.006 0.029 0.273 0.002 0.277 0.001 31 T 0.839 0.022 0.081 0.025 0.006 0.020 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 32 T 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 A 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 A 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 L 0.977 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.959 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.911 0.004 0.015 0.062 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 40 D 0.952 0.002 0.009 0.022 0.001 0.002 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 41 Q 0.910 0.002 0.003 0.079 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 V 0.871 0.022 0.035 0.047 0.002 0.015 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 43 K 0.918 0.016 0.017 0.037 0.002 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 44 K 0.709 0.040 0.048 0.174 0.010 0.005 0.008 0.002 0.004 0.001 0.001 45 G 0.471 0.030 0.075 0.155 0.060 0.002 0.048 0.125 0.004 0.031 0.001 46 G 0.441 0.044 0.126 0.052 0.093 0.009 0.039 0.096 0.007 0.092 0.001 47 V 0.427 0.258 0.159 0.074 0.041 0.023 0.004 0.001 0.009 0.003 0.001 48 M 0.439 0.213 0.152 0.106 0.030 0.029 0.007 0.001 0.021 0.002 0.001 49 A 0.308 0.198 0.249 0.088 0.068 0.039 0.020 0.006 0.019 0.003 0.001 50 C 0.293 0.253 0.151 0.126 0.083 0.030 0.024 0.006 0.028 0.004 0.001 51 N 0.217 0.171 0.182 0.198 0.092 0.035 0.052 0.014 0.026 0.011 0.001 52 Q 0.113 0.339 0.257 0.070 0.103 0.046 0.027 0.005 0.035 0.004 0.001 53 V 0.161 0.340 0.259 0.125 0.023 0.047 0.010 0.002 0.030 0.002 0.001 54 G 0.114 0.127 0.191 0.110 0.205 0.011 0.088 0.058 0.020 0.075 0.001 55 G 0.066 0.028 0.091 0.034 0.220 0.006 0.038 0.231 0.002 0.283 0.002 56 L 0.155 0.262 0.250 0.170 0.061 0.047 0.014 0.004 0.029 0.004 0.002 57 S 0.119 0.226 0.292 0.104 0.168 0.010 0.023 0.016 0.009 0.031 0.001 58 G 0.134 0.094 0.086 0.056 0.334 0.005 0.036 0.154 0.006 0.094 0.001 59 A 0.104 0.344 0.278 0.089 0.144 0.014 0.005 0.003 0.007 0.010 0.001 60 F 0.033 0.483 0.186 0.037 0.135 0.032 0.045 0.005 0.037 0.005 0.001 61 I 0.013 0.518 0.315 0.001 0.012 0.034 0.004 0.001 0.104 0.001 0.001 62 P 0.058 0.035 0.801 0.001 0.001 0.084 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 63 V 0.353 0.320 0.147 0.038 0.016 0.073 0.005 0.001 0.044 0.001 0.002 64 S 0.350 0.185 0.194 0.040 0.155 0.031 0.013 0.009 0.009 0.011 0.001 65 E 0.249 0.195 0.156 0.164 0.121 0.053 0.010 0.004 0.034 0.013 0.001 66 D 0.527 0.050 0.156 0.080 0.024 0.097 0.009 0.002 0.046 0.007 0.001 67 E 0.975 0.001 0.004 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 G 0.981 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 69 M 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 A 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.987 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 Q 0.986 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 N 0.297 0.002 0.010 0.683 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 76 G 0.017 0.001 0.010 0.015 0.012 0.001 0.253 0.663 0.001 0.027 0.001 77 S 0.249 0.193 0.186 0.177 0.045 0.083 0.046 0.003 0.010 0.006 0.003 78 L 0.012 0.624 0.210 0.010 0.099 0.027 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 79 N 0.006 0.111 0.365 0.005 0.020 0.393 0.002 0.001 0.098 0.001 0.001 80 L 0.970 0.003 0.004 0.010 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 81 E 0.969 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 K 0.765 0.004 0.002 0.208 0.005 0.002 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 83 L 0.872 0.016 0.027 0.072 0.001 