# TARGET T0296 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0296.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.08683 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.014 0.009 0.010 0.006 0.232 0.729 2 L 0.067 0.064 0.017 0.009 0.232 0.612 3 S 0.080 0.056 0.022 0.008 0.245 0.589 4 L 0.083 0.061 0.046 0.009 0.320 0.480 5 A 0.101 0.027 0.031 0.008 0.328 0.505 6 P 0.090 0.032 0.039 0.009 0.335 0.494 7 T 0.045 0.046 0.025 0.013 0.426 0.444 8 P 0.031 0.036 0.046 0.035 0.521 0.332 9 A 0.024 0.025 0.063 0.041 0.560 0.286 10 V 0.025 0.028 0.038 0.080 0.588 0.241 11 G 0.024 0.014 0.018 0.098 0.352 0.494 12 D 0.012 0.005 0.022 0.692 0.156 0.113 13 S 0.004 0.003 0.012 0.930 0.024 0.027 14 V 0.002 0.001 0.005 0.986 0.003 0.004 15 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.002 16 R 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 17 V 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 18 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 19 E 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.001 20 E 0.001 0.001 0.006 0.985 0.006 0.003 21 M 0.002 0.001 0.009 0.946 0.016 0.027 22 G 0.010 0.005 0.025 0.248 0.110 0.603 23 L 0.046 0.009 0.099 0.127 0.250 0.469 24 E 0.198 0.014 0.165 0.176 0.243 0.204 25 T 0.232 0.020 0.114 0.209 0.243 0.182 26 V 0.133 0.034 0.041 0.194 0.264 0.334 27 G 0.054 0.018 0.014 0.073 0.345 0.496 28 T 0.044 0.020 0.013 0.140 0.378 0.405 29 H 0.033 0.028 0.013 0.263 0.328 0.335 30 G 0.018 0.014 0.011 0.432 0.213 0.312 31 T 0.005 0.003 0.004 0.895 0.024 0.067 32 T 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 33 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 35 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 37 L 0.001 0.001 0.008 0.987 0.003 0.001 38 L 0.001 0.001 0.007 0.982 0.005 0.005 39 N 0.001 0.001 0.008 0.975 0.007 0.009 40 D 0.001 0.001 0.011 0.975 0.007 0.006 41 Q 0.001 0.001 0.010 0.967 0.010 0.012 42 V 0.002 0.001 0.013 0.943 0.022 0.019 43 K 0.004 0.001 0.011 0.936 0.035 0.014 44 K 0.006 0.001 0.008 0.888 0.055 0.042 45 G 0.013 0.002 0.013 0.440 0.191 0.340 46 G 0.082 0.006 0.021 0.092 0.221 0.578 47 V 0.454 0.016 0.033 0.106 0.133 0.256 48 M 0.603 0.015 0.032 0.095 0.102 0.152 49 A 0.567 0.017 0.049 0.107 0.100 0.159 50 C 0.536 0.013 0.077 0.111 0.120 0.143 51 N 0.450 0.013 0.124 0.102 0.184 0.128 52 Q 0.389 0.017 0.096 0.104 0.261 0.134 53 V 0.288 0.030 0.045 0.083 0.345 0.209 54 G 0.208 0.024 0.031 0.039 0.399 0.300 55 G 0.160 0.020 0.024 0.016 0.375 0.404 56 L 0.201 0.023 0.041 0.018 0.404 0.312 57 S 0.261 0.021 0.044 0.011 0.345 0.318 58 G 0.391 0.011 0.069 0.009 0.284 0.235 59 A 0.633 0.011 0.031 0.010 0.140 0.176 60 F 0.782 0.019 0.015 0.014 0.048 0.122 61 I 0.652 0.023 0.006 0.013 0.052 0.254 62 P 0.504 0.019 0.006 0.018 0.075 0.378 63 V 0.222 0.019 0.022 0.106 0.121 0.510 64 S 0.104 0.013 0.070 0.471 0.130 0.212 65 E 0.043 0.007 0.076 0.582 0.132 0.160 66 D 0.017 0.003 0.024 0.681 0.116 0.159 67 E 0.001 0.001 0.004 0.986 0.006 0.003 68 G 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.002 69 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 70 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 72 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 73 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.004 0.001 74 Q 0.001 0.001 0.002 0.984 0.012 0.002 75 N 0.001 0.001 0.005 0.899 0.072 0.024 76 G 0.001 0.001 0.003 0.021 0.236 0.738 77 S 0.019 0.011 0.004 0.004 0.112 0.850 78 L 0.231 0.072 0.003 0.004 0.138 0.552 79 N 0.076 0.009 0.001 0.006 0.062 0.845 80 L 0.005 0.001 0.032 0.924 0.015 0.024 81 E 0.004 0.001 0.039 0.927 0.020 0.010 82 K 0.005 0.001 0.069 0.896 0.024 0.007 83 L 0.012 0.002 0.029 0.905 0.029 0.022 84 E 0.013 0.002 0.017 0.937 0.019 0.012 85 A 0.008 0.001 0.012 0.945 0.020 0.014 86 M 0.014 0.002 0.010 0.915 0.028 0.031 87 T 0.011 0.002 0.013 0.929 0.023 0.022 88 A 0.017 0.002 