# TARGET T0296 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0296.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.03749 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.238 0.144 0.055 0.131 0.119 0.096 0.078 0.054 0.046 0.026 0.014 2 L 0.045 0.040 0.016 0.068 0.085 0.105 0.161 0.142 0.137 0.110 0.092 3 S 0.048 0.062 0.045 0.113 0.111 0.109 0.135 0.117 0.117 0.082 0.062 4 L 0.012 0.016 0.023 0.058 0.065 0.078 0.143 0.138 0.158 0.163 0.146 5 A 0.026 0.028 0.033 0.072 0.086 0.097 0.152 0.134 0.143 0.125 0.104 6 P 0.029 0.039 0.030 0.092 0.081 0.084 0.149 0.127 0.145 0.124 0.100 7 T 0.061 0.066 0.030 0.084 0.095 0.098 0.146 0.133 0.121 0.096 0.071 8 P 0.155 0.116 0.037 0.116 0.103 0.093 0.113 0.086 0.079 0.056 0.044 9 A 0.367 0.241 0.053 0.143 0.087 0.047 0.029 0.015 0.010 0.005 0.003 10 V 0.159 0.125 0.029 0.100 0.115 0.110 0.117 0.085 0.077 0.051 0.032 11 G 0.197 0.135 0.038 0.130 0.119 0.111 0.105 0.063 0.054 0.029 0.018 12 D 0.143 0.097 0.072 0.206 0.144 0.113 0.098 0.056 0.038 0.023 0.012 13 S 0.010 0.025 0.022 0.051 0.075 0.101 0.175 0.180 0.150 0.124 0.087 14 V 0.003 0.012 0.013 0.035 0.040 0.062 0.120 0.159 0.212 0.173 0.170 15 A 0.005 0.007 0.018 0.037 0.062 0.104 0.184 0.163 0.185 0.144 0.091 16 R 0.018 0.034 0.072 0.236 0.231 0.157 0.135 0.069 0.028 0.014 0.005 17 V 0.001 0.001 0.004 0.008 0.009 0.016 0.071 0.124 0.257 0.286 0.223 18 L 0.001 0.002 0.010 0.008 0.015 0.026 0.083 0.131 0.246 0.272 0.206 19 E 0.006 0.025 0.174 0.145 0.164 0.164 0.177 0.061 0.044 0.030 0.012 20 E 0.018 0.047 0.209 0.195 0.151 0.158 0.139 0.049 0.020 0.011 0.004 21 M 0.026 0.025 0.032 0.049 0.046 0.086 0.235 0.193 0.144 0.106 0.059 22 G 0.157 0.146 0.083 0.129 0.098 0.099 0.116 0.078 0.050 0.028 0.015 23 L 0.092 0.075 0.089 0.117 0.124 0.126 0.136 0.078 0.072 0.053 0.036 24 E 0.205 0.149 0.131 0.187 0.129 0.082 0.062 0.023 0.018 0.010 0.006 25 T 0.098 0.088 0.059 0.162 0.116 0.106 0.152 0.084 0.064 0.045 0.027 26 V 0.036 0.032 0.023 0.043 0.049 0.070 0.138 0.158 0.162 0.156 0.133 27 G 0.089 0.110 0.060 0.132 0.120 0.121 0.118 0.094 0.076 0.047 0.034 28 T 0.132 0.133 0.092 0.162 0.132 0.106 0.086 0.055 0.049 0.033 0.020 29 H 0.119 0.088 0.035 0.121 0.113 0.115 0.136 0.090 0.081 0.059 0.043 30 G 0.060 0.078 0.025 0.101 0.100 0.109 0.148 0.116 0.119 0.084 0.060 31 T 0.017 0.032 0.021 0.073 0.079 0.103 0.158 0.132 0.151 0.127 0.107 32 T 0.017 0.024 0.028 0.088 0.104 0.131 0.187 0.132 0.125 0.095 0.069 33 A 0.011 0.018 0.030 0.102 0.104 0.114 0.194 0.142 0.123 0.096 0.066 34 A 0.001 0.003 0.006 0.013 0.020 0.030 0.090 0.140 0.232 0.253 0.213 35 L 0.001 