# TARGET T0296 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0296.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.03749 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.209 0.143 0.053 0.008 0.397 0.006 0.023 0.037 0.025 0.037 0.062 2 L 0.098 0.092 0.029 0.006 0.156 0.007 0.014 0.130 0.254 0.166 0.049 3 S 0.076 0.217 0.097 0.011 0.259 0.012 0.050 0.137 0.068 0.053 0.020 4 L 0.117 0.144 0.059 0.020 0.188 0.016 0.043 0.090 0.100 0.157 0.064 5 A 0.120 0.238 0.231 0.015 0.289 0.006 0.015 0.027 0.011 0.013 0.033 6 P 0.056 0.350 0.121 0.008 0.181 0.008 0.022 0.084 0.082 0.061 0.029 7 T 0.069 0.366 0.181 0.009 0.239 0.006 0.017 0.033 0.027 0.028 0.024 8 P 0.031 0.170 0.142 0.032 0.065 0.040 0.066 0.227 0.156 0.051 0.019 9 A 0.066 0.101 0.100 0.032 0.084 0.045 0.120 0.195 0.099 0.109 0.049 10 V 0.026 0.214 0.091 0.137 0.053 0.074 0.098 0.109 0.066 0.101 0.031 11 G 0.012 0.035 0.084 0.278 0.016 0.106 0.023 0.073 0.075 0.242 0.055 12 D 0.015 0.082 0.079 0.030 0.039 0.049 0.064 0.415 0.134 0.074 0.020 13 S 0.044 0.094 0.031 0.005 0.095 0.002 0.010 0.527 0.108 0.058 0.024 14 V 0.017 0.017 0.004 0.001 0.017 0.002 0.004 0.753 0.149 0.030 0.006 15 A 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.947 0.040 0.001 0.001 16 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.972 0.017 0.001 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.969 0.022 0.003 0.001 18 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.939 0.053 0.003 0.001 19 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.869 0.097 0.004 0.001 20 E 0.003 0.004 0.002 0.002 0.003 0.009 0.156 0.748 0.049 0.023 0.002 21 M 0.012 0.464 0.262 0.033 0.062 0.013 0.023 0.060 0.020 0.044 0.008 22 G 0.085 0.037 0.044 0.097 0.028 0.039 0.022 0.167 0.056 0.245 0.180 23 L 0.091 0.124 0.024 0.018 0.164 0.025 0.037 0.232 0.157 0.083 0.044 24 E 0.058 0.087 0.044 0.028 0.127 0.042 0.110 0.345 0.113 0.022 0.025 25 T 0.111 0.072 0.043 0.022 0.138 0.031 0.164 0.252 0.079 0.053 0.034 26 V 0.063 0.172 0.078 0.080 0.100 0.054 0.105 0.102 0.066 0.132 0.048 27 G 0.026 0.077 0.125 0.281 0.033 0.084 0.019 0.050 0.051 0.208 0.046 28 T 0.029 0.189 0.130 0.056 0.084 0.051 0.061 0.213 0.099 0.074 0.015 29 H 0.027 0.090 0.077 0.041 0.042 0.041 0.095 0.282 0.149 0.123 0.034 30 G 0.019 0.105 0.142 0.133 0.031 0.057 0.033 0.191 0.078 0.175 0.037 31 T 0.037 0.128 0.039 0.007 0.097 0.005 0.011 0.479 0.121 0.063 0.013 32 T 0.002 0.007 0.003 0.001 0.004 0.001 0.002 0.860 0.107 0.010 0.002 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.942 0.048 0.003 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.036 0.004 0.001 35 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.037 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.972 0.024 0.001 0.001 37 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.945 0.035 0.006 0.001 38 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.880 0.076 0.021 0.001 39 N 0.003 0.311 0.039 0.008 0.021 0.005 0.011 0.435 0.138 0.028 0.002 40 D 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.003 0.027 0.767 0.147 0.038 0.005 41 Q 0.001 0.006 0.003 0.002 0.003 0.005 0.047 0.795 0.098 0.038 0.002 42 V 0.024 0.018 0.004 0.003 0.025 0.005 0.021 0.611 0.177 0.087 0.024 43 K 0.005 0.018 0.018 0.017 0.008 0.027 0.058 0.672 0.147 0.025 0.005 44 K 0.008 0.055 0.061 