# TARGET T0296 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0296.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.03749 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.042 0.007 0.001 0.018 0.009 0.019 0.142 0.003 0.001 0.052 0.708 2 L 0.023 0.002 0.001 0.036 0.030 0.059 0.181 0.005 0.001 0.074 0.589 3 S 0.015 0.003 0.001 0.056 0.048 0.099 0.161 0.002 0.001 0.068 0.547 4 L 0.026 0.003 0.001 0.061 0.048 0.066 0.119 0.001 0.001 0.053 0.621 5 A 0.016 0.003 0.001 0.040 0.061 0.075 0.180 0.002 0.001 0.056 0.566 6 P 0.025 0.013 0.001 0.023 0.019 0.030 0.176 0.004 0.001 0.036 0.672 7 T 0.161 0.031 0.004 0.017 0.018 0.023 0.143 0.018 0.003 0.072 0.511 8 P 0.193 0.028 0.002 0.010 0.007 0.011 0.096 0.010 0.001 0.066 0.575 9 A 0.168 0.054 0.003 0.011 0.006 0.014 0.102 0.004 0.001 0.068 0.569 10 V 0.059 0.208 0.003 0.012 0.006 0.012 0.080 0.003 0.001 0.057 0.559 11 G 0.044 0.565 0.001 0.004 0.007 0.009 0.049 0.004 0.001 0.039 0.279 12 D 0.019 0.715 0.001 0.006 0.008 0.010 0.037 0.003 0.001 0.042 0.160 13 S 0.006 0.880 0.001 0.003 0.004 0.005 0.015 0.001 0.001 0.033 0.052 14 V 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.009 15 A 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 16 R 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.006 17 V 0.008 0.931 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.030 0.016 18 L 0.029 0.098 0.396 0.002 0.002 0.002 0.012 0.012 0.249 0.158 0.040 19 E 0.557 0.102 0.007 0.002 0.002 0.003 0.040 0.021 0.006 0.068 0.191 20 E 0.060 0.020 0.004 0.005 0.001 0.005 0.069 0.003 0.005 0.042 0.786 21 M 0.025 0.013 0.004 0.022 0.003 0.012 0.152 0.001 0.001 0.059 0.708 22 G 0.008 0.016 0.003 0.046 0.018 0.073 0.106 0.003 0.001 0.132 0.594 23 L 0.036 0.006 0.002 0.016 0.021 0.027 0.109 0.003 0.001 0.062 0.717 24 E 0.046 0.008 0.001 0.134 0.048 0.077 0.092 0.004 0.001 0.127 0.462 25 T 0.040 0.008 0.001 0.044 0.020 0.045 0.114 0.001 0.001 0.082 0.644 26 V 0.013 0.005 0.002 0.107 0.038 0.078 0.146 0.005 0.001 0.045 0.561 27 G 0.138 0.037 0.002 0.062 0.027 0.045 0.114 0.005 0.001 0.123 0.446 28 T 0.054 0.035 0.002 0.056 0.022 0.033 0.102 0.004 0.001 0.269 0.422 29 H 0.030 0.253 0.003 0.022 0.014 0.028 0.088 0.006 0.001 0.085 0.470 30 G 0.028 0.622 0.003 0.009 0.014 0.017 0.039 0.007 0.001 0.066 0.195 31 T 0.010 0.864 0.001 0.003 0.005 0.007 0.012 0.002 0.001 0.039 0.057 32 T 0.011 0.911 0.001 0.002 0.004 0.006 0.006 0.002 0.001 0.024 0.034 33 A 0.004 0.956 0.002 0.002 0.002 0.003 0.004 0.002 0.001 0.009 0.017 34 A 0.006 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.008 0.011 35 L 0.016 0.638 0.002 0.005 