# TARGET T0296 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0296.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.03749 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.064 0.138 0.189 0.138 0.038 0.142 0.141 0.005 0.140 0.002 0.001 2 L 0.253 0.168 0.217 0.233 0.047 0.025 0.028 0.011 0.013 0.003 0.002 3 S 0.157 0.295 0.282 0.069 0.121 0.017 0.013 0.015 0.011 0.018 0.001 4 L 0.170 0.203 0.391 0.138 0.032 0.026 0.012 0.005 0.017 0.004 0.002 5 A 0.040 0.210 0.542 0.001 0.043 0.013 0.016 0.001 0.128 0.006 0.001 6 P 0.274 0.002 0.508 0.018 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.176 7 T 0.070 0.193 0.547 0.008 0.077 0.017 0.010 0.003 0.069 0.005 0.001 8 P 0.521 0.007 0.399 0.012 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 9 A 0.518 0.081 0.155 0.143 0.032 0.013 0.022 0.016 0.014 0.004 0.001 10 V 0.204 0.117 0.377 0.254 0.015 0.014 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 11 G 0.037 0.004 0.031 0.010 0.045 0.001 0.015 0.370 0.001 0.487 0.001 12 D 0.127 0.061 0.583 0.077 0.045 0.077 0.011 0.003 0.009 0.005 0.003 13 S 0.468 0.118 0.273 0.020 0.072 0.021 0.002 0.007 0.007 0.011 0.001 14 V 0.990 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.978 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 M 0.511 0.003 0.008 0.477 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 G 0.161 0.002 0.024 0.022 0.012 0.003 0.135 0.533 0.005 0.101 0.001 23 L 0.546 0.058 0.213 0.118 0.016 0.030 0.007 0.002 0.004 0.006 0.001 24 E 0.625 0.098 0.133 0.078 0.029 0.018 0.008 0.002 0.006 0.002 0.001 25 T 0.476 0.176 0.175 0.089 0.022 0.036 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 26 V 0.233 0.162 0.134 0.377 0.016 0.022 0.014 0.001 0.038 0.001 0.001 27 G 0.056 0.007 0.067 0.027 0.062 0.004 0.073 0.392 0.002 0.309 0.001 28 T 0.188 0.221 0.334 0.103 0.055 0.043 0.009 0.004 0.031 0.010 0.001 29 H 0.293 0.053 0.346 0.195 0.020 0.020 0.045 0.007 0.007 0.011 0.002 30 G 0.168 0.009 0.097 0.028 0.095 0.006 0.033 0.290 0.002 0.271 0.001 31 T 0.819 0.025 0.090 0.028 0.007 0.022 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 32 T 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 A 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 L 0.975 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.954 0.001 0.002 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.900 0.005 0.017 0.069 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 40 D 0.943 0.002 0.009 0.027 0.001 0.002 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 41 Q 0.899 0.003 0.004 0.087 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 42 V 0.849 0.026 0.039 0.059 0.003 0.017 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 43 K 0.870 0.027 0.030 0.052 0.003 0.009 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 44 K 0.668 0.047 0.085 0.160 0.014 0.005 0.011 0.003 0.004 0.001 0.001 45 G 0.381 0.017 0.051 0.113 0.058 0.002 0.075 0.247 0.003 0.055 0.001 46 G 0.469 0.054 0.154 0.058 0.090 0.010 0.027 0.062 0.006 0.069 0.001 47 V 0.383 0.293 0.167 0.074 0.041 0.023 0.004 0.001 0.010 0.003 0.001 48 M 0.369 0.248 0.190 0.090 0.031 0.035 0.008 0.001 0.025 0.002 0.001 49 A 0.286 0.230 0.248 0.084 0.072 0.036 