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 84 E 0.969 0.005 0.013 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 85 A 0.900 0.007 0.008 0.079 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 M 0.769 0.027 0.065 0.105 0.004 0.011 0.009 0.002 0.008 0.001 0.001 87 T 0.790 0.063 0.054 0.056 0.013 0.007 0.006 0.003 0.007 0.003 0.001 88 A 0.805 0.037 0.051 0.061 0.016 0.011 0.007 0.005 0.003 0.003 0.001 89 I 0.616 0.110 0.059 0.158 0.011 0.022 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 90 C 0.324 0.215 0.167 0.111 0.051 0.066 0.015 0.003 0.044 0.003 0.001 91 S 0.495 0.098 0.117 0.133 0.033 0.048 0.036 0.011 0.021 0.006 0.002 92 V 0.185 0.164 0.209 0.253 0.100 0.017 0.042 0.011 0.013 0.005 0.001 93 G 0.091 0.029 0.065 0.046 0.122 0.009 0.104 0.393 0.009 0.131 0.001 94 L 0.117 0.322 0.377 0.061 0.034 0.055 0.006 0.001 0.022 0.002 0.001 95 D 0.199 0.232 0.188 0.162 0.036 0.086 0.048 0.006 0.038 0.004 0.001 96 M 0.126 0.457 0.178 0.073 0.089 0.030 0.015 0.003 0.026 0.001 0.001 97 I 0.108 0.485 0.231 0.040 0.037 0.031 0.010 0.001 0.054 0.002 0.001 98 A 0.111 0.293 0.381 0.033 0.047 0.087 0.012 0.004 0.023 0.002 0.006 99 I 0.046 0.471 0.279 0.018 0.021 0.052 0.007 0.001 0.105 0.001 0.001 100 P 0.058 0.039 0.821 0.016 0.007 0.042 0.002 0.001 0.005 0.003 0.005 101 E 0.679 0.043 0.115 0.096 0.027 0.008 0.016 0.006 0.002 0.007 0.001 102 D 0.186 0.017 0.040 0.636 0.009 0.028 0.053 0.016 0.013 0.002 0.001 103 T 0.034 0.266 0.505 0.005 0.023 0.020 0.009 0.001 0.136 0.001 0.001 104 P 0.261 0.004 0.636 0.007 0.001 0.052 0.001 0.001 0.002 0.001 0.037 105 A 0.952 0.004 0.017 0.016 0.002 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 106 E 0.973 0.002 0.006 0.013 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 107 T 0.989 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 I 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 M 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 I 0.977 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 A 0.950 0.001 0.006 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 D 0.858 0.004 0.015 0.100 0.002 0.009 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 115 E 0.924 0.010 0.018 0.035 0.002 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 116 A 0.934 0.012 0.016 0.030 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 A 0.945 0.014 0.011 0.017 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 118 I 0.916 0.027 0.009 0.040 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 119 G 0.904 0.018 0.014 0.028 0.016 0.003 0.004 0.007 0.002 0.003 0.001 120 V 0.795 0.061 0.022 0.105 0.006 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 121 I 0.672 0.110 0.086 0.086 0.007 0.019 0.007 0.001 0.011 0.001 0.001 122 N 0.333 0.023 0.053 0.359 0.011 0.019 0.178 0.008 0.011 0.005 0.001 123 M 0.037 0.036 0.031 0.145 0.043 0.010 0.554 0.130 0.011 0.002 0.001 124 K 0.054 0.542 0.250 0.037 0.046 0.029 0.018 0.001 0.023 0.002 0.001 125 T 0.031 0.248 0.644 0.008 0.010 0.047 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 126 T 0.100 0.548 0.083 0.147 0.093 0.014 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 127 A 0.004 0.597 0.136 0.006 0.247 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 128 V 0.001 0.917 0.022 0.001 0.051 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 129 R 0.001 0.787 0.163 0.001 0.021 0.015 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 130 I 0.002 0.752 0.191 0.001 0.011 0.028 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 131 I 0.002 0.623 0.180 0.001 0.019 0.033 0.002 0.001 0.140 0.001 0.001 132 P 