# TARGET T0296 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0296.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.08683 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.202 0.147 0.058 0.009 0.378 0.007 0.026 0.039 0.028 0.042 0.064 2 L 0.094 0.104 0.034 0.006 0.159 0.007 0.015 0.133 0.242 0.160 0.047 3 S 0.072 0.224 0.107 0.012 0.236 0.012 0.046 0.143 0.069 0.059 0.020 4 L 0.105 0.144 0.072 0.024 0.166 0.018 0.042 0.093 0.107 0.170 0.059 5 A 0.096 0.237 0.273 0.024 0.246 0.010 0.023 0.034 0.013 0.014 0.030 6 P 0.063 0.321 0.147 0.011 0.178 0.009 0.022 0.071 0.071 0.071 0.036 7 T 0.058 0.407 0.213 0.010 0.209 0.006 0.016 0.025 0.019 0.018 0.019 8 P 0.035 0.235 0.152 0.031 0.093 0.046 0.061 0.155 0.119 0.052 0.022 9 A 0.086 0.138 0.125 0.028 0.117 0.027 0.067 0.139 0.094 0.120 0.060 10 V 0.031 0.137 0.059 0.101 0.048 0.088 0.100 0.191 0.107 0.102 0.036 11 G 0.011 0.033 0.053 0.180 0.018 0.111 0.042 0.155 0.142 0.218 0.038 12 D 0.021 0.087 0.081 0.027 0.049 0.037 0.052 0.420 0.119 0.081 0.025 13 S 0.044 0.102 0.031 0.005 0.097 0.002 0.009 0.530 0.093 0.066 0.021 14 V 0.018 0.014 0.003 0.001 0.016 0.002 0.003 0.793 0.115 0.027 0.007 15 A 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.952 0.035 0.001 0.001 16 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.973 0.016 0.001 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.972 0.020 0.002 0.001 18 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.945 0.047 0.003 0.001 19 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.873 0.094 0.004 0.001 20 E 0.002 0.004 0.002 0.002 0.003 0.008 0.142 0.764 0.050 0.021 0.002 21 M 0.009 0.525 0.264 0.024 0.061 0.009 0.016 0.041 0.014 0.031 0.006 22 G 0.096 0.028 0.032 0.069 0.024 0.030 0.020 0.159 0.053 0.266 0.224 23 L 0.104 0.120 0.023 0.018 0.172 0.025 0.035 0.218 0.149 0.086 0.050 24 E 0.050 0.085 0.040 0.031 0.123 0.049 0.107 0.344 0.126 0.023 0.022 25 T 0.119 0.074 0.042 0.020 0.147 0.025 0.156 0.256 0.081 0.047 0.034 26 V 0.058 0.145 0.066 0.075 0.093 0.061 0.123 0.110 0.073 0.148 0.048 27 G 0.035 0.089 0.126 0.250 0.045 0.073 0.019 0.050 0.049 0.210 0.053 28 T 0.029 0.167 0.111 0.058 0.082 0.061 0.068 0.226 0.106 0.076 0.015 29 H 0.024 0.085 0.088 0.046 0.037 0.043 0.096 0.255 0.146 0.143 0.036 30 G 0.017 0.099 0.150 0.152 0.029 0.055 0.032 0.187 0.075 0.168 0.037 31 T 0.029 0.150 0.044 0.007 0.087 0.005 0.010 0.473 0.124 0.061 0.010 32 T 0.002 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.867 0.107 0.008 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.949 0.044 0.002 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.037 0.004 0.001 35 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.039 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.969 0.026 0.001 0.001 37 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.939 0.037 0.008 0.001 38 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.866 0.084 0.024 0.001 39 N 0.003 0.326 0.039 0.009 0.025 0.006 0.013 0.399 0.146 0.030 0.003 40 D 0.003 0.005 0.005 0.004 0.003 0.005 0.033 0.715 0.161 0.057 0.009 41 Q 0.002 0.011 0.005 0.003 0.006 0.007 0.060 0.743 0.111 0.049 0.003 42 V 0.036 0.031 0.007 0.004 0.041 0.007 0.027 0.539 0.175 0.100 0.033 43 K 0.008 0.028 0.036 0.025 0.011 0.036 0.079 0.579 0.160 0.031 0.007 44 K 0.010 0.072 0.073 