# TARGET T0296 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0296.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.08683 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.034 0.005 0.001 0.017 0.008 0.017 0.145 0.003 0.001 0.047 0.723 2 L 0.023 0.002 0.001 0.032 0.025 0.048 0.189 0.005 0.001 0.071 0.603 3 S 0.016 0.003 0.001 0.056 0.048 0.098 0.168 0.003 0.001 0.071 0.536 4 L 0.041 0.004 0.001 0.059 0.040 0.059 0.121 0.001 0.001 0.063 0.612 5 A 0.016 0.004 0.001 0.046 0.058 0.078 0.180 0.002 0.001 0.064 0.549 6 P 0.028 0.020 0.001 0.024 0.019 0.033 0.173 0.004 0.001 0.036 0.662 7 T 0.181 0.041 0.004 0.015 0.024 0.028 0.137 0.016 0.003 0.072 0.479 8 P 0.112 0.033 0.003 0.009 0.009 0.014 0.113 0.010 0.002 0.055 0.640 9 A 0.207 0.086 0.003 0.008 0.006 0.013 0.087 0.006 0.001 0.055 0.528 10 V 0.098 0.295 0.003 0.008 0.005 0.008 0.062 0.005 0.001 0.065 0.450 11 G 0.035 0.616 0.001 0.003 0.003 0.006 0.038 0.003 0.001 0.031 0.264 12 D 0.017 0.757 0.001 0.005 0.005 0.007 0.027 0.002 0.001 0.043 0.136 13 S 0.006 0.872 0.001 0.003 0.005 0.004 0.014 0.001 0.001 0.042 0.051 14 V 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.009 15 A 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 16 R 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.006 17 V 0.008 0.938 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.027 0.014 18 L 0.031 0.119 0.365 0.002 0.002 0.001 0.013 0.014 0.229 0.180 0.045 19 E 0.515 0.142 0.007 0.002 0.002 0.003 0.042 0.021 0.006 0.071 0.189 20 E 0.060 0.027 0.006 0.006 0.001 0.005 0.073 0.004 0.006 0.049 0.762 21 M 0.031 0.016 0.005 0.024 0.004 0.013 0.164 0.001 0.001 0.071 0.671 22 G 0.011 0.017 0.003 0.047 0.015 0.065 0.109 0.003 0.001 0.141 0.587 23 L 0.038 0.007 0.003 0.017 0.018 0.025 0.113 0.003 0.001 0.062 0.714 24 E 0.049 0.008 0.001 0.132 0.044 0.073 0.094 0.005 0.001 0.129 0.465 25 T 0.035 0.006 0.001 0.041 0.019 0.042 0.114 0.001 0.001 0.076 0.664 26 V 0.011 0.004 0.002 0.103 0.040 0.079 0.143 0.004 0.001 0.044 0.569 27 G 0.149 0.039 0.002 0.062 0.028 0.047 0.111 0.006 0.001 0.117 0.439 28 T 0.059 0.038 0.002 0.059 0.021 0.033 0.104 0.004 0.001 0.233 0.445 29 H 0.030 0.253 0.002 0.023 0.014 0.029 0.090 0.005 0.001 0.083 0.470 30 G 0.026 0.628 0.003 0.009 0.014 0.018 0.040 0.006 0.001 0.068 0.188 31 T 0.009 0.867 0.001 0.003 0.006 0.008 0.012 0.002 0.001 0.040 0.053 32 T 0.009 0.913 0.001 0.003 0.004 0.006 0.006 0.001 0.001 0.025 0.032 33 A 0.003 0.961 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.008 0.015 34 A 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.007 0.009 35 L 