0.033 0.021 0.036 0.147 0.500 0.084 0.049 0.006 45 G 0.024 0.140 0.129 0.083 0.040 0.028 0.048 0.180 0.068 0.220 0.041 46 G 0.058 0.076 0.036 0.051 0.067 0.041 0.041 0.284 0.102 0.178 0.065 47 V 0.135 0.134 0.023 0.011 0.255 0.022 0.052 0.214 0.074 0.040 0.040 48 M 0.187 0.116 0.038 0.024 0.273 0.025 0.049 0.133 0.045 0.050 0.059 49 A 0.144 0.153 0.053 0.029 0.251 0.028 0.052 0.157 0.056 0.044 0.033 50 C 0.119 0.130 0.032 0.030 0.200 0.034 0.069 0.183 0.094 0.057 0.051 51 N 0.090 0.137 0.040 0.029 0.146 0.028 0.046 0.136 0.124 0.160 0.064 52 Q 0.129 0.158 0.071 0.018 0.222 0.015 0.040 0.119 0.080 0.096 0.051 53 V 0.159 0.119 0.037 0.034 0.166 0.042 0.080 0.121 0.089 0.085 0.071 54 G 0.040 0.132 0.117 0.225 0.061 0.084 0.076 0.058 0.064 0.102 0.041 55 G 0.085 0.079 0.111 0.136 0.075 0.065 0.025 0.039 0.051 0.243 0.090 56 L 0.215 0.110 0.054 0.029 0.221 0.027 0.018 0.055 0.064 0.111 0.097 57 S 0.012 0.032 0.036 0.132 0.020 0.166 0.284 0.188 0.079 0.041 0.010 58 G 0.041 0.105 0.146 0.156 0.076 0.055 0.016 0.055 0.067 0.236 0.047 59 A 0.143 0.216 0.045 0.010 0.449 0.006 0.009 0.029 0.021 0.030 0.041 60 F 0.252 0.135 0.039 0.003 0.428 0.002 0.004 0.013 0.012 0.027 0.084 61 I 0.030 0.519 0.199 0.004 0.228 0.002 0.004 0.007 0.002 0.001 0.003 62 P 0.233 0.223 0.038 0.002 0.428 0.002 0.009 0.016 0.006 0.007 0.037 63 V 0.110 0.109 0.032 0.018 0.174 0.049 0.099 0.163 0.123 0.051 0.071 64 S 0.092 0.262 0.069 0.008 0.290 0.010 0.023 0.103 0.069 0.044 0.032 65 E 0.070 0.137 0.050 0.029 0.099 0.031 0.050 0.251 0.119 0.124 0.041 66 D 0.119 0.205 0.075 0.013 0.265 0.007 0.013 0.165 0.035 0.057 0.046 67 E 0.004 0.011 0.004 0.002 0.008 0.010 0.016 0.678 0.239 0.023 0.005 68 G 0.006 0.007 0.006 0.006 0.005 0.004 0.017 0.767 0.093 0.080 0.010 69 M 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.875 0.091 0.022 0.001 70 I 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.906 0.072 0.007 0.001 71 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.950 0.037 0.002 0.001 72 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.939 0.034 0.006 0.001 73 V 0.004 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.015 0.869 0.087 0.012 0.002 74 Q 0.003 0.006 0.007 0.006 0.003 0.013 0.069 0.743 0.115 0.033 0.003 75 N 0.002 0.612 0.175 0.042 0.033 0.019 0.046 0.044 0.011 0.013 0.002 76 G 0.014 0.010 0.010 0.015 0.006 0.005 0.005 0.017 0.032 0.691 0.195 77 S 0.104 0.205 0.040 0.009 0.216 0.023 0.049 0.101 0.071 0.127 0.054 78 L 0.094 0.291 0.084 0.010 0.383 0.006 0.008 0.023 0.021 0.038 0.041 79 N 0.199 0.350 0.106 0.002 0.300 0.001 0.001 0.006 0.002 0.006 0.029 80 L 0.010 0.006 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 0.389 0.527 0.042 0.011 81 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.897 0.081 0.002 0.001 82 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.793 0.130 0.068 0.001 83 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.851 0.122 0.015 0.001 84 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.015 0.832 0.133 0.010 0.001 85 A 0.003 0.005 0.002 0.001 0.006 0.002 0.027 0.800 0.107 0.043 0.003 86 M 0.017 0.017 0.004 0.003 0.027 0.005 0.032 0.589 0.160 0.134 0.010 87 T 0.033 0.037 0.006 0.007 0.055 0.009 0.028 0.548 0.188 0.074 0.016 88 A 0.049 0.046 0.011 0.006 0.091 0.009 0.048 0.506 0.158 0.056 0.019 89 I 0.092 0.067 0.014 