# TARGET T0295 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1990 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.048 0.046 0.078 0.070 0.134 0.081 0.261 0.283 2 L 0.053 0.085 0.048 0.028 0.051 0.143 0.110 0.481 3 L 0.013 0.056 0.119 0.075 0.093 0.144 0.082 0.418 4 K 0.018 0.145 0.027 0.012 0.013 0.087 0.052 0.646 5 N 0.108 0.823 0.001 0.001 0.001 0.004 0.052 0.011 6 P 0.016 0.873 0.004 0.001 0.001 0.012 0.044 0.050 7 G 0.006 0.897 0.005 0.001 0.001 0.008 0.047 0.034 8 I 0.006 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 9 L 0.007 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.004 10 D 0.003 0.905 0.004 0.001 0.001 0.002 0.072 0.012 11 K 0.002 0.970 0.003 0.001 0.001 0.002 0.011 0.010 12 I 0.028 0.903 0.025 0.002 0.002 0.004 0.027 0.010 13 I 0.167 0.505 0.099 0.012 0.007 0.019 0.122 0.070 14 Y 0.210 0.254 0.028 0.006 0.006 0.033 0.043 0.420 15 A 0.149 0.047 0.032 0.007 0.008 0.061 0.052 0.644 16 A 0.061 0.014 0.017 0.022 0.016 0.115 0.052 0.703 17 K 0.018 0.003 0.006 0.008 0.012 0.080 0.031 0.843 18 I 0.013 0.002 0.009 0.005 0.006 0.103 0.033 0.828 19 K 0.370 0.008 0.013 0.008 0.006 0.106 0.085 0.404 20 S 0.278 0.010 0.005 0.002 0.002 0.070 0.021 0.612 21 S 0.015 0.011 0.025 0.004 0.018 0.196 0.028 0.704 22 D 0.004 0.005 0.143 0.036 0.146 0.126 0.077 0.463 23 I 0.003 0.004 0.340 0.215 0.209 0.031 0.105 0.092 24 V 0.003 0.003 0.398 0.125 0.132 0.028 0.063 0.248 25 L 0.008 0.001 0.491 0.246 0.141 0.020 0.034 0.058 26 E 0.018 0.002 0.298 0.104 0.166 0.064 0.063 0.284 27 I 0.033 0.003 0.254 0.052 0.102 0.115 0.075 0.365 28 G 0.040 0.012 0.065 0.052 0.100 0.132 0.067 0.532 29 C 0.020 0.013 0.062 0.022 0.038 0.137 0.051 0.657 30 G 0.058 0.077 0.070 0.073 0.124 0.134 0.097 0.368 31 T 0.044 0.071 0.047 0.025 0.052 0.100 0.262 0.400 32 G 0.045 0.311 0.072 0.045 0.059 0.071 0.200 0.196 33 N 0.050 0.273 0.103 0.047 0.093 0.065 0.086 0.282 34 L 0.037 0.210 0.121 0.120 0.122 0.059 0.099 0.231 35 T 0.094 0.389 0.069 0.040 0.093 0.036 0.112 0.166 36 V 0.205 0.167 0.059 0.056 0.051 0.058 0.130 0.275 37 K 0.018 0.112 0.045 0.096 0.070 0.085 0.091 0.483 38 L 0.040 0.075 0.034 0.023 0.032 0.069 0.093 0.633 39 L 0.374 0.073 0.030 0.067 0.048 0.054 0.165 0.191 40 P 0.241 0.017 0.021 0.012 0.020 0.066 0.103 0.521 41 L 0.177 0.008 0.010 0.006 0.010 0.058 0.037 0.694 42 A 0.040 0.003 0.026 0.008 0.022 0.149 0.041 0.711 43 K 0.002 0.001 0.056 0.011 0.031 0.142 0.035 0.722 44 K 0.002 0.001 0.520 0.050 0.122 0.080 0.060 0.164 45 V 0.002 0.001 0.358 0.109 0.128 