# TARGET T0296 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0296.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.08683 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.077 0.136 0.184 0.154 0.038 0.138 0.136 0.006 0.128 0.002 0.001 2 L 0.273 0.175 0.199 0.232 0.043 0.024 0.025 0.010 0.015 0.003 0.002 3 S 0.176 0.266 0.282 0.083 0.105 0.020 0.019 0.018 0.011 0.019 0.001 4 L 0.164 0.200 0.356 0.167 0.030 0.031 0.017 0.006 0.023 0.004 0.001 5 A 0.032 0.226 0.537 0.001 0.040 0.012 0.015 0.001 0.133 0.004 0.001 6 P 0.240 0.001 0.518 0.015 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.200 7 T 0.060 0.189 0.568 0.007 0.081 0.014 0.009 0.003 0.063 0.006 0.001 8 P 0.474 0.006 0.451 0.010 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 9 A 0.449 0.064 0.189 0.201 0.017 0.021 0.021 0.018 0.016 0.002 0.001 10 V 0.220 0.128 0.411 0.189 0.013 0.019 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 11 G 0.116 0.012 0.057 0.015 0.052 0.001 0.017 0.232 0.001 0.496 0.001 12 D 0.273 0.054 0.409 0.105 0.047 0.068 0.019 0.007 0.009 0.006 0.004 13 S 0.586 0.088 0.220 0.018 0.050 0.017 0.002 0.005 0.006 0.007 0.001 14 V 0.991 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 E 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.978 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 M 0.477 0.002 0.007 0.511 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 G 0.147 0.002 0.019 0.021 0.009 0.003 0.161 0.547 0.005 0.088 0.001 23 L 0.511 0.065 0.243 0.107 0.017 0.038 0.007 0.002 0.005 0.006 0.001 24 E 0.661 0.082 0.115 0.081 0.027 0.017 0.007 0.002 0.005 0.002 0.001 25 T 0.473 0.187 0.160 0.088 0.032 0.033 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 26 V 0.235 0.158 0.127 0.404 0.014 0.020 0.011 0.001 0.029 0.001 0.001 27 G 0.054 0.008 0.061 0.030 0.065 0.005 0.102 0.405 0.003 0.267 0.001 28 T 0.184 0.230 0.320 0.114 0.052 0.044 0.009 0.004 0.034 0.009 0.001 29 H 0.258 0.049 0.352 0.200 0.024 0.018 0.064 0.010 0.007 0.017 0.002 30 G 0.129 0.008 0.088 0.029 0.091 0.005 0.040 0.355 0.001 0.253 0.001 31 T 0.717 0.042 0.161 0.028 0.012 0.030 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 32 T 0.989 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 A 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 L 0.966 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.939 0.001 0.003 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.867 0.008 0.026 0.086 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 40 D 0.908 0.004 0.017 0.041 0.002 0.004 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 41 Q 0.864 0.005 0.007 0.112 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 42 V 0.778 0.047 0.065 0.069 0.004 0.024 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 43 K 0.805 0.046 0.048 0.071 0.004 0.013 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 44 K 0.543 0.063 0.139 0.194 0.019 0.008 0.020 0.004 0.008 0.002 0.001 45 G 0.200 0.012 0.049 0.084 0.056 0.001 0.097 0.418 0.002 0.081 0.001 46 G 0.320 0.041 0.191 0.055 0.096 0.012 0.041 0.108 0.005 0.130 0.001 47 V 0.282 0.353 0.223 0.059 0.042 0.023 0.003 0.001 0.010 0.003 0.001 48 M 0.294 0.333 0.193 0.061 0.042 0.031 0.009 0.001 0.033 0.003 0.001 49 A 0.288 0.201 