0.010 0.182 0.018 0.079 0.397 0.085 0.034 0.022 90 C 0.136 0.066 0.015 0.015 0.181 0.023 0.077 0.271 0.112 0.060 0.044 91 S 0.150 0.090 0.033 0.028 0.152 0.034 0.053 0.191 0.101 0.112 0.058 92 V 0.024 0.087 0.057 0.119 0.050 0.071 0.140 0.179 0.131 0.126 0.018 93 G 0.080 0.139 0.130 0.127 0.125 0.050 0.019 0.038 0.043 0.194 0.055 94 L 0.293 0.121 0.027 0.006 0.404 0.007 0.005 0.008 0.011 0.027 0.092 95 D 0.126 0.033 0.015 0.028 0.230 0.089 0.250 0.091 0.035 0.040 0.064 96 M 0.299 0.118 0.029 0.002 0.422 0.002 0.003 0.007 0.015 0.047 0.056 97 I 0.142 0.184 0.017 0.002 0.627 0.002 0.003 0.003 0.002 0.003 0.015 98 A 0.269 0.103 0.032 0.001 0.493 0.001 0.002 0.004 0.004 0.017 0.073 99 I 0.037 0.482 0.255 0.024 0.163 0.005 0.005 0.009 0.004 0.005 0.012 100 P 0.021 0.516 0.139 0.031 0.149 0.016 0.024 0.070 0.024 0.006 0.005 101 E 0.012 0.020 0.010 0.006 0.021 0.028 0.092 0.233 0.396 0.157 0.026 102 D 0.149 0.078 0.065 0.006 0.184 0.007 0.036 0.038 0.053 0.251 0.131 103 T 0.036 0.523 0.233 0.005 0.139 0.001 0.005 0.026 0.011 0.013 0.008 104 P 0.021 0.603 0.157 0.002 0.074 0.001 0.004 0.083 0.022 0.023 0.008 105 A 0.002 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.738 0.234 0.010 0.001 106 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.948 0.042 0.003 0.001 107 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.028 0.009 0.001 108 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.033 0.002 0.001 109 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.029 0.001 0.001 110 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.963 0.026 0.004 0.001 111 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.949 0.038 0.006 0.001 112 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.904 0.075 0.012 0.001 113 A 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.004 0.018 0.907 0.056 0.004 0.001 114 D 0.003 0.007 0.004 0.002 0.006 0.003 0.022 0.879 0.054 0.016 0.003 115 E 0.005 0.006 0.002 0.001 0.007 0.002 0.011 0.804 0.127 0.032 0.003 116 A 0.006 0.008 0.002 0.001 0.007 0.003 0.011 0.799 0.122 0.036 0.004 117 A 0.008 0.010 0.003 0.002 0.014 0.002 0.013 0.827 0.082 0.035 0.004 118 I 0.026 0.029 0.007 0.003 0.044 0.008 0.026 0.719 0.095 0.033 0.010 119 G 0.031 0.032 0.013 0.007 0.064 0.009 0.026 0.697 0.081 0.031 0.009 120 V 0.056 0.018 0.011 0.007 0.044 0.014 0.058 0.635 0.106 0.037 0.012 121 I 0.024 0.061 0.031 0.046 0.044 0.071 0.108 0.443 0.105 0.052 0.013 122 N 0.050 0.175 0.049 0.056 0.094 0.034 0.080 0.204 0.072 0.147 0.039 123 M 0.061 0.104 0.059 0.020 0.076 0.011 0.021 0.075 0.110 0.382 0.081 124 K 0.022 0.487 0.258 0.011 0.154 0.005 0.009 0.023 0.016 0.012 0.003 125 T 0.463 0.083 0.013 0.001 0.344 0.001 0.004 0.004 0.004 0.011 0.070 126 T 0.108 0.108 0.057 0.081 0.218 0.160 0.159 0.020 0.016 0.038 0.035 127 A 0.221 0.108 0.027 0.006 0.612 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.015 128 V 0.180 0.105 0.006 0.001 0.697 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 129 R 0.138 0.085 0.005 0.001 0.755 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 130 I 0.391 0.070 0.010 0.001 0.405 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.108 131 I 0.039 0.468 0.243 0.017 0.216 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.004 132 P 0.027 0.411 0.300 0.029 0.152 0.012 0.010 0.029 0.014 0.009 0.007 