# TARGET T0296 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0296.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.109 0.038 0.037 0.043 0.078 0.018 0.022 0.052 0.110 0.328 0.166 2 L 0.190 0.236 0.047 0.009 0.318 0.006 0.007 0.019 0.043 0.065 0.062 3 S 0.185 0.123 0.059 0.023 0.330 0.018 0.034 0.042 0.057 0.056 0.073 4 L 0.179 0.097 0.041 0.024 0.186 0.013 0.012 0.051 0.117 0.203 0.078 5 A 0.061 0.294 0.161 0.027 0.222 0.010 0.030 0.069 0.042 0.059 0.024 6 P 0.121 0.208 0.120 0.047 0.191 0.028 0.020 0.043 0.039 0.112 0.070 7 T 0.039 0.351 0.252 0.033 0.217 0.004 0.008 0.033 0.025 0.019 0.019 8 P 0.041 0.103 0.055 0.018 0.090 0.020 0.072 0.325 0.206 0.048 0.022 9 A 0.050 0.106 0.059 0.024 0.058 0.030 0.087 0.189 0.140 0.204 0.053 10 V 0.029 0.149 0.055 0.040 0.082 0.125 0.173 0.152 0.104 0.077 0.015 11 G 0.061 0.082 0.039 0.044 0.045 0.031 0.032 0.042 0.063 0.429 0.132 12 D 0.044 0.207 0.181 0.076 0.128 0.035 0.019 0.048 0.039 0.165 0.059 13 S 0.051 0.413 0.141 0.004 0.095 0.001 0.003 0.178 0.046 0.039 0.028 14 V 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.827 0.146 0.014 0.001 15 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.050 0.001 0.001 16 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.964 0.031 0.001 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.034 0.001 0.001 18 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.927 0.065 0.005 0.001 19 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.857 0.124 0.005 0.001 20 E 0.001 0.005 0.002 0.002 0.003 0.003 0.100 0.815 0.057 0.011 0.001 21 M 0.014 0.229 0.185 0.039 0.063 0.036 0.149 0.160 0.046 0.073 0.008 22 G 0.092 0.127 0.072 0.062 0.063 0.024 0.027 0.082 0.047 0.260 0.144 23 L 0.052 0.102 0.051 0.034 0.091 0.025 0.028 0.186 0.238 0.139 0.054 24 E 0.019 0.123 0.091 0.044 0.067 0.027 0.079 0.280 0.208 0.048 0.014 25 T 0.049 0.057 0.019 0.008 0.072 0.032 0.195 0.268 0.162 0.113 0.025 26 V 0.046 0.110 0.050 0.035 0.107 0.039 0.120 0.190 0.131 0.136 0.036 27 G 0.034 0.068 0.118 0.226 0.044 0.090 0.047 0.049 0.047 0.234 0.044 28 T 0.030 0.267 0.366 0.059 0.105 0.026 0.032 0.046 0.020 0.037 0.011 29 H 0.030 0.253 0.096 0.025 0.062 0.026 0.044 0.138 0.091 0.164 0.071 30 G 0.016 0.065 0.069 0.039 0.048 0.014 0.017 0.462 0.156 0.088 0.026 31 T 0.002 0.009 0.003 0.001 0.004 0.001 0.002 0.838 0.131 0.010 0.001 32 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.920 0.075 0.002 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.034 0.001 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.968 0.028 0.001 0.001 35 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.044 0.002 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.951 0.043 0.001 0.001 37 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.956 0.029 0.003 0.001 38 L 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.015 0.888 0.069 0.018 0.001 39 N 0.004 0.048 0.013 0.003 0.015 0.003 0.009 0.819 0.071 0.010 0.004 40 D 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.011 0.851 0.091 0.032 0.005 41 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.871 0.083 0.015 0.002 42 V 0.002 0.006 0.001 0.001 0.004 0.002 0.030 0.802 0.128 0.022 0.002 43 K 0.003 0.032 0.009 0.002 0.012 0.010 0.121 0.682 0.104 0.024 0.002 44 K 0.020 0.032 0.013 0.010 0.020 0.012 0.088 0.444 0.087 