0.015 0.005 0.020 0.003 0.001 50 C 0.275 0.269 0.172 0.105 0.087 0.036 0.020 0.005 0.026 0.005 0.001 51 N 0.224 0.199 0.174 0.185 0.103 0.033 0.036 0.011 0.024 0.010 0.001 52 Q 0.113 0.357 0.247 0.064 0.108 0.045 0.023 0.004 0.034 0.004 0.001 53 V 0.161 0.357 0.235 0.126 0.025 0.046 0.010 0.003 0.035 0.002 0.002 54 G 0.110 0.123 0.188 0.109 0.203 0.011 0.098 0.061 0.021 0.075 0.001 55 G 0.063 0.026 0.089 0.032 0.207 0.006 0.040 0.241 0.002 0.292 0.002 56 L 0.156 0.262 0.249 0.172 0.060 0.047 0.014 0.004 0.029 0.004 0.002 57 S 0.119 0.222 0.295 0.107 0.165 0.011 0.025 0.016 0.010 0.032 0.001 58 G 0.130 0.089 0.084 0.055 0.331 0.004 0.037 0.165 0.006 0.098 0.001 59 A 0.103 0.343 0.281 0.089 0.145 0.015 0.005 0.003 0.007 0.009 0.001 60 F 0.032 0.488 0.188 0.036 0.133 0.032 0.043 0.005 0.037 0.005 0.001 61 I 0.012 0.528 0.306 0.001 0.012 0.033 0.003 0.001 0.104 0.001 0.001 62 P 0.055 0.035 0.805 0.001 0.001 0.084 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 63 V 0.352 0.317 0.148 0.039 0.016 0.074 0.005 0.001 0.045 0.001 0.002 64 S 0.356 0.181 0.191 0.041 0.156 0.030 0.013 0.009 0.009 0.012 0.001 65 E 0.261 0.191 0.155 0.165 0.120 0.050 0.010 0.004 0.032 0.013 0.001 66 D 0.522 0.051 0.159 0.080 0.024 0.097 0.009 0.002 0.047 0.007 0.001 67 E 0.975 0.001 0.004 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 G 0.981 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 69 M 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 A 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.985 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 Q 0.984 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 N 0.296 0.002 0.011 0.683 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 76 G 0.018 0.002 0.010 0.014 0.012 0.001 0.244 0.666 0.001 0.031 0.001 77 S 0.252 0.189 0.186 0.179 0.044 0.083 0.045 0.003 0.010 0.006 0.003 78 L 0.013 0.620 0.211 0.011 0.100 0.027 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 79 N 0.006 0.112 0.363 0.005 0.020 0.392 0.002 0.001 0.098 0.001 0.001 80 L 0.970 0.003 0.005 0.010 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 81 E 0.969 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 K 0.761 0.005 0.002 0.211 0.005 0.002 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 83 L 0.871 0.017 0.027 0.071 0.001 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 84 E 0.969 0.005 0.013 0.007 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 85 A 0.902 0.007 0.009 0.076 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 M 0.776 0.026 0.061 0.104 0.004 0.010 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 87 T 0.794 0.062 0.053 0.055 0.013 0.006 0.006 0.003 0.007 0.003 0.001 88 A 0.812 0.036 0.049 0.059 0.015 0.010 0.007 0.005 0.003 0.003 0.001 89 I 0.625 0.107 0.057 0.155 0.011 0.021 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 90 C 0.331 0.214 0.165 0.110 0.051 0.064 0.015 0.003 0.044 0.003 0.001 91 S 0.503 0.096 0.115 0.132 0.033 0.047 0.035 0.011 0.021 0.006 0.002 92 V 0.188 0.167 0.207 0.256 0.098 0.016 0.039 0.010 0.013 0.004 0.001 93 G 0.090 0.028 0.063 0.045 0.119 0.009 0.105 0.401 0.008 0.131 0.001 94 L 0.113 0.323 0.384 0.058 0.034 0.055 0.006 0.001 0.022 