0.329 0.054 0.054 0.042 0.010 0.004 0.014 0.003 0.002 50 C 0.333 0.283 0.142 0.095 0.073 0.035 0.009 0.002 0.025 0.002 0.001 51 N 0.366 0.169 0.143 0.169 0.073 0.026 0.022 0.007 0.017 0.007 0.001 52 Q 0.141 0.351 0.213 0.079 0.107 0.043 0.025 0.004 0.035 0.002 0.001 53 V 0.148 0.346 0.214 0.171 0.022 0.039 0.011 0.002 0.043 0.001 0.001 54 G 0.090 0.066 0.171 0.067 0.195 0.008 0.116 0.114 0.014 0.159 0.001 55 G 0.082 0.024 0.098 0.043 0.172 0.006 0.033 0.223 0.002 0.315 0.002 56 L 0.194 0.205 0.243 0.207 0.051 0.044 0.016 0.005 0.027 0.005 0.002 57 S 0.139 0.195 0.306 0.117 0.146 0.011 0.027 0.018 0.009 0.030 0.001 58 G 0.134 0.084 0.084 0.052 0.318 0.004 0.032 0.171 0.005 0.115 0.001 59 A 0.107 0.327 0.270 0.095 0.157 0.016 0.006 0.004 0.007 0.009 0.002 60 F 0.032 0.505 0.190 0.032 0.140 0.029 0.031 0.004 0.032 0.005 0.001 61 I 0.012 0.571 0.262 0.001 0.012 0.032 0.003 0.001 0.105 0.001 0.001 62 P 0.053 0.036 0.803 0.001 0.001 0.086 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 63 V 0.386 0.272 0.150 0.048 0.015 0.077 0.006 0.001 0.043 0.001 0.002 64 S 0.387 0.160 0.176 0.047 0.154 0.027 0.014 0.010 0.009 0.014 0.001 65 E 0.321 0.165 0.147 0.170 0.106 0.041 0.010 0.004 0.024 0.012 0.001 66 D 0.470 0.060 0.178 0.088 0.026 0.102 0.010 0.003 0.054 0.008 0.001 67 E 0.971 0.001 0.005 0.017 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 68 G 0.980 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 69 M 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 I 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 A 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.975 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 Q 0.978 0.002 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 N 0.247 0.002 0.012 0.727 0.002 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 76 G 0.016 0.003 0.018 0.015 0.018 0.001 0.262 0.623 0.002 0.042 0.001 77 S 0.219 0.234 0.203 0.157 0.042 0.082 0.039 0.002 0.012 0.005 0.004 78 L 0.010 0.645 0.216 0.007 0.073 0.028 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 79 N 0.006 0.097 0.334 0.004 0.012 0.448 0.003 0.001 0.094 0.001 0.001 80 L 0.955 0.004 0.007 0.014 0.001 0.014 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 81 E 0.967 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 K 0.715 0.008 0.004 0.242 0.008 0.003 0.011 0.002 0.005 0.001 0.001 83 L 0.769 0.051 0.068 0.081 0.003 0.014 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 84 E 0.933 0.016 0.025 0.013 0.003 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 85 A 0.868 0.022 0.019 0.075 0.008 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 86 M 0.745 0.050 0.060 0.102 0.009 0.012 0.008 0.002 0.010 0.001 0.001 87 T 0.761 0.088 0.054 0.052 0.017 0.008 0.006 0.002 0.009 0.003 0.001 88 A 0.779 0.054 0.056 0.058 0.022 0.012 0.006 0.004 0.004 0.003 0.001 89 I 0.621 0.110 0.053 0.158 0.012 0.022 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 90 C 0.313 0.219 0.171 0.105 0.055 0.064 0.019 0.004 0.045 0.004 0.001 91 S 0.492 0.098 0.117 0.133 0.040 0.043 0.037 0.012 0.019 0.007 0.002 92 V 0.187 0.176 0.217 0.261 0.084 0.016 0.034 0.008 0.013 0.004 0.001 93 G 0.075 0.022 0.052 0.038 0.103 0.007 0.107 0.449 0.008 0.139 0.001 94 L 0.101 0.321 