0.032 0.097 0.274 46 I 0.001 0.001 0.722 0.127 0.095 0.009 0.013 0.032 47 T 0.002 0.002 0.524 0.094 0.191 0.017 0.037 0.133 48 I 0.008 0.013 0.469 0.150 0.091 0.045 0.037 0.186 49 D 0.021 0.070 0.312 0.083 0.077 0.092 0.054 0.291 50 I 0.029 0.364 0.043 0.012 0.013 0.074 0.063 0.401 51 D 0.084 0.887 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.008 52 S 0.037 0.202 0.004 0.001 0.001 0.006 0.727 0.023 53 R 0.007 0.694 0.004 0.001 0.001 0.010 0.227 0.056 54 M 0.027 0.937 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.016 55 I 0.014 0.956 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.013 56 S 0.008 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.025 57 E 0.017 0.920 0.003 0.001 0.001 0.004 0.034 0.022 58 V 0.028 0.918 0.009 0.001 0.001 0.003 0.034 0.008 59 K 0.057 0.879 0.008 0.001 0.001 0.004 0.016 0.034 60 K 0.025 0.814 0.025 0.001 0.001 0.008 0.015 0.111 61 R 0.073 0.609 0.106 0.002 0.001 0.020 0.048 0.140 62 C 0.167 0.069 0.174 0.006 0.003 0.054 0.233 0.295 63 L 0.510 0.030 0.017 0.002 0.001 0.032 0.043 0.365 64 Y 0.173 0.006 0.009 0.001 0.001 0.040 0.026 0.744 65 E 0.005 0.001 0.014 0.002 0.003 0.116 0.013 0.846 66 G 0.067 0.004 0.011 0.003 0.006 0.059 0.023 0.827 67 Y 0.086 0.005 0.016 0.007 0.005 0.110 0.037 0.736 68 N 0.014 0.006 0.113 0.019 0.040 0.163 0.028 0.617 69 N 0.013 0.009 0.090 0.021 0.068 0.089 0.053 0.657 70 L 0.006 0.015 0.233 0.115 0.087 0.068 0.066 0.410 71 E 0.004 0.016 0.588 0.108 0.134 0.022 0.045 0.082 72 V 0.013 0.035 0.319 0.143 0.145 0.043 0.067 0.235 73 Y 0.041 0.085 0.498 0.105 0.076 0.030 0.056 0.109 74 E 0.064 0.225 0.120 0.054 0.084 0.058 0.096 0.298 75 G 0.059 0.186 0.086 0.027 0.045 0.072 0.098 0.427 76 D 0.144 0.133 0.045 0.060 0.054 0.066 0.243 0.255 77 A 0.133 0.065 0.036 0.029 0.034 0.083 0.256 0.365 78 I 0.124 0.049 0.019 0.041 0.068 0.073 0.078 0.548 79 K 0.066 0.009 0.008 0.023 0.037 0.077 0.033 0.747 80 T 0.015 0.005 0.013 0.040 0.042 0.108 0.048 0.730 81 V 0.051 0.005 0.014 0.020 0.033 0.120 0.040 0.717 82 F 0.219 0.005 0.017 0.013 0.014 0.109 0.065 0.558 83 P 0.056 0.004 0.018 0.008 0.010 0.120 0.029 0.754 84 K 0.033 0.007 0.025 0.005 0.013 0.122 0.043 0.752 85 F 0.010 0.006 0.107 0.029 0.046 0.192 0.077 0.533 86 D 0.004 0.004 0.335 0.054 0.113 0.069 0.153 0.268 87 V 0.003 0.002 0.537 0.077 0.095 0.031 0.110 0.145 88 C 0.009 0.002 0.615 0.093 0.095 0.028 0.055 0.104 89 T 0.019 0.002 0.528 0.093 0.079 0.038 0.069 0.173 90 A 0.007 0.002 0.412 0.043 0.100 0.114 0.053 0.270 91 N 0.021 0.003 0.141 