0.239 0.034 45 G 0.043 0.174 0.096 0.024 0.105 0.015 0.029 0.234 0.076 0.135 0.069 46 G 0.018 0.052 0.029 0.019 0.038 0.022 0.049 0.577 0.120 0.061 0.015 47 V 0.030 0.014 0.004 0.002 0.051 0.005 0.024 0.682 0.157 0.025 0.008 48 M 0.013 0.018 0.007 0.009 0.030 0.014 0.045 0.712 0.126 0.020 0.005 49 A 0.073 0.048 0.013 0.005 0.107 0.009 0.041 0.450 0.145 0.081 0.028 50 C 0.056 0.073 0.016 0.009 0.140 0.016 0.122 0.331 0.122 0.097 0.019 51 N 0.118 0.100 0.025 0.021 0.179 0.030 0.090 0.104 0.098 0.182 0.053 52 Q 0.161 0.210 0.120 0.044 0.284 0.017 0.016 0.031 0.020 0.045 0.052 53 V 0.202 0.110 0.045 0.044 0.199 0.039 0.073 0.087 0.056 0.055 0.090 54 G 0.048 0.102 0.069 0.188 0.089 0.104 0.142 0.053 0.046 0.108 0.052 55 G 0.050 0.176 0.228 0.177 0.126 0.039 0.027 0.031 0.025 0.085 0.034 56 L 0.207 0.108 0.038 0.028 0.171 0.023 0.022 0.048 0.058 0.152 0.144 57 S 0.035 0.094 0.101 0.181 0.081 0.139 0.135 0.067 0.063 0.077 0.027 58 G 0.085 0.146 0.135 0.043 0.142 0.015 0.019 0.076 0.121 0.157 0.061 59 A 0.129 0.241 0.068 0.008 0.290 0.007 0.017 0.090 0.067 0.043 0.040 60 F 0.157 0.160 0.063 0.011 0.242 0.007 0.015 0.046 0.057 0.140 0.103 61 I 0.033 0.422 0.217 0.023 0.191 0.010 0.023 0.049 0.017 0.008 0.007 62 P 0.155 0.275 0.112 0.015 0.247 0.007 0.013 0.085 0.025 0.029 0.037 63 V 0.023 0.062 0.033 0.024 0.054 0.045 0.061 0.477 0.151 0.047 0.023 64 S 0.044 0.081 0.059 0.038 0.069 0.032 0.034 0.452 0.072 0.069 0.049 65 E 0.033 0.092 0.046 0.018 0.047 0.013 0.028 0.523 0.098 0.078 0.024 66 D 0.024 0.076 0.033 0.008 0.030 0.017 0.014 0.635 0.089 0.057 0.018 67 E 0.007 0.025 0.007 0.005 0.013 0.007 0.007 0.834 0.074 0.013 0.007 68 G 0.005 0.014 0.004 0.001 0.006 0.001 0.002 0.890 0.049 0.022 0.006 69 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.915 0.066 0.011 0.001 70 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.938 0.049 0.002 0.001 71 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.962 0.024 0.002 0.001 72 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.966 0.022 0.004 0.001 73 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.830 0.147 0.008 0.004 74 Q 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.004 0.030 0.836 0.118 0.004 0.001 75 N 0.001 0.791 0.148 0.009 0.005 0.002 0.010 0.021 0.005 0.009 0.001 76 G 0.009 0.017 0.013 0.002 0.008 0.002 0.002 0.012 0.011 0.715 0.211 77 S 0.101 0.196 0.051 0.008 0.158 0.017 0.054 0.122 0.067 0.155 0.070 78 L 0.046 0.343 0.025 0.002 0.468 0.006 0.017 0.036 0.022 0.023 0.011 79 N 0.045 0.613 0.196 0.003 0.124 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.010 80 L 0.004 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.378 0.586 0.013 0.002 81 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.811 0.175 0.002 0.001 82 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.680 0.179 0.126 0.001 83 L 0.005 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.758 0.201 0.017 0.002 84 E 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.025 0.783 0.171 0.007 0.001 85 A 0.003 0.005 0.003 0.001 0.006 0.003 0.030 0.786 0.117 0.043 0.003 86 M 0.035 0.014 0.004 0.006 0.038 0.003 0.039 0.630 0.162 0.051 0.017 87 T 0.012 0.027 0.005 0.003 0.054 0.006 0.067 0.672 0.130 0.021 0.004 88 A 0.044 0.017 0.003 0.002 0.103 0.004 0.047 0.641 0.093 0.031 0.015 89 I 0.060 0.029 