0.015 0.609 0.002 0.005 0.004 0.004 0.009 0.002 0.001 0.318 0.032 36 A 0.009 0.674 0.006 0.006 0.003 0.003 0.017 0.002 0.001 0.232 0.047 37 L 0.021 0.857 0.014 0.004 0.002 0.002 0.013 0.010 0.003 0.031 0.044 38 L 0.012 0.910 0.004 0.002 0.001 0.001 0.007 0.009 0.001 0.004 0.049 39 N 0.036 0.840 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.001 0.016 0.087 40 D 0.030 0.543 0.016 0.004 0.001 0.002 0.024 0.010 0.008 0.199 0.162 41 Q 0.104 0.118 0.185 0.003 0.001 0.002 0.043 0.014 0.088 0.298 0.143 42 V 0.388 0.034 0.031 0.006 0.001 0.003 0.060 0.012 0.024 0.113 0.327 43 K 0.185 0.028 0.002 0.005 0.001 0.002 0.061 0.004 0.002 0.028 0.683 44 K 0.039 0.039 0.001 0.007 0.001 0.003 0.100 0.003 0.001 0.017 0.789 45 G 0.021 0.029 0.002 0.011 0.006 0.017 0.144 0.017 0.001 0.039 0.714 46 G 0.094 0.110 0.004 0.024 0.016 0.032 0.117 0.009 0.001 0.081 0.511 47 V 0.107 0.111 0.004 0.064 0.026 0.057 0.084 0.004 0.001 0.073 0.468 48 M 0.063 0.145 0.005 0.111 0.042 0.082 0.094 0.006 0.002 0.071 0.379 49 A 0.077 0.076 0.005 0.128 0.060 0.080 0.109 0.009 0.002 0.075 0.379 50 C 0.073 0.034 0.006 0.144 0.075 0.095 0.115 0.009 0.003 0.087 0.360 51 N 0.053 0.018 0.003 0.092 0.038 0.086 0.121 0.005 0.001 0.061 0.522 52 Q 0.062 0.018 0.003 0.120 0.042 0.091 0.112 0.006 0.001 0.096 0.449 53 V 0.053 0.009 0.004 0.078 0.044 0.071 0.136 0.002 0.002 0.103 0.500 54 G 0.018 0.005 0.004 0.092 0.066 0.132 0.141 0.003 0.002 0.078 0.459 55 G 0.144 0.018 0.002 0.057 0.054 0.091 0.133 0.006 0.001 0.090 0.402 56 L 0.109 0.010 0.004 0.083 0.036 0.073 0.176 0.008 0.002 0.105 0.396 57 S 0.031 0.012 0.001 0.074 0.036 0.118 0.151 0.005 0.001 0.083 0.488 58 G 0.024 0.004 0.001 0.095 0.067 0.149 0.143 0.003 0.001 0.075 0.439 59 A 0.006 0.003 0.001 0.131 0.158 0.185 0.096 0.001 0.001 0.035 0.383 60 F 0.010 0.004 0.001 0.118 0.087 0.130 0.093 0.001 0.001 0.051 0.505 61 I 0.007 0.003 0.001 0.074 0.157 0.105 0.111 0.003 0.001 0.058 0.482 62 P 0.042 0.064 0.002 0.098 0.046 0.083 0.129 0.012 0.001 0.060 0.465 63 V 0.157 0.151 0.003 0.043 0.015 0.021 0.076 0.011 0.002 0.120 0.401 64 S 0.096 0.126 0.019 0.031 0.008 0.012 0.096 0.004 0.007 0.242 0.360 65 E 0.022 0.527 0.002 0.006 0.003 0.006 0.049 0.005 0.001 0.060 0.318 66 D 0.041 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.016 0.033 67 E 0.010 0.924 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.017 0.034 68 G 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 69 M 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 70 I 0.007 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.029 0.009 71 A 0.018 0.615 0.005 