# TARGET T0295 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1990 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.013 0.005 0.008 0.043 0.256 0.674 2 L 0.063 0.037 0.045 0.110 0.356 0.388 3 L 0.050 0.036 0.044 0.072 0.394 0.403 4 K 0.020 0.043 0.021 0.051 0.345 0.519 5 N 0.003 0.007 0.003 0.037 0.230 0.721 6 P 0.001 0.001 0.009 0.969 0.016 0.006 7 G 0.001 0.001 0.006 0.978 0.014 0.002 8 I 0.001 0.001 0.005 0.991 0.003 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 10 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 11 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 12 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 13 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.005 0.002 14 Y 0.001 0.001 0.004 0.975 0.012 0.009 15 A 0.002 0.001 0.008 0.922 0.029 0.038 16 A 0.015 0.006 0.011 0.545 0.095 0.329 17 K 0.017 0.004 0.005 0.022 0.152 0.800 18 I 0.034 0.020 0.004 0.012 0.204 0.726 19 K 0.025 0.018 0.004 0.006 0.848 0.098 20 S 0.017 0.005 0.014 0.008 0.912 0.042 21 S 0.028 0.002 0.006 0.001 0.921 0.042 22 D 0.319 0.005 0.005 0.002 0.591 0.078 23 I 0.912 0.013 0.001 0.001 0.013 0.061 24 V 0.970 0.011 0.001 0.001 0.004 0.015 25 L 0.969 0.001 0.001 0.001 0.006 0.023 26 E 0.953 0.003 0.001 0.001 0.007 0.035 27 I 0.605 0.004 0.004 0.002 0.080 0.304 28 G 0.294 0.009 0.005 0.005 0.249 0.438 29 C 0.056 0.016 0.005 0.009 0.454 0.460 30 G 0.013 0.020 0.017 0.046 0.544 0.361 31 T 0.013 0.014 0.048 0.294 0.452 0.178 32 G 0.007 0.003 0.052 0.519 0.237 0.181 33 N 0.001 0.001 0.020 0.959 0.012 0.006 34 L 0.001 0.001 0.014 0.975 0.006 0.003 35 T 0.001 0.001 0.007 0.985 0.004 0.003 36 V 0.001 0.001 0.005 0.989 0.005 0.001 37 K 0.001 0.001 0.005 0.987 0.006 0.002 38 L 0.001 0.001 0.006 0.981 0.011 0.001 39 L 0.001 0.001 0.012 0.961 0.023 0.004 40 P 0.001 0.001 0.037 0.828 0.112 0.022 41 L 0.003 0.003 0.049 0.639 0.208 0.099 42 A 0.009 0.004 0.028 0.088 0.506 0.366 43 K 0.033 0.001 0.012 0.011 0.443 0.501 44 K 0.596 0.005 0.007 0.008 0.178 0.206 45 V 0.947 0.004 0.001 0.002 0.016 0.031 46 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 47 T 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 48 I 0.962 0.002 0.001 0.001 0.005 0.030 49 D 0.776 0.004 0.002 0.002 0.040 0.175 50 I 0.160 0.011 0.003 0.004 0.140 0.682 51 D 0.023 0.007 0.002 0.010 0.145 0.815 52 S 0.001 0.001 0.047 0.816 0.098 0.039 53 R 0.001 0.001 0.022 0.901 0.061 0.014 54 M 0.001 0.001 0.014 0.955 0.023 0.006 55 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 56 S 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 57 E 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 59 K 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.981 0.010 0.007 61 R 0.001 0.001 0.003 0.942 0.023 0.031 62 C 0.004 0.003 0.017 0.899 0.049 0.029 63 L 0.005 0.002 0.063 0.756 0.127 0.046 64 Y 0.006 0.002 0.088 0.688 0.141 0.075 65 E 0.011 0.003 0.090 0.400 0.293 0.202 66 G 0.018 0.005 0.015 0.056 0.291 0.615 67 Y 0.050 