0.004 0.004 0.010 0.002 0.001 0.286 0.034 36 A 0.009 0.690 0.005 0.006 0.002 0.003 0.017 0.002 0.001 0.217 0.047 37 L 0.018 0.866 0.011 0.004 0.002 0.002 0.013 0.009 0.002 0.034 0.041 38 L 0.009 0.926 0.003 0.002 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.004 0.041 39 N 0.026 0.881 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.014 0.063 40 D 0.024 0.659 0.015 0.003 0.001 0.001 0.017 0.009 0.007 0.148 0.116 41 Q 0.118 0.181 0.146 0.003 0.001 0.001 0.037 0.017 0.069 0.296 0.130 42 V 0.369 0.072 0.027 0.005 0.001 0.002 0.056 0.014 0.019 0.156 0.278 43 K 0.141 0.075 0.002 0.005 0.001 0.002 0.066 0.004 0.002 0.035 0.665 44 K 0.043 0.109 0.002 0.008 0.001 0.003 0.098 0.004 0.001 0.021 0.709 45 G 0.039 0.095 0.004 0.014 0.006 0.018 0.131 0.023 0.001 0.057 0.613 46 G 0.146 0.171 0.006 0.019 0.011 0.023 0.097 0.010 0.002 0.094 0.421 47 V 0.177 0.125 0.006 0.047 0.018 0.042 0.084 0.006 0.002 0.075 0.418 48 M 0.093 0.134 0.006 0.078 0.026 0.059 0.105 0.007 0.002 0.060 0.430 49 A 0.084 0.060 0.006 0.094 0.041 0.059 0.123 0.007 0.002 0.055 0.470 50 C 0.068 0.025 0.005 0.110 0.068 0.093 0.127 0.011 0.002 0.072 0.419 51 N 0.051 0.017 0.002 0.069 0.031 0.075 0.121 0.006 0.001 0.050 0.576 52 Q 0.060 0.014 0.002 0.124 0.051 0.099 0.105 0.006 0.001 0.091 0.448 53 V 0.033 0.005 0.003 0.084 0.049 0.080 0.131 0.002 0.001 0.081 0.532 54 G 0.009 0.002 0.003 0.113 0.079 0.151 0.127 0.002 0.001 0.057 0.456 55 G 0.150 0.013 0.002 0.080 0.066 0.106 0.120 0.006 0.002 0.097 0.359 56 L 0.123 0.008 0.004 0.090 0.028 0.061 0.169 0.006 0.002 0.116 0.395 57 S 0.024 0.008 0.001 0.069 0.034 0.115 0.145 0.005 0.001 0.080 0.517 58 G 0.021 0.003 0.001 0.086 0.061 0.140 0.146 0.002 0.001 0.066 0.473 59 A 0.006 0.003 0.001 0.115 0.180 0.196 0.092 0.001 0.001 0.036 0.371 60 F 0.010 0.004 0.001 0.099 0.093 0.129 0.087 0.001 0.001 0.053 0.523 61 I 0.006 0.003 0.001 0.057 0.164 0.104 0.109 0.002 0.001 0.053 0.502 62 P 0.040 0.073 0.002 0.092 0.047 0.086 0.127 0.012 0.001 0.055 0.465 63 V 0.164 0.173 0.003 0.043 0.014 0.020 0.069 0.011 0.002 0.124 0.378 64 S 0.087 0.134 0.020 0.029 0.008 0.011 0.089 0.004 0.007 0.280 0.331 65 E 0.021 0.576 0.002 0.005 0.003 0.005 0.043 0.005 0.001 0.059 0.281 66 D 0.033 0.908 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.017 0.031 67 E 0.008 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.016 0.028 68 G 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 69 M 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 70 I 0.006 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 0.007 71 A 0.015 0.533 0.004 