0.001 0.005 0.011 0.021 0.039 0.120 0.145 0.238 0.224 0.195 36 A 0.010 0.010 0.094 0.086 0.097 0.104 0.181 0.132 0.128 0.100 0.056 37 L 0.002 0.009 0.031 0.088 0.110 0.145 0.278 0.155 0.092 0.057 0.034 38 L 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.007 0.042 0.094 0.235 0.314 0.297 39 N 0.013 0.021 0.033 0.099 0.176 0.205 0.243 0.107 0.055 0.032 0.015 40 D 0.183 0.099 0.396 0.150 0.078 0.046 0.024 0.011 0.008 0.004 0.001 41 Q 0.038 0.046 0.039 0.133 0.140 0.167 0.247 0.106 0.050 0.023 0.012 42 V 0.004 0.005 0.005 0.006 0.008 0.018 0.085 0.132 0.225 0.255 0.256 43 K 0.044 0.089 0.151 0.250 0.188 0.123 0.091 0.030 0.017 0.011 0.006 44 K 0.097 0.112 0.311 0.198 0.124 0.082 0.043 0.018 0.009 0.005 0.002 45 G 0.040 0.031 0.028 0.064 0.084 0.128 0.198 0.165 0.136 0.082 0.046 46 G 0.019 0.019 0.012 0.033 0.040 0.073 0.165 0.177 0.198 0.144 0.120 47 V 0.020 0.031 0.067 0.098 0.094 0.096 0.142 0.118 0.130 0.113 0.092 48 M 0.016 0.028 0.071 0.098 0.102 0.113 0.181 0.114 0.106 0.093 0.079 49 A 0.021 0.032 0.041 0.089 0.085 0.095 0.163 0.129 0.140 0.119 0.086 50 C 0.022 0.029 0.025 0.070 0.074 0.093 0.170 0.138 0.149 0.134 0.096 51 N 0.060 0.064 0.054 0.124 0.114 0.117 0.148 0.097 0.095 0.074 0.051 52 Q 0.060 0.076 0.058 0.149 0.137 0.130 0.149 0.085 0.072 0.053 0.031 53 V 0.041 0.036 0.028 0.073 0.086 0.108 0.169 0.137 0.139 0.111 0.072 54 G 0.040 0.031 0.027 0.059 0.066 0.088 0.145 0.136 0.153 0.135 0.121 55 G 0.032 0.061 0.035 0.108 0.110 0.116 0.159 0.125 0.106 0.081 0.066 56 L 0.011 0.017 0.013 0.036 0.040 0.050 0.108 0.123 0.166 0.201 0.235 57 S 0.042 0.046 0.019 0.082 0.097 0.105 0.153 0.124 0.130 0.110 0.093 58 G 0.118 0.116 0.056 0.198 0.170 0.117 0.081 0.051 0.051 0.028 0.015 59 A 0.006 0.006 0.004 0.019 0.032 0.055 0.136 0.131 0.199 0.213 0.198 60 F 0.012 0.020 0.012 0.066 0.078 0.086 0.158 0.158 0.160 0.134 0.116 61 I 0.001 0.002 0.006 0.010 0.014 0.024 0.075 0.115 0.208 0.263 0.281 62 P 0.010 0.022 0.035 0.070 0.097 0.112 0.161 0.160 0.137 0.106 0.092 63 V 0.006 0.007 0.011 0.030 0.041 0.058 0.140 0.138 0.215 0.188 0.165 64 S 0.082 0.048 0.060 0.112 0.088 0.087 0.140 0.099 0.113 0.093 0.078 65 E 0.012 0.052 0.023 0.090 0.103 0.123 0.209 0.135 0.121 0.079 0.053 66 D 0.012 0.024 0.019 0.047 0.053 0.091 0.197 0.153 0.164 0.132 0.109 67 E 0.172 0.093 0.087 0.216 0.160 0.107 0.089 0.038 0.021 0.012 0.005 68 G 0.143 0.128 0.127 0.201 0.163 0.111 0.069 0.035 0.017 0.006 0.002 69 M 0.002 0.004 0.008 0.009 0.010 0.019 0.071 0.115 0.248 0.261 0.254 70 I 0.005 0.010 0.026 0.046 0.112 0.184 0.299 0.137 0.095 0.060 0.028 71 A 0.022 0.034 0.593 