0.015 0.020 0.022 0.532 0.361 68 N 0.101 0.007 0.021 0.022 0.552 0.297 69 N 0.304 0.006 0.019 0.014 0.435 0.222 70 L 0.836 0.009 0.003 0.006 0.068 0.077 71 E 0.941 0.002 0.001 0.004 0.015 0.036 72 V 0.955 0.004 0.001 0.004 0.009 0.028 73 Y 0.873 0.006 0.002 0.006 0.028 0.086 74 E 0.585 0.012 0.007 0.014 0.119 0.263 75 G 0.154 0.007 0.025 0.021 0.333 0.460 76 D 0.117 0.020 0.065 0.033 0.476 0.288 77 A 0.038 0.008 0.460 0.083 0.334 0.078 78 I 0.047 0.011 0.417 0.121 0.288 0.116 79 K 0.050 0.011 0.365 0.115 0.325 0.134 80 T 0.039 0.011 0.067 0.071 0.377 0.435 81 V 0.029 0.019 0.056 0.039 0.357 0.499 82 F 0.031 0.022 0.177 0.043 0.461 0.267 83 P 0.024 0.004 0.162 0.030 0.470 0.309 84 K 0.062 0.013 0.199 0.021 0.434 0.271 85 F 0.155 0.009 0.052 0.016 0.441 0.327 86 D 0.243 0.003 0.027 0.009 0.277 0.441 87 V 0.853 0.006 0.007 0.006 0.054 0.073 88 C 0.960 0.004 0.002 0.003 0.012 0.019 89 T 0.960 0.002 0.001 0.003 0.011 0.024 90 A 0.920 0.002 0.001 0.005 0.018 0.054 91 N 0.617 0.014 0.002 0.010 0.070 0.286 92 I 0.151 0.024 0.004 0.022 0.295 0.504 93 P 0.068 0.005 0.007 0.017 0.353 0.549 94 Y 0.066 0.024 0.030 0.042 0.439 0.399 95 K 0.082 0.042 0.074 0.113 0.470 0.218 96 I 0.043 0.023 0.080 0.239 0.364 0.250 97 S 0.019 0.011 0.038 0.376 0.253 0.302 98 S 0.009 0.004 0.012 0.523 0.117 0.336 99 P 0.001 0.001 0.004 0.981 0.005 0.008 100 L 0.001 0.001 0.005 0.989 0.003 0.001 101 I 0.001 0.001 0.006 0.989 0.003 0.001 102 F 0.002 0.001 0.006 0.987 0.003 0.001 103 K 0.001 0.001 0.006 0.989 0.003 0.001 104 L 0.002 0.001 0.004 0.987 0.004 0.002 105 I 0.003 0.001 0.006 0.976 0.009 0.006 106 S 0.006 0.002 0.012 0.938 0.024 0.018 107 H 0.009 0.002 0.024 0.758 0.085 0.121 108 R 0.010 0.005 0.031 0.283 0.308 0.363 109 P 0.014 0.004 0.049 0.146 0.461 0.326 110 L 0.015 0.007 0.062 0.173 0.453 0.290 111 F 0.028 0.010 0.061 0.346 0.292 0.262 112 K 0.053 0.006 0.046 0.540 0.147 0.208 113 C 0.054 0.004 0.029 0.745 0.065 0.104 114 A 0.057 0.003 0.025 0.848 0.029 0.038 115 V 0.101 0.005 0.026 0.824 0.017 0.027 116 L 0.139 0.002 0.024 0.800 0.013 0.023 117 M 0.067 0.001 0.020 0.890 0.009 0.013 118 F 0.107 0.005 0.017 0.825 0.016 0.030 119 Q 0.062 0.002 0.007 0.885 0.015 0.029 120 K 0.016 0.001 0.006 0.941 0.016 0.020 121 E 0.006 0.001 0.009 0.949 0.018 0.018 122 F 0.005 0.001 0.009 0.968 0.013 0.005 123 A 0.005 0.001 0.012 0.956 0.018 0.008 124 E 0.006 0.001 0.022 0.926 0.029 0.017 125 R 0.007 0.001 0.033 0.880 0.044 0.035 126 M 0.025 0.006 0.026 0.740 0.085 0.119 127 L 0.066 0.040 0.019 0.420 0.164 0.291 128 A 0.070 0.039 0.014 0.187 0.218 0.472 129 N 0.035 0.019 0.009 0.041 0.595 0.302 130 V 0.017 0.006 0.015 0.032 0.733 0.197 131 G 0.012 0.004 0.012 0.015 0.787 0.170 132 D 0.021 0.018 0.040 0.037 0.790 0.094 133 S 0.032 0.016 0.070 0.144 0.516 0.222 134 N 0.062 0.024 0.107 0.248 0.405 0.155 135 Y 0.092 0.015 0.072 0.325 0.313 0.183 136 S 0.183 0.023 0.036 0.328 0.211 0.220 137 R 0.283 0.021 0.030 0.362 0.149 0.155 138 L 0.373 