0.004 0.006 0.131 0.025 0.132 0.546 0.048 0.012 0.008 90 C 0.092 0.033 0.007 0.007 0.139 0.021 0.118 0.386 0.106 0.059 0.031 91 S 0.110 0.050 0.026 0.025 0.133 0.061 0.107 0.221 0.122 0.090 0.055 92 V 0.045 0.187 0.092 0.057 0.137 0.017 0.040 0.095 0.107 0.185 0.040 93 G 0.038 0.130 0.149 0.145 0.092 0.130 0.113 0.050 0.053 0.073 0.026 94 L 0.223 0.173 0.020 0.008 0.390 0.007 0.009 0.038 0.034 0.032 0.066 95 D 0.061 0.010 0.003 0.025 0.060 0.107 0.290 0.108 0.093 0.196 0.047 96 M 0.120 0.243 0.084 0.028 0.412 0.003 0.003 0.011 0.013 0.059 0.023 97 I 0.100 0.283 0.056 0.004 0.522 0.002 0.004 0.008 0.003 0.005 0.014 98 A 0.193 0.156 0.041 0.003 0.363 0.004 0.007 0.007 0.008 0.078 0.138 99 I 0.057 0.367 0.261 0.042 0.204 0.006 0.012 0.010 0.005 0.010 0.027 100 P 0.020 0.355 0.237 0.048 0.084 0.062 0.069 0.043 0.042 0.034 0.006 101 E 0.013 0.062 0.072 0.056 0.033 0.127 0.210 0.213 0.144 0.049 0.022 102 D 0.074 0.037 0.014 0.005 0.074 0.017 0.048 0.049 0.087 0.521 0.073 103 T 0.004 0.465 0.429 0.017 0.038 0.002 0.002 0.009 0.011 0.020 0.004 104 P 0.040 0.539 0.205 0.003 0.102 0.001 0.001 0.053 0.021 0.019 0.016 105 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.687 0.302 0.004 0.001 106 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.915 0.080 0.001 0.001 107 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.922 0.067 0.007 0.001 108 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.925 0.071 0.002 0.001 109 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.930 0.065 0.001 0.001 110 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.957 0.035 0.001 0.001 111 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.952 0.042 0.001 0.001 112 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.875 0.119 0.003 0.001 113 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.936 0.055 0.002 0.001 114 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.934 0.052 0.001 0.001 115 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.909 0.064 0.002 0.001 116 A 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.014 0.927 0.040 0.007 0.001 117 A 0.007 0.003 0.001 0.001 0.010 0.002 0.007 0.854 0.083 0.030 0.004 118 I 0.008 0.026 0.013 0.005 0.021 0.016 0.027 0.771 0.097 0.012 0.003 119 G 0.015 0.050 0.015 0.002 0.059 0.003 0.028 0.709 0.093 0.020 0.006 120 V 0.031 0.009 0.003 0.002 0.025 0.010 0.108 0.705 0.080 0.018 0.010 121 I 0.018 0.031 0.017 0.053 0.035 0.158 0.203 0.371 0.070 0.038 0.007 122 N 0.013 0.115 0.036 0.207 0.033 0.173 0.205 0.126 0.043 0.043 0.007 123 M 0.026 0.020 0.022 0.028 0.020 0.008 0.011 0.020 0.047 0.668 0.130 124 K 0.019 0.418 0.379 0.021 0.127 0.003 0.007 0.008 0.007 0.007 0.004 125 T 0.405 0.103 0.011 0.002 0.388 0.002 0.005 0.009 0.003 0.006 0.066 126 T 0.045 0.063 0.018 0.105 0.113 0.231 0.264 0.037 0.017 0.079 0.028 127 A 0.193 0.173 0.051 0.032 0.461 0.010 0.008 0.009 0.006 0.026 0.029 128 V 0.242 0.106 0.010 0.002 0.610 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.022 129 R 0.182 0.109 0.008 0.001 0.667 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.029 130 I 0.322 0.055 0.007 0.001 0.479 0.002 0.005 0.005 0.004 0.027 0.094 131 I 0.103 0.333 0.083 0.011 0.430 0.005 0.007 0.004 0.002 0.005 0.016 132 P 0.223 0.208 0.049 0.010 0.319 0.008 0.007 0.013 0.016 0.054 0.094 133 K 0.089 