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.414 0.022 72 A 0.038 0.178 0.201 0.004 0.001 0.001 0.017 0.010 0.059 0.439 0.054 73 V 0.287 0.086 0.046 0.008 0.001 0.002 0.059 0.022 0.023 0.273 0.193 74 Q 0.117 0.127 0.004 0.007 0.001 0.003 0.059 0.005 0.004 0.055 0.618 75 N 0.052 0.042 0.002 0.004 0.001 0.003 0.104 0.003 0.001 0.048 0.739 76 G 0.055 0.097 0.003 0.013 0.003 0.012 0.111 0.022 0.001 0.086 0.596 77 S 0.186 0.156 0.003 0.009 0.004 0.009 0.087 0.003 0.001 0.047 0.495 78 L 0.023 0.212 0.006 0.027 0.004 0.010 0.071 0.004 0.002 0.033 0.607 79 N 0.045 0.839 0.001 0.003 0.001 0.002 0.017 0.005 0.001 0.010 0.076 80 L 0.053 0.831 0.004 0.005 0.001 0.002 0.012 0.007 0.001 0.015 0.067 81 E 0.027 0.784 0.004 0.007 0.004 0.007 0.022 0.005 0.001 0.032 0.107 82 K 0.025 0.794 0.005 0.004 0.003 0.004 0.019 0.005 0.002 0.042 0.097 83 L 0.084 0.411 0.012 0.013 0.012 0.012 0.042 0.010 0.003 0.270 0.130 84 E 0.051 0.393 0.009 0.024 0.016 0.034 0.057 0.006 0.003 0.198 0.209 85 A 0.044 0.402 0.007 0.022 0.018 0.037 0.065 0.005 0.002 0.090 0.308 86 M 0.028 0.398 0.008 0.047 0.026 0.052 0.071 0.006 0.002 0.092 0.269 87 T 0.019 0.109 0.002 0.034 0.043 0.078 0.067 0.003 0.001 0.443 0.201 88 A 0.016 0.135 0.006 0.071 0.052 0.079 0.070 0.004 0.002 0.260 0.305 89 I 0.057 0.145 0.015 0.090 0.046 0.069 0.090 0.007 0.004 0.120 0.357 90 C 0.073 0.053 0.007 0.113 0.075 0.101 0.067 0.005 0.003 0.260 0.245 91 S 0.064 0.034 0.004 0.086 0.045 0.086 0.110 0.004 0.003 0.146 0.417 92 V 0.082 0.022 0.010 0.128 0.046 0.080 0.140 0.008 0.006 0.099 0.380 93 G 0.055 0.016 0.004 0.145 0.054 0.098 0.182 0.008 0.002 0.089 0.348 94 L 0.028 0.010 0.002 0.141 0.042 0.066 0.186 0.003 0.001 0.117 0.404 95 D 0.011 0.007 0.001 0.274 0.061 0.133 0.122 0.004 0.001 0.154 0.233 96 M 0.008 0.003 0.001 0.245 0.052 0.121 0.117 0.001 0.001 0.094 0.357 97 I 0.003 0.001 0.001 0.262 0.135 0.223 0.078 0.001 0.001 0.086 0.211 98 A 0.009 0.002 0.001 0.294 0.048 0.122 0.097 0.001 0.001 0.118 0.308 99 I 0.069 0.003 0.001 0.163 0.046 0.086 0.142 0.004 0.001 0.160 0.324 100 P 0.144 0.006 0.001 0.038 0.010 0.012 0.168 0.001 0.001 0.085 0.534 101 E 0.005 0.001 0.001 0.008 0.007 0.015 0.203 0.003 0.001 0.026 0.731 102 D 0.101 0.042 0.001 0.009 0.004 0.007 0.152 0.005 0.001 0.053 0.627 103 T 0.061 0.068 0.002 0.007 0.003 0.004 0.088 0.009 0.001 0.489 0.266 104 P 0.029 0.622 0.002 0.001 0.001 0.001 0.032 0.004 0.001 0.129 0.178 105 A 0.031 0.864 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.004 0.001 0.022 0.065 106 E 0.014 0.842 0.002 0.001 0.001 0.002 0.011 0.002 0.001 0.061 0.064 107 T 0.006 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.010 