0.039 0.027 0.050 0.205 0.389 0.076 0.051 0.007 45 G 0.021 0.249 0.229 0.095 0.044 0.019 0.026 0.052 0.031 0.189 0.044 46 G 0.055 0.079 0.054 0.109 0.060 0.056 0.033 0.152 0.072 0.232 0.098 47 V 0.183 0.140 0.022 0.009 0.311 0.015 0.036 0.126 0.062 0.042 0.053 48 M 0.149 0.185 0.065 0.027 0.313 0.022 0.032 0.097 0.036 0.035 0.041 49 A 0.205 0.144 0.043 0.019 0.281 0.016 0.034 0.137 0.046 0.035 0.040 50 C 0.125 0.113 0.030 0.030 0.201 0.040 0.074 0.177 0.105 0.052 0.054 51 N 0.083 0.145 0.037 0.025 0.149 0.033 0.060 0.167 0.129 0.114 0.056 52 Q 0.169 0.132 0.057 0.012 0.238 0.011 0.038 0.115 0.073 0.096 0.059 53 V 0.145 0.121 0.040 0.047 0.150 0.049 0.067 0.115 0.091 0.105 0.071 54 G 0.032 0.107 0.109 0.285 0.045 0.097 0.077 0.055 0.060 0.098 0.036 55 G 0.077 0.075 0.108 0.141 0.071 0.066 0.027 0.042 0.054 0.251 0.089 56 L 0.198 0.111 0.053 0.028 0.218 0.028 0.021 0.064 0.070 0.120 0.089 57 S 0.019 0.036 0.038 0.119 0.027 0.148 0.277 0.186 0.086 0.051 0.014 58 G 0.035 0.110 0.155 0.193 0.072 0.071 0.018 0.056 0.059 0.194 0.037 59 A 0.140 0.216 0.046 0.011 0.440 0.007 0.010 0.032 0.021 0.033 0.043 60 F 0.258 0.136 0.038 0.003 0.420 0.002 0.004 0.013 0.011 0.028 0.086 61 I 0.026 0.544 0.189 0.003 0.221 0.001 0.003 0.006 0.002 0.001 0.003 62 P 0.240 0.226 0.043 0.001 0.421 0.001 0.007 0.012 0.004 0.006 0.037 63 V 0.097 0.101 0.032 0.022 0.158 0.067 0.135 0.164 0.116 0.045 0.062 64 S 0.098 0.265 0.074 0.009 0.299 0.011 0.021 0.084 0.060 0.044 0.036 65 E 0.077 0.155 0.058 0.032 0.114 0.029 0.041 0.218 0.106 0.126 0.043 66 D 0.115 0.213 0.083 0.015 0.263 0.007 0.012 0.158 0.033 0.058 0.044 67 E 0.003 0.010 0.004 0.002 0.007 0.008 0.014 0.682 0.241 0.023 0.005 68 G 0.005 0.006 0.006 0.006 0.005 0.005 0.017 0.783 0.091 0.067 0.009 69 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.870 0.094 0.024 0.001 70 I 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.897 0.079 0.008 0.001 71 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.940 0.044 0.002 0.001 72 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.016 0.928 0.038 0.008 0.001 73 V 0.005 0.007 0.003 0.001 0.003 0.001 0.016 0.857 0.091 0.013 0.002 74 Q 0.004 0.006 0.007 0.008 0.003 0.016 0.079 0.732 0.109 0.033 0.003 75 N 0.002 0.611 0.183 0.053 0.029 0.018 0.042 0.036 0.010 0.014 0.002 76 G 0.015 0.013 0.014 0.025 0.007 0.007 0.004 0.015 0.028 0.680 0.191 77 S 0.088 0.262 0.047 0.009 0.241 0.018 0.041 0.096 0.063 0.096 0.039 78 L 0.109 0.271 0.077 0.008 0.415 0.005 0.007 0.020 0.019 0.030 0.040 79 N 0.274 0.241 0.061 0.001 0.369 0.001 0.002 0.004 0.002 0.005 0.041 80 L 0.026 0.013 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 0.281 0.555 0.066 0.025 81 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.045 0.838 0.100 0.003 0.001 82 K 0.003 0.008 0.002 0.001 0.006 0.001 0.003 0.690 0.168 0.117 0.002 83 L 0.011 0.004 0.001 0.001 0.013 0.002 0.005 0.791 0.143 0.024 0.005 84 E 0.003 0.004 0.001 0.002 0.006 0.007 0.023 0.780 0.152 0.017 0.004 85 A 0.013 0.013 0.004 0.002 0.021 0.003 0.028 0.755 0.107 0.046 0.008 86 M 0.030 0.026 0.006 0.005 0.048 0.007 0.040 0.553 0.144 0.125 0.014 87 T 0.048 0.045 0.007 0.008 0.077 0.011 0.033 0.512 0.166 0.072 0.021 88 A 0.063 0.059 0.013 0.007 0.115 0.010 0.048 0.455 0.150 0.058 0.024 89 I 0.103 0.068 0.013 0.010 0.181 0.018 0.078 