0.019 0.049 0.144 0.059 0.566 92 I 0.086 0.006 0.066 0.043 0.042 0.182 0.080 0.495 93 P 0.027 0.008 0.083 0.021 0.054 0.142 0.117 0.550 94 Y 0.021 0.012 0.086 0.042 0.118 0.125 0.122 0.473 95 K 0.026 0.017 0.151 0.075 0.095 0.115 0.139 0.382 96 I 0.013 0.045 0.103 0.063 0.069 0.125 0.074 0.508 97 S 0.037 0.232 0.076 0.024 0.040 0.081 0.078 0.433 98 S 0.060 0.727 0.020 0.016 0.015 0.027 0.059 0.077 99 P 0.035 0.754 0.018 0.009 0.016 0.026 0.034 0.106 100 L 0.021 0.833 0.014 0.014 0.022 0.013 0.037 0.046 101 I 0.024 0.808 0.014 0.011 0.020 0.016 0.060 0.047 102 F 0.030 0.292 0.059 0.049 0.058 0.032 0.360 0.120 103 K 0.024 0.234 0.066 0.111 0.116 0.043 0.286 0.119 104 L 0.266 0.117 0.095 0.036 0.080 0.057 0.127 0.221 105 I 0.208 0.033 0.047 0.104 0.088 0.077 0.097 0.345 106 S 0.010 0.008 0.014 0.015 0.026 0.057 0.033 0.837 107 H 0.029 0.015 0.010 0.011 0.020 0.103 0.029 0.784 108 R 0.199 0.029 0.014 0.032 0.023 0.133 0.064 0.507 109 P 0.081 0.030 0.012 0.011 0.016 0.105 0.043 0.703 110 L 0.035 0.055 0.021 0.013 0.035 0.114 0.046 0.681 111 F 0.067 0.094 0.035 0.030 0.042 0.092 0.073 0.567 112 K 0.068 0.268 0.031 0.058 0.076 0.066 0.100 0.333 113 C 0.016 0.275 0.058 0.040 0.099 0.065 0.078 0.369 114 A 0.009 0.292 0.069 0.135 0.240 0.041 0.070 0.142 115 V 0.010 0.426 0.064 0.125 0.170 0.023 0.080 0.102 116 L 0.009 0.630 0.029 0.080 0.117 0.014 0.067 0.054 117 M 0.007 0.657 0.030 0.079 0.094 0.010 0.084 0.038 118 F 0.003 0.861 0.007 0.034 0.032 0.005 0.042 0.018 119 Q 0.002 0.970 0.002 0.003 0.006 0.001 0.012 0.004 120 K 0.004 0.937 0.003 0.008 0.006 0.002 0.035 0.006 121 E 0.003 0.920 0.005 0.008 0.006 0.003 0.045 0.010 122 F 0.014 0.930 0.003 0.002 0.004 0.003 0.035 0.009 123 A 0.040 0.787 0.014 0.010 0.010 0.009 0.099 0.031 124 E 0.083 0.561 0.010 0.022 0.024 0.024 0.090 0.185 125 R 0.068 0.148 0.029 0.024 0.029 0.065 0.119 0.517 126 M 0.085 0.089 0.045 0.077 0.077 0.136 0.115 0.376 127 L 0.054 0.014 0.045 0.042 0.063 0.105 0.071 0.605 128 A 0.052 0.007 0.022 0.036 0.044 0.124 0.030 0.685 129 N 0.166 0.007 0.021 0.030 0.037 0.111 0.065 0.563 130 V 0.027 0.003 0.010 0.013 0.015 0.150 0.034 0.747 131 G 0.051 0.006 0.008 0.005 0.009 0.080 0.024 0.817 132 D 0.188 0.021 0.008 0.009 0.011 0.099 0.067 0.597 133 S 0.045 0.038 0.021 0.015 0.023 0.118 0.046 0.694 134 N 0.070 0.064 0.022 0.021 0.061 0.102 0.047 0.614 135 Y 0.021 0.031 0.041 0.055 0.079 0.106 0.121 0.546 136 S 0.022 0.129 0.054 0.091 0.189 0.072 0.130 0.312 137 R 0.016 0.122 0.058 0.100 0.183 0.069 0.119 0.334 138 