0.014 0.050 0.901 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 133 K 0.064 0.355 0.401 0.058 0.052 0.026 0.009 0.002 0.026 0.005 0.001 134 G 0.063 0.033 0.119 0.035 0.126 0.005 0.052 0.176 0.004 0.387 0.001 135 K 0.168 0.143 0.217 0.201 0.075 0.043 0.090 0.021 0.031 0.009 0.002 136 E 0.129 0.198 0.328 0.244 0.033 0.015 0.025 0.005 0.017 0.005 0.001 137 G 0.023 0.005 0.044 0.005 0.064 0.001 0.018 0.290 0.001 0.549 0.001 138 D 0.133 0.132 0.396 0.135 0.061 0.086 0.018 0.004 0.026 0.003 0.007 139 M 0.156 0.461 0.227 0.054 0.047 0.030 0.004 0.002 0.017 0.001 0.001 140 I 0.105 0.629 0.152 0.038 0.037 0.021 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 141 E 0.101 0.555 0.232 0.019 0.054 0.024 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 142 F 0.113 0.338 0.132 0.151 0.096 0.038 0.051 0.005 0.074 0.002 0.001 143 G 0.049 0.039 0.124 0.052 0.124 0.005 0.158 0.198 0.011 0.239 0.001 144 G 0.056 0.018 0.131 0.012 0.140 0.003 0.025 0.143 0.001 0.469 0.001 145 L 0.278 0.170 0.309 0.126 0.036 0.045 0.011 0.003 0.012 0.006 0.004 146 L 0.132 0.205 0.285 0.271 0.027 0.023 0.023 0.003 0.028 0.001 0.001 147 G 0.041 0.017 0.082 0.020 0.146 0.002 0.032 0.282 0.001 0.375 0.001 148 T 0.078 0.306 0.339 0.145 0.066 0.031 0.008 0.003 0.017 0.003 0.004 149 A 0.013 0.424 0.336 0.002 0.107 0.007 0.011 0.001 0.093 0.005 0.001 150 P 0.017 0.019 0.891 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 151 V 0.033 0.518 0.326 0.015 0.009 0.063 0.001 0.001 0.033 0.001 0.002 152 M 0.019 0.698 0.150 0.009 0.051 0.026 0.003 0.001 0.043 0.001 0.001 153 K 0.013 0.162 0.723 0.004 0.004 0.078 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 154 V 0.103 0.466 0.230 0.046 0.018 0.079 0.003 0.001 0.053 0.001 0.001 155 N 0.130 0.136 0.227 0.200 0.045 0.065 0.121 0.007 0.060 0.010 0.001 156 G 0.048 0.022 0.057 0.064 0.132 0.005 0.102 0.442 0.002 0.125 0.001 157 A 0.194 0.253 0.306 0.145 0.065 0.013 0.007 0.005 0.009 0.004 0.001 158 S 0.049 0.193 0.436 0.035 0.180 0.032 0.019 0.007 0.027 0.023 0.001 159 S 0.712 0.047 0.095 0.073 0.023 0.021 0.010 0.006 0.006 0.005 0.001 160 V 0.819 0.060 0.042 0.060 0.008 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 161 D 0.826 0.029 0.078 0.032 0.005 0.012 0.009 0.001 0.006 0.001 0.001 162 F 0.859 0.032 0.035 0.048 0.004 0.011 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 163 I 0.734 0.129 0.057 0.046 0.011 0.015 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 164 S 0.645 0.105 0.121 0.069 0.034 0.012 0.006 0.001 0.005 0.002 0.001 165 R 0.369 0.066 0.088 0.443 0.011 0.006 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 166 G 0.032 0.004 0.034 0.047 0.024 0.001 0.180 0.536 0.004 0.138 0.001 167 G 0.037 0.012 0.301 0.017 0.054 0.006 0.032 0.186 0.001 0.353 0.001 168 Q 0.097 0.247 0.431 0.122 0.042 0.030 0.011 0.003 0.011 0.004 0.001 169 I 0.030 0.409 0.412 0.003 0.032 0.019 0.009 0.001 0.084 0.002 0.001 170 P 0.038 0.007 0.869 0.002 0.001 0.040 0.001 0.001 0.004 0.001 0.040 171 A 0.184 0.033 0.683 0.003 0.033 0.006 0.004 0.012 0.010 0.028 0.005 172 P 0.335 0.015 0.470 0.018 0.003 0.062 0.001 0.001 0.003 0.001 0.092 173 I 0.379 0.243 0.168 0.130 0.024 0.034 0.005 0.002 0.014 0.001 0.001 174 H 0.534 0.166 0.123 0.110 0.028 0.021 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 175 S 0.329 0.227 0.124 0.164 0.081 0.025 0.013 0.010 0.024 0.002 0.001 176 F 0.110 0.257 0.307 0.124 0.039 0.074 0.028 0.004 0.056 0.001 0.001 177 K 0.194 0.418 0.170 0.075 0.035 0.043 0.017 0.003 0.043 0.004 0.001 178 N 0.096 0.098 0.176 0.144 0.035 0.204 0.116 0.006 0.117 0.007 0.001