# TARGET T0296 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0296.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.03749 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.020 0.002 0.001 0.035 0.035 0.056 0.070 0.001 0.001 0.003 0.777 2 L 0.064 0.002 0.004 0.047 0.042 0.073 0.082 0.001 0.001 0.010 0.675 3 S 0.053 0.003 0.002 0.076 0.067 0.069 0.172 0.001 0.001 0.005 0.553 4 L 0.045 0.002 0.003 0.042 0.016 0.034 0.064 0.001 0.001 0.005 0.789 5 A 0.071 0.003 0.002 0.157 0.080 0.154 0.180 0.001 0.001 0.006 0.346 6 P 0.006 0.001 0.001 0.012 0.004 0.008 0.014 0.001 0.001 0.001 0.954 7 T 0.021 0.001 0.001 0.073 0.049 0.126 0.176 0.001 0.001 0.003 0.550 8 P 0.005 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.977 9 A 0.026 0.005 0.001 0.029 0.019 0.036 0.308 0.001 0.001 0.006 0.571 10 V 0.215 0.013 0.001 0.017 0.013 0.026 0.227 0.001 0.001 0.014 0.473 11 G 0.357 0.130 0.002 0.040 0.011 0.019 0.092 0.004 0.001 0.009 0.338 12 D 0.204 0.126 0.016 0.014 0.005 0.016 0.112 0.001 0.001 0.011 0.496 13 S 0.038 0.098 0.002 0.011 0.008 0.008 0.116 0.003 0.001 0.001 0.714 14 V 0.044 0.385 0.004 0.013 0.009 0.016 0.083 0.003 0.001 0.003 0.440 15 A 0.015 0.764 0.002 0.007 0.008 0.020 0.046 0.002 0.001 0.003 0.134 16 R 0.011 0.794 0.001 0.001 0.003 0.008 0.073 0.002 0.001 0.002 0.105 17 V 0.025 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.053 18 L 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 19 E 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 20 E 0.056 0.913 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.016 21 M 0.111 0.769 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.001 0.001 0.021 22 G 0.453 0.247 0.042 0.002 0.002 0.001 0.005 0.129 0.001 0.002 0.117 23 L 0.009 0.017 0.819 0.003 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.142 24 E 0.006 0.013 0.005 0.095 0.035 0.035 0.056 0.006 0.001 0.001 0.747 25 T 0.246 0.017 0.008 0.078 0.010 0.015 0.046 0.002 0.001 0.004 0.573 26 V 0.076 0.062 0.006 0.216 0.032 0.057 0.097 0.003 0.001 0.004 0.446 27 G 0.049 0.022 0.004 0.165 0.034 0.055 0.156 0.002 0.001 0.007 0.507 28 T 0.077 0.019 0.004 0.065 0.010 0.021 0.128 0.001 0.001 0.006 0.670 29 H 0.026 0.015 0.003 0.031 0.007 0.013 0.077 0.001 0.001 0.004 0.824 30 G 0.098 0.025 0.005 0.032 0.015 0.023 0.263 0.002 0.001 0.022 0.514 31 T 0.133 0.069 0.006 0.011 0.007 0.011 0.300 0.002 0.001 0.010 0.452 32 T 0.023 0.258 0.002 0.011 0.006 0.008 0.082 0.002 0.001 0.003 0.605 33 A 0.019 0.492 0.002 0.003 0.004 0.008 0.115 0.001 0.001 0.006 0.350 34 A 0.012 0.768 0.001 0.002 0.009 0.022 0.107 0.004 0.001 0.004 0.069 35 L 0.010 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 36 A 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 37 L 0.017 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.009 38 L 0.030 0.943 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.008 39 N 0.005 0.959 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.014 40 D 0.012 0.828 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.144 41 Q 0.029 0.864 0.005 0.001 0.001 0.001 0.035 0.011 0.001 0.001 0.053 42 V 0.041 0.864 0.005 0.002 0.002 0.004 0.024 0.028 0.001 0.003 0.027 43 K 0.018 0.954 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.013 44 K 0.019 