L 0.012 0.186 0.067 0.170 0.234 0.053 0.096 0.181 139 T 0.021 0.369 0.072 0.089 0.192 0.031 0.116 0.111 140 I 0.020 0.478 0.037 0.134 0.151 0.028 0.059 0.092 141 N 0.023 0.437 0.069 0.084 0.169 0.020 0.098 0.099 142 V 0.053 0.403 0.030 0.126 0.136 0.034 0.089 0.129 143 K 0.055 0.203 0.066 0.137 0.167 0.037 0.117 0.219 144 L 0.053 0.188 0.025 0.118 0.173 0.054 0.068 0.321 145 F 0.015 0.034 0.049 0.101 0.184 0.073 0.195 0.350 146 C 0.011 0.026 0.042 0.186 0.180 0.083 0.143 0.329 147 K 0.097 0.089 0.035 0.109 0.136 0.055 0.133 0.346 148 V 0.101 0.052 0.032 0.076 0.115 0.090 0.068 0.466 149 T 0.026 0.013 0.059 0.093 0.194 0.066 0.094 0.454 150 K 0.042 0.010 0.053 0.128 0.182 0.079 0.063 0.442 151 V 0.012 0.004 0.066 0.122 0.166 0.082 0.046 0.503 152 C 0.010 0.004 0.079 0.144 0.189 0.088 0.029 0.457 153 N 0.014 0.004 0.078 0.110 0.143 0.095 0.057 0.498 154 V 0.024 0.004 0.064 0.064 0.042 0.126 0.079 0.596 155 N 0.201 0.021 0.041 0.032 0.034 0.091 0.169 0.411 156 R 0.178 0.009 0.020 0.010 0.018 0.109 0.062 0.594 157 S 0.050 0.006 0.043 0.028 0.055 0.101 0.083 0.633 158 S 0.014 0.003 0.044 0.034 0.098 0.105 0.063 0.639 159 F 0.019 0.001 0.058 0.068 0.117 0.118 0.038 0.582 160 N 0.025 0.001 0.062 0.138 0.131 0.111 0.041 0.493 161 P 0.023 0.001 0.024 0.029 0.049 0.106 0.024 0.745 162 P 0.044 0.002 0.029 0.032 0.052 0.142 0.034 0.663 163 P 0.032 0.002 0.023 0.032 0.039 0.101 0.045 0.726 164 K 0.069 0.007 0.039 0.027 0.047 0.135 0.151 0.525 165 V 0.066 0.008 0.055 0.034 0.047 0.135 0.081 0.573 166 D 0.082 0.014 0.078 0.075 0.169 0.127 0.054 0.401 167 S 0.006 0.004 0.069 0.048 0.184 0.056 0.045 0.587 168 V 0.001 0.001 0.202 0.237 0.475 0.024 0.018 0.042 169 I 0.003 0.001 0.126 0.210 0.467 0.015 0.037 0.141 170 V 0.004 0.001 0.093 0.581 0.227 0.012 0.011 0.071 171 K 0.003 0.001 0.120 0.232 0.479 0.030 0.012 0.123 172 L 0.007 0.001 0.054 0.125 0.256 0.065 0.021 0.471 173 I 0.031 0.003 0.077 0.350 0.248 0.052 0.037 0.202 174 P 0.051 0.005 0.022 0.042 0.055 0.088 0.039 0.699 175 K 0.120 0.016 0.022 0.056 0.057 0.102 0.061 0.566 176 E 0.098 0.015 0.012 0.015 0.024 0.090 0.041 0.706 177 S 0.143 0.016 0.009 0.010 0.015 0.094 0.058 0.655 178 S 0.048 0.020 0.020 0.026 0.031 0.123 0.075 0.658 179 F 0.057 0.050 0.012 0.011 0.024 0.121 0.046 0.678 180 L 0.080 0.072 0.015 0.015 0.020 0.119 0.033 0.646 181 T 0.041 0.118 0.017 0.011 0.010 0.101 0.057 0.646 182 N 0.071 0.727 0.003 0.002 0.002 0.017 0.078 0.101 183 F 0.074 0.766 0.005 0.001 0.001 0.018 0.058 0.077 184 D 0.012 0.434 0.007 0.004 