# TARGET T0296 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0296.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.08683 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.032 0.008 0.009 0.027 0.046 0.048 0.830 2 L 0.091 0.057 0.019 0.019 0.058 0.058 0.697 3 S 0.133 0.074 0.020 0.010 0.109 0.044 0.610 4 L 0.165 0.033 0.022 0.014 0.167 0.073 0.526 5 A 0.065 0.021 0.003 0.003 0.093 0.019 0.796 6 P 0.034 0.076 0.002 0.004 0.074 0.018 0.791 7 T 0.012 0.026 0.001 0.001 0.105 0.003 0.851 8 P 0.003 0.005 0.088 0.050 0.057 0.719 0.078 9 A 0.003 0.007 0.125 0.049 0.051 0.646 0.119 10 V 0.005 0.021 0.167 0.099 0.125 0.389 0.193 11 G 0.005 0.018 0.031 0.124 0.114 0.549 0.159 12 D 0.013 0.022 0.011 0.168 0.387 0.115 0.285 13 S 0.025 0.082 0.010 0.375 0.113 0.037 0.358 14 V 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.003 0.005 15 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 16 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 18 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 19 E 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.009 0.001 20 E 0.001 0.001 0.003 0.946 0.001 0.047 0.001 21 M 0.002 0.003 0.008 0.712 0.009 0.244 0.022 22 G 0.004 0.005 0.015 0.318 0.038 0.457 0.163 23 L 0.027 0.011 0.084 0.282 0.115 0.107 0.374 24 E 0.083 0.010 0.165 0.369 0.107 0.078 0.189 25 T 0.104 0.016 0.126 0.374 0.098 0.121 0.160 26 V 0.099 0.042 0.065 0.257 0.114 0.207 0.216 27 G 0.049 0.013 0.016 0.101 0.176 0.233 0.412 28 T 0.040 0.011 0.009 0.115 0.256 0.184 0.384 29 H 0.016 0.009 0.010 0.432 0.171 0.263 0.099 30 G 0.017 0.004 0.010 0.637 0.085 0.124 0.123 31 T 0.008 0.002 0.004 0.894 0.017 0.016 0.060 32 T 0.002 0.001 0.001 0.985 0.004 0.002 0.005 33 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.002 34 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 35 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 36 A 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.005 0.001 37 L 0.001 0.001 0.006 0.963 0.001 0.030 0.001 38 L 0.001 0.001 0.009 0.928 0.003 0.051 0.008 39 N 0.001 0.001 0.023 0.936 0.004 0.029 0.006 40 D 0.001 0.001 0.030 0.890 0.005 0.071 0.004 41 Q 0.002 0.001 0.036 0.869 0.007 0.072 0.013 42 V 0.011 0.007 0.025 0.805 0.049 0.059 0.043 43 K 0.026 0.005 0.027 0.743 0.027 0.104 0.069 44 K 0.014 0.002 0.020 0.680 0.048 0.212 0.025 45 G 0.018 0.003 0.019 0.489 0.057 0.317 0.098 46 G 0.084 0.011 0.036 0.368 0.107 0.169 0.225 47 V 0.224 0.014 0.041 0.415 0.058 0.095 0.153 48 M 0.282 0.011 0.049 0.449 0.050 0.056 0.103 49 A 0.367 0.016 0.043 0.361 0.040 0.055 0.117 50 C 0.415 0.019 0.047 0.251 0.059 0.077 0.132 51 N 0.371 0.008 0.047 0.220 0.120 0.103 0.130 52 Q 0.328 0.012 0.041 0.188 0.163 0.100 0.168 53 V 0.267 0.027 0.044 0.188 0.117 0.172 0.184 54 G 0.181 0.026 0.049 0.096 0.186 0.252 0.210 55 G 0.131 0.021 0.087 0.095 0.159 0.329 0.178 56 L 0.170 0.034 0.111 0.095 0.128 0.201 0.261 57 S 0.183 0.042 0.142 0.050 0.105 0.165 0.313 58 G 0.179 