0.209 0.071 0.034 0.022 0.007 0.004 0.003 0.001 72 A 0.009 0.020 0.088 0.122 0.116 0.183 0.298 0.104 0.037 0.018 0.006 73 V 0.001 0.002 0.007 0.005 0.006 0.015 0.087 0.137 0.222 0.283 0.236 74 Q 0.066 0.124 0.154 0.257 0.171 0.108 0.080 0.024 0.009 0.005 0.002 75 N 0.179 0.143 0.381 0.146 0.084 0.040 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 76 G 0.196 0.095 0.077 0.112 0.106 0.121 0.162 0.062 0.042 0.018 0.008 77 S 0.301 0.127 0.056 0.149 0.115 0.084 0.076 0.049 0.026 0.012 0.004 78 L 0.028 0.017 0.027 0.021 0.034 0.071 0.137 0.205 0.197 0.150 0.114 79 N 0.036 0.348 0.126 0.238 0.124 0.069 0.032 0.018 0.006 0.002 0.001 80 L 0.004 0.005 0.007 0.015 0.023 0.050 0.140 0.133 0.188 0.222 0.213 81 E 0.462 0.159 0.094 0.162 0.079 0.026 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 82 K 0.070 0.113 0.052 0.257 0.202 0.155 0.092 0.037 0.016 0.004 0.001 83 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.024 0.060 0.186 0.316 0.405 84 E 0.011 0.034 0.064 0.162 0.209 0.207 0.195 0.065 0.031 0.015 0.006 85 A 0.006 0.026 0.402 0.162 0.096 0.084 0.083 0.053 0.040 0.034 0.015 86 M 0.002 0.004 0.016 0.023 0.038 0.093 0.265 0.185 0.150 0.125 0.098 87 T 0.019 0.019 0.031 0.052 0.055 0.081 0.159 0.174 0.190 0.143 0.078 88 A 0.008 0.014 0.039 0.062 0.075 0.099 0.176 0.145 0.147 0.132 0.103 89 I 0.017 0.028 0.047 0.069 0.074 0.090 0.152 0.131 0.146 0.126 0.120 90 C 0.006 0.009 0.008 0.025 0.034 0.055 0.134 0.145 0.196 0.205 0.182 91 S 0.049 0.073 0.049 0.131 0.126 0.120 0.135 0.102 0.092 0.068 0.054 92 V 0.012 0.015 0.010 0.040 0.052 0.079 0.155 0.134 0.176 0.167 0.158 93 G 0.050 0.060 0.028 0.113 0.117 0.110 0.137 0.115 0.117 0.089 0.065 94 L 0.003 0.005 0.004 0.020 0.027 0.041 0.109 0.115 0.189 0.227 0.258 95 D 0.008 0.014 0.014 0.049 0.069 0.086 0.164 0.141 0.166 0.152 0.137 96 M 0.004 0.006 0.012 0.042 0.050 0.059 0.137 0.129 0.185 0.198 0.178 97 I 0.006 0.006 0.012 0.024 0.038 0.054 0.134 0.148 0.199 0.203 0.175 98 A 0.006 0.012 0.014 0.045 0.051 0.057 0.136 0.159 0.183 0.173 0.165 99 I 0.006 0.008 0.009 0.019 0.029 0.044 0.123 0.153 0.204 0.206 0.200 100 P 0.142 0.104 0.073 0.157 0.141 0.102 0.103 0.062 0.056 0.035 0.026 101 E 0.272 0.143 0.073 0.165 0.124 0.084 0.072 0.028 0.022 0.011 0.005 102 D 0.327 0.138 0.041 0.110 0.086 0.071 0.090 0.056 0.041 0.025 0.014 103 T 0.161 0.140 0.027 0.090 0.086 0.099 0.148 0.104 0.069 0.042 0.034 104 P 0.236 0.336 0.101 0.136 0.086 0.049 0.027 0.015 0.009 0.004 0.002 105 A 0.278 0.133 0.078 0.158 0.137 0.097 0.062 0.027 0.017 0.008 0.004 106 E 0.505 0.132 0.080 0.116 0.074 0.045 0.026 0.012 0.007 0.003 