# TARGET T0296 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0296.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.08683 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.022 0.002 0.001 0.033 0.034 0.053 0.068 0.001 0.001 0.003 0.783 2 L 0.065 0.003 0.004 0.044 0.038 0.069 0.084 0.001 0.001 0.010 0.683 3 S 0.061 0.003 0.002 0.071 0.064 0.061 0.180 0.001 0.001 0.005 0.552 4 L 0.044 0.002 0.003 0.033 0.012 0.024 0.055 0.001 0.001 0.005 0.822 5 A 0.075 0.003 0.003 0.152 0.076 0.150 0.189 0.001 0.001 0.006 0.346 6 P 0.009 0.001 0.001 0.013 0.004 0.008 0.017 0.001 0.001 0.001 0.946 7 T 0.029 0.002 0.001 0.088 0.048 0.119 0.182 0.001 0.001 0.003 0.528 8 P 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.982 9 A 0.029 0.005 0.001 0.030 0.015 0.030 0.351 0.001 0.001 0.007 0.532 10 V 0.247 0.012 0.002 0.016 0.009 0.019 0.211 0.001 0.001 0.013 0.470 11 G 0.275 0.136 0.002 0.035 0.008 0.016 0.114 0.003 0.001 0.007 0.404 12 D 0.172 0.130 0.010 0.013 0.004 0.013 0.115 0.001 0.001 0.010 0.531 13 S 0.047 0.146 0.002 0.008 0.005 0.005 0.123 0.002 0.001 0.001 0.660 14 V 0.031 0.519 0.003 0.008 0.005 0.009 0.072 0.003 0.001 0.002 0.348 15 A 0.011 0.838 0.001 0.003 0.004 0.010 0.029 0.002 0.001 0.002 0.100 16 R 0.010 0.855 0.001 0.001 0.001 0.004 0.055 0.002 0.001 0.001 0.070 17 V 0.020 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 18 L 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 19 E 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 20 E 0.054 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.014 21 M 0.103 0.790 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.001 0.001 0.017 22 G 0.435 0.261 0.040 0.002 0.002 0.001 0.004 0.137 0.001 0.001 0.115 23 L 0.010 0.019 0.808 0.003 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.150 24 E 0.006 0.014 0.005 0.095 0.033 0.035 0.055 0.007 0.001 0.001 0.751 25 T 0.266 0.019 0.008 0.080 0.010 0.014 0.045 0.003 0.001 0.004 0.551 26 V 0.082 0.073 0.006 0.216 0.030 0.054 0.095 0.004 0.001 0.003 0.435 27 G 0.052 0.028 0.004 0.184 0.037 0.058 0.153 0.002 0.001 0.007 0.475 28 T 0.078 0.024 0.005 0.071 0.011 0.023 0.128 0.001 0.001 0.005 0.654 29 H 0.024 0.016 0.003 0.032 0.007 0.013 0.070 0.001 0.001 0.003 0.830 30 G 0.105 0.026 0.006 0.032 0.015 0.023 0.240 0.003 0.001 0.022 0.528 31 T 0.138 0.075 0.006 0.011 0.006 0.011 0.299 0.002 0.001 0.010 0.442 32 T 0.020 0.257 0.002 0.011 0.006 0.007 0.077 0.002 0.001 0.002 0.616 33 A 0.018 0.507 0.002 0.003 0.004 0.007 0.109 0.001 0.001 0.005 0.346 34 A 0.010 0.777 0.001 0.002 0.009 0.021 0.107 0.004 0.001 0.004 0.065 35 L 0.010 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 36 A 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 37 L 0.016 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.008 38 L 0.025 0.950 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.007 39 N 0.005 0.962 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.012 40 D 0.014 0.839 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.131 41 Q 0.033 0.868 0.005 0.001 0.001 0.001 0.028 0.012 0.001 0.001 0.051 42 V 0.046 0.861 0.005 0.002 0.002 0.005 0.022 0.028 0.001 0.003 0.027 43 K 0.018 0.948 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.016 44 K 0.024 0.911 