0.016 0.227 0.071 0.135 0.227 0.145 59 A 0.352 0.015 0.132 0.065 0.091 0.124 0.220 60 F 0.550 0.056 0.049 0.034 0.046 0.056 0.210 61 I 0.499 0.073 0.013 0.023 0.122 0.012 0.259 62 P 0.272 0.032 0.012 0.014 0.040 0.010 0.620 63 V 0.038 0.009 0.257 0.340 0.061 0.151 0.144 64 S 0.008 0.005 0.292 0.436 0.048 0.174 0.038 65 E 0.003 0.007 0.236 0.440 0.039 0.125 0.151 66 D 0.001 0.005 0.039 0.752 0.015 0.039 0.150 67 E 0.001 0.001 0.012 0.962 0.001 0.024 0.001 68 G 0.001 0.001 0.006 0.976 0.001 0.016 0.001 69 M 0.001 0.001 0.004 0.985 0.001 0.008 0.002 70 I 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.007 0.001 71 A 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.006 0.002 72 A 0.001 0.001 0.005 0.982 0.002 0.005 0.005 73 V 0.002 0.001 0.003 0.976 0.003 0.013 0.003 74 Q 0.003 0.001 0.004 0.938 0.004 0.045 0.004 75 N 0.001 0.001 0.011 0.576 0.014 0.395 0.003 76 G 0.002 0.001 0.008 0.102 0.035 0.833 0.020 77 S 0.035 0.022 0.020 0.054 0.164 0.182 0.524 78 L 0.175 0.146 0.005 0.013 0.146 0.018 0.497 79 N 0.204 0.050 0.008 0.010 0.072 0.009 0.648 80 L 0.012 0.002 0.266 0.655 0.005 0.027 0.033 81 E 0.004 0.001 0.222 0.716 0.011 0.039 0.008 82 K 0.003 0.001 0.194 0.771 0.003 0.022 0.008 83 L 0.008 0.002 0.046 0.921 0.003 0.008 0.014 84 E 0.011 0.001 0.024 0.931 0.005 0.017 0.010 85 A 0.021 0.001 0.021 0.915 0.006 0.032 0.004 86 M 0.034 0.001 0.014 0.907 0.004 0.032 0.007 87 T 0.046 0.003 0.018 0.875 0.011 0.037 0.011 88 A 0.062 0.003 0.024 0.808 0.020 0.064 0.019 89 I 0.073 0.005 0.028 0.769 0.018 0.081 0.026 90 C 0.092 0.010 0.053 0.609 0.062 0.097 0.077 91 S 0.084 0.013 0.090 0.344 0.130 0.201 0.137 92 V 0.078 0.009 0.104 0.134 0.179 0.354 0.142 93 G 0.098 0.020 0.131 0.084 0.145 0.324 0.198 94 L 0.215 0.010 0.157 0.044 0.119 0.187 0.267 95 D 0.380 0.012 0.082 0.030 0.126 0.085 0.285 96 M 0.808 0.009 0.041 0.014 0.012 0.033 0.083 97 I 0.903 0.008 0.005 0.007 0.013 0.006 0.057 98 A 0.901 0.011 0.002 0.005 0.008 0.003 0.070 99 I 0.550 0.036 0.001 0.003 0.035 0.004 0.371 100 P 0.103 0.016 0.004 0.001 0.056 0.013 0.807 101 E 0.010 0.003 0.032 0.004 0.155 0.719 0.076 102 D 0.006 0.007 0.028 0.008 0.280 0.533 0.137 103 T 0.008 0.014 0.001 0.003 0.569 0.006 0.399 104 P 0.010 0.025 0.002 0.030 0.071 0.014 0.847 105 A 0.001 0.001 0.015 0.960 0.003 0.014 0.007 106 E 0.001 0.001 0.016 0.972 0.002 0.007 0.003 107 T 0.001 0.001 0.006 0.988 0.001 0.002 0.003 108 I 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 109 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 110 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 111 M 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.007 0.001 112 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 113 A 0.001 0.001 0.002 0.979 0.001 0.017 0.001 114 D 0.001 0.001 0.003 0.962 0.003 0.024 0.007 115 E 0.001 0.001 0.004 0.985 0.001 0.009 0.001 116 A 0.001 0.001 0.008 0.980 0.001 0.010 0.001 117 A 0.001 0.001 0.005 0.982 0.001 0.010 0.001 118 I 0.001 