0.003 0.023 0.413 0.104 185 E 0.007 0.912 0.001 0.001 0.001 0.006 0.050 0.022 186 W 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.005 187 D 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.008 188 N 0.002 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.007 189 L 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 190 L 0.007 0.958 0.005 0.001 0.001 0.002 0.022 0.005 191 R 0.015 0.439 0.023 0.007 0.006 0.014 0.453 0.043 192 I 0.013 0.525 0.035 0.004 0.004 0.021 0.345 0.053 193 C 0.041 0.831 0.018 0.004 0.004 0.017 0.030 0.056 194 F 0.042 0.528 0.021 0.012 0.013 0.036 0.065 0.282 195 S 0.041 0.549 0.007 0.005 0.009 0.035 0.078 0.275 196 R 0.047 0.422 0.012 0.010 0.009 0.045 0.304 0.151 197 K 0.010 0.887 0.002 0.003 0.003 0.013 0.026 0.057 198 R 0.007 0.896 0.003 0.001 0.002 0.009 0.021 0.060 199 K 0.003 0.926 0.008 0.005 0.003 0.007 0.020 0.027 200 T 0.014 0.882 0.013 0.002 0.002 0.004 0.074 0.010 201 L 0.015 0.921 0.004 0.001 0.001 0.002 0.050 0.007 202 H 0.012 0.928 0.007 0.001 0.001 0.003 0.030 0.018 203 A 0.024 0.810 0.010 0.002 0.002 0.010 0.060 0.082 204 I 0.036 0.288 0.036 0.003 0.003 0.025 0.541 0.067 205 F 0.188 0.438 0.017 0.004 0.003 0.029 0.187 0.133 206 K 0.121 0.230 0.009 0.003 0.004 0.045 0.108 0.480 207 R 0.037 0.270 0.007 0.001 0.002 0.060 0.047 0.576 208 N 0.038 0.194 0.022 0.006 0.006 0.104 0.181 0.449 209 A 0.027 0.618 0.012 0.004 0.002 0.047 0.032 0.258 210 V 0.039 0.911 0.002 0.001 0.001 0.006 0.007 0.035 211 L 0.019 0.923 0.007 0.001 0.001 0.006 0.017 0.028 212 N 0.014 0.915 0.006 0.001 0.001 0.005 0.033 0.026 213 M 0.033 0.395 0.024 0.001 0.001 0.010 0.504 0.032 214 L 0.024 0.809 0.008 0.001 0.001 0.006 0.136 0.016 215 E 0.094 0.748 0.009 0.001 0.001 0.011 0.050 0.088 216 H 0.024 0.249 0.027 0.003 0.002 0.039 0.375 0.282 217 N 0.043 0.494 0.019 0.002 0.002 0.039 0.239 0.162 218 Y 0.275 0.297 0.022 0.002 0.002 0.053 0.107 0.242 219 K 0.190 0.169 0.022 0.006 0.005 0.087 0.074 0.447 220 N 0.121 0.071 0.021 0.001 0.004 0.083 0.098 0.601 221 W 0.049 0.060 0.073 0.007 0.009 0.189 0.100 0.513 222 C 0.032 0.029 0.142 0.013 0.019 0.134 0.085 0.545 223 T 0.071 0.020 0.066 0.008 0.009 0.110 0.050 0.665 224 L 0.389 0.036 0.067 0.009 0.013 0.091 0.063 0.333 225 N 0.089 0.017 0.040 0.007 0.011 0.088 0.031 0.716 226 K 0.016 0.009 0.032 0.008 0.021 0.125 0.020 0.768 227 Q 0.012 0.004 0.097 0.026 0.034 0.102 0.078 0.646 228 V 0.294 0.011 0.039 0.057 0.041 0.086 0.046 0.426 229 P 0.312 0.004 0.025 0.013 0.017 0.047 0.052 0.529 230 V 0.009 