# TARGET T0296 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0296.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.03749 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.039 0.010 0.010 0.028 0.060 0.060 0.792 2 L 0.087 0.057 0.017 0.015 0.061 0.059 0.704 3 S 0.117 0.065 0.017 0.008 0.102 0.043 0.648 4 L 0.146 0.032 0.016 0.010 0.178 0.072 0.547 5 A 0.047 0.018 0.002 0.001 0.074 0.015 0.842 6 P 0.031 0.072 0.002 0.003 0.067 0.016 0.810 7 T 0.013 0.025 0.002 0.001 0.119 0.005 0.837 8 P 0.003 0.004 0.101 0.040 0.057 0.730 0.065 9 A 0.003 0.005 0.127 0.038 0.051 0.675 0.102 10 V 0.008 0.038 0.155 0.089 0.136 0.382 0.192 11 G 0.009 0.022 0.020 0.099 0.155 0.458 0.238 12 D 0.014 0.019 0.007 0.134 0.351 0.077 0.398 13 S 0.031 0.091 0.009 0.379 0.093 0.039 0.359 14 V 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.003 0.006 15 A 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 16 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 18 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.004 0.001 19 E 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.008 0.001 20 E 0.001 0.001 0.003 0.959 0.001 0.036 0.001 21 M 0.002 0.003 0.007 0.779 0.007 0.184 0.018 22 G 0.005 0.004 0.015 0.397 0.037 0.393 0.147 23 L 0.031 0.011 0.084 0.344 0.112 0.108 0.312 24 E 0.088 0.010 0.148 0.410 0.102 0.080 0.163 25 T 0.105 0.016 0.114 0.393 0.095 0.126 0.151 26 V 0.097 0.040 0.058 0.250 0.115 0.205 0.233 27 G 0.048 0.013 0.017 0.098 0.178 0.230 0.415 28 T 0.040 0.011 0.010 0.114 0.267 0.186 0.371 29 H 0.017 0.008 0.012 0.437 0.169 0.250 0.107 30 G 0.018 0.005 0.011 0.598 0.098 0.128 0.142 31 T 0.009 0.003 0.004 0.870 0.021 0.018 0.075 32 T 0.002 0.001 0.001 0.984 0.004 0.003 0.006 33 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.002 34 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 35 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 36 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.004 0.001 37 L 0.001 0.001 0.005 0.968 0.001 0.025 0.001 38 L 0.001 0.001 0.008 0.936 0.003 0.046 0.006 39 N 0.001 0.001 0.017 0.950 0.003 0.025 0.004 40 D 0.001 0.001 0.020 0.914 0.003 0.060 0.002 41 Q 0.001 0.001 0.024 0.904 0.005 0.055 0.010 42 V 0.007 0.005 0.018 0.862 0.034 0.043 0.032 43 K 0.017 0.004 0.022 0.799 0.022 0.084 0.052 44 K 0.009 0.001 0.017 0.706 0.033 0.220 0.014 45 G 0.015 0.002 0.019 0.519 0.039 0.340 0.066 46 G 0.092 0.012 0.043 0.406 0.086 0.140 0.221 47 V 0.265 0.015 0.050 0.363 0.057 0.096 0.153 48 M 0.323 0.014 0.062 0.373 0.051 0.062 0.116 49 A 0.398 0.017 0.046 0.286 0.050 0.066 0.137 50 C 0.401 0.017 0.041 0.183 0.081 0.106 0.171 51 N 0.361 0.009 0.039 0.139 0.148 0.119 0.185 52 Q 0.383 0.012 0.029 0.107 0.193 0.083 0.193 53 V 0.379 0.030 0.036 0.121 0.105 0.139 0.190 54 G 0.261 0.024 0.042 0.072 0.184 0.208 0.209 55 G 0.219 0.021 0.060 0.072 0.168 0.241 0.219 56 L 0.266 0.035 0.081 0.073 0.121 0.153 0.270 57 S 0.261 0.042 0.107 0.044 0.115 0.151 0.280 58 