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.043 45 G 0.203 0.607 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.077 0.001 0.001 0.104 46 G 0.251 0.464 0.110 0.006 0.006 0.006 0.011 0.031 0.001 0.002 0.113 47 V 0.034 0.294 0.151 0.037 0.040 0.062 0.049 0.019 0.001 0.001 0.312 48 M 0.055 0.192 0.010 0.145 0.083 0.149 0.047 0.009 0.001 0.002 0.307 49 A 0.074 0.176 0.008 0.088 0.062 0.090 0.065 0.006 0.001 0.004 0.428 50 C 0.062 0.171 0.013 0.120 0.076 0.124 0.070 0.006 0.001 0.005 0.354 51 N 0.039 0.083 0.009 0.105 0.080 0.145 0.076 0.005 0.001 0.006 0.453 52 Q 0.057 0.061 0.005 0.084 0.122 0.149 0.104 0.005 0.001 0.009 0.402 53 V 0.097 0.068 0.013 0.051 0.078 0.115 0.096 0.005 0.001 0.009 0.469 54 G 0.047 0.065 0.009 0.087 0.122 0.155 0.091 0.005 0.001 0.005 0.413 55 G 0.061 0.044 0.007 0.047 0.098 0.129 0.107 0.003 0.001 0.008 0.497 56 L 0.051 0.048 0.012 0.048 0.112 0.184 0.090 0.002 0.001 0.008 0.445 57 S 0.029 0.029 0.002 0.084 0.113 0.148 0.110 0.002 0.001 0.004 0.478 58 G 0.093 0.017 0.005 0.054 0.065 0.090 0.078 0.003 0.001 0.014 0.581 59 A 0.119 0.032 0.018 0.121 0.127 0.217 0.126 0.003 0.001 0.015 0.221 60 F 0.039 0.032 0.015 0.137 0.117 0.253 0.076 0.004 0.001 0.008 0.319 61 I 0.024 0.020 0.007 0.193 0.193 0.305 0.047 0.002 0.001 0.003 0.206 62 P 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.963 63 V 0.015 0.007 0.003 0.140 0.068 0.199 0.145 0.001 0.001 0.006 0.417 64 S 0.066 0.027 0.002 0.062 0.024 0.069 0.186 0.001 0.001 0.007 0.555 65 E 0.031 0.151 0.001 0.066 0.043 0.054 0.164 0.003 0.001 0.006 0.482 66 D 0.094 0.169 0.004 0.008 0.005 0.013 0.282 0.001 0.001 0.013 0.412 67 E 0.048 0.277 0.002 0.004 0.003 0.005 0.351 0.005 0.001 0.010 0.296 68 G 0.036 0.567 0.007 0.001 0.001 0.002 0.151 0.003 0.001 0.012 0.219 69 M 0.008 0.914 0.007 0.001 0.001 0.002 0.031 0.001 0.001 0.001 0.034 70 I 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 71 A 0.014 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.023 72 A 0.016 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 73 V 0.011 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.007 74 Q 0.029 0.923 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.019 75 N 0.043 0.796 0.007 0.002 0.002 0.003 0.003 0.099 0.001 0.001 0.045 76 G 0.397 0.348 0.015 0.002 0.001 0.001 0.005 0.123 0.001 0.001 0.107 77 S 0.172 0.181 0.475 0.003 0.001 0.001 0.029 0.009 0.001 0.004 0.125 78 L 0.019 0.158 0.158 0.061 0.025 0.027 0.106 0.011 0.001 0.002 0.433 79 N 0.079 0.084 0.007 0.030 0.007 0.012 0.220 0.005 0.001 0.005 0.550 80 L 0.095 0.161 0.024 0.038 0.007 0.015 0.060 0.002 0.001 0.006 0.591 81 E 0.018 0.193 0.003 0.023 0.009 0.015 0.200 0.002 0.001 0.004 0.534 82 K 0.057 0.150 0.001 0.014 0.010 0.015 0.276 0.011 0.001 0.015 0.452 83 L 0.055 0.747 0.003 0.008 0.006 0.008 0.018 0.003 0.001 0.002 0.149 84 E 0.018 0.803 0.001 0.006 0.012 0.021 0.049 0.016 0.001 0.004 0.070 85 A 0.040 0.866 0.002 0.002 0.005 0.012 0.007 0.018 0.001 0.001 0.048 86 M 0.045 0.895 0.002 0.003 0.004 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 0.018 87 T 0.060 0.829 0.016 0.005 0.009 0.009 0.004 0.029 0.001 0.001 0.038 88 A 0.087 0.397 0.069 0.043 0.048 0.050 0.013 0.049 0.001 0.002 0.242 89 I 0.054 0.263 0.066 0.164 0.100 0.148 0.055 0.015 0.001 