# TARGET T0296 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0296.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.03749 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.513 0.200 0.089 0.079 0.066 0.044 0.008 2 L 0.159 0.112 0.180 0.230 0.203 0.101 0.014 3 S 0.289 0.188 0.109 0.091 0.096 0.165 0.062 4 L 0.102 0.092 0.081 0.121 0.181 0.244 0.180 5 A 0.073 0.089 0.144 0.186 0.187 0.166 0.154 6 P 0.113 0.136 0.140 0.193 0.196 0.154 0.068 7 T 0.212 0.239 0.209 0.164 0.109 0.056 0.012 8 P 0.243 0.249 0.209 0.152 0.095 0.041 0.010 9 A 0.560 0.243 0.103 0.052 0.027 0.011 0.003 10 V 0.302 0.242 0.200 0.146 0.071 0.031 0.008 11 G 0.218 0.160 0.141 0.213 0.173 0.080 0.014 12 D 0.162 0.266 0.257 0.181 0.087 0.038 0.009 13 S 0.070 0.102 0.144 0.221 0.254 0.171 0.037 14 V 0.012 0.019 0.039 0.093 0.199 0.400 0.239 15 A 0.018 0.032 0.056 0.131 0.246 0.376 0.140 16 R 0.026 0.122 0.243 0.300 0.185 0.101 0.023 17 V 0.017 0.034 0.064 0.164 0.298 0.342 0.081 18 L 0.006 0.014 0.022 0.057 0.187 0.463 0.251 19 E 0.037 0.100 0.162 0.265 0.241 0.160 0.035 20 E 0.076 0.274 0.300 0.207 0.097 0.036 0.009 21 M 0.027 0.075 0.159 0.277 0.275 0.158 0.029 22 G 0.094 0.144 0.154 0.198 0.208 0.164 0.037 23 L 0.126 0.182 0.216 0.231 0.164 0.068 0.013 24 E 0.361 0.297 0.171 0.100 0.047 0.019 0.005 25 T 0.211 0.228 0.189 0.178 0.113 0.066 0.016 26 V 0.127 0.116 0.145 0.194 0.209 0.154 0.056 27 G 0.194 0.190 0.178 0.175 0.130 0.094 0.040 28 T 0.240 0.215 0.170 0.156 0.113 0.076 0.031 29 H 0.195 0.190 0.165 0.163 0.144 0.101 0.042 30 G 0.106 0.117 0.151 0.189 0.191 0.165 0.082 31 T 0.048 0.059 0.086 0.140 0.202 0.277 0.187 32 T 0.037 0.061 0.093 0.152 0.225 0.288 0.143 33 A 0.024 0.041 0.082 0.160 0.243 0.286 0.164 34 A 0.007 0.009 0.015 0.035 0.097 0.369 0.466 35 L 0.003 0.009 0.013 0.036 0.098 0.343 0.498 36 A 0.005 0.032 0.101 0.218 0.251 0.258 0.134 37 L 0.003 0.022 0.073 0.183 0.309 0.305 0.106 38 L 0.001 0.002 0.004 0.014 0.092 0.532 0.356 39 N 0.003 0.017 0.056 0.236 0.361 0.288 0.040 40 D 0.025 0.301 0.372 0.212 0.068 0.019 0.004 41 Q 0.005 0.040 0.173 0.400 0.288 0.084 0.009 42 V 0.003 0.006 0.017 0.098 0.326 0.451 0.100 43 K 0.024 0.153 0.274 0.300 0.185 0.056 0.009 44 K 0.166 0.350 0.226 0.134 0.072 0.042 0.011 45 G 0.079 0.152 0.215 0.246 0.166 0.105 0.036 46 G 0.138 0.128 0.169 0.210 0.161 0.128 0.066 47 V 0.228 0.149 0.096 0.112 0.123 0.171 0.122 48 M 0.191 0.140 0.115 0.124 0.135 0.151 0.145 49 A 0.157 0.143 0.126 0.138 0.144 0.149 0.142 50 C 0.147 0.133 0.145 0.163 0.151 0.151 0.111 51 N 0.171 0.188 0.158 0.151 0.138 0.118 0.076 52 Q 0.129 0.137 0.152 0.183 0.179 0.140 0.080 53 V 0.113 0.108 0.115 0.155 0.195 0.200 0.114 54 G 0.072 0.068 0.095 0.151 0.203 0.236 0.175 55 G 0.064 0.080 0.096 0.134 0.171 0.242 0.213 56 L 0.028 0.025 0.030 0.061 0.140 0.302 0.414 57 S 0.048 0.077 0.109 0.159 0.179 0.203 0.226 58 G 0.043 0.069 0.117 