0.152 0.142 0.131 0.152 0.056 0.068 0.052 0.051 0.059 0.049 134 G 0.021 0.123 0.108 0.154 0.052 0.120 0.199 0.096 0.060 0.056 0.012 135 K 0.028 0.055 0.095 0.161 0.035 0.068 0.058 0.062 0.067 0.297 0.076 136 E 0.020 0.141 0.248 0.190 0.058 0.084 0.083 0.065 0.043 0.055 0.014 137 G 0.058 0.085 0.102 0.138 0.076 0.059 0.048 0.061 0.070 0.208 0.094 138 D 0.092 0.214 0.085 0.024 0.244 0.018 0.040 0.099 0.067 0.078 0.039 139 M 0.217 0.154 0.027 0.005 0.396 0.006 0.011 0.049 0.036 0.046 0.053 140 I 0.199 0.159 0.016 0.003 0.539 0.005 0.008 0.026 0.011 0.009 0.025 141 E 0.390 0.064 0.028 0.009 0.276 0.023 0.027 0.042 0.016 0.026 0.099 142 F 0.086 0.165 0.123 0.119 0.145 0.041 0.032 0.095 0.069 0.067 0.058 143 G 0.030 0.095 0.108 0.276 0.044 0.050 0.034 0.064 0.085 0.168 0.045 144 G 0.028 0.145 0.178 0.128 0.070 0.050 0.070 0.086 0.094 0.124 0.027 145 L 0.097 0.085 0.050 0.038 0.102 0.038 0.147 0.189 0.108 0.094 0.053 146 L 0.073 0.193 0.112 0.073 0.136 0.067 0.090 0.070 0.053 0.095 0.038 147 G 0.053 0.104 0.100 0.221 0.109 0.079 0.041 0.052 0.051 0.141 0.049 148 T 0.206 0.099 0.069 0.026 0.233 0.006 0.015 0.031 0.050 0.180 0.085 149 A 0.026 0.435 0.317 0.023 0.164 0.005 0.006 0.008 0.004 0.006 0.006 150 P 0.074 0.399 0.091 0.002 0.392 0.001 0.003 0.012 0.005 0.006 0.015 151 V 0.323 0.112 0.026 0.004 0.335 0.006 0.014 0.024 0.014 0.044 0.096 152 M 0.022 0.487 0.212 0.023 0.197 0.016 0.015 0.013 0.004 0.006 0.005 153 K 0.161 0.312 0.066 0.001 0.408 0.001 0.002 0.009 0.004 0.007 0.031 154 V 0.164 0.187 0.068 0.025 0.208 0.032 0.036 0.086 0.053 0.064 0.077 155 N 0.026 0.236 0.117 0.087 0.126 0.076 0.109 0.111 0.057 0.044 0.012 156 G 0.054 0.062 0.043 0.035 0.076 0.034 0.094 0.225 0.177 0.155 0.045 157 A 0.052 0.137 0.078 0.022 0.102 0.024 0.038 0.084 0.066 0.334 0.063 158 S 0.069 0.449 0.104 0.007 0.267 0.003 0.005 0.044 0.018 0.018 0.017 159 S 0.032 0.051 0.017 0.004 0.052 0.003 0.008 0.491 0.261 0.066 0.016 160 V 0.012 0.009 0.004 0.002 0.021 0.004 0.021 0.730 0.179 0.013 0.005 161 D 0.006 0.013 0.005 0.001 0.015 0.002 0.009 0.820 0.112 0.013 0.003 162 F 0.013 0.009 0.003 0.002 0.024 0.004 0.031 0.772 0.089 0.048 0.006 163 I 0.027 0.057 0.016 0.007 0.063 0.008 0.035 0.598 0.144 0.037 0.009 164 S 0.045 0.042 0.031 0.013 0.050 0.023 0.096 0.504 0.115 0.061 0.020 165 R 0.014 0.276 0.272 0.063 0.061 0.030 0.070 0.138 0.037 0.032 0.008 166 G 0.038 0.140 0.099 0.107 0.041 0.024 0.019 0.032 0.036 0.337 0.127 167 G 0.043 0.168 0.168 0.120 0.100 0.037 0.033 0.052 0.057 0.152 0.071 168 Q 0.091 0.373 0.135 0.013 0.218 0.006 0.011 0.032 0.033 0.056 0.032 169 I 0.065 0.341 0.272 0.041 0.119 0.019 0.026 0.038 0.025 0.027 0.026 170 P 0.033 0.324 0.319 0.048 0.115 0.015 0.021 0.042 0.030 0.033 0.020 171 A 0.040 0.198 0.198 0.065 0.098 0.023 0.040 0.181 0.108 0.030 0.020 172 P 0.051 0.193 0.074 0.008 0.174 0.014 0.042 0.253 0.122 0.052 0.018 173 I 0.169 0.035 0.009 0.008 0.135 0.014 0.036 0.227 0.206 0.090 0.070 174 H 0.050 0.097 0.048 0.043 0.101 0.056 0.101 0.240 0.169 0.073 0.022 175 S 0.157 0.082 0.019 0.010 0.198 0.009 0.037 0.149 0.101 0.139 0.099 176 F 0.113 0.175 0.058 0.022 0.254 0.017 0.023 0.094 0.076 0.110 0.057 177 K 0.067 0.131 0.066 0.046 0.150 0.064 0.121 0.145 0.075 0.083 0.052 178 N 0.198 0.130 0.073 0.023 0.253 0.013 0.018 0.061 0.044 0.092 0.096