0.377 0.088 0.039 0.025 90 C 0.143 0.074 0.018 0.017 0.184 0.024 0.074 0.240 0.109 0.068 0.048 91 S 0.146 0.101 0.041 0.033 0.160 0.039 0.057 0.177 0.092 0.103 0.052 92 V 0.026 0.083 0.056 0.129 0.050 0.082 0.153 0.166 0.119 0.116 0.020 93 G 0.078 0.136 0.134 0.148 0.126 0.056 0.020 0.036 0.039 0.173 0.054 94 L 0.275 0.134 0.025 0.006 0.418 0.007 0.006 0.009 0.012 0.026 0.082 95 D 0.167 0.043 0.018 0.022 0.305 0.058 0.168 0.072 0.029 0.041 0.076 96 M 0.297 0.118 0.026 0.002 0.428 0.002 0.003 0.008 0.015 0.046 0.054 97 I 0.134 0.202 0.022 0.002 0.613 0.002 0.003 0.003 0.002 0.003 0.013 98 A 0.271 0.112 0.034 0.002 0.481 0.001 0.003 0.005 0.004 0.018 0.071 99 I 0.035 0.493 0.252 0.019 0.166 0.004 0.005 0.008 0.004 0.004 0.010 100 P 0.024 0.517 0.158 0.029 0.158 0.013 0.016 0.053 0.020 0.007 0.006 101 E 0.012 0.031 0.016 0.009 0.026 0.037 0.111 0.267 0.367 0.105 0.019 102 D 0.143 0.059 0.051 0.007 0.150 0.008 0.035 0.043 0.058 0.295 0.151 103 T 0.025 0.544 0.252 0.005 0.129 0.001 0.004 0.019 0.007 0.009 0.005 104 P 0.027 0.601 0.169 0.003 0.085 0.001 0.004 0.063 0.016 0.020 0.010 105 A 0.003 0.008 0.002 0.001 0.006 0.001 0.002 0.652 0.309 0.015 0.003 106 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.937 0.050 0.003 0.001 107 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.036 0.013 0.001 108 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.039 0.002 0.001 109 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.964 0.031 0.001 0.001 110 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.953 0.036 0.006 0.001 111 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.946 0.043 0.005 0.001 112 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.914 0.072 0.006 0.001 113 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.942 0.040 0.002 0.001 114 D 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.011 0.930 0.042 0.005 0.001 115 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.862 0.106 0.016 0.001 116 A 0.004 0.006 0.001 0.001 0.005 0.002 0.011 0.840 0.107 0.021 0.002 117 A 0.006 0.007 0.002 0.001 0.011 0.002 0.013 0.851 0.075 0.028 0.003 118 I 0.026 0.024 0.005 0.003 0.034 0.007 0.026 0.746 0.094 0.026 0.010 119 G 0.027 0.031 0.012 0.008 0.057 0.013 0.035 0.702 0.080 0.028 0.007 120 V 0.057 0.021 0.012 0.008 0.046 0.017 0.067 0.623 0.106 0.031 0.012 121 I 0.021 0.056 0.027 0.045 0.038 0.079 0.113 0.454 0.112 0.044 0.012 122 N 0.046 0.198 0.052 0.055 0.092 0.032 0.077 0.195 0.072 0.149 0.033 123 M 0.065 0.092 0.053 0.019 0.070 0.012 0.022 0.073 0.106 0.392 0.096 124 K 0.016 0.495 0.284 0.012 0.134 0.005 0.009 0.020 0.013 0.009 0.002 125 T 0.456 0.086 0.014 0.001 0.344 0.002 0.005 0.004 0.004 0.011 0.072 126 T 0.107 0.113 0.059 0.077 0.215 0.165 0.157 0.020 0.017 0.037 0.034 127 A 0.227 0.102 0.025 0.005 0.614 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.016 128 V 0.188 0.105 0.006 0.001 0.687 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 129 R 0.131 0.095 0.005 0.001 0.753 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 130 I 0.409 0.064 0.010 0.001 0.391 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.111 131 I 0.036 0.477 0.255 0.019 0.196 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.004 132 P 0.024 0.419 0.325 0.027 0.145 0.010 0.007 0.021 0.010 0.006 0.006 133 K 0.020 