0.002 0.133 90 C 0.026 0.161 0.015 0.295 0.135 0.198 0.042 0.008 0.001 0.003 0.116 91 S 0.036 0.157 0.012 0.199 0.123 0.188 0.057 0.005 0.001 0.003 0.219 92 V 0.024 0.075 0.006 0.190 0.121 0.187 0.070 0.006 0.001 0.005 0.316 93 G 0.058 0.029 0.006 0.113 0.109 0.168 0.103 0.006 0.001 0.015 0.392 94 L 0.045 0.026 0.033 0.160 0.159 0.228 0.086 0.003 0.001 0.015 0.244 95 D 0.016 0.016 0.003 0.197 0.215 0.244 0.078 0.003 0.001 0.004 0.224 96 M 0.039 0.010 0.006 0.182 0.191 0.253 0.043 0.002 0.001 0.006 0.268 97 I 0.019 0.009 0.003 0.201 0.227 0.352 0.063 0.002 0.001 0.003 0.120 98 A 0.019 0.007 0.011 0.231 0.147 0.237 0.053 0.002 0.001 0.005 0.288 99 I 0.010 0.003 0.003 0.230 0.197 0.206 0.104 0.001 0.001 0.002 0.243 100 P 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.966 101 E 0.007 0.001 0.001 0.074 0.016 0.063 0.282 0.001 0.001 0.006 0.551 102 D 0.245 0.002 0.001 0.021 0.004 0.009 0.143 0.001 0.001 0.027 0.547 103 T 0.248 0.013 0.002 0.022 0.004 0.005 0.173 0.001 0.001 0.006 0.525 104 P 0.022 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 0.051 0.001 0.001 0.001 0.914 105 A 0.027 0.024 0.001 0.007 0.002 0.006 0.167 0.001 0.001 0.005 0.761 106 E 0.035 0.082 0.001 0.003 0.003 0.007 0.281 0.001 0.001 0.004 0.584 107 T 0.061 0.538 0.001 0.002 0.003 0.002 0.063 0.003 0.001 0.001 0.326 108 I 0.011 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.032 109 A 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.018 110 A 0.011 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 111 M 0.010 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 112 I 0.012 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 113 A 0.006 0.977 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 114 D 0.010 0.935 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.046 115 E 0.019 0.933 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 0.027 116 A 0.015 0.934 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.001 0.001 0.023 117 A 0.010 0.952 0.011 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.001 0.001 0.013 118 I 0.008 0.969 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.010 119 G 0.041 0.888 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 0.044 120 V 0.066 0.784 0.057 0.004 0.008 0.009 0.005 0.017 0.001 0.001 0.050 121 I 0.062 0.563 0.019 0.035 0.040 0.063 0.017 0.070 0.001 0.002 0.130 122 N 0.098 0.256 0.037 0.044 0.050 0.059 0.038 0.058 0.001 0.004 0.356 123 M 0.121 0.094 0.030 0.039 0.046 0.054 0.056 0.025 0.001 0.009 0.525 124 K 0.115 0.038 0.032 0.054 0.051 0.062 0.154 0.012 0.001 0.012 0.469 125 T 0.059 0.009 0.018 0.042 0.025 0.039 0.071 0.003 0.001 0.008 0.727 126 T 0.048 0.008 0.011 0.154 0.213 0.183 0.103 0.001 0.001 0.009 0.270 127 A 0.046 0.006 0.006 0.183 0.140 0.192 0.102 0.001 0.001 0.007 0.317 128 V 0.007 0.002 0.003 0.209 0.255 0.367 0.026 0.001 0.001 0.002 0.128 129 R 0.001 0.001 0.001 0.214 0.286 0.430 0.020 0.001 0.001 0.001 0.047 130 I 0.004 0.001 0.001 0.146 0.217 0.378 0.024 0.001 0.001 0.002 0.226 131 I 0.003 0.001 0.001 0.154 0.374 0.345 0.021 0.001 0.001 0.001 0.100 132 P 0.001 0.001 0.001 0.015 0.029 0.052 0.012 0.001 0.001 0.001 0.891 133 K 0.002 0.001 0.001 0.050 0.102 0.266 0.104 0.001 0.001 0.004 0.472 134 G 0.037 0.001 0.001 0.019 