0.013 0.025 0.396 0.076 0.117 139 T 0.495 0.008 0.022 0.343 0.047 0.086 140 I 0.461 0.005 0.024 0.446 0.031 0.034 141 N 0.413 0.004 0.021 0.491 0.036 0.035 142 V 0.425 0.006 0.022 0.455 0.046 0.047 143 K 0.432 0.005 0.031 0.387 0.077 0.067 144 L 0.360 0.007 0.040 0.400 0.112 0.080 145 F 0.433 0.008 0.034 0.270 0.146 0.108 146 C 0.448 0.008 0.028 0.166 0.177 0.173 147 K 0.585 0.009 0.014 0.059 0.127 0.207 148 V 0.759 0.005 0.012 0.038 0.068 0.119 149 T 0.851 0.004 0.007 0.027 0.044 0.068 150 K 0.918 0.003 0.004 0.014 0.021 0.041 151 V 0.850 0.005 0.005 0.013 0.037 0.090 152 C 0.771 0.007 0.004 0.012 0.057 0.149 153 N 0.628 0.017 0.004 0.006 0.085 0.260 154 V 0.293 0.066 0.002 0.004 0.121 0.513 155 N 0.082 0.031 0.006 0.005 0.547 0.330 156 R 0.010 0.005 0.205 0.017 0.710 0.054 157 S 0.006 0.002 0.241 0.012 0.704 0.034 158 S 0.028 0.017 0.220 0.017 0.667 0.051 159 F 0.085 0.071 0.045 0.015 0.361 0.423 160 N 0.091 0.040 0.013 0.008 0.293 0.555 161 P 0.108 0.073 0.018 0.009 0.291 0.501 162 P 0.085 0.035 0.008 0.006 0.450 0.416 163 P 0.081 0.016 0.014 0.008 0.447 0.434 164 K 0.137 0.030 0.016 0.008 0.397 0.412 165 V 0.220 0.033 0.009 0.007 0.369 0.364 166 D 0.199 0.018 0.007 0.004 0.212 0.560 167 S 0.552 0.011 0.012 0.006 0.148 0.270 168 V 0.862 0.004 0.006 0.005 0.048 0.075 169 I 0.970 0.004 0.001 0.001 0.009 0.015 170 V 0.973 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 171 K 0.966 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 172 L 0.933 0.003 0.001 0.001 0.009 0.054 173 I 0.813 0.005 0.001 0.001 0.033 0.147 174 P 0.424 0.007 0.001 0.002 0.080 0.486 175 K 0.141 0.022 0.003 0.003 0.188 0.642 176 E 0.046 0.009 0.004 0.002 0.159 0.780 177 S 0.015 0.007 0.005 0.003 0.198 0.773 178 S 0.015 0.013 0.014 0.006 0.258 0.694 179 F 0.017 0.012 0.027 0.018 0.267 0.658 180 L 0.014 0.014 0.045 0.040 0.263 0.625 181 T 0.012 0.020 0.026 0.053 0.292 0.598 182 N 0.005 0.006 0.008 0.061 0.124 0.797 183 F 0.001 0.001 0.020 0.924 0.029 0.026 184 D 0.001 0.001 0.014 0.959 0.019 0.008 185 E 0.001 0.001 0.016 0.970 0.010 0.003 186 W 0.001 0.001 0.005 0.988 0.004 0.003 187 D 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 188 N 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 189 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 190 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.002 191 R 0.001 0.001 0.002 0.987 0.006 0.005 192 I 0.001 0.001 0.002 0.985 0.006 0.006 193 C 0.001 0.001 0.002 0.971 0.011 0.015 194 F 0.001 0.001 0.003 0.965 0.012 0.019 195 S 0.001 0.001 0.004 0.922 0.026 0.047 196 R 0.001 0.001 0.008 0.882 0.043 0.066 197 K 0.001 0.001 0.011 0.912 0.035 0.040 198 R 0.001 0.001 0.007 0.921 0.030 0.041 199 K 0.001 0.001 0.005 0.956 0.021 0.018 200 T 0.001 0.001 0.004 0.961 0.014 0.019 201 L 0.001 0.001 0.003 0.973 0.010 0.013 202 H 0.001 0.001 0.004 0.966 0.014 0.015 203 A 0.001 0.001 0.006 0.947 0.024 0.022 204 I 0.001 0.001 0.008 0.963 0.018 0.009 205 F 0.001 0.001 0.022 0.929 