0.025 0.902 0.032 0.022 89 I 0.010 0.002 0.018 0.898 0.031 0.041 90 C 0.015 0.004 0.021 0.846 0.037 0.077 91 S 0.029 0.007 0.033 0.534 0.161 0.235 92 V 0.039 0.005 0.054 0.453 0.267 0.183 93 G 0.100 0.020 0.073 0.146 0.360 0.301 94 L 0.177 0.012 0.100 0.072 0.394 0.245 95 D 0.161 0.007 0.124 0.070 0.328 0.310 96 M 0.453 0.026 0.130 0.058 0.141 0.192 97 I 0.629 0.026 0.033 0.025 0.086 0.200 98 A 0.658 0.025 0.045 0.015 0.056 0.200 99 I 0.387 0.034 0.020 0.013 0.141 0.405 100 P 0.121 0.019 0.028 0.010 0.696 0.125 101 E 0.019 0.005 0.026 0.005 0.849 0.096 102 D 0.005 0.005 0.027 0.009 0.859 0.096 103 T 0.009 0.033 0.004 0.010 0.681 0.263 104 P 0.005 0.013 0.003 0.073 0.113 0.794 105 A 0.001 0.001 0.007 0.974 0.009 0.009 106 E 0.001 0.001 0.006 0.986 0.005 0.002 107 T 0.001 0.001 0.005 0.988 0.004 0.002 108 I 0.002 0.001 0.003 0.990 0.003 0.002 109 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 110 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 111 M 0.001 0.001 0.004 0.989 0.003 0.003 112 I 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 113 A 0.002 0.001 0.007 0.964 0.012 0.014 114 D 0.001 0.001 0.011 0.956 0.016 0.015 115 E 0.005 0.001 0.024 0.942 0.018 0.010 116 A 0.007 0.001 0.016 0.962 0.008 0.006 117 A 0.016 0.001 0.017 0.951 0.010 0.005 118 I 0.019 0.001 0.015 0.943 0.014 0.008 119 G 0.064 0.002 0.031 0.811 0.041 0.050 120 V 0.156 0.010 0.037 0.660 0.096 0.040 121 I 0.169 0.010 0.036 0.501 0.268 0.017 122 N 0.105 0.006 0.022 0.438 0.344 0.086 123 M 0.049 0.008 0.010 0.068 0.387 0.478 124 K 0.154 0.040 0.005 0.008 0.319 0.474 125 T 0.412 0.008 0.003 0.003 0.120 0.454 126 T 0.828 0.006 0.002 0.001 0.054 0.110 127 A 0.973 0.001 0.001 0.001 0.008 0.018 128 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 129 R 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 130 I 0.969 0.002 0.001 0.001 0.005 0.024 131 I 0.786 0.008 0.001 0.001 0.029 0.176 132 P 0.420 0.010 0.004 0.001 0.460 0.105 133 K 0.077 0.005 0.012 0.001 0.801 0.103 134 G 0.017 0.005 0.014 0.001 0.912 0.050 135 K 0.062 0.029 0.015 0.002 0.853 0.039 136 E 0.125 0.021 0.011 0.005 0.505 0.333 137 G 0.162 0.015 0.009 0.003 0.572 0.239 138 D 0.343 0.011 0.009 0.003 0.266 0.368 139 M 0.801 0.031 0.011 0.008 0.041 0.108 140 I 0.906 0.006 0.012 0.009 0.027 0.040 141 E 0.889 0.008 0.012 0.014 0.029 0.048 142 F 0.720 0.021 0.011 0.026 0.071 0.152 143 G 0.364 0.014 0.019 0.032 0.246 0.326 144 G 0.183 0.007 0.017 0.008 0.270 0.516 145 L 0.244 0.029 0.051 0.016 0.312 0.349 146 L 0.238 0.054 0.062 0.008 0.330 0.309 147 G 0.146 0.014 0.043 0.004 0.413 0.380 148 T 0.213 0.015 0.015 0.003 0.295 0.459 149 A 0.304 0.008 0.010 0.002 0.202 0.474 150 P 0.433 0.009 0.007 0.002 0.158 0.391 151 V 0.836 0.012 0.005 0.002 0.039 0.105 152 M 0.937 0.008 0.002 0.002 0.012 0.039 153 K 0.960 0.005 0.001 0.001 0.012 0.021 154 V 0.774 0.010 0.003 0.004 0.140 0.069 155 N 0.235 0.007 0.005 0.003 0.581 0.169 156 G 0.051 0.004 0.012 0.006 0.770 0.157 157 A 0.117 0.031 0.028 0.014 0.563 0.247 158 S 0.208 0.039 0.031 0.039 0.245 0.437 159 S 0.157 0.018 0.140 0.300 0.200 0.184 160 V 0.133 0.006 0.117 0.381 0.196 0.167 161 D 0.206 0.009 0.139 0.361 0.178 0.108 162 F 0.219 0.016 0.077 0.516 0.089 0.083 163 I 0.174 0.012 0.044 0.664 0.058 0.049 164 S 0.155 0.015 0.039 0.585 0.095 0.110 165 R 0.110 0.018 0.033 0.346 0.205 0.288 166 G 0.081 0.016 0.019 0.047 0.331 0.506 167 G 0.085 0.005 0.008 0.004 0.216 0.682 168 Q 0.204 0.039 0.012 0.006 0.156 0.582 169 I 0.200 0.022 0.009 0.004 0.178 0.587 170 P 0.149 0.019 0.007 0.008 0.169 0.647 171 A 0.147 0.017 0.010 0.007 0.137 0.683 172 P 0.267 0.028 0.016 0.014 0.146 0.529 173 I 0.262 0.035 0.141 0.089 0.189 0.284 174 H 0.197 0.012 0.194 0.076 0.279 0.241 175 S 0.216 0.015 0.177 0.104 0.294 0.193 176 F 0.107 0.032 0.057 0.098 0.340 0.365 177 K 0.073 0.034 0.011 0.061 0.227 0.594 178 N 0.014 0.004 0.001 0.004 0.075 0.903