# TARGET T0296 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0296.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.08683 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.526 0.215 0.093 0.073 0.054 0.033 0.006 2 L 0.161 0.120 0.188 0.234 0.193 0.091 0.013 3 S 0.304 0.181 0.111 0.099 0.102 0.154 0.050 4 L 0.137 0.112 0.093 0.130 0.177 0.217 0.134 5 A 0.113 0.104 0.145 0.187 0.180 0.151 0.120 6 P 0.153 0.161 0.154 0.183 0.166 0.128 0.056 7 T 0.232 0.223 0.183 0.156 0.116 0.071 0.019 8 P 0.222 0.215 0.198 0.166 0.120 0.062 0.018 9 A 0.484 0.247 0.125 0.075 0.044 0.019 0.006 10 V 0.287 0.229 0.203 0.158 0.079 0.035 0.010 11 G 0.277 0.231 0.160 0.168 0.109 0.046 0.009 12 D 0.179 0.273 0.258 0.169 0.080 0.033 0.008 13 S 0.052 0.094 0.146 0.246 0.268 0.166 0.028 14 V 0.013 0.023 0.049 0.112 0.226 0.397 0.180 15 A 0.023 0.046 0.079 0.183 0.282 0.313 0.074 16 R 0.038 0.187 0.302 0.279 0.129 0.054 0.010 17 V 0.016 0.034 0.073 0.199 0.334 0.299 0.046 18 L 0.008 0.018 0.032 0.081 0.236 0.462 0.163 19 E 0.059 0.147 0.206 0.269 0.197 0.104 0.018 20 E 0.098 0.313 0.308 0.185 0.070 0.022 0.004 21 M 0.032 0.081 0.165 0.283 0.273 0.142 0.023 22 G 0.125 0.182 0.173 0.193 0.176 0.124 0.026 23 L 0.126 0.169 0.206 0.236 0.178 0.073 0.012 24 E 0.364 0.308 0.171 0.095 0.041 0.016 0.004 25 T 0.224 0.235 0.186 0.172 0.107 0.062 0.014 26 V 0.134 0.119 0.146 0.193 0.209 0.149 0.051 27 G 0.179 0.181 0.177 0.182 0.141 0.100 0.040 28 T 0.218 0.198 0.169 0.168 0.127 0.086 0.033 29 H 0.206 0.208 0.174 0.160 0.131 0.087 0.035 30 G 0.102 0.114 0.147 0.189 0.192 0.170 0.086 31 T 0.045 0.057 0.085 0.143 0.215 0.284 0.172 32 T 0.034 0.061 0.103 0.168 0.230 0.277 0.127 33 A 0.026 0.041 0.076 0.148 0.234 0.305 0.170 34 A 0.008 0.010 0.014 0.032 0.095 0.376 0.465 35 L 0.004 0.010 0.017 0.046 0.119 0.359 0.447 36 A 0.006 0.039 0.110 0.215 0.238 0.256 0.136 37 L 0.004 0.028 0.086 0.199 0.309 0.285 0.089 38 L 0.001 0.003 0.006 0.023 0.129 0.560 0.277 39 N 0.005 0.026 0.082 0.287 0.358 0.218 0.024 40 D 0.047 0.352 0.342 0.179 0.060 0.016 0.003 41 Q 0.013 0.074 0.227 0.397 0.224 0.060 0.006 42 V 0.004 0.010 0.026 0.139 0.377 0.383 0.060 43 K 0.052 0.249 0.313 0.238 0.112 0.031 0.005 44 K 0.247 0.370 0.196 0.106 0.050 0.025 0.006 45 G 0.111 0.191 0.235 0.226 0.136 0.077 0.024 46 G 0.156 0.154 0.194 0.216 0.146 0.096 0.039 47 V 0.206 0.152 0.114 0.132 0.140 0.162 0.095 48 M 0.180 0.146 0.123 0.137 0.149 0.152 0.112 49 A 0.144 0.135 0.124 0.142 0.156 0.171 0.128 50 C 0.127 0.120 0.137 0.171 0.169 0.167 0.109 51 N 0.157 0.187 0.173 0.167 0.136 0.112 0.067 52 Q 0.132 0.137 0.145 0.173 0.176 0.152 0.084 53 V 0.115 0.094 0.098 0.140 0.194 0.217 0.142 54 G 0.087 0.086 0.114 0.158 0.190 0.210 0.155 55 G 0.079 0.092 0.099 0.130 0.156 0.225 0.219 56 L 0.034 0.028 0.031 0.062 0.142 0.292 0.412 57 S 0.049 0.075 0.103 0.145 0.175 0.208 0.245 58 G 0.039 0.057 0.108 