G 0.208 0.014 0.219 0.063 0.130 0.215 0.151 59 A 0.357 0.016 0.115 0.053 0.087 0.120 0.252 60 F 0.520 0.062 0.051 0.028 0.058 0.062 0.218 61 I 0.435 0.070 0.013 0.019 0.163 0.012 0.290 62 P 0.210 0.027 0.012 0.012 0.044 0.012 0.683 63 V 0.032 0.010 0.269 0.352 0.057 0.150 0.131 64 S 0.007 0.004 0.302 0.448 0.043 0.160 0.035 65 E 0.003 0.006 0.242 0.483 0.031 0.110 0.125 66 D 0.001 0.004 0.037 0.800 0.012 0.035 0.112 67 E 0.001 0.001 0.012 0.962 0.001 0.024 0.001 68 G 0.001 0.001 0.005 0.978 0.001 0.016 0.001 69 M 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.007 0.002 70 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.001 72 A 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.004 0.003 73 V 0.001 0.001 0.002 0.983 0.002 0.009 0.002 74 Q 0.002 0.001 0.004 0.952 0.003 0.036 0.003 75 N 0.001 0.001 0.010 0.646 0.009 0.332 0.002 76 G 0.001 0.001 0.007 0.134 0.026 0.814 0.018 77 S 0.016 0.014 0.020 0.063 0.172 0.210 0.504 78 L 0.095 0.142 0.006 0.018 0.205 0.027 0.507 79 N 0.121 0.048 0.008 0.014 0.081 0.011 0.717 80 L 0.005 0.001 0.196 0.758 0.003 0.018 0.019 81 E 0.001 0.001 0.155 0.816 0.004 0.019 0.004 82 K 0.001 0.001 0.133 0.849 0.002 0.011 0.004 83 L 0.003 0.001 0.041 0.940 0.002 0.007 0.007 84 E 0.003 0.001 0.022 0.951 0.003 0.016 0.004 85 A 0.006 0.001 0.018 0.938 0.003 0.031 0.002 86 M 0.011 0.001 0.016 0.925 0.004 0.036 0.006 87 T 0.020 0.002 0.018 0.893 0.011 0.045 0.012 88 A 0.039 0.004 0.026 0.821 0.022 0.072 0.017 89 I 0.052 0.004 0.028 0.798 0.017 0.077 0.023 90 C 0.090 0.010 0.052 0.618 0.059 0.096 0.074 91 S 0.089 0.014 0.089 0.383 0.114 0.187 0.124 92 V 0.094 0.009 0.112 0.152 0.163 0.331 0.140 93 G 0.107 0.018 0.136 0.109 0.135 0.320 0.175 94 L 0.215 0.009 0.173 0.063 0.108 0.210 0.222 95 D 0.396 0.011 0.095 0.043 0.116 0.091 0.247 96 M 0.802 0.009 0.044 0.021 0.012 0.036 0.075 97 I 0.891 0.009 0.006 0.010 0.014 0.009 0.061 98 A 0.881 0.014 0.002 0.007 0.010 0.004 0.081 99 I 0.494 0.036 0.002 0.004 0.041 0.005 0.419 100 P 0.093 0.015 0.007 0.002 0.074 0.022 0.786 101 E 0.010 0.003 0.045 0.006 0.159 0.681 0.095 102 D 0.007 0.009 0.041 0.013 0.318 0.449 0.163 103 T 0.007 0.011 0.002 0.004 0.590 0.006 0.380 104 P 0.008 0.020 0.004 0.050 0.071 0.022 0.824 105 A 0.001 0.001 0.017 0.945 0.005 0.022 0.010 106 E 0.001 0.001 0.013 0.970 0.003 0.008 0.004 107 T 0.001 0.001 0.005 0.987 0.001 0.002 0.004 108 I 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 109 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 110 A 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.009 0.001 111 M 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.013 0.001 112 I 0.001 0.001 0.003 0.977 0.002 0.016 0.002 113 A 0.001 0.001 0.006 0.953 0.004 0.031 0.005 114 D 0.001 0.001 0.005 0.946 0.007 0.029 0.011 115 E 0.001 0.001 0.007 0.977 0.001 0.013 0.002 116 A 0.001 0.001 0.011 0.966 0.002 0.017 0.003 117 A 0.002 0.001 0.008 0.972 0.002 0.013 0.004 118 I 0.003 0.001 0.008 0.968 0.003 