0.002 0.001 95 D 0.203 0.230 0.188 0.163 0.036 0.084 0.048 0.005 0.038 0.004 0.001 96 M 0.126 0.464 0.178 0.070 0.088 0.030 0.014 0.003 0.026 0.002 0.001 97 I 0.110 0.487 0.232 0.037 0.034 0.032 0.010 0.001 0.054 0.001 0.001 98 A 0.117 0.282 0.385 0.031 0.041 0.095 0.013 0.004 0.024 0.002 0.006 99 I 0.046 0.428 0.296 0.017 0.018 0.054 0.008 0.001 0.132 0.001 0.001 100 P 0.097 0.032 0.789 0.021 0.007 0.034 0.003 0.002 0.003 0.005 0.007 101 E 0.581 0.052 0.133 0.119 0.043 0.011 0.029 0.014 0.004 0.014 0.001 102 D 0.173 0.025 0.065 0.584 0.015 0.044 0.059 0.013 0.019 0.003 0.001 103 T 0.046 0.242 0.523 0.009 0.026 0.027 0.012 0.001 0.114 0.001 0.001 104 P 0.319 0.004 0.590 0.009 0.001 0.051 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 105 A 0.970 0.002 0.009 0.013 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 106 E 0.977 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 107 T 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 I 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 A 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 M 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 I 0.976 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 A 0.948 0.001 0.006 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 D 0.850 0.004 0.016 0.104 0.002 0.010 0.008 0.003 0.004 0.001 0.001 115 E 0.918 0.010 0.019 0.038 0.002 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 116 A 0.927 0.014 0.018 0.033 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 A 0.939 0.015 0.013 0.019 0.005 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 118 I 0.905 0.031 0.011 0.044 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 119 G 0.894 0.021 0.016 0.030 0.019 0.003 0.004 0.008 0.002 0.003 0.001 120 V 0.784 0.066 0.024 0.106 0.007 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 121 I 0.657 0.117 0.090 0.086 0.007 0.021 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 122 N 0.342 0.026 0.055 0.354 0.011 0.021 0.167 0.008 0.012 0.005 0.001 123 M 0.041 0.042 0.034 0.149 0.050 0.011 0.537 0.122 0.013 0.002 0.001 124 K 0.052 0.546 0.241 0.041 0.048 0.029 0.018 0.001 0.023 0.002 0.001 125 T 0.026 0.244 0.654 0.006 0.011 0.046 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 126 T 0.111 0.521 0.075 0.171 0.094 0.014 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 127 A 0.003 0.613 0.113 0.005 0.256 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 128 V 0.001 0.920 0.022 0.001 0.048 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 129 R 0.001 0.776 0.172 0.001 0.020 0.017 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 130 I 0.002 0.715 0.216 0.002 0.010 0.036 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 131 I 0.002 0.525 0.248 0.001 0.023 0.032 0.004 0.001 0.165 0.001 0.001 132 P 0.010 0.036 0.924 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 133 K 0.056 0.101 0.754 0.036 0.009 0.026 0.005 0.001 0.007 0.002 0.002 134 G 0.036 0.024 0.100 0.025 0.105 0.005 0.044 0.390 0.004 0.267 0.001 135 K 0.138 0.272 0.372 0.077 0.058 0.028 0.014 0.005 0.028 0.007 0.001 136 E 0.077 0.123 0.468 0.193 0.018 0.031 0.052 0.006 0.025 0.005 0.003 137 G 0.011 0.003 0.032 0.005 0.057 0.001 