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.321 0.027 72 A 0.043 0.144 0.254 0.004 0.001 0.001 0.019 0.010 0.080 0.385 0.059 73 V 0.328 0.078 0.037 0.009 0.002 0.003 0.065 0.021 0.021 0.225 0.212 74 Q 0.116 0.105 0.003 0.007 0.001 0.003 0.059 0.004 0.003 0.046 0.652 75 N 0.044 0.035 0.002 0.005 0.001 0.004 0.113 0.003 0.001 0.045 0.747 76 G 0.052 0.076 0.003 0.016 0.004 0.019 0.121 0.019 0.001 0.092 0.596 77 S 0.168 0.122 0.003 0.012 0.006 0.014 0.095 0.003 0.001 0.053 0.523 78 L 0.024 0.181 0.006 0.035 0.007 0.015 0.077 0.004 0.002 0.034 0.617 79 N 0.053 0.805 0.001 0.004 0.002 0.004 0.020 0.005 0.001 0.013 0.091 80 L 0.059 0.808 0.004 0.007 0.002 0.002 0.014 0.007 0.001 0.018 0.077 81 E 0.026 0.779 0.003 0.008 0.005 0.009 0.023 0.005 0.001 0.030 0.110 82 K 0.023 0.801 0.004 0.005 0.004 0.006 0.018 0.004 0.001 0.037 0.096 83 L 0.065 0.395 0.010 0.015 0.017 0.017 0.041 0.008 0.002 0.309 0.122 84 E 0.038 0.475 0.007 0.024 0.017 0.035 0.046 0.006 0.002 0.184 0.166 85 A 0.042 0.474 0.008 0.022 0.020 0.038 0.054 0.005 0.002 0.084 0.250 86 M 0.027 0.460 0.008 0.046 0.028 0.054 0.058 0.006 0.002 0.086 0.225 87 T 0.022 0.130 0.003 0.032 0.043 0.077 0.065 0.003 0.001 0.419 0.204 88 A 0.020 0.147 0.007 0.064 0.052 0.074 0.072 0.005 0.002 0.260 0.298 89 I 0.067 0.152 0.016 0.081 0.041 0.064 0.094 0.008 0.005 0.119 0.352 90 C 0.085 0.054 0.007 0.097 0.066 0.089 0.074 0.006 0.003 0.240 0.278 91 S 0.068 0.037 0.004 0.077 0.040 0.079 0.117 0.005 0.003 0.137 0.431 92 V 0.089 0.025 0.010 0.111 0.041 0.073 0.145 0.008 0.006 0.096 0.396 93 G 0.057 0.018 0.004 0.131 0.050 0.093 0.182 0.009 0.002 0.089 0.365 94 L 0.032 0.011 0.002 0.128 0.039 0.064 0.187 0.004 0.001 0.116 0.417 95 D 0.012 0.007 0.001 0.264 0.061 0.138 0.121 0.004 0.001 0.150 0.241 96 M 0.009 0.003 0.001 0.228 0.051 0.121 0.118 0.001 0.001 0.092 0.376 97 I 0.003 0.001 0.001 0.241 0.140 0.235 0.077 0.001 0.001 0.081 0.220 98 A 0.010 0.002 0.001 0.258 0.048 0.116 0.100 0.001 0.001 0.115 0.348 99 I 0.072 0.003 0.001 0.137 0.049 0.088 0.143 0.006 0.001 0.156 0.344 100 P 0.155 0.005 0.001 0.032 0.008 0.010 0.155 0.002 0.001 0.077 0.553 101 E 0.007 0.001 0.001 0.008 0.008 0.016 0.194 0.003 0.001 0.026 0.736 102 D 0.075 0.030 0.001 0.008 0.004 0.007 0.149 0.004 0.001 0.045 0.677 103 T 0.058 0.054 0.002 0.008 0.005 0.006 0.096 0.009 0.001 0.476 0.287 104 P 0.029 0.561 0.003 0.002 0.001 0.002 0.038 0.004 0.001 0.163 0.197 105 A 0.032 0.848 0.002 0.001 0.001 0.002 0.010 0.004 0.001 0.025 0.074 106 E 0.014 0.844 0.002 0.002 0.001 0.002 0.011 0.002 0.001 0.053 0.067 107 T 0.007 