0.015 0.003 119 G 0.007 0.001 0.011 0.932 0.003 0.042 0.005 120 V 0.016 0.001 0.013 0.898 0.006 0.055 0.010 121 I 0.022 0.003 0.014 0.788 0.019 0.131 0.023 122 N 0.028 0.005 0.013 0.275 0.081 0.521 0.078 123 M 0.036 0.004 0.008 0.077 0.373 0.208 0.293 124 K 0.096 0.011 0.005 0.010 0.408 0.077 0.392 125 T 0.251 0.018 0.009 0.003 0.078 0.040 0.602 126 T 0.647 0.005 0.006 0.002 0.126 0.017 0.197 127 A 0.942 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.048 128 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 129 R 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 130 I 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 131 I 0.870 0.009 0.001 0.001 0.014 0.001 0.105 132 P 0.597 0.008 0.001 0.001 0.023 0.002 0.369 133 K 0.143 0.025 0.008 0.002 0.231 0.330 0.262 134 G 0.032 0.008 0.011 0.001 0.251 0.313 0.385 135 K 0.037 0.009 0.012 0.002 0.365 0.109 0.465 136 E 0.040 0.025 0.018 0.002 0.235 0.384 0.296 137 G 0.069 0.007 0.027 0.001 0.453 0.248 0.196 138 D 0.199 0.008 0.028 0.002 0.233 0.057 0.474 139 M 0.843 0.033 0.010 0.003 0.032 0.008 0.069 140 I 0.928 0.011 0.004 0.003 0.005 0.002 0.048 141 E 0.944 0.009 0.004 0.006 0.003 0.004 0.030 142 F 0.835 0.010 0.010 0.010 0.013 0.045 0.077 143 G 0.202 0.004 0.024 0.005 0.138 0.455 0.173 144 G 0.099 0.003 0.047 0.004 0.283 0.465 0.098 145 L 0.291 0.100 0.083 0.008 0.156 0.187 0.175 146 L 0.273 0.131 0.081 0.004 0.115 0.153 0.242 147 G 0.151 0.012 0.030 0.002 0.187 0.338 0.281 148 T 0.156 0.027 0.013 0.003 0.389 0.084 0.328 149 A 0.238 0.019 0.006 0.003 0.363 0.011 0.361 150 P 0.332 0.012 0.017 0.006 0.088 0.037 0.507 151 V 0.664 0.046 0.047 0.013 0.060 0.036 0.136 152 M 0.761 0.016 0.036 0.017 0.043 0.016 0.112 153 K 0.775 0.012 0.028 0.030 0.020 0.025 0.111 154 V 0.502 0.034 0.036 0.031 0.039 0.064 0.294 155 N 0.249 0.017 0.029 0.020 0.149 0.217 0.319 156 G 0.117 0.008 0.031 0.015 0.246 0.307 0.277 157 A 0.078 0.022 0.041 0.031 0.234 0.152 0.443 158 S 0.092 0.028 0.049 0.034 0.181 0.103 0.513 159 S 0.078 0.014 0.178 0.281 0.087 0.156 0.207 160 V 0.084 0.007 0.272 0.370 0.055 0.087 0.126 161 D 0.079 0.005 0.239 0.500 0.041 0.047 0.087 162 F 0.154 0.012 0.205 0.493 0.033 0.055 0.048 163 I 0.290 0.020 0.088 0.418 0.046 0.080 0.059 164 S 0.238 0.010 0.055 0.439 0.034 0.154 0.070 165 R 0.141 0.009 0.034 0.206 0.133 0.361 0.116 166 G 0.082 0.005 0.021 0.051 0.192 0.409 0.240 167 G 0.148 0.023 0.014 0.015 0.182 0.124 0.493 168 Q 0.358 0.059 0.012 0.008 0.093 0.053 0.417 169 I 0.471 0.022 0.006 0.005 0.142 0.014 0.341 170 P 0.414 0.043 0.005 0.003 0.058 0.008 0.468 171 A 0.315 0.040 0.007 0.005 0.159 0.008 0.465 172 P 0.235 0.029 0.032 0.008 0.094 0.030 0.573 173 I 0.044 0.012 0.486 0.073 0.053 0.110 0.222 174 H 0.051 0.009 0.507 0.115 0.089 0.107 0.122 175 S 0.059 0.013 0.430 0.115 0.080 0.097 0.206 176 F 0.102 0.038 0.147 0.110 0.161 0.114 0.328 177 K 0.082 0.034 0.042 0.075 0.143 0.178 0.445 178 N 0.018 0.005 0.013 0.015 0.068 0.051 0.830