0.070 0.027 0.045 0.043 0.087 0.328 0.178 0.129 0.057 0.017 134 G 0.047 0.062 0.208 0.182 0.062 0.056 0.016 0.028 0.046 0.217 0.076 135 K 0.053 0.211 0.217 0.061 0.142 0.049 0.071 0.098 0.046 0.040 0.013 136 E 0.027 0.154 0.136 0.100 0.055 0.051 0.309 0.065 0.032 0.048 0.024 137 G 0.023 0.058 0.119 0.257 0.030 0.064 0.007 0.011 0.033 0.290 0.109 138 D 0.107 0.241 0.052 0.007 0.368 0.008 0.024 0.060 0.063 0.045 0.026 139 M 0.320 0.098 0.012 0.001 0.430 0.003 0.007 0.018 0.020 0.025 0.068 140 I 0.188 0.197 0.018 0.009 0.504 0.010 0.012 0.015 0.009 0.013 0.025 141 E 0.419 0.054 0.018 0.005 0.382 0.003 0.007 0.017 0.007 0.021 0.068 142 F 0.162 0.094 0.039 0.096 0.153 0.094 0.056 0.110 0.045 0.076 0.075 143 G 0.028 0.072 0.070 0.305 0.032 0.079 0.059 0.059 0.057 0.195 0.046 144 G 0.017 0.123 0.284 0.284 0.044 0.087 0.018 0.044 0.029 0.055 0.015 145 L 0.146 0.148 0.065 0.032 0.235 0.038 0.063 0.122 0.052 0.057 0.043 146 L 0.073 0.111 0.101 0.118 0.079 0.078 0.094 0.087 0.067 0.133 0.059 147 G 0.012 0.088 0.199 0.394 0.035 0.134 0.021 0.032 0.019 0.055 0.012 148 T 0.221 0.081 0.073 0.026 0.193 0.013 0.034 0.045 0.055 0.159 0.101 149 A 0.036 0.443 0.296 0.013 0.164 0.006 0.007 0.015 0.006 0.005 0.009 150 P 0.100 0.350 0.046 0.002 0.450 0.002 0.006 0.016 0.007 0.008 0.015 151 V 0.403 0.052 0.018 0.005 0.254 0.012 0.028 0.028 0.050 0.060 0.089 152 M 0.036 0.437 0.128 0.022 0.288 0.023 0.016 0.029 0.012 0.005 0.005 153 K 0.357 0.104 0.017 0.001 0.406 0.001 0.004 0.011 0.005 0.021 0.075 154 V 0.267 0.109 0.041 0.037 0.261 0.039 0.025 0.027 0.025 0.047 0.121 155 N 0.010 0.050 0.048 0.196 0.027 0.234 0.237 0.103 0.052 0.032 0.011 156 G 0.054 0.083 0.120 0.063 0.063 0.016 0.010 0.045 0.082 0.370 0.092 157 A 0.095 0.193 0.056 0.026 0.205 0.025 0.026 0.064 0.093 0.145 0.073 158 S 0.044 0.330 0.236 0.033 0.140 0.014 0.025 0.068 0.037 0.050 0.023 159 S 0.147 0.138 0.036 0.007 0.191 0.005 0.010 0.185 0.114 0.101 0.066 160 V 0.044 0.084 0.018 0.007 0.113 0.008 0.013 0.406 0.211 0.074 0.020 161 D 0.082 0.052 0.019 0.005 0.096 0.006 0.020 0.559 0.088 0.049 0.025 162 F 0.035 0.043 0.014 0.005 0.088 0.006 0.018 0.605 0.107 0.067 0.011 163 I 0.051 0.088 0.020 0.006 0.092 0.012 0.036 0.484 0.120 0.067 0.024 164 S 0.038 0.076 0.092 0.015 0.052 0.014 0.061 0.439 0.112 0.078 0.024 165 R 0.011 0.139 0.095 0.059 0.046 0.093 0.214 0.235 0.059 0.042 0.008 166 G 0.028 0.232 0.191 0.138 0.056 0.013 0.012 0.025 0.029 0.211 0.064 167 G 0.038 0.145 0.204 0.098 0.075 0.039 0.021 0.068 0.058 0.191 0.062 168 Q 0.085 0.339 0.115 0.007 0.292 0.005 0.018 0.051 0.029 0.034 0.026 169 I 0.050 0.449 0.215 0.007 0.233 0.003 0.009 0.014 0.005 0.004 0.011 170 P 0.059 0.346 0.318 0.022 0.144 0.009 0.016 0.024 0.017 0.023 0.022 171 A 0.026 0.312 0.349 0.024 0.105 0.017 0.042 0.075 0.034 0.009 0.009 172 P 0.051 0.422 0.127 0.010 0.159 0.008 0.011 0.085 0.050 0.045 0.031 173 I 0.139 0.094 0.021 0.013 0.162 0.021 0.043 0.125 0.178 0.128 0.077 174 H 0.026 0.084 0.036 0.026 0.083 0.059 0.105 0.320 0.193 0.053 0.015 175 S 0.154 0.126 0.030 0.004 0.219 0.005 0.022 0.151 0.092 0.136 0.062 176 F 0.168 0.075 0.023 0.010 0.161 0.009 0.017 0.132 0.115 0.184 0.106 177 K 0.028 0.075 0.039 0.047 0.061 0.107 0.143 0.254 0.147 0.069 0.029 178 N 0.142 0.103 0.049 0.018 0.192 0.009 0.029 0.095 0.083 0.175 0.105