0.001 107 T 0.025 0.060 0.041 0.149 0.147 0.142 0.184 0.117 0.074 0.041 0.020 108 I 0.001 0.002 0.007 0.007 0.012 0.029 0.091 0.131 0.218 0.253 0.250 109 A 0.008 0.020 0.115 0.166 0.186 0.191 0.164 0.069 0.045 0.025 0.011 110 A 0.005 0.014 0.115 0.149 0.154 0.177 0.198 0.100 0.049 0.028 0.010 111 M 0.001 0.001 0.004 0.005 0.006 0.012 0.061 0.114 0.226 0.287 0.285 112 I 0.001 0.001 0.005 0.005 0.010 0.023 0.093 0.184 0.248 0.242 0.187 113 A 0.006 0.023 0.136 0.104 0.122 0.123 0.145 0.117 0.102 0.073 0.050 114 D 0.010 0.026 0.065 0.093 0.124 0.180 0.222 0.111 0.087 0.051 0.031 115 E 0.032 0.028 0.031 0.090 0.088 0.111 0.196 0.125 0.140 0.101 0.058 116 A 0.019 0.022 0.028 0.083 0.076 0.101 0.228 0.131 0.129 0.107 0.077 117 A 0.007 0.013 0.028 0.057 0.065 0.088 0.201 0.160 0.150 0.133 0.097 118 I 0.008 0.010 0.032 0.034 0.044 0.064 0.144 0.153 0.186 0.178 0.147 119 G 0.041 0.052 0.101 0.133 0.126 0.123 0.156 0.099 0.081 0.053 0.035 120 V 0.041 0.052 0.064 0.104 0.100 0.102 0.164 0.111 0.114 0.087 0.062 121 I 0.072 0.063 0.037 0.083 0.089 0.104 0.176 0.122 0.113 0.082 0.057 122 N 0.211 0.176 0.091 0.186 0.121 0.083 0.064 0.030 0.021 0.011 0.006 123 M 0.156 0.120 0.090 0.144 0.117 0.111 0.113 0.059 0.045 0.029 0.016 124 K 0.102 0.113 0.057 0.142 0.136 0.128 0.131 0.080 0.057 0.034 0.020 125 T 0.038 0.038 0.033 0.080 0.083 0.121 0.183 0.136 0.128 0.093 0.066 126 T 0.019 0.044 0.046 0.133 0.146 0.141 0.169 0.113 0.081 0.063 0.046 127 A 0.003 0.007 0.011 0.036 0.048 0.070 0.151 0.141 0.186 0.185 0.163 128 V 0.002 0.003 0.008 0.019 0.027 0.038 0.099 0.119 0.213 0.240 0.232 129 R 0.002 0.003 0.009 0.035 0.064 0.086 0.207 0.183 0.168 0.141 0.102 130 I 0.001 0.001 0.006 0.008 0.010 0.012 0.042 0.091 0.205 0.290 0.334 131 I 0.002 0.002 0.004 0.007 0.017 0.032 0.101 0.176 0.233 0.218 0.208 132 P 0.031 0.043 0.055 0.082 0.083 0.082 0.127 0.128 0.144 0.114 0.110 133 K 0.091 0.100 0.039 0.132 0.145 0.146 0.157 0.079 0.057 0.031 0.022 134 G 0.363 0.164 0.033 0.092 0.075 0.062 0.066 0.048 0.049 0.030 0.019 135 K 0.281 0.166 0.025 0.127 0.098 0.085 0.091 0.047 0.037 0.024 0.019 136 E 0.292 0.205 0.048 0.127 0.103 0.075 0.061 0.036 0.028 0.016 0.009 137 G 0.107 0.076 0.040 0.113 0.111 0.112 0.136 0.094 0.086 0.067 0.059 138 D 0.127 0.122 0.069 0.153 0.132 0.114 0.116 0.065 0.052 0.031 0.019 139 M 0.039 0.041 0.044 0.127 0.111 0.105 0.148 0.106 0.109 0.097 0.072 140 I 0.023 0.019 0.025 0.040 0.050 0.073 0.151 0.135 0.170 0.171 0.144 141 E 0.049 0.106 0.065 0.224 0.167 0.120 0.112 0.071 0.043 0.027 0.016 142 F 0.009 0.012 0.011 0.020 0.030 0.050 0.115 0.148 0.190 0.221 