0.026 0.050 0.090 0.001 0.001 0.015 0.762 135 K 0.109 0.004 0.001 0.013 0.022 0.023 0.198 0.001 0.001 0.017 0.613 136 E 0.085 0.003 0.001 0.010 0.010 0.013 0.156 0.001 0.001 0.012 0.709 137 G 0.168 0.009 0.004 0.018 0.026 0.035 0.154 0.001 0.001 0.021 0.564 138 D 0.113 0.011 0.007 0.016 0.066 0.083 0.264 0.001 0.001 0.015 0.423 139 M 0.017 0.009 0.004 0.017 0.059 0.104 0.090 0.001 0.001 0.003 0.697 140 I 0.012 0.011 0.001 0.073 0.270 0.402 0.068 0.001 0.001 0.003 0.160 141 E 0.020 0.030 0.001 0.050 0.142 0.251 0.123 0.001 0.001 0.005 0.376 142 F 0.026 0.071 0.002 0.075 0.170 0.287 0.093 0.002 0.001 0.005 0.269 143 G 0.041 0.066 0.002 0.076 0.096 0.183 0.117 0.004 0.001 0.007 0.407 144 G 0.095 0.051 0.004 0.040 0.081 0.079 0.163 0.008 0.001 0.022 0.458 145 L 0.188 0.076 0.040 0.033 0.042 0.058 0.135 0.004 0.001 0.015 0.409 146 L 0.034 0.046 0.008 0.053 0.081 0.092 0.095 0.006 0.001 0.005 0.580 147 G 0.092 0.029 0.006 0.052 0.077 0.118 0.107 0.005 0.001 0.012 0.502 148 T 0.106 0.021 0.027 0.028 0.030 0.065 0.047 0.003 0.001 0.007 0.665 149 A 0.035 0.010 0.009 0.117 0.115 0.207 0.071 0.002 0.001 0.004 0.430 150 P 0.004 0.001 0.002 0.018 0.016 0.022 0.010 0.001 0.001 0.001 0.927 151 V 0.015 0.004 0.001 0.153 0.122 0.256 0.066 0.001 0.001 0.003 0.378 152 M 0.043 0.009 0.001 0.211 0.146 0.277 0.047 0.001 0.001 0.004 0.261 153 K 0.027 0.023 0.001 0.194 0.143 0.171 0.050 0.001 0.001 0.002 0.388 154 V 0.031 0.019 0.003 0.137 0.145 0.299 0.063 0.001 0.001 0.005 0.296 155 N 0.028 0.017 0.002 0.128 0.132 0.269 0.137 0.003 0.001 0.005 0.278 156 G 0.049 0.008 0.003 0.026 0.023 0.034 0.083 0.004 0.001 0.008 0.762 157 A 0.117 0.011 0.030 0.045 0.030 0.049 0.156 0.002 0.001 0.019 0.540 158 S 0.033 0.005 0.004 0.022 0.023 0.024 0.248 0.001 0.001 0.007 0.633 159 S 0.029 0.007 0.005 0.015 0.010 0.018 0.073 0.001 0.001 0.007 0.836 160 V 0.032 0.029 0.002 0.036 0.044 0.083 0.208 0.001 0.001 0.011 0.553 161 D 0.075 0.046 0.001 0.019 0.041 0.056 0.269 0.001 0.001 0.015 0.475 162 F 0.132 0.238 0.003 0.047 0.077 0.127 0.084 0.003 0.001 0.006 0.282 163 I 0.054 0.352 0.002 0.065 0.142 0.231 0.037 0.004 0.001 0.003 0.109 164 S 0.038 0.401 0.002 0.032 0.097 0.152 0.046 0.007 0.001 0.003 0.223 165 R 0.125 0.289 0.004 0.026 0.060 0.087 0.033 0.023 0.001 0.002 0.351 166 G 0.234 0.135 0.015 0.023 0.047 0.046 0.079 0.035 0.001 0.012 0.373 167 G 0.236 0.041 0.072 0.028 0.029 0.030 0.166 0.008 0.001 0.019 0.371 168 Q 0.095 0.022 0.109 0.045 0.036 0.063 0.126 0.004 0.001 0.009 0.491 169 I 0.030 0.011 0.010 0.207 0.112 0.188 0.068 0.001 0.001 0.002 0.370 170 P 0.002 0.001 0.001 0.009 0.005 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.967 171 A 0.020 0.003 0.002 0.174 0.113 0.334 0.042 0.001 0.001 0.002 0.310 172 P 0.003 0.001 0.001 0.010 0.007 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.960 173 I 0.031 0.007 0.001 0.090 0.116 0.289 0.053 0.001 0.001 0.004 0.410 174 H 0.063 0.012 0.001 0.062 0.079 0.209 0.081 0.001 0.001 0.005 0.489 175 S 0.102 0.041 0.001 0.043 0.064 0.072 0.069 0.002 0.001 0.003 0.602 176 F 0.126 0.058 0.005 0.040 0.082 0.126 0.100 0.002 0.001 0.008 0.453 177 K 0.056 0.056 0.004 0.029 0.065 0.092 0.234 0.003 0.001 0.010 0.451 178 N 0.113 0.047 0.005 0.012 0.022 0.034 0.257 0.005 0.001 0.017 0.487