0.404 0.053 0.034 0.055 0.006 0.001 0.022 0.002 0.001 95 D 0.183 0.243 0.199 0.150 0.036 0.090 0.049 0.005 0.040 0.004 0.002 96 M 0.125 0.472 0.187 0.066 0.079 0.030 0.012 0.002 0.025 0.001 0.002 97 I 0.104 0.499 0.222 0.035 0.034 0.032 0.010 0.001 0.060 0.001 0.001 98 A 0.112 0.253 0.424 0.033 0.037 0.095 0.012 0.004 0.022 0.002 0.007 99 I 0.043 0.463 0.283 0.016 0.021 0.050 0.007 0.001 0.115 0.001 0.001 100 P 0.069 0.034 0.814 0.017 0.006 0.041 0.002 0.002 0.005 0.003 0.006 101 E 0.636 0.047 0.126 0.109 0.031 0.010 0.022 0.009 0.003 0.009 0.001 102 D 0.168 0.020 0.048 0.621 0.010 0.034 0.063 0.016 0.015 0.002 0.001 103 T 0.030 0.262 0.531 0.006 0.022 0.021 0.009 0.001 0.118 0.001 0.001 104 P 0.213 0.004 0.687 0.006 0.001 0.057 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 105 A 0.956 0.003 0.014 0.018 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 106 E 0.966 0.002 0.007 0.018 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 107 T 0.981 0.002 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 I 0.993 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 A 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 A 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 M 0.981 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 I 0.977 0.002 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 A 0.924 0.002 0.007 0.062 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 D 0.865 0.008 0.025 0.062 0.002 0.019 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 115 E 0.963 0.003 0.006 0.021 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 A 0.965 0.005 0.005 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 A 0.969 0.006 0.005 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 I 0.948 0.011 0.004 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 G 0.938 0.009 0.008 0.024 0.008 0.002 0.003 0.005 0.001 0.002 0.001 120 V 0.839 0.034 0.015 0.101 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 121 I 0.725 0.077 0.076 0.081 0.005 0.018 0.008 0.001 0.009 0.001 0.001 122 N 0.403 0.023 0.043 0.391 0.010 0.016 0.094 0.006 0.009 0.004 0.001 123 M 0.049 0.045 0.034 0.171 0.044 0.014 0.537 0.087 0.017 0.002 0.001 124 K 0.062 0.508 0.240 0.052 0.053 0.033 0.024 0.002 0.025 0.002 0.001 125 T 0.037 0.253 0.621 0.011 0.016 0.047 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 126 T 0.108 0.512 0.088 0.150 0.109 0.015 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 127 A 0.005 0.614 0.124 0.007 0.238 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 128 V 0.001 0.914 0.025 0.001 0.050 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 129 R 0.001 0.760 0.186 0.001 0.018 0.020 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 130 I 0.003 0.712 0.216 0.002 0.010 0.038 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 131 I 0.002 0.507 0.249 0.001 0.023 0.033 0.004 0.001 0.180 0.001 0.001 132 P 0.011 0.031 0.926 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 133 K 0.060 0.110 0.729 0.042 0.011 0.029 0.005 0.002 0.008 0.002 0.002 134 G 0.033 0.025 0.095 0.020 0.122 0.004 0.037 0.331 0.004 0.329 0.001 135 K 0.199 0.225 0.295 0.140 0.054 0.033 0.017 0.006 0.023 0.007 0.002 136 E 0.082 0.172 0.342 0.242 0.030 0.025 0.060 