0.017 108 I 0.007 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.004 0.013 109 A 0.021 0.834 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.097 0.031 110 A 0.006 0.838 0.004 0.002 0.001 0.001 0.016 0.002 0.001 0.072 0.058 111 M 0.010 0.927 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.001 0.011 0.028 112 I 0.015 0.914 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.026 0.029 113 A 0.017 0.800 0.005 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 0.003 0.067 0.089 114 D 0.043 0.780 0.006 0.002 0.001 0.001 0.014 0.007 0.002 0.082 0.063 115 E 0.051 0.482 0.027 0.006 0.001 0.002 0.031 0.010 0.009 0.278 0.103 116 A 0.058 0.660 0.005 0.006 0.002 0.005 0.042 0.005 0.002 0.048 0.167 117 A 0.054 0.543 0.005 0.013 0.004 0.011 0.041 0.007 0.001 0.063 0.258 118 I 0.068 0.266 0.021 0.026 0.013 0.025 0.089 0.009 0.006 0.187 0.291 119 G 0.171 0.136 0.022 0.038 0.019 0.055 0.095 0.017 0.011 0.145 0.290 120 V 0.189 0.015 0.022 0.023 0.013 0.037 0.085 0.010 0.011 0.079 0.517 121 I 0.175 0.004 0.003 0.021 0.019 0.030 0.102 0.003 0.002 0.042 0.600 122 N 0.017 0.001 0.001 0.018 0.010 0.023 0.105 0.001 0.001 0.020 0.805 123 M 0.007 0.001 0.001 0.016 0.029 0.042 0.129 0.002 0.001 0.026 0.748 124 K 0.012 0.001 0.001 0.041 0.080 0.090 0.165 0.005 0.001 0.048 0.558 125 T 0.004 0.001 0.001 0.094 0.061 0.094 0.102 0.001 0.001 0.036 0.605 126 T 0.001 0.001 0.001 0.273 0.163 0.322 0.038 0.001 0.001 0.063 0.138 127 A 0.001 0.001 0.001 0.259 0.150 0.297 0.028 0.001 0.001 0.050 0.213 128 V 0.001 0.001 0.001 0.289 0.264 0.293 0.016 0.001 0.001 0.031 0.104 129 R 0.001 0.001 0.001 0.276 0.272 0.282 0.017 0.001 0.001 0.042 0.111 130 I 0.002 0.001 0.001 0.288 0.166 0.233 0.043 0.001 0.001 0.043 0.223 131 I 0.015 0.001 0.001 0.155 0.177 0.254 0.075 0.002 0.001 0.048 0.272 132 P 0.124 0.003 0.001 0.041 0.069 0.077 0.081 0.001 0.001 0.047 0.555 133 K 0.002 0.001 0.001 0.006 0.015 0.032 0.101 0.002 0.001 0.013 0.828 134 G 0.181 0.002 0.002 0.005 0.008 0.010 0.067 0.006 0.002 0.028 0.689 135 K 0.329 0.003 0.002 0.004 0.010 0.010 0.082 0.006 0.001 0.078 0.476 136 E 0.016 0.002 0.001 0.005 0.008 0.022 0.113 0.002 0.001 0.019 0.814 137 G 0.012 0.008 0.001 0.021 0.032 0.078 0.113 0.002 0.001 0.040 0.693 138 D 0.002 0.004 0.001 0.049 0.289 0.353 0.060 0.001 0.001 0.062 0.180 139 M 0.003 0.003 0.001 0.062 0.164 0.371 0.049 0.001 0.001 0.054 0.293 140 I 0.002 0.002 0.002 0.127 0.378 0.273 0.028 0.001 0.001 0.031 0.157 141 E 0.037 0.008 0.001 0.091 0.193 0.303 0.049 0.004 0.001 0.138 0.174 142 F 0.239 0.025 0.003 0.066 0.076 0.097 0.078 0.007 0.002 