0.194 143 G 0.218 0.155 0.055 0.170 0.141 0.095 0.066 0.043 0.032 0.016 0.009 144 G 0.138 0.085 0.053 0.118 0.112 0.105 0.112 0.077 0.092 0.066 0.042 145 L 0.058 0.064 0.024 0.097 0.107 0.113 0.168 0.119 0.103 0.082 0.065 146 L 0.028 0.036 0.017 0.064 0.063 0.077 0.147 0.142 0.158 0.142 0.126 147 G 0.045 0.056 0.051 0.095 0.100 0.104 0.135 0.112 0.115 0.104 0.085 148 T 0.089 0.120 0.057 0.200 0.163 0.120 0.101 0.065 0.045 0.026 0.014 149 A 0.014 0.011 0.006 0.022 0.034 0.055 0.120 0.139 0.197 0.205 0.196 150 P 0.071 0.121 0.035 0.170 0.133 0.102 0.126 0.088 0.072 0.048 0.034 151 V 0.026 0.032 0.026 0.095 0.102 0.098 0.154 0.126 0.137 0.121 0.081 152 M 0.042 0.023 0.029 0.048 0.063 0.076 0.141 0.128 0.159 0.160 0.130 153 K 0.101 0.172 0.061 0.295 0.182 0.089 0.056 0.026 0.012 0.005 0.002 154 V 0.004 0.004 0.003 0.005 0.009 0.021 0.071 0.129 0.212 0.274 0.268 155 N 0.213 0.217 0.062 0.185 0.131 0.079 0.057 0.027 0.015 0.007 0.005 156 G 0.326 0.212 0.110 0.157 0.092 0.047 0.027 0.014 0.010 0.004 0.001 157 A 0.281 0.104 0.035 0.076 0.090 0.098 0.107 0.087 0.058 0.037 0.026 158 S 0.258 0.311 0.038 0.134 0.089 0.066 0.049 0.028 0.017 0.006 0.003 159 S 0.103 0.122 0.077 0.157 0.128 0.108 0.107 0.069 0.060 0.042 0.025 160 V 0.139 0.082 0.093 0.151 0.152 0.133 0.116 0.053 0.041 0.025 0.016 161 D 0.092 0.088 0.108 0.264 0.169 0.117 0.093 0.037 0.020 0.008 0.003 162 F 0.003 0.005 0.016 0.021 0.022 0.033 0.105 0.137 0.186 0.248 0.224 163 I 0.006 0.010 0.019 0.026 0.041 0.072 0.165 0.193 0.189 0.156 0.122 164 S 0.040 0.091 0.221 0.203 0.143 0.099 0.077 0.050 0.037 0.025 0.014 165 R 0.048 0.056 0.050 0.103 0.127 0.159 0.185 0.113 0.076 0.052 0.030 166 G 0.239 0.135 0.045 0.119 0.101 0.082 0.080 0.068 0.069 0.039 0.023 167 G 0.078 0.049 0.016 0.072 0.078 0.106 0.179 0.131 0.126 0.096 0.070 168 Q 0.100 0.128 0.067 0.170 0.140 0.099 0.089 0.068 0.058 0.044 0.036 169 I 0.009 0.014 0.010 0.030 0.041 0.066 0.155 0.144 0.181 0.184 0.168 170 P 0.110 0.120 0.056 0.197 0.159 0.108 0.086 0.067 0.047 0.031 0.019 171 A 0.018 0.014 0.009 0.028 0.040 0.066 0.134 0.150 0.196 0.187 0.158 172 P 0.082 0.174 0.038 0.195 0.154 0.101 0.089 0.070 0.051 0.028 0.018 173 I 0.007 0.005 0.004 0.014 0.021 0.035 0.102 0.117 0.214 0.241 0.238 174 H 0.211 0.131 0.097 0.204 0.139 0.077 0.065 0.030 0.023 0.014 0.009 175 S 0.081 0.125 0.075 0.238 0.161 0.110 0.107 0.051 0.031 0.015 0.006 176 F 0.014 0.011 0.009 0.014 0.021 0.040 0.116 0.158 0.202 0.217 0.199 177 K 0.232 0.217 0.084 0.203 0.125 0.069 0.041 0.016 0.009 0.003 0.002 178 N 0.260 0.166 0.200 0.151 0.095 0.057 0.034 0.018 0.012 0.006 0.002