133 K 0.024 0.096 0.039 0.047 0.055 0.074 0.290 0.171 0.128 0.058 0.018 134 G 0.044 0.061 0.198 0.193 0.057 0.062 0.015 0.027 0.043 0.225 0.076 135 K 0.042 0.247 0.289 0.066 0.139 0.040 0.050 0.061 0.028 0.026 0.010 136 E 0.022 0.110 0.104 0.089 0.042 0.063 0.410 0.070 0.032 0.038 0.020 137 G 0.025 0.053 0.115 0.204 0.031 0.051 0.006 0.010 0.036 0.345 0.124 138 D 0.109 0.236 0.050 0.006 0.391 0.007 0.024 0.056 0.060 0.036 0.024 139 M 0.322 0.092 0.011 0.001 0.432 0.003 0.006 0.017 0.019 0.024 0.072 140 I 0.179 0.204 0.016 0.007 0.517 0.008 0.009 0.014 0.008 0.013 0.024 141 E 0.449 0.051 0.016 0.004 0.368 0.002 0.005 0.015 0.006 0.019 0.065 142 F 0.169 0.079 0.034 0.105 0.146 0.103 0.050 0.125 0.048 0.067 0.073 143 G 0.016 0.062 0.057 0.345 0.023 0.101 0.091 0.088 0.065 0.126 0.026 144 G 0.017 0.085 0.243 0.324 0.032 0.095 0.021 0.053 0.035 0.077 0.019 145 L 0.111 0.148 0.065 0.038 0.203 0.047 0.077 0.152 0.064 0.062 0.032 146 L 0.088 0.112 0.096 0.102 0.084 0.062 0.075 0.082 0.066 0.157 0.076 147 G 0.009 0.082 0.191 0.424 0.028 0.151 0.019 0.026 0.015 0.045 0.009 148 T 0.239 0.075 0.064 0.021 0.203 0.010 0.031 0.041 0.050 0.156 0.108 149 A 0.038 0.454 0.283 0.010 0.172 0.005 0.006 0.013 0.005 0.004 0.009 150 P 0.095 0.359 0.042 0.002 0.460 0.001 0.005 0.012 0.005 0.007 0.013 151 V 0.422 0.053 0.018 0.005 0.272 0.010 0.023 0.023 0.039 0.048 0.086 152 M 0.035 0.438 0.133 0.023 0.289 0.023 0.016 0.026 0.010 0.004 0.005 153 K 0.344 0.107 0.016 0.001 0.424 0.001 0.004 0.010 0.005 0.017 0.070 154 V 0.276 0.107 0.041 0.033 0.270 0.036 0.024 0.026 0.023 0.046 0.120 155 N 0.012 0.051 0.046 0.189 0.030 0.237 0.240 0.098 0.050 0.034 0.013 156 G 0.058 0.090 0.132 0.070 0.068 0.018 0.010 0.041 0.071 0.348 0.094 157 A 0.096 0.192 0.057 0.028 0.204 0.026 0.026 0.062 0.089 0.147 0.074 158 S 0.043 0.335 0.243 0.033 0.137 0.014 0.024 0.066 0.036 0.047 0.021 159 S 0.140 0.134 0.035 0.007 0.184 0.005 0.010 0.198 0.122 0.101 0.063 160 V 0.041 0.081 0.017 0.007 0.107 0.008 0.013 0.422 0.214 0.071 0.019 161 D 0.077 0.048 0.018 0.005 0.089 0.006 0.020 0.576 0.090 0.049 0.023 162 F 0.033 0.040 0.013 0.005 0.083 0.006 0.017 0.618 0.107 0.066 0.010 163 I 0.050 0.085 0.020 0.006 0.089 0.011 0.035 0.493 0.121 0.067 0.023 164 S 0.036 0.073 0.090 0.014 0.050 0.014 0.061 0.447 0.113 0.079 0.023 165 R 0.011 0.140 0.094 0.058 0.046 0.092 0.216 0.236 0.058 0.042 0.007 166 G 0.028 0.232 0.190 0.136 0.056 0.013 0.012 0.024 0.029 0.214 0.065 167 G 0.038 0.148 0.206 0.097 0.076 0.038 0.021 0.069 0.058 0.187 0.062 168 Q 0.085 0.340 0.114 0.007 0.294 0.005 0.018 0.050 0.028 0.033 0.026 169 I 0.051 0.446 0.214 0.007 0.236 0.003 0.009 0.014 0.005 0.004 0.011 170 P 0.060 0.344 0.316 0.022 0.146 0.009 0.016 0.024 0.018 0.023 0.022 171 A 0.026 0.313 0.350 0.024 0.106 0.016 0.041 0.073 0.033 0.009 0.009 172 P 0.051 0.426 0.127 0.010 0.160 0.008 0.011 0.083 0.049 0.044 0.031 173 I 0.141 0.095 0.021 0.013 0.164 0.021 0.042 0.123 0.176 0.126 0.078 174 H 0.025 0.082 0.036 0.027 0.083 0.060 0.107 0.319 0.193 0.053 0.015 175 S 0.155 0.126 0.030 0.004 0.220 0.005 0.022 0.150 0.092 0.135 0.062 176 F 0.169 0.075 0.023 0.010 0.162 0.009 0.016 0.132 0.115 0.184 0.106 177 K 0.029 0.075 0.039 0.047 0.062 0.106 0.142 0.253 0.147 0.070 0.030 178 N 0.145 0.104 0.049 0.017 0.195 0.009 0.028 0.094 0.082 0.172 0.105