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.008 0.019 108 I 0.010 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.005 0.016 109 A 0.029 0.792 0.003 0.003 0.002 0.002 0.012 0.004 0.001 0.111 0.042 110 A 0.011 0.802 0.005 0.004 0.001 0.001 0.024 0.002 0.002 0.070 0.078 111 M 0.020 0.861 0.010 0.002 0.001 0.001 0.017 0.011 0.002 0.019 0.057 112 I 0.024 0.864 0.004 0.003 0.001 0.001 0.011 0.007 0.001 0.031 0.053 113 A 0.023 0.731 0.005 0.002 0.001 0.001 0.024 0.004 0.003 0.072 0.134 114 D 0.050 0.722 0.008 0.003 0.001 0.001 0.021 0.007 0.002 0.103 0.082 115 E 0.059 0.489 0.022 0.009 0.002 0.004 0.038 0.008 0.007 0.245 0.117 116 A 0.052 0.647 0.005 0.010 0.004 0.010 0.044 0.005 0.001 0.050 0.172 117 A 0.057 0.525 0.004 0.020 0.008 0.020 0.043 0.007 0.001 0.067 0.247 118 I 0.056 0.268 0.016 0.038 0.023 0.042 0.084 0.007 0.004 0.167 0.294 119 G 0.129 0.147 0.024 0.048 0.033 0.087 0.095 0.016 0.010 0.149 0.263 120 V 0.197 0.019 0.024 0.028 0.021 0.056 0.084 0.012 0.012 0.086 0.460 121 I 0.185 0.004 0.003 0.023 0.027 0.041 0.098 0.004 0.002 0.044 0.568 122 N 0.018 0.001 0.001 0.019 0.013 0.031 0.103 0.001 0.001 0.020 0.794 123 M 0.009 0.001 0.001 0.018 0.031 0.045 0.125 0.002 0.001 0.026 0.742 124 K 0.015 0.001 0.001 0.032 0.079 0.084 0.170 0.006 0.001 0.048 0.563 125 T 0.005 0.002 0.001 0.076 0.052 0.082 0.114 0.001 0.001 0.037 0.630 126 T 0.002 0.001 0.001 0.251 0.152 0.315 0.045 0.001 0.001 0.066 0.165 127 A 0.001 0.001 0.001 0.238 0.143 0.308 0.031 0.001 0.001 0.055 0.221 128 V 0.001 0.001 0.001 0.281 0.252 0.291 0.019 0.001 0.001 0.034 0.121 129 R 0.001 0.001 0.001 0.277 0.272 0.284 0.016 0.001 0.001 0.042 0.107 130 I 0.002 0.001 0.001 0.277 0.166 0.219 0.043 0.001 0.001 0.045 0.246 131 I 0.011 0.001 0.001 0.162 0.186 0.254 0.073 0.002 0.001 0.047 0.265 132 P 0.110 0.003 0.001 0.050 0.067 0.081 0.087 0.001 0.001 0.053 0.546 133 K 0.004 0.001 0.001 0.007 0.017 0.033 0.101 0.003 0.001 0.018 0.814 134 G 0.165 0.001 0.001 0.004 0.007 0.009 0.066 0.005 0.002 0.026 0.712 135 K 0.219 0.002 0.001 0.005 0.010 0.011 0.095 0.005 0.001 0.067 0.585 136 E 0.016 0.002 0.001 0.006 0.008 0.020 0.114 0.002 0.001 0.020 0.811 137 G 0.012 0.007 0.001 0.019 0.036 0.077 0.121 0.002 0.001 0.041 0.682 138 D 0.003 0.005 0.001 0.053 0.264 0.348 0.064 0.001 0.001 0.062 0.199 139 M 0.003 0.003 0.001 0.072 0.159 0.355 0.052 0.001 0.001 0.062 0.292 140 I 0.003 0.002 0.002 0.142 0.346 0.251 0.035 0.001 0.001 0.038 0.181 141 E 0.048 0.008 0.001 0.098 0.171 0.269 0.057 0.004 0.001 0.151 0.192 142 F 0.197 0.020 0.002 0.067 0.064 0.089 0.089 0.006 0.002 0.095 0.368 143 G 