# TARGET T0296 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0296.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.802 0.146 0.039 0.010 0.002 0.001 0.001 2 L 0.693 0.153 0.074 0.054 0.022 0.004 0.001 3 S 0.513 0.230 0.118 0.088 0.040 0.010 0.002 4 L 0.534 0.195 0.118 0.083 0.049 0.016 0.005 5 A 0.463 0.266 0.130 0.076 0.039 0.018 0.009 6 P 0.489 0.225 0.145 0.085 0.033 0.016 0.008 7 T 0.563 0.231 0.103 0.058 0.029 0.012 0.003 8 P 0.507 0.236 0.120 0.076 0.041 0.017 0.002 9 A 0.339 0.275 0.179 0.143 0.050 0.011 0.002 10 V 0.317 0.277 0.190 0.147 0.054 0.013 0.002 11 G 0.353 0.283 0.148 0.128 0.069 0.017 0.003 12 D 0.187 0.250 0.229 0.183 0.105 0.035 0.011 13 S 0.051 0.089 0.123 0.246 0.260 0.174 0.056 14 V 0.026 0.029 0.034 0.076 0.140 0.387 0.309 15 A 0.004 0.011 0.020 0.069 0.162 0.427 0.308 16 R 0.008 0.040 0.090 0.201 0.317 0.258 0.087 17 V 0.003 0.011 0.036 0.117 0.283 0.390 0.160 18 L 0.004 0.009 0.017 0.056 0.153 0.457 0.304 19 E 0.023 0.084 0.120 0.239 0.257 0.213 0.064 20 E 0.054 0.198 0.270 0.261 0.152 0.057 0.009 21 M 0.016 0.057 0.152 0.299 0.313 0.139 0.022 22 G 0.061 0.119 0.122 0.156 0.220 0.231 0.091 23 L 0.038 0.067 0.114 0.228 0.273 0.208 0.072 24 E 0.072 0.215 0.236 0.224 0.162 0.073 0.019 25 T 0.056 0.108 0.163 0.240 0.243 0.138 0.051 26 V 0.035 0.059 0.075 0.117 0.194 0.306 0.213 27 G 0.032 0.050 0.074 0.143 0.206 0.280 0.215 28 T 0.022 0.042 0.056 0.097 0.150 0.257 0.376 29 H 0.020 0.032 0.041 0.086 0.165 0.272 0.385 30 G 0.006 0.013 0.026 0.072 0.135 0.255 0.493 31 T 0.002 0.006 0.011 0.029 0.081 0.224 0.646 32 T 0.006 0.011 0.012 0.025 0.071 0.236 0.638 33 A 0.005 0.012 0.016 0.050 0.110 0.291 0.515 34 A 0.001 0.003 0.009 0.033 0.067 0.251 0.635 35 L 0.001 0.002 0.003 0.008 0.027 0.182 0.777 36 A 0.003 0.008 0.017 0.056 0.127 0.324 0.466 37 L 0.002 0.008 0.024 0.095 0.230 0.342 0.300 38 L 0.001 0.004 0.007 0.018 0.071 0.340 0.559 39 N 0.002 0.012 0.038 0.132 0.277 0.405 0.134 40 D 0.006 0.054 0.123 0.233 0.317 0.217 0.049 41 Q 0.006 0.022 0.083 0.236 0.338 0.259 0.055 42 V 0.010 0.023 0.038 0.098 0.297 0.409 0.125 43 K 0.071 0.224 0.263 0.257 0.120 0.047 0.017 44 K 0.133 0.278 0.239 0.186 0.087 0.045 0.031 45 G 0.035 0.082 0.121 0.173 0.207 0.236 0.145 46 G 0.044 0.075 0.104 0.200 0.260 0.212 0.104 47 V 0.053 0.065 0.076 0.111 0.201 0.252 0.242 48 M 0.078 0.117 0.130 0.175 0.180 0.195 0.124 49 A 0.105 0.121 0.134 0.190 0.191 0.173 0.086 50 C 0.165 0.185 0.185 0.201 0.147 0.083 0.035 51 N 0.230 0.268 0.213 0.155 0.083 0.038 0.012 52 Q 0.100 0.173 0.184 0.219 0.177 0.105 0.041 53 V 0.042 0.062 0.095 0.167 0.229 0.248 0.157 54 G 0.022 0.027 0.041 0.084 0.152 0.313 0.361 55 G 0.011 0.016 0.024 0.056 0.130 0.299 0.463 56 L 0.006 0.011 0.022 0.050 0.100 0.261 0.550 57 S 0.009 0.025 0.040 0.084 0.154 0.281 0.407 58 G 0.014 0.033 0.048 0.081 0.169 0.299 0.356 59 A 0.009 0.024 0.040 0.093 