0.161 0.179 0.214 0.242 59 A 0.014 0.014 0.021 0.048 0.123 0.343 0.436 60 F 0.009 0.013 0.022 0.054 0.132 0.326 0.444 61 I 0.006 0.013 0.025 0.060 0.108 0.312 0.475 62 P 0.019 0.041 0.062 0.122 0.185 0.319 0.253 63 V 0.020 0.051 0.075 0.124 0.194 0.325 0.212 64 S 0.015 0.042 0.070 0.141 0.193 0.322 0.217 65 E 0.013 0.047 0.093 0.181 0.229 0.296 0.140 66 D 0.008 0.020 0.038 0.094 0.236 0.428 0.177 67 E 0.099 0.214 0.271 0.229 0.118 0.057 0.012 68 G 0.151 0.337 0.245 0.159 0.070 0.032 0.005 69 M 0.028 0.030 0.059 0.172 0.356 0.310 0.044 70 I 0.058 0.101 0.184 0.298 0.256 0.098 0.007 71 A 0.263 0.470 0.192 0.059 0.013 0.003 0.001 72 A 0.110 0.224 0.295 0.264 0.092 0.014 0.001 73 V 0.076 0.091 0.156 0.283 0.293 0.098 0.004 74 Q 0.364 0.332 0.190 0.086 0.024 0.004 0.001 75 N 0.588 0.283 0.096 0.027 0.006 0.001 0.001 76 G 0.192 0.270 0.266 0.188 0.069 0.015 0.001 77 S 0.159 0.265 0.255 0.201 0.091 0.027 0.002 78 L 0.022 0.044 0.107 0.252 0.384 0.178 0.013 79 N 0.133 0.255 0.265 0.189 0.110 0.043 0.006 80 L 0.033 0.070 0.126 0.266 0.314 0.180 0.012 81 E 0.208 0.339 0.247 0.138 0.051 0.015 0.002 82 K 0.047 0.181 0.295 0.289 0.141 0.042 0.005 83 L 0.007 0.012 0.030 0.133 0.357 0.400 0.062 84 E 0.023 0.111 0.204 0.285 0.245 0.113 0.019 85 A 0.026 0.065 0.117 0.200 0.253 0.266 0.073 86 M 0.009 0.021 0.040 0.094 0.200 0.389 0.247 87 T 0.018 0.032 0.052 0.088 0.137 0.279 0.395 88 A 0.011 0.020 0.036 0.072 0.120 0.276 0.464 89 I 0.009 0.014 0.024 0.050 0.110 0.277 0.516 90 C 0.008 0.013 0.021 0.058 0.113 0.291 0.497 91 S 0.008 0.016 0.021 0.047 0.110 0.322 0.477 92 V 0.007 0.020 0.033 0.069 0.130 0.293 0.449 93 G 0.003 0.010 0.026 0.071 0.114 0.285 0.491 94 L 0.001 0.004 0.008 0.025 0.080 0.302 0.581 95 D 0.001 0.003 0.008 0.036 0.105 0.352 0.495 96 M 0.001 0.003 0.008 0.022 0.077 0.340 0.549 97 I 0.001 0.004 0.007 0.018 0.078 0.368 0.524 98 A 0.001 0.004 0.019 0.077 0.241 0.460 0.198 99 I 0.002 0.008 0.024 0.102 0.326 0.453 0.086 100 P 0.022 0.118 0.250 0.347 0.206 0.053 0.004 101 E 0.163 0.413 0.268 0.113 0.034 0.008 0.001 102 D 0.439 0.298 0.149 0.076 0.028 0.008 0.001 103 T 0.186 0.214 0.230 0.211 0.121 0.035 0.002 104 P 0.458 0.274 0.148 0.081 0.030 0.008 0.001 105 A 0.202 0.259 0.257 0.188 0.076 0.016 0.001 106 E 0.218 0.398 0.245 0.097 0.034 0.008 0.001 107 T 0.019 0.110 0.245 0.324 0.226 0.070 0.006 108 I 0.002 0.006 0.015 0.067 0.261 0.527 0.122 109 A 0.003 0.046 0.170 0.356 0.297 0.116 0.012 110 A 0.007 0.026 0.089 0.241 0.320 0.269 0.047 111 M 0.006 0.013 0.019 0.035 0.123 0.453 0.352 112 I 0.003 0.006 0.014 0.044 0.120 0.359 0.455 113 A 0.007 0.026 0.076 0.186 0.248 0.240 0.217 114 D 0.010 0.019 0.028 0.067 0.169 0.382 0.325 115 E 0.015 0.032 0.062 0.135 0.187 0.318 0.250 116 A 0.040 0.065 0.099 0.135 0.146 0.263 0.252 117 A 0.067 0.059 0.063 0.119 0.183 0.281 0.228 118 I 0.044 0.059 0.069 0.111 0.162 0.312 0.242 119 G 