0.001 0.004 0.977 0.001 0.014 0.001 119 G 0.004 0.001 0.007 0.946 0.001 0.038 0.003 120 V 0.011 0.001 0.009 0.915 0.004 0.053 0.007 121 I 0.019 0.003 0.011 0.797 0.019 0.130 0.023 122 N 0.032 0.006 0.012 0.285 0.085 0.480 0.099 123 M 0.041 0.005 0.010 0.085 0.346 0.191 0.322 124 K 0.092 0.010 0.006 0.012 0.401 0.072 0.406 125 T 0.201 0.017 0.011 0.003 0.081 0.047 0.640 126 T 0.593 0.005 0.008 0.002 0.151 0.023 0.217 127 A 0.929 0.004 0.002 0.001 0.005 0.002 0.059 128 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 129 R 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 130 I 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 131 I 0.865 0.011 0.001 0.001 0.014 0.001 0.108 132 P 0.591 0.008 0.001 0.001 0.021 0.002 0.375 133 K 0.113 0.019 0.016 0.004 0.194 0.459 0.195 134 G 0.026 0.006 0.029 0.003 0.182 0.498 0.256 135 K 0.042 0.010 0.030 0.004 0.349 0.159 0.406 136 E 0.050 0.033 0.027 0.003 0.240 0.319 0.329 137 G 0.078 0.007 0.039 0.002 0.377 0.210 0.287 138 D 0.188 0.008 0.038 0.003 0.262 0.076 0.426 139 M 0.811 0.042 0.019 0.006 0.040 0.014 0.069 140 I 0.913 0.009 0.005 0.005 0.005 0.003 0.060 141 E 0.941 0.009 0.004 0.009 0.004 0.005 0.029 142 F 0.819 0.011 0.010 0.013 0.014 0.063 0.069 143 G 0.211 0.003 0.018 0.005 0.173 0.401 0.189 144 G 0.146 0.006 0.040 0.006 0.337 0.302 0.164 145 L 0.307 0.112 0.070 0.009 0.164 0.159 0.178 146 L 0.257 0.117 0.085 0.004 0.114 0.147 0.276 147 G 0.122 0.012 0.030 0.002 0.183 0.381 0.271 148 T 0.113 0.025 0.012 0.003 0.451 0.101 0.295 149 A 0.187 0.016 0.006 0.003 0.428 0.012 0.348 150 P 0.297 0.012 0.018 0.007 0.092 0.042 0.530 151 V 0.644 0.057 0.047 0.012 0.065 0.037 0.138 152 M 0.751 0.019 0.036 0.016 0.046 0.019 0.113 153 K 0.744 0.015 0.029 0.028 0.022 0.033 0.130 154 V 0.456 0.038 0.036 0.026 0.047 0.076 0.321 155 N 0.204 0.015 0.030 0.016 0.159 0.264 0.311 156 G 0.100 0.008 0.035 0.014 0.247 0.352 0.244 157 A 0.083 0.024 0.042 0.030 0.238 0.141 0.442 158 S 0.100 0.030 0.050 0.031 0.170 0.094 0.524 159 S 0.087 0.015 0.177 0.273 0.085 0.150 0.213 160 V 0.093 0.007 0.268 0.361 0.056 0.085 0.130 161 D 0.089 0.006 0.241 0.484 0.042 0.046 0.091 162 F 0.169 0.012 0.202 0.479 0.034 0.054 0.050 163 I 0.306 0.020 0.087 0.404 0.046 0.078 0.060 164 S 0.248 0.010 0.054 0.434 0.034 0.149 0.071 165 R 0.140 0.009 0.034 0.206 0.131 0.367 0.113 166 G 0.079 0.005 0.021 0.050 0.189 0.424 0.232 167 G 0.145 0.022 0.014 0.015 0.184 0.125 0.495 168 Q 0.354 0.060 0.011 0.007 0.094 0.052 0.421 169 I 0.464 0.022 0.006 0.004 0.143 0.013 0.347 170 P 0.405 0.042 0.004 0.003 0.058 0.008 0.479 171 A 0.313 0.040 0.006 0.005 0.159 0.008 0.468 172 P 0.237 0.029 0.032 0.009 0.093 0.030 0.571 173 I 0.046 0.012 0.478 0.074 0.053 0.110 0.227 174 H 0.054 0.009 0.497 0.116 0.090 0.108 0.126 175 S 0.061 0.013 0.422 0.115 0.081 0.097 0.211 176 F 0.103 0.037 0.145 0.109 0.162 0.114 0.330 177 K 0.082 0.033 0.041 0.074 0.141 0.176 0.452 178 N 0.018 0.005 0.013 0.015 0.066 0.049 0.836