0.157 0.343 0.334 60 F 0.009 0.023 0.045 0.103 0.175 0.335 0.311 61 I 0.001 0.004 0.010 0.033 0.076 0.292 0.583 62 P 0.001 0.004 0.010 0.041 0.137 0.393 0.414 63 V 0.001 0.002 0.007 0.022 0.100 0.346 0.522 64 S 0.001 0.003 0.009 0.031 0.079 0.343 0.534 65 E 0.001 0.007 0.021 0.079 0.171 0.389 0.332 66 D 0.003 0.021 0.056 0.123 0.269 0.394 0.136 67 E 0.034 0.106 0.166 0.278 0.242 0.149 0.025 68 G 0.023 0.145 0.257 0.251 0.205 0.092 0.027 69 M 0.003 0.008 0.025 0.120 0.356 0.436 0.052 70 I 0.020 0.196 0.290 0.302 0.160 0.030 0.002 71 A 0.193 0.482 0.233 0.076 0.014 0.002 0.001 72 A 0.043 0.151 0.259 0.319 0.183 0.043 0.002 73 V 0.046 0.093 0.172 0.342 0.275 0.069 0.003 74 Q 0.477 0.399 0.102 0.020 0.003 0.001 0.001 75 N 0.432 0.386 0.138 0.037 0.006 0.001 0.001 76 G 0.149 0.287 0.238 0.212 0.092 0.021 0.001 77 S 0.096 0.284 0.311 0.203 0.090 0.016 0.001 78 L 0.063 0.086 0.135 0.266 0.284 0.154 0.013 79 N 0.082 0.252 0.291 0.261 0.099 0.014 0.001 80 L 0.022 0.073 0.147 0.325 0.323 0.104 0.006 81 E 0.241 0.456 0.196 0.080 0.023 0.004 0.001 82 K 0.091 0.244 0.266 0.241 0.120 0.035 0.003 83 L 0.034 0.064 0.105 0.211 0.338 0.233 0.015 84 E 0.036 0.160 0.223 0.280 0.217 0.078 0.006 85 A 0.041 0.112 0.153 0.229 0.237 0.196 0.033 86 M 0.009 0.026 0.043 0.114 0.241 0.390 0.178 87 T 0.004 0.014 0.031 0.103 0.272 0.362 0.215 88 A 0.003 0.010 0.023 0.056 0.135 0.353 0.421 89 I 0.006 0.012 0.020 0.055 0.127 0.317 0.463 90 C 0.001 0.002 0.004 0.013 0.040 0.245 0.694 91 S 0.002 0.004 0.009 0.030 0.085 0.270 0.600 92 V 0.002 0.006 0.011 0.030 0.079 0.258 0.614 93 G 0.001 0.006 0.018 0.052 0.101 0.268 0.553 94 L 0.002 0.005 0.014 0.044 0.131 0.303 0.500 95 D 0.002 0.007 0.013 0.032 0.101 0.313 0.531 96 M 0.001 0.002 0.006 0.022 0.052 0.268 0.649 97 I 0.001 0.002 0.005 0.015 0.040 0.250 0.687 98 A 0.002 0.004 0.009 0.036 0.104 0.352 0.492 99 I 0.002 0.004 0.011 0.040 0.186 0.466 0.290 100 P 0.014 0.074 0.165 0.249 0.268 0.164 0.066 101 E 0.041 0.152 0.247 0.288 0.158 0.090 0.025 102 D 0.160 0.301 0.214 0.156 0.110 0.053 0.007 103 T 0.077 0.126 0.190 0.287 0.235 0.078 0.008 104 P 0.185 0.296 0.246 0.160 0.077 0.032 0.004 105 A 0.059 0.196 0.309 0.258 0.146 0.031 0.002 106 E 0.202 0.424 0.232 0.103 0.032 0.007 0.001 107 T 0.018 0.068 0.174 0.258 0.293 0.156 0.033 108 I 0.002 0.007 0.019 0.077 0.281 0.488 0.126 109 A 0.002 0.043 0.144 0.328 0.292 0.158 0.032 110 A 0.006 0.033 0.080 0.196 0.296 0.292 0.097 111 M 0.001 0.001 0.002 0.007 0.061 0.375 0.553 112 I 0.001 0.001 0.002 0.009 0.036 0.261 0.692 113 A 0.002 0.020 0.059 0.141 0.142 0.242 0.395 114 D 0.001 0.004 0.011 0.046 0.111 0.311 0.517 115 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.212 0.770 116 A 0.001 0.001 0.002 0.010 0.063 0.292 0.632 117 A 0.001 0.007 0.020 0.057 0.120 0.304 0.490 118 I 0.001 0.005 0.013 0.051 0.131 0.373 0.424 119 G 0.005 0.013 0.026 0.078 0.201 