0.005 0.021 0.016 0.032 0.131 0.013 0.774 231 N 0.003 0.006 0.009 0.005 0.017 0.068 0.007 0.886 232 F 0.011 0.033 0.017 0.030 0.010 0.112 0.021 0.766 233 P 0.061 0.802 0.007 0.005 0.003 0.015 0.048 0.060 234 F 0.048 0.931 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.009 235 K 0.014 0.931 0.003 0.001 0.001 0.005 0.016 0.028 236 K 0.006 0.901 0.005 0.002 0.002 0.005 0.051 0.028 237 Y 0.005 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.006 238 C 0.014 0.929 0.007 0.001 0.001 0.003 0.037 0.009 239 L 0.016 0.850 0.007 0.003 0.003 0.007 0.076 0.038 240 D 0.026 0.776 0.008 0.001 0.002 0.009 0.132 0.046 241 V 0.037 0.859 0.005 0.001 0.001 0.009 0.056 0.033 242 L 0.049 0.679 0.016 0.005 0.004 0.020 0.071 0.156 243 E 0.040 0.539 0.013 0.003 0.003 0.043 0.063 0.297 244 H 0.145 0.549 0.028 0.004 0.004 0.035 0.105 0.130 245 L 0.180 0.388 0.022 0.006 0.005 0.049 0.059 0.292 246 D 0.058 0.248 0.017 0.003 0.004 0.058 0.035 0.578 247 M 0.070 0.226 0.029 0.006 0.007 0.085 0.069 0.508 248 C 0.105 0.151 0.047 0.016 0.013 0.094 0.170 0.404 249 E 0.108 0.125 0.019 0.008 0.009 0.079 0.080 0.572 250 K 0.072 0.069 0.028 0.011 0.015 0.097 0.092 0.616 251 R 0.109 0.068 0.020 0.015 0.019 0.123 0.054 0.592 252 S 0.081 0.050 0.018 0.014 0.022 0.113 0.051 0.652 253 I 0.055 0.051 0.016 0.011 0.017 0.137 0.029 0.684 254 N 0.064 0.071 0.027 0.020 0.028 0.136 0.105 0.550 255 L 0.052 0.095 0.017 0.011 0.012 0.142 0.056 0.614 256 D 0.210 0.429 0.010 0.007 0.009 0.061 0.037 0.237 257 E 0.065 0.567 0.006 0.004 0.007 0.051 0.026 0.275 258 N 0.030 0.797 0.004 0.002 0.005 0.022 0.021 0.119 259 D 0.023 0.836 0.008 0.006 0.006 0.016 0.051 0.055 260 F 0.017 0.918 0.003 0.004 0.003 0.008 0.017 0.030 261 L 0.077 0.824 0.013 0.005 0.006 0.009 0.026 0.040 262 K 0.079 0.708 0.010 0.013 0.013 0.022 0.041 0.114 263 L 0.150 0.353 0.015 0.008 0.012 0.039 0.100 0.322 264 L 0.055 0.193 0.013 0.017 0.016 0.068 0.267 0.372 265 L 0.116 0.267 0.008 0.014 0.015 0.057 0.096 0.428 266 E 0.068 0.107 0.013 0.018 0.025 0.110 0.069 0.591 267 F 0.021 0.022 0.019 0.013 0.017 0.129 0.072 0.707 268 N 0.644 0.058 0.007 0.005 0.005 0.039 0.079 0.164 269 K 0.145 0.051 0.011 0.007 0.007 0.102 0.045 0.632 270 K 0.010 0.017 0.044 0.010 0.048 0.126 0.021 0.724 271 G 0.031 0.017 0.104 0.068 0.197 0.112 0.121 0.350 272 I 0.022 0.009 0.086 0.206 0.149 0.073 0.057 0.398 273 H 0.011 0.005 0.169 0.219 0.267 0.053 0.034 0.242 274 F 0.006 0.004 0.075 0.106 0.218 0.080 0.056 0.455 275 F 0.029 0.008 0.129 0.221 0.227 0.063 0.076 0.247