0.024 0.005 0.002 0.044 0.053 0.131 0.140 0.008 0.002 0.036 0.554 144 G 0.057 0.004 0.002 0.031 0.088 0.155 0.129 0.004 0.002 0.072 0.456 145 L 0.061 0.006 0.002 0.054 0.108 0.161 0.102 0.006 0.001 0.089 0.410 146 L 0.074 0.008 0.003 0.037 0.040 0.063 0.097 0.002 0.001 0.042 0.632 147 G 0.014 0.006 0.002 0.039 0.102 0.188 0.117 0.003 0.001 0.040 0.487 148 T 0.026 0.017 0.001 0.026 0.067 0.089 0.104 0.005 0.001 0.041 0.623 149 A 0.053 0.009 0.002 0.036 0.147 0.123 0.115 0.014 0.001 0.051 0.449 150 P 0.033 0.016 0.001 0.082 0.101 0.189 0.099 0.006 0.001 0.044 0.429 151 V 0.027 0.006 0.001 0.067 0.080 0.159 0.080 0.002 0.001 0.052 0.526 152 M 0.010 0.003 0.002 0.132 0.176 0.156 0.097 0.002 0.001 0.042 0.380 153 K 0.044 0.009 0.004 0.087 0.063 0.113 0.112 0.004 0.003 0.047 0.515 154 V 0.199 0.007 0.003 0.044 0.031 0.032 0.083 0.007 0.002 0.058 0.533 155 N 0.052 0.003 0.001 0.018 0.011 0.019 0.102 0.003 0.001 0.042 0.747 156 G 0.036 0.009 0.001 0.014 0.009 0.019 0.113 0.003 0.001 0.027 0.770 157 A 0.036 0.015 0.001 0.027 0.029 0.034 0.145 0.004 0.001 0.043 0.664 158 S 0.032 0.090 0.002 0.031 0.046 0.052 0.119 0.005 0.001 0.040 0.581 159 S 0.067 0.180 0.002 0.032 0.051 0.075 0.095 0.016 0.001 0.046 0.437 160 V 0.047 0.103 0.002 0.042 0.070 0.083 0.085 0.007 0.001 0.111 0.449 161 D 0.020 0.086 0.008 0.093 0.071 0.162 0.089 0.005 0.003 0.204 0.260 162 F 0.077 0.021 0.025 0.077 0.070 0.134 0.081 0.006 0.008 0.191 0.309 163 I 0.089 0.010 0.012 0.098 0.108 0.130 0.075 0.006 0.007 0.094 0.373 164 S 0.165 0.004 0.002 0.023 0.025 0.054 0.088 0.003 0.002 0.038 0.597 165 R 0.042 0.002 0.001 0.021 0.013 0.032 0.096 0.008 0.001 0.038 0.746 166 G 0.021 0.001 0.001 0.009 0.010 0.022 0.133 0.003 0.001 0.030 0.771 167 G 0.010 0.001 0.001 0.034 0.051 0.115 0.130 0.003 0.001 0.045 0.610 168 Q 0.023 0.002 0.001 0.035 0.032 0.040 0.097 0.001 0.001 0.040 0.730 169 I 0.008 0.001 0.001 0.037 0.115 0.099 0.113 0.005 0.001 0.036 0.586 170 P 0.071 0.017 0.001 0.030 0.019 0.025 0.114 0.003 0.001 0.035 0.683 171 A 0.076 0.008 0.001 0.028 0.060 0.065 0.140 0.018 0.001 0.077 0.527 172 P 0.039 0.030 0.002 0.041 0.019 0.042 0.133 0.005 0.001 0.039 0.648 173 I 0.159 0.040 0.006 0.044 0.044 0.078 0.101 0.009 0.002 0.059 0.457 174 H 0.095 0.016 0.003 0.056 0.082 0.097 0.113 0.007 0.001 0.080 0.452 175 S 0.042 0.010 0.002 0.043 0.028 0.070 0.124 0.002 0.001 0.043 0.635 176 F 0.093 0.012 0.003 0.048 0.041 0.052 0.113 0.003 0.001 0.052 0.581 177 K 0.048 0.008 0.001 0.019 0.022 0.031 0.136 0.004 0.001 0.035 0.694 178 N 0.063 0.012 0.001 0.013 0.018 0.027 0.126 0.007 0.001 0.036 0.696