0.160 0.183 0.211 0.217 59 A 0.012 0.014 0.021 0.049 0.126 0.351 0.428 60 F 0.008 0.014 0.028 0.074 0.166 0.336 0.374 61 I 0.006 0.013 0.025 0.058 0.109 0.330 0.461 62 P 0.018 0.038 0.062 0.125 0.191 0.322 0.245 63 V 0.020 0.053 0.083 0.129 0.187 0.319 0.208 64 S 0.011 0.031 0.054 0.118 0.186 0.344 0.255 65 E 0.010 0.039 0.081 0.168 0.227 0.316 0.159 66 D 0.007 0.019 0.036 0.093 0.243 0.432 0.171 67 E 0.092 0.215 0.276 0.236 0.118 0.054 0.010 68 G 0.113 0.322 0.272 0.181 0.078 0.031 0.004 69 M 0.020 0.023 0.047 0.154 0.372 0.342 0.043 70 I 0.045 0.096 0.195 0.325 0.254 0.081 0.005 71 A 0.240 0.495 0.197 0.055 0.011 0.002 0.001 72 A 0.082 0.203 0.309 0.294 0.099 0.013 0.001 73 V 0.060 0.079 0.148 0.295 0.317 0.098 0.003 74 Q 0.358 0.354 0.189 0.077 0.020 0.003 0.001 75 N 0.594 0.283 0.092 0.025 0.005 0.001 0.001 76 G 0.197 0.283 0.268 0.179 0.060 0.012 0.001 77 S 0.222 0.287 0.240 0.170 0.065 0.016 0.001 78 L 0.045 0.082 0.164 0.287 0.314 0.102 0.006 79 N 0.178 0.296 0.255 0.157 0.083 0.028 0.003 80 L 0.032 0.073 0.143 0.303 0.304 0.137 0.007 81 E 0.250 0.394 0.223 0.096 0.029 0.007 0.001 82 K 0.036 0.172 0.321 0.313 0.129 0.028 0.002 83 L 0.005 0.008 0.022 0.121 0.375 0.417 0.053 84 E 0.016 0.110 0.224 0.301 0.242 0.094 0.012 85 A 0.027 0.091 0.162 0.239 0.240 0.199 0.043 86 M 0.006 0.015 0.035 0.090 0.220 0.420 0.214 87 T 0.012 0.026 0.047 0.088 0.149 0.303 0.377 88 A 0.009 0.019 0.036 0.077 0.131 0.284 0.444 89 I 0.006 0.011 0.020 0.041 0.097 0.272 0.552 90 C 0.005 0.009 0.015 0.046 0.097 0.276 0.553 91 S 0.005 0.011 0.015 0.033 0.083 0.294 0.558 92 V 0.005 0.014 0.023 0.053 0.110 0.273 0.521 93 G 0.002 0.006 0.017 0.053 0.096 0.274 0.551 94 L 0.001 0.002 0.005 0.018 0.067 0.287 0.619 95 D 0.001 0.002 0.006 0.027 0.087 0.332 0.546 96 M 0.001 0.002 0.006 0.016 0.063 0.317 0.596 97 I 0.001 0.003 0.005 0.013 0.063 0.345 0.571 98 A 0.001 0.003 0.011 0.053 0.198 0.480 0.255 99 I 0.001 0.005 0.016 0.074 0.282 0.498 0.124 100 P 0.013 0.084 0.209 0.350 0.254 0.083 0.008 101 E 0.123 0.371 0.279 0.148 0.058 0.019 0.003 102 D 0.289 0.293 0.199 0.132 0.060 0.023 0.004 103 T 0.157 0.196 0.219 0.224 0.151 0.048 0.004 104 P 0.394 0.281 0.177 0.098 0.038 0.010 0.001 105 A 0.292 0.302 0.218 0.129 0.047 0.011 0.001 106 E 0.255 0.403 0.229 0.081 0.026 0.006 0.001 107 T 0.018 0.114 0.258 0.341 0.209 0.057 0.004 108 I 0.002 0.005 0.013 0.067 0.272 0.537 0.104 109 A 0.004 0.051 0.188 0.371 0.283 0.096 0.008 110 A 0.012 0.047 0.150 0.323 0.288 0.161 0.019 111 M 0.007 0.015 0.022 0.043 0.153 0.513 0.246 112 I 0.004 0.006 0.013 0.045 0.144 0.430 0.357 113 A 0.015 0.055 0.149 0.278 0.249 0.170 0.085 114 D 0.021 0.046 0.064 0.130 0.243 0.343 0.152 115 E 0.019 0.050 0.089 0.177 0.247 0.317 0.101 116 A 0.038 0.086 0.138 0.198 0.217 0.239 0.084 117 A 0.102 0.094 0.102 0.161 0.213 0.239 0.089 118 I 0.067 0.082 0.108 0.166 0.221 0.260 0.096 119 G 