0.059 0.101 0.122 0.200 0.215 0.218 0.084 120 V 0.058 0.108 0.148 0.203 0.227 0.194 0.062 121 I 0.094 0.144 0.198 0.240 0.203 0.104 0.018 122 N 0.239 0.280 0.211 0.155 0.081 0.030 0.004 123 M 0.185 0.234 0.217 0.197 0.119 0.041 0.007 124 K 0.057 0.121 0.187 0.246 0.218 0.142 0.029 125 T 0.022 0.074 0.125 0.226 0.275 0.217 0.061 126 T 0.004 0.019 0.071 0.210 0.302 0.284 0.110 127 A 0.001 0.002 0.007 0.023 0.095 0.454 0.418 128 V 0.001 0.002 0.006 0.023 0.107 0.433 0.429 129 R 0.001 0.004 0.017 0.063 0.196 0.421 0.298 130 I 0.001 0.002 0.006 0.024 0.128 0.485 0.354 131 I 0.001 0.008 0.026 0.104 0.298 0.458 0.104 132 P 0.008 0.041 0.122 0.301 0.362 0.151 0.015 133 K 0.106 0.307 0.291 0.196 0.077 0.020 0.003 134 G 0.384 0.311 0.170 0.095 0.032 0.008 0.001 135 K 0.459 0.280 0.153 0.076 0.026 0.006 0.001 136 E 0.543 0.260 0.118 0.054 0.019 0.005 0.001 137 G 0.351 0.275 0.188 0.114 0.055 0.015 0.002 138 D 0.186 0.271 0.243 0.173 0.084 0.035 0.008 139 M 0.068 0.184 0.224 0.256 0.167 0.082 0.018 140 I 0.044 0.064 0.107 0.214 0.287 0.226 0.058 141 E 0.056 0.163 0.241 0.261 0.165 0.087 0.027 142 F 0.037 0.041 0.068 0.154 0.248 0.320 0.132 143 G 0.070 0.140 0.194 0.235 0.185 0.128 0.048 144 G 0.117 0.130 0.142 0.170 0.181 0.178 0.083 145 L 0.121 0.142 0.155 0.181 0.175 0.160 0.066 146 L 0.100 0.086 0.105 0.149 0.187 0.234 0.138 147 G 0.130 0.136 0.136 0.167 0.167 0.175 0.088 148 T 0.125 0.196 0.203 0.190 0.141 0.104 0.041 149 A 0.062 0.087 0.128 0.193 0.246 0.195 0.089 150 P 0.050 0.107 0.157 0.209 0.222 0.196 0.060 151 V 0.032 0.072 0.119 0.197 0.255 0.247 0.078 152 M 0.041 0.082 0.130 0.231 0.285 0.198 0.032 153 K 0.064 0.243 0.324 0.228 0.102 0.035 0.005 154 V 0.017 0.032 0.079 0.251 0.382 0.217 0.022 155 N 0.168 0.334 0.264 0.152 0.060 0.018 0.003 156 G 0.331 0.352 0.190 0.090 0.029 0.008 0.001 157 A 0.281 0.264 0.217 0.153 0.066 0.017 0.001 158 S 0.358 0.295 0.191 0.106 0.040 0.010 0.001 159 S 0.249 0.238 0.211 0.179 0.091 0.029 0.002 160 V 0.247 0.303 0.237 0.144 0.055 0.013 0.001 161 D 0.220 0.393 0.240 0.106 0.032 0.007 0.001 162 F 0.059 0.074 0.127 0.278 0.297 0.153 0.011 163 I 0.070 0.156 0.235 0.285 0.189 0.061 0.004 164 S 0.317 0.322 0.199 0.107 0.040 0.012 0.002 165 R 0.243 0.295 0.229 0.153 0.061 0.017 0.002 166 G 0.276 0.253 0.214 0.149 0.078 0.027 0.005 167 G 0.180 0.198 0.202 0.199 0.139 0.071 0.012 168 Q 0.145 0.267 0.257 0.175 0.096 0.048 0.012 169 I 0.032 0.037 0.070 0.188 0.318 0.283 0.072 170 P 0.110 0.228 0.247 0.213 0.122 0.065 0.014 171 A 0.113 0.156 0.163 0.203 0.199 0.139 0.028 172 P 0.113 0.182 0.232 0.245 0.152 0.066 0.010 173 I 0.101 0.113 0.171 0.264 0.241 0.102 0.009 174 H 0.324 0.332 0.204 0.099 0.032 0.008 0.001 175 S 0.312 0.337 0.194 0.106 0.040 0.010 0.001 176 F 0.180 0.157 0.221 0.247 0.147 0.044 0.003 177 K 0.625 0.239 0.089 0.035 0.010 0.002 0.001 178 N 0.696 0.193 0.071 0.029 0.008 0.002 0.001