0.033 0.015 206 K 0.001 0.001 0.161 0.691 0.111 0.035 207 R 0.001 0.001 0.165 0.582 0.177 0.075 208 N 0.002 0.001 0.085 0.419 0.285 0.210 209 A 0.004 0.012 0.013 0.073 0.266 0.631 210 V 0.010 0.010 0.012 0.095 0.308 0.565 211 L 0.002 0.001 0.049 0.784 0.103 0.061 212 N 0.003 0.001 0.040 0.805 0.102 0.050 213 M 0.002 0.001 0.030 0.908 0.036 0.023 214 L 0.002 0.001 0.006 0.945 0.017 0.029 215 E 0.001 0.001 0.005 0.973 0.014 0.007 216 H 0.001 0.001 0.004 0.975 0.015 0.006 217 N 0.001 0.001 0.003 0.981 0.011 0.004 218 Y 0.001 0.001 0.006 0.978 0.013 0.003 219 K 0.001 0.001 0.017 0.950 0.024 0.008 220 N 0.001 0.001 0.028 0.908 0.041 0.023 221 W 0.002 0.001 0.020 0.762 0.069 0.146 222 C 0.002 0.001 0.002 0.011 0.088 0.895 223 T 0.012 0.018 0.002 0.004 0.114 0.850 224 L 0.045 0.025 0.007 0.011 0.540 0.373 225 N 0.020 0.004 0.186 0.074 0.636 0.081 226 K 0.046 0.007 0.214 0.057 0.601 0.075 227 Q 0.105 0.024 0.141 0.050 0.587 0.094 228 V 0.151 0.037 0.039 0.051 0.188 0.533 229 P 0.083 0.033 0.543 0.048 0.191 0.102 230 V 0.042 0.003 0.650 0.033 0.193 0.078 231 N 0.045 0.003 0.591 0.036 0.203 0.121 232 F 0.083 0.054 0.054 0.029 0.283 0.496 233 P 0.027 0.012 0.004 0.024 0.113 0.821 234 F 0.001 0.001 0.022 0.940 0.026 0.011 235 K 0.001 0.001 0.012 0.963 0.022 0.002 236 K 0.001 0.001 0.013 0.960 0.024 0.002 237 Y 0.001 0.001 0.003 0.975 0.012 0.008 238 C 0.001 0.001 0.001 0.984 0.009 0.005 239 L 0.001 0.001 0.002 0.979 0.012 0.006 240 D 0.001 0.001 0.002 0.982 0.008 0.007 241 V 0.001 0.001 0.002 0.978 0.009 0.011 242 L 0.001 0.001 0.005 0.967 0.013 0.015 243 E 0.001 0.001 0.007 0.954 0.019 0.018 244 H 0.001 0.001 0.010 0.905 0.041 0.041 245 L 0.002 0.002 0.043 0.832 0.077 0.045 246 D 0.002 0.001 0.046 0.742 0.122 0.087 247 M 0.003 0.001 0.047 0.673 0.129 0.147 248 C 0.007 0.011 0.050 0.401 0.226 0.306 249 E 0.011 0.005 0.050 0.305 0.288 0.340 250 K 0.014 0.008 0.079 0.332 0.254 0.314 251 R 0.012 0.011 0.072 0.207 0.303 0.395 252 S 0.015 0.010 0.078 0.163 0.331 0.403 253 I 0.013 0.013 0.066 0.164 0.347 0.396 254 N 0.014 0.022 0.072 0.122 0.425 0.345 255 L 0.019 0.018 0.058 0.152 0.381 0.372 256 D 0.017 0.020 0.029 0.112 0.428 0.395 257 E 0.013 0.011 0.038 0.260 0.457 0.221 258 N 0.009 0.008 0.029 0.296 0.404 0.255 259 D 0.006 0.005 0.036 0.519 0.285 0.150 260 F 0.005 0.005 0.029 0.687 0.162 0.112 261 L 0.006 0.004 0.032 0.745 0.131 0.082 262 K 0.008 0.006 0.049 0.758 0.123 0.057 263 L 0.010 0.005 0.053 0.696 0.152 0.083 264 L 0.013 0.007 0.083 0.608 0.192 0.098 265 L 0.016 0.006 0.064 0.439 0.272 0.203 266 E 0.022 0.008 0.084 0.319 0.322 0.244 267 F 0.048 0.040 0.059 0.211 0.295 0.348 268 N 0.053 0.035 0.056 0.117 0.479 0.261 269 K 0.030 0.011 0.053 0.084 0.683 0.139 270 K 0.029 0.007 0.045 0.035 0.724 0.159 271 G 0.099 0.014 0.020 0.017 0.617 0.233 272 I 0.264 0.023 0.007 0.011 0.204 0.491 273 H 0.476 0.059 0.004 0.008 0.074 0.379 274 F 0.436 0.066 0.003 0.007 0.058 0.430 275 F 0.006 0.003 0.001 0.001 0.019 0.970