0.083 0.126 0.156 0.217 0.207 0.163 0.048 120 V 0.085 0.127 0.158 0.205 0.218 0.159 0.048 121 I 0.145 0.163 0.204 0.227 0.174 0.076 0.012 122 N 0.370 0.291 0.166 0.106 0.050 0.015 0.002 123 M 0.238 0.253 0.206 0.170 0.098 0.031 0.004 124 K 0.069 0.145 0.209 0.250 0.195 0.110 0.022 125 T 0.015 0.061 0.110 0.227 0.293 0.233 0.060 126 T 0.002 0.012 0.056 0.192 0.313 0.305 0.120 127 A 0.001 0.001 0.004 0.017 0.079 0.440 0.459 128 V 0.001 0.001 0.003 0.014 0.079 0.413 0.489 129 R 0.001 0.002 0.009 0.040 0.155 0.414 0.380 130 I 0.001 0.001 0.002 0.011 0.084 0.443 0.458 131 I 0.001 0.003 0.013 0.066 0.254 0.522 0.141 132 P 0.003 0.024 0.090 0.275 0.396 0.192 0.018 133 K 0.064 0.270 0.314 0.229 0.095 0.024 0.003 134 G 0.322 0.323 0.197 0.112 0.037 0.008 0.001 135 K 0.445 0.270 0.155 0.086 0.034 0.009 0.001 136 E 0.539 0.259 0.119 0.056 0.021 0.006 0.001 137 G 0.277 0.242 0.205 0.155 0.088 0.029 0.004 138 D 0.184 0.253 0.231 0.179 0.095 0.046 0.011 139 M 0.068 0.182 0.217 0.241 0.170 0.099 0.024 140 I 0.043 0.067 0.114 0.214 0.287 0.221 0.055 141 E 0.057 0.178 0.259 0.256 0.155 0.075 0.021 142 F 0.033 0.033 0.060 0.155 0.276 0.336 0.108 143 G 0.082 0.191 0.244 0.238 0.146 0.078 0.022 144 G 0.149 0.180 0.175 0.180 0.158 0.118 0.039 145 L 0.109 0.138 0.167 0.202 0.190 0.149 0.046 146 L 0.086 0.083 0.111 0.169 0.211 0.239 0.101 147 G 0.136 0.147 0.149 0.176 0.164 0.159 0.068 148 T 0.141 0.213 0.208 0.185 0.129 0.090 0.034 149 A 0.058 0.082 0.124 0.189 0.242 0.208 0.097 150 P 0.045 0.099 0.149 0.208 0.229 0.208 0.062 151 V 0.031 0.070 0.117 0.193 0.251 0.253 0.085 152 M 0.035 0.068 0.111 0.210 0.294 0.238 0.044 153 K 0.055 0.212 0.309 0.246 0.124 0.047 0.007 154 V 0.019 0.032 0.074 0.231 0.374 0.243 0.028 155 N 0.127 0.286 0.274 0.192 0.087 0.030 0.004 156 G 0.318 0.351 0.192 0.095 0.034 0.010 0.001 157 A 0.262 0.266 0.225 0.158 0.069 0.019 0.002 158 S 0.359 0.293 0.188 0.106 0.042 0.011 0.001 159 S 0.245 0.233 0.207 0.181 0.098 0.034 0.003 160 V 0.244 0.300 0.239 0.146 0.056 0.013 0.001 161 D 0.215 0.393 0.242 0.108 0.033 0.008 0.001 162 F 0.056 0.071 0.122 0.273 0.301 0.163 0.013 163 I 0.067 0.151 0.231 0.286 0.195 0.065 0.005 164 S 0.315 0.321 0.200 0.108 0.041 0.013 0.002 165 R 0.238 0.292 0.230 0.156 0.064 0.018 0.002 166 G 0.273 0.250 0.214 0.150 0.080 0.028 0.005 167 G 0.183 0.199 0.201 0.197 0.138 0.071 0.012 168 Q 0.148 0.268 0.256 0.173 0.094 0.047 0.013 169 I 0.033 0.037 0.070 0.186 0.315 0.285 0.074 170 P 0.111 0.228 0.246 0.212 0.122 0.065 0.015 171 A 0.113 0.154 0.160 0.201 0.200 0.142 0.029 172 P 0.112 0.180 0.231 0.246 0.154 0.067 0.011 173 I 0.103 0.114 0.172 0.262 0.239 0.102 0.009 174 H 0.327 0.330 0.203 0.099 0.033 0.008 0.001 175 S 0.310 0.336 0.195 0.108 0.041 0.011 0.001 176 F 0.178 0.155 0.220 0.248 0.151 0.046 0.003 177 K 0.617 0.243 0.091 0.036 0.011 0.002 0.001 178 N 0.690 0.196 0.073 0.030 0.009 0.002 0.001