0.023 0.471 0.001 0.397 0.001 138 D 0.076 0.169 0.476 0.101 0.058 0.072 0.012 0.002 0.025 0.002 0.006 139 M 0.035 0.532 0.302 0.030 0.050 0.030 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 140 I 0.016 0.706 0.165 0.019 0.054 0.020 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 141 E 0.012 0.572 0.323 0.004 0.038 0.033 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 142 F 0.081 0.424 0.126 0.109 0.065 0.067 0.028 0.004 0.094 0.002 0.001 143 G 0.046 0.051 0.153 0.047 0.140 0.006 0.168 0.123 0.016 0.249 0.001 144 G 0.061 0.015 0.132 0.016 0.163 0.003 0.034 0.202 0.001 0.370 0.003 145 L 0.333 0.137 0.285 0.157 0.027 0.032 0.008 0.003 0.009 0.004 0.004 146 L 0.117 0.224 0.270 0.254 0.034 0.027 0.034 0.005 0.034 0.002 0.001 147 G 0.050 0.026 0.106 0.022 0.160 0.003 0.034 0.216 0.002 0.380 0.001 148 T 0.091 0.276 0.369 0.139 0.057 0.032 0.008 0.003 0.016 0.003 0.006 149 A 0.018 0.423 0.341 0.003 0.090 0.009 0.013 0.001 0.097 0.004 0.001 150 P 0.029 0.018 0.873 0.002 0.001 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 151 V 0.047 0.552 0.276 0.023 0.015 0.051 0.002 0.001 0.032 0.001 0.002 152 M 0.025 0.646 0.191 0.011 0.055 0.025 0.003 0.001 0.043 0.001 0.001 153 K 0.018 0.170 0.710 0.004 0.004 0.076 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 154 V 0.101 0.464 0.243 0.036 0.016 0.086 0.003 0.001 0.050 0.001 0.001 155 N 0.164 0.147 0.195 0.258 0.039 0.054 0.079 0.005 0.053 0.007 0.001 156 G 0.042 0.028 0.060 0.059 0.173 0.005 0.109 0.400 0.003 0.120 0.001 157 A 0.160 0.297 0.306 0.126 0.071 0.015 0.007 0.004 0.011 0.003 0.001 158 S 0.051 0.207 0.420 0.035 0.184 0.029 0.017 0.007 0.026 0.024 0.001 159 S 0.660 0.064 0.107 0.079 0.032 0.025 0.012 0.007 0.007 0.006 0.001 160 V 0.758 0.090 0.055 0.072 0.012 0.004 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 161 D 0.771 0.044 0.100 0.037 0.008 0.016 0.012 0.002 0.009 0.001 0.001 162 F 0.805 0.052 0.052 0.056 0.007 0.016 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 163 I 0.602 0.213 0.083 0.052 0.018 0.021 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 164 S 0.539 0.143 0.169 0.074 0.043 0.016 0.006 0.001 0.006 0.002 0.001 165 R 0.359 0.085 0.104 0.409 0.014 0.007 0.007 0.001 0.013 0.001 0.001 166 G 0.029 0.004 0.034 0.048 0.022 0.001 0.200 0.527 0.005 0.132 0.001 167 G 0.032 0.014 0.326 0.016 0.055 0.006 0.032 0.206 0.001 0.313 0.001 168 Q 0.087 0.259 0.447 0.110 0.040 0.029 0.011 0.003 0.011 0.004 0.001 169 I 0.024 0.422 0.411 0.003 0.029 0.018 0.008 0.001 0.082 0.002 0.001 170 P 0.034 0.007 0.875 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.004 0.001 0.040 171 A 0.154 0.028 0.737 0.002 0.026 0.006 0.003 0.008 0.008 0.022 0.006 172 P 0.282 0.015 0.527 0.016 0.002 0.065 0.001 0.001 0.003 0.001 0.088 173 I 0.400 0.217 0.184 0.125 0.020 0.035 0.004 0.002 0.013 0.001 0.001 174 H 0.566 0.139 0.104 0.127 0.027 0.019 0.007 0.001 0.009 0.002 0.001 175 S 0.378 0.208 0.141 0.115 0.092 0.019 0.013 0.009 0.021 0.002 0.001 176 F 0.254 0.187 0.232 0.177 0.027 0.060 0.019 0.004 0.039 0.001 0.001 177 K 0.285 0.302 0.185 0.100 0.027 0.036 0.018 0.003 0.041 0.004 0.001 178 N 0.168 0.077 0.165 0.191 0.042 0.107 0.163 0.017 0.057 0.013 0.001