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.050 45 G 0.224 0.555 0.005 0.001 0.003 0.002 0.002 0.081 0.001 0.001 0.127 46 G 0.325 0.337 0.121 0.007 0.007 0.007 0.019 0.041 0.001 0.005 0.132 47 V 0.041 0.176 0.283 0.032 0.029 0.046 0.054 0.013 0.001 0.002 0.325 48 M 0.033 0.112 0.010 0.179 0.094 0.147 0.055 0.006 0.001 0.002 0.363 49 A 0.057 0.106 0.006 0.094 0.060 0.090 0.067 0.003 0.001 0.003 0.514 50 C 0.051 0.152 0.008 0.142 0.083 0.147 0.062 0.004 0.001 0.004 0.347 51 N 0.033 0.093 0.005 0.116 0.089 0.170 0.082 0.005 0.001 0.005 0.402 52 Q 0.066 0.075 0.004 0.072 0.109 0.136 0.097 0.006 0.001 0.009 0.429 53 V 0.090 0.091 0.012 0.048 0.079 0.114 0.091 0.005 0.001 0.008 0.462 54 G 0.047 0.079 0.008 0.064 0.102 0.135 0.103 0.006 0.001 0.006 0.449 55 G 0.079 0.057 0.009 0.032 0.076 0.099 0.105 0.004 0.001 0.010 0.528 56 L 0.073 0.073 0.015 0.036 0.093 0.149 0.093 0.003 0.001 0.009 0.455 57 S 0.041 0.041 0.004 0.069 0.104 0.136 0.104 0.003 0.001 0.005 0.493 58 G 0.100 0.022 0.007 0.054 0.076 0.099 0.069 0.004 0.001 0.012 0.557 59 A 0.113 0.034 0.019 0.116 0.137 0.231 0.108 0.004 0.001 0.012 0.227 60 F 0.036 0.031 0.016 0.143 0.131 0.272 0.065 0.004 0.001 0.007 0.295 61 I 0.021 0.017 0.006 0.196 0.213 0.315 0.046 0.002 0.001 0.003 0.182 62 P 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.960 63 V 0.012 0.005 0.002 0.152 0.072 0.210 0.147 0.001 0.001 0.005 0.393 64 S 0.067 0.020 0.002 0.066 0.026 0.075 0.184 0.001 0.001 0.008 0.551 65 E 0.031 0.109 0.001 0.069 0.046 0.057 0.171 0.002 0.001 0.007 0.506 66 D 0.092 0.118 0.003 0.009 0.005 0.014 0.316 0.001 0.001 0.015 0.426 67 E 0.051 0.232 0.002 0.005 0.004 0.005 0.345 0.004 0.001 0.011 0.340 68 G 0.035 0.502 0.007 0.001 0.002 0.003 0.181 0.003 0.001 0.013 0.254 69 M 0.011 0.887 0.007 0.001 0.002 0.003 0.046 0.001 0.001 0.001 0.042 70 I 0.003 0.975 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 71 A 0.016 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.027 72 A 0.020 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 73 V 0.014 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.008 74 Q 0.035 0.902 0.014 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 0.001 0.001 0.024 75 N 0.053 0.745 0.010 0.003 0.003 0.005 0.005 0.116 0.001 0.001 0.060 76 G 0.442 0.258 0.019 0.004 0.002 0.001 0.009 0.136 0.001 0.002 0.127 77 S 0.162 0.113 0.550 0.004 0.001 0.001 0.032 0.006 0.001 0.004 0.127 78 L 0.015 0.113 0.143 0.094 0.036 0.038 0.117 0.007 0.001 0.002 0.435 79 N 0.056 0.061 0.005 0.042 0.010 0.016 0.222 0.003 0.001 0.005 0.579 80 L 0.094 0.147 0.018 0.055 0.011 0.022 0.065 0.002 0.001 0.007 0.579 81 E 0.020 0.187 0.003 0.031 0.012 0.020 0.201 0.002 0.001 0.004 0.519 82 K 0.050 0.134 0.001 0.019 0.014 0.021 0.284 0.010 0.001 0.017 0.451 83 L 0.054 0.701 0.003 0.012 0.008 0.011 0.023 0.003 0.001 0.003 0.183 84 E 0.017 0.790 0.001 0.008 0.015 0.026 0.052 0.014 0.001 0.005 0.072 85 A 0.033 0.867 0.002 0.003 0.006 0.016 0.007 0.015 0.001 0.001 0.048 86 M 0.038 0.900 0.002 0.004 0.006 0.007 0.001 0.024 0.001 0.001 0.018 87 T 0.048 0.853 0.013 0.005 0.009 0.010 0.004 0.023 0.001 0.001 0.035 88 A 0.082 0.486 0.053 0.039 0.048 0.048 0.011 0.047 0.001 0.002 0.185 89 I 0.052 0.332 0.061 0.136 0.094 0.138 0.048 0.017 0.001 