0.008 0.033 0.005 0.002 137 G 0.013 0.003 0.034 0.004 0.059 0.001 0.021 0.404 0.001 0.460 0.001 138 D 0.102 0.147 0.415 0.149 0.053 0.079 0.016 0.003 0.026 0.002 0.008 139 M 0.037 0.561 0.257 0.032 0.062 0.027 0.004 0.002 0.015 0.001 0.001 140 I 0.020 0.713 0.163 0.019 0.048 0.019 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 141 E 0.015 0.546 0.338 0.006 0.041 0.036 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 142 F 0.083 0.384 0.143 0.126 0.078 0.053 0.044 0.004 0.083 0.002 0.001 143 G 0.033 0.025 0.100 0.041 0.112 0.004 0.165 0.240 0.009 0.270 0.001 144 G 0.049 0.024 0.237 0.013 0.180 0.004 0.016 0.107 0.002 0.365 0.003 145 L 0.325 0.122 0.331 0.126 0.026 0.036 0.010 0.003 0.009 0.006 0.007 146 L 0.140 0.209 0.263 0.263 0.032 0.026 0.028 0.004 0.031 0.001 0.001 147 G 0.058 0.028 0.105 0.027 0.170 0.003 0.034 0.212 0.002 0.360 0.001 148 T 0.102 0.250 0.372 0.147 0.055 0.035 0.008 0.003 0.016 0.003 0.008 149 A 0.021 0.392 0.360 0.003 0.092 0.009 0.014 0.001 0.100 0.005 0.001 150 P 0.034 0.017 0.866 0.003 0.001 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 151 V 0.058 0.532 0.281 0.027 0.016 0.051 0.002 0.001 0.031 0.001 0.002 152 M 0.030 0.639 0.190 0.014 0.055 0.025 0.004 0.001 0.042 0.001 0.001 153 K 0.020 0.163 0.706 0.006 0.005 0.081 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 154 V 0.108 0.475 0.226 0.043 0.017 0.077 0.003 0.001 0.050 0.001 0.001 155 N 0.144 0.138 0.205 0.236 0.043 0.059 0.103 0.006 0.058 0.009 0.001 156 G 0.051 0.023 0.057 0.066 0.139 0.005 0.110 0.431 0.002 0.115 0.001 157 A 0.188 0.275 0.302 0.135 0.062 0.014 0.006 0.004 0.010 0.003 0.001 158 S 0.060 0.200 0.421 0.040 0.174 0.030 0.019 0.007 0.026 0.023 0.001 159 S 0.652 0.066 0.112 0.080 0.033 0.025 0.012 0.006 0.007 0.006 0.001 160 V 0.745 0.098 0.058 0.073 0.013 0.004 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 161 D 0.756 0.049 0.108 0.038 0.009 0.017 0.012 0.002 0.009 0.001 0.001 162 F 0.795 0.056 0.055 0.056 0.008 0.017 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 163 I 0.592 0.220 0.084 0.052 0.018 0.021 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 164 S 0.529 0.147 0.173 0.074 0.044 0.017 0.006 0.001 0.006 0.002 0.001 165 R 0.356 0.087 0.106 0.406 0.015 0.007 0.007 0.001 0.013 0.001 0.001 166 G 0.029 0.004 0.034 0.048 0.022 0.001 0.202 0.523 0.005 0.133 0.001 167 G 0.032 0.014 0.319 0.016 0.056 0.005 0.032 0.209 0.001 0.315 0.001 168 Q 0.087 0.259 0.447 0.109 0.040 0.029 0.010 0.003 0.010 0.004 0.001 169 I 0.024 0.423 0.410 0.003 0.029 0.018 0.008 0.001 0.082 0.002 0.001 170 P 0.035 0.007 0.875 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.004 0.001 0.040 171 A 0.156 0.029 0.735 0.002 0.026 0.006 0.003 0.008 0.008 0.022 0.006 172 P 0.286 0.015 0.525 0.016 0.002 0.064 0.001 0.001 0.003 0.001 0.087 173 I 0.405 0.215 0.180 0.127 0.020 0.034 0.004 0.002 0.013 0.001 0.001 174 H 0.567 0.139 0.104 0.125 0.028 0.019 0.007 0.001 0.009 0.002 0.001 175 S 0.383 0.204 0.142 0.116 0.090 0.019 0.013 0.009 0.022 0.002 0.001 176 F 0.258 0.184 0.232 0.178 0.026 0.059 0.018 0.003 0.038 0.001 0.001 177 K 0.287 0.297 0.186 0.101 0.027 0.036 0.019 0.003 0.040 0.004 0.001 178 N 0.172 0.078 0.165 0.191 0.042 0.103 0.161 0.017 0.055 0.014 0.001