0.420 0.257 120 V 0.006 0.015 0.036 0.106 0.264 0.408 0.166 121 I 0.023 0.083 0.164 0.251 0.272 0.172 0.035 122 N 0.054 0.136 0.177 0.248 0.224 0.133 0.028 123 M 0.066 0.145 0.175 0.230 0.224 0.133 0.027 124 K 0.035 0.124 0.192 0.257 0.223 0.141 0.027 125 T 0.014 0.022 0.044 0.108 0.257 0.410 0.144 126 T 0.002 0.008 0.021 0.074 0.184 0.423 0.287 127 A 0.002 0.004 0.009 0.027 0.080 0.332 0.547 128 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.027 0.180 0.783 129 R 0.001 0.001 0.004 0.015 0.050 0.228 0.701 130 I 0.001 0.001 0.002 0.008 0.032 0.210 0.747 131 I 0.001 0.002 0.005 0.017 0.071 0.383 0.522 132 P 0.003 0.011 0.032 0.098 0.224 0.414 0.218 133 K 0.022 0.059 0.105 0.204 0.297 0.249 0.064 134 G 0.105 0.224 0.238 0.228 0.139 0.057 0.009 135 K 0.158 0.233 0.233 0.211 0.122 0.039 0.005 136 E 0.433 0.338 0.147 0.064 0.015 0.004 0.001 137 G 0.282 0.208 0.186 0.169 0.114 0.036 0.004 138 D 0.205 0.238 0.213 0.189 0.106 0.042 0.007 139 M 0.144 0.195 0.197 0.197 0.148 0.097 0.021 140 I 0.060 0.072 0.101 0.186 0.283 0.247 0.051 141 E 0.067 0.119 0.163 0.232 0.240 0.148 0.031 142 F 0.050 0.064 0.082 0.142 0.200 0.327 0.136 143 G 0.089 0.109 0.121 0.191 0.220 0.201 0.069 144 G 0.106 0.132 0.149 0.183 0.189 0.171 0.070 145 L 0.103 0.099 0.129 0.196 0.234 0.194 0.046 146 L 0.081 0.098 0.118 0.163 0.205 0.259 0.076 147 G 0.063 0.106 0.162 0.220 0.211 0.187 0.050 148 T 0.089 0.197 0.252 0.241 0.148 0.063 0.010 149 A 0.063 0.093 0.141 0.246 0.281 0.156 0.021 150 P 0.132 0.240 0.210 0.204 0.131 0.070 0.014 151 V 0.058 0.103 0.215 0.297 0.222 0.097 0.007 152 M 0.049 0.101 0.147 0.290 0.287 0.118 0.008 153 K 0.159 0.346 0.275 0.146 0.058 0.015 0.001 154 V 0.023 0.055 0.132 0.331 0.359 0.096 0.004 155 N 0.256 0.433 0.216 0.080 0.014 0.002 0.001 156 G 0.526 0.367 0.086 0.018 0.003 0.001 0.001 157 A 0.291 0.269 0.234 0.155 0.044 0.006 0.001 158 S 0.419 0.339 0.151 0.067 0.021 0.004 0.001 159 S 0.195 0.238 0.253 0.214 0.086 0.013 0.001 160 V 0.512 0.345 0.104 0.032 0.007 0.001 0.001 161 D 0.178 0.350 0.278 0.148 0.040 0.006 0.001 162 F 0.086 0.121 0.152 0.254 0.274 0.105 0.007 163 I 0.110 0.201 0.238 0.257 0.152 0.039 0.003 164 S 0.383 0.381 0.164 0.055 0.014 0.004 0.001 165 R 0.216 0.241 0.213 0.192 0.102 0.031 0.004 166 G 0.164 0.167 0.173 0.207 0.158 0.108 0.022 167 G 0.182 0.185 0.165 0.192 0.165 0.084 0.027 168 Q 0.275 0.184 0.142 0.152 0.132 0.079 0.035 169 I 0.138 0.115 0.108 0.149 0.170 0.203 0.116 170 P 0.176 0.178 0.179 0.174 0.131 0.110 0.053 171 A 0.150 0.142 0.152 0.176 0.155 0.147 0.078 172 P 0.165 0.147 0.168 0.211 0.175 0.102 0.032 173 I 0.206 0.137 0.150 0.182 0.187 0.118 0.021 174 H 0.264 0.248 0.200 0.177 0.079 0.029 0.004 175 S 0.300 0.264 0.191 0.137 0.083 0.023 0.001 176 F 0.253 0.197 0.196 0.191 0.118 0.041 0.003 177 K 0.407 0.260 0.165 0.121 0.038 0.008 0.001 178 N 0.573 0.212 0.108 0.066 0.032 0.007 0.001