0.002 0.119 90 C 0.027 0.208 0.016 0.254 0.132 0.195 0.039 0.011 0.001 0.003 0.114 91 S 0.045 0.192 0.016 0.165 0.118 0.184 0.063 0.007 0.001 0.004 0.208 92 V 0.027 0.086 0.008 0.148 0.107 0.166 0.075 0.007 0.001 0.005 0.371 93 G 0.066 0.032 0.008 0.102 0.104 0.155 0.109 0.007 0.001 0.017 0.399 94 L 0.053 0.032 0.041 0.143 0.147 0.209 0.098 0.003 0.001 0.016 0.257 95 D 0.018 0.021 0.003 0.191 0.209 0.229 0.079 0.003 0.001 0.004 0.242 96 M 0.046 0.013 0.007 0.167 0.175 0.241 0.045 0.002 0.001 0.006 0.297 97 I 0.023 0.012 0.003 0.190 0.227 0.342 0.068 0.003 0.001 0.004 0.129 98 A 0.023 0.008 0.013 0.196 0.128 0.212 0.057 0.003 0.001 0.005 0.354 99 I 0.012 0.004 0.003 0.220 0.189 0.201 0.114 0.001 0.001 0.002 0.254 100 P 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.970 101 E 0.008 0.001 0.001 0.077 0.018 0.070 0.275 0.001 0.001 0.005 0.545 102 D 0.248 0.002 0.001 0.020 0.004 0.010 0.124 0.001 0.001 0.023 0.568 103 T 0.253 0.018 0.002 0.028 0.006 0.008 0.144 0.001 0.001 0.005 0.535 104 P 0.027 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.914 105 A 0.038 0.031 0.001 0.009 0.003 0.009 0.153 0.001 0.001 0.005 0.752 106 E 0.029 0.096 0.001 0.004 0.003 0.009 0.201 0.001 0.001 0.003 0.654 107 T 0.056 0.506 0.001 0.003 0.004 0.003 0.069 0.003 0.001 0.001 0.355 108 I 0.013 0.937 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.037 109 A 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.019 110 A 0.012 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 111 M 0.011 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 112 I 0.012 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 113 A 0.005 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.008 114 D 0.011 0.936 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.044 115 E 0.015 0.929 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.001 0.001 0.031 116 A 0.016 0.935 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 0.022 117 A 0.010 0.948 0.013 0.001 0.001 0.003 0.007 0.006 0.001 0.001 0.011 118 I 0.007 0.968 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 0.009 119 G 0.043 0.888 0.003 0.002 0.003 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 0.041 120 V 0.063 0.778 0.061 0.004 0.010 0.011 0.005 0.017 0.001 0.001 0.049 121 I 0.058 0.495 0.022 0.043 0.049 0.082 0.018 0.080 0.001 0.002 0.152 122 N 0.097 0.233 0.045 0.051 0.057 0.067 0.042 0.053 0.001 0.004 0.351 123 M 0.109 0.084 0.025 0.041 0.050 0.059 0.059 0.022 0.001 0.009 0.541 124 K 0.108 0.036 0.029 0.054 0.052 0.064 0.163 0.011 0.001 0.013 0.471 125 T 0.062 0.010 0.017 0.040 0.026 0.040 0.076 0.003 0.001 0.009 0.719 126 T 0.054 0.009 0.010 0.137 0.208 0.174 0.113 0.002 0.001 0.010 0.283 127 A 0.053 0.006 0.007 0.156 0.130 0.182 0.107 0.001 0.001 0.008 0.349 128 V 0.008 0.002 0.004 0.192 0.266 0.371 0.027 0.001 0.001 0.002 0.128 129 R 0.001 0.001 0.001 0.192 0.285 0.440 0.022 0.001 0.001 0.001 0.058 130 I 0.004 0.001 0.001 0.131 0.225 0.396 0.023 0.001 0.001 0.002 0.217 131 I 0.003 0.001 0.001 0.139 0.374 0.352 0.021 0.001 0.001 0.001 0.109 132 P 0.001 0.001 0.001 0.013 0.031 0.053 0.011 0.001 0.001 0.001 0.890 133 K 0.002 0.001 0.001 0.049 0.109 0.274 0.093 0.001 0.001 0.003 0.469 134 G 0.030 0.001 0.001 0.019 0.030 0.060 