0.096 0.313 143 G 0.029 0.006 0.002 0.045 0.059 0.139 0.133 0.007 0.002 0.035 0.542 144 G 0.057 0.004 0.003 0.030 0.086 0.163 0.121 0.004 0.002 0.066 0.466 145 L 0.067 0.006 0.002 0.051 0.113 0.159 0.099 0.006 0.001 0.086 0.412 146 L 0.071 0.007 0.003 0.036 0.040 0.063 0.096 0.002 0.001 0.038 0.645 147 G 0.014 0.005 0.002 0.038 0.105 0.186 0.110 0.003 0.001 0.039 0.498 148 T 0.023 0.013 0.001 0.026 0.070 0.091 0.100 0.005 0.001 0.039 0.632 149 A 0.047 0.007 0.002 0.037 0.154 0.121 0.113 0.012 0.001 0.046 0.459 150 P 0.027 0.014 0.001 0.091 0.108 0.188 0.097 0.005 0.001 0.040 0.430 151 V 0.023 0.006 0.001 0.076 0.082 0.159 0.078 0.002 0.001 0.053 0.518 152 M 0.011 0.003 0.002 0.150 0.175 0.147 0.094 0.003 0.001 0.043 0.371 153 K 0.043 0.008 0.003 0.114 0.069 0.123 0.109 0.004 0.002 0.049 0.473 154 V 0.164 0.006 0.003 0.056 0.033 0.037 0.084 0.006 0.002 0.055 0.553 155 N 0.048 0.003 0.001 0.024 0.014 0.024 0.108 0.004 0.001 0.042 0.732 156 G 0.041 0.010 0.001 0.016 0.010 0.021 0.117 0.003 0.001 0.029 0.753 157 A 0.037 0.016 0.001 0.030 0.028 0.034 0.147 0.005 0.001 0.043 0.659 158 S 0.033 0.094 0.002 0.032 0.043 0.050 0.120 0.005 0.001 0.039 0.579 159 S 0.069 0.187 0.002 0.031 0.049 0.071 0.094 0.016 0.001 0.045 0.434 160 V 0.049 0.107 0.002 0.042 0.068 0.081 0.084 0.007 0.001 0.113 0.447 161 D 0.020 0.088 0.008 0.091 0.072 0.160 0.088 0.005 0.003 0.202 0.263 162 F 0.078 0.022 0.026 0.077 0.068 0.131 0.082 0.006 0.008 0.189 0.312 163 I 0.091 0.010 0.012 0.098 0.106 0.127 0.075 0.006 0.007 0.094 0.375 164 S 0.163 0.004 0.002 0.023 0.025 0.053 0.088 0.003 0.002 0.038 0.600 165 R 0.042 0.002 0.001 0.021 0.013 0.032 0.097 0.008 0.001 0.038 0.746 166 G 0.021 0.001 0.001 0.009 0.010 0.022 0.133 0.003 0.001 0.030 0.770 167 G 0.010 0.001 0.001 0.034 0.051 0.115 0.130 0.003 0.001 0.045 0.609 168 Q 0.023 0.002 0.001 0.035 0.031 0.040 0.097 0.001 0.001 0.041 0.729 169 I 0.008 0.001 0.001 0.038 0.114 0.099 0.113 0.005 0.001 0.036 0.585 170 P 0.072 0.017 0.001 0.030 0.019 0.025 0.115 0.003 0.001 0.035 0.683 171 A 0.075 0.007 0.001 0.029 0.060 0.065 0.140 0.018 0.001 0.077 0.527 172 P 0.039 0.030 0.002 0.041 0.019 0.042 0.134 0.005 0.001 0.038 0.648 173 I 0.159 0.040 0.006 0.045 0.044 0.078 0.101 0.010 0.002 0.059 0.457 174 H 0.095 0.016 0.003 0.057 0.082 0.097 0.113 0.007 0.001 0.080 0.450 175 S 0.042 0.010 0.002 0.044 0.028 0.071 0.125 0.002 0.001 0.043 0.631 176 F 0.092 0.012 0.004 0.049 0.042 0.053 0.113 0.003 0.001 0.053 0.577 177 K 0.048 0.008 0.001 0.020 0.023 0.032 0.137 0.004 0.001 0.035 0.689 178 N 0.065 0.012 0.001 0.014 0.018 0.027 0.127 0.007 0.001 0.036 0.692