0.088 0.001 0.001 0.013 0.759 135 K 0.087 0.003 0.001 0.013 0.025 0.026 0.195 0.001 0.001 0.016 0.633 136 E 0.097 0.003 0.001 0.010 0.010 0.014 0.165 0.001 0.001 0.013 0.687 137 G 0.206 0.009 0.004 0.016 0.023 0.029 0.151 0.001 0.001 0.023 0.538 138 D 0.130 0.012 0.009 0.015 0.063 0.073 0.274 0.001 0.001 0.016 0.408 139 M 0.016 0.008 0.005 0.016 0.059 0.101 0.093 0.001 0.001 0.003 0.700 140 I 0.010 0.009 0.001 0.068 0.270 0.418 0.069 0.001 0.001 0.002 0.153 141 E 0.018 0.027 0.001 0.045 0.145 0.254 0.117 0.001 0.001 0.005 0.387 142 F 0.027 0.068 0.002 0.065 0.159 0.281 0.098 0.002 0.001 0.005 0.294 143 G 0.054 0.064 0.002 0.077 0.107 0.190 0.124 0.005 0.001 0.009 0.367 144 G 0.098 0.056 0.005 0.046 0.086 0.086 0.160 0.007 0.001 0.021 0.435 145 L 0.134 0.074 0.031 0.041 0.057 0.077 0.138 0.004 0.001 0.013 0.432 146 L 0.035 0.043 0.007 0.054 0.083 0.100 0.091 0.006 0.001 0.005 0.576 147 G 0.092 0.029 0.006 0.051 0.079 0.120 0.113 0.005 0.001 0.012 0.491 148 T 0.109 0.022 0.030 0.030 0.031 0.068 0.050 0.003 0.001 0.009 0.649 149 A 0.034 0.010 0.008 0.111 0.117 0.201 0.074 0.002 0.001 0.004 0.438 150 P 0.004 0.001 0.002 0.018 0.015 0.021 0.010 0.001 0.001 0.001 0.928 151 V 0.016 0.004 0.001 0.147 0.121 0.255 0.069 0.001 0.001 0.003 0.382 152 M 0.046 0.010 0.001 0.203 0.143 0.268 0.050 0.001 0.001 0.004 0.275 153 K 0.031 0.025 0.001 0.172 0.135 0.162 0.053 0.001 0.001 0.002 0.418 154 V 0.033 0.019 0.003 0.137 0.143 0.290 0.065 0.001 0.001 0.005 0.302 155 N 0.027 0.017 0.002 0.115 0.118 0.242 0.158 0.003 0.001 0.005 0.313 156 G 0.054 0.007 0.003 0.023 0.020 0.028 0.086 0.004 0.001 0.009 0.765 157 A 0.146 0.012 0.032 0.039 0.026 0.042 0.173 0.002 0.001 0.022 0.505 158 S 0.037 0.006 0.004 0.021 0.023 0.022 0.264 0.001 0.001 0.007 0.614 159 S 0.029 0.008 0.005 0.016 0.010 0.019 0.076 0.001 0.001 0.007 0.829 160 V 0.032 0.032 0.002 0.037 0.047 0.089 0.203 0.001 0.001 0.011 0.546 161 D 0.072 0.049 0.001 0.019 0.043 0.059 0.266 0.001 0.001 0.015 0.476 162 F 0.130 0.238 0.003 0.046 0.080 0.133 0.083 0.003 0.001 0.006 0.278 163 I 0.054 0.356 0.003 0.065 0.140 0.229 0.037 0.004 0.001 0.003 0.108 164 S 0.038 0.404 0.002 0.032 0.096 0.150 0.046 0.008 0.001 0.003 0.222 165 R 0.126 0.292 0.004 0.026 0.058 0.085 0.033 0.024 0.001 0.002 0.350 166 G 0.235 0.135 0.015 0.023 0.046 0.045 0.080 0.035 0.001 0.012 0.373 167 G 0.239 0.041 0.072 0.028 0.029 0.030 0.166 0.008 0.001 0.019 0.368 168 Q 0.095 0.022 0.109 0.044 0.035 0.063 0.126 0.004 0.001 0.009 0.491 169 I 0.030 0.011 0.010 0.206 0.111 0.187 0.068 0.001 0.001 0.002 0.373 170 P 0.002 0.001 0.001 0.009 0.005 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.967 171 A 0.021 0.003 0.002 0.172 0.112 0.332 0.042 0.001 0.001 0.002 0.314 172 P 0.003 0.001 0.001 0.010 0.007 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.961 173 I 0.031 0.007 0.001 0.090 0.115 0.287 0.053 0.001 0.001 0.004 0.411 174 H 0.064 0.012 0.001 0.061 0.078 0.206 0.081 0.001 0.001 0.005 0.490 175 S 0.103 0.042 0.001 0.043 0.064 0.072 0.069 0.002 0.001 0.003 0.602 176 F 0.128 0.059 0.005 0.039 0.081 0.125 0.100 0.002 0.001 0.008 0.452 177 K 0.056 0.057 0.004 0.029 0.065 0.093 0.233 0.003 0.001 0.010 0.451 178 N 0.113 0.047 0.005 0.012 0.022 0.034 0.255 0.005 0.001 0.017 0.490