# TARGET T0295 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1990 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.101 0.025 0.097 0.047 0.051 0.116 0.015 0.548 2 L 0.122 0.039 0.136 0.040 0.068 0.121 0.013 0.462 3 L 0.124 0.045 0.210 0.083 0.156 0.119 0.012 0.251 4 K 0.085 0.057 0.128 0.049 0.076 0.214 0.016 0.374 5 N 0.099 0.054 0.057 0.029 0.075 0.187 0.009 0.489 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 7 G 0.004 0.004 0.001 0.001 0.003 0.750 0.001 0.235 8 I 0.290 0.046 0.001 0.001 0.001 0.390 0.007 0.264 9 L 0.035 0.828 0.002 0.001 0.003 0.016 0.001 0.114 10 D 0.002 0.954 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.036 11 K 0.014 0.896 0.002 0.001 0.001 0.007 0.004 0.076 12 I 0.013 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 13 I 0.004 0.975 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 14 Y 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 15 A 0.010 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 16 A 0.092 0.837 0.005 0.007 0.003 0.001 0.040 0.015 17 K 0.420 0.279 0.031 0.024 0.010 0.010 0.111 0.115 18 I 0.151 0.120 0.321 0.058 0.052 0.028 0.037 0.232 19 K 0.067 0.097 0.093 0.091 0.120 0.134 0.021 0.378 20 S 0.012 0.016 0.043 0.017 0.022 0.040 0.009 0.841 21 S 0.036 0.015 0.096 0.031 0.027 0.111 0.028 0.655 22 D 0.328 0.004 0.128 0.026 0.018 0.139 0.041 0.316 23 I 0.095 0.003 0.395 0.077 0.083 0.166 0.010 0.171 24 V 0.012 0.002 0.364 0.145 0.256 0.061 0.002 0.156 25 L 0.003 0.002 0.517 0.167 0.240 0.019 0.001 0.051 26 E 0.003 0.002 0.411 0.186 0.243 0.038 0.002 0.116 27 I 0.004 0.004 0.435 0.094 0.188 0.026 0.002 0.247 28 G 0.006 0.006 0.308 0.120 0.197 0.116 0.004 0.243 29 C 0.006 0.005 0.072 0.032 0.053 0.063 0.003 0.766 30 G 0.013 0.022 0.109 0.035 0.089 0.137 0.008 0.586 31 T 0.052 0.010 0.018 0.008 0.015 0.126 0.008 0.762 32 G 0.074 0.137 0.074 0.045 0.032 0.091 0.026 0.521 33 N 0.158 0.042 0.032 0.012 0.024 0.135 0.015 0.581 34 L 0.100 0.220 0.098 0.053 0.050 0.136 0.013 0.330 35 T 0.172 0.230 0.036 0.027 0.092 0.181 0.015 0.248 36 V 0.061 0.416 0.039 0.029 0.056 0.054 0.009 0.336 37 K 0.045 0.481 0.015 0.018 0.028 0.068 0.011 0.334 38 L 0.175 0.387 0.018 0.017 0.034 0.111 0.043 0.215 39 L 0.145 0.544 0.013 0.018 0.041 0.023 0.013 0.202 40 P 0.003 0.070 0.003 0.003 0.007 0.012 0.002 0.900 41 L 0.065 0.341 0.007 0.017 0.026 0.089 0.025 0.431 42 A 0.286 0.455 0.013 0.010 0.013 0.025 0.055 0.143 43 K 0.206 0.327 0.051 0.048 0.027 0.042 0.070 0.228 44 K 0.241 0.083 0.229 0.055 0.041 0.067 0.053 0.231 45 V 0.190 0.048 0.369 0.074 0.090 0.054 0.021 0.154 46 I 0.005 0.010 0.746 0.113 0.072 0.009 0.003 0.043 47 T 0.002 0.004 0.370 0.084 0.111 0.015 0.001 0.413 48 I 0.002 0.003 0.683 0.064 0.118 0.015 0.001 0.114 49 D 0.004 0.011 0.385 0.099 0.099 0.107 0.003 0.292 50 I 0.021 0.014 0.231 0.030 0.064 0.188 0.004 0.447 51 D 0.033 0.023 0.070 0.012 0.051 0.335 0.006 0.470 52 S 0.035 0.027 0.013 0.002 0.011 0.063 0.005 0.844 53 R 0.023 0.024 0.002 0.001 0.001 0.490 0.004 0.455 54 M 0.095 0.109 0.001 0.001 0.001 0.568 0.009 0.217 55 I 0.011 0.932 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.049 56 S 0.002 0.914 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.071 57 E 0.010 0.909 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.073 58 V 0.013 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 59 K 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 60 K 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 61 R 0.033 0.933 0.004 0.001 0.001 0.001 0.013 0.015 62 C 0.036 0.924 0.008 0.002 0.002 0.001 0.009 0.019 63 L 0.033 0.801 0.031 0.005 0.011 0.017 0.019 0.083 64 Y 0.076 0.728 0.024 0.006 0.007 0.019 0.023 0.118 65 E 0.163 0.574 0.030 0.008 0.005 0.028 0.064 0.128 66 G 0.562 0.070 0.022 0.006 0.004 0.017 0.113 0.207 67 Y 0.161 0.057 0.465 0.027 0.028 0.056 0.028 0.179 68 N 0.015 0.019 0.087 0.057 0.057 0.087 0.011 0.668 69 N 0.044 0.006 0.111 0.036 0.059 0.100 0.016 0.628 70 L 0.116 0.005 0.375 0.068 0.070 0.106 0.009 0.249 71 E 0.004 0.001 0.839 0.075 0.042 0.013 0.001 0.025 72 V 0.002 0.001 0.322 0.060 0.102 0.021 0.001 0.489 73 Y 0.001 0.001 0.801 0.064 0.095 0.010 0.001 0.028 74 E 0.002 0.005 0.457 0.111 0.142 0.042 0.001 0.240 75 G 0.004 0.005 0.407 0.052 0.145 0.048 0.004 0.335 76 D 0.052 0.006 0.141 0.047 0.100 0.208 0.010 0.436 77 A 0.088 0.026 0.120 0.059 0.132 0.142 0.008 0.426 78 I 0.083 0.046 0.046 0.076 0.170 0.371 0.016 0.193 79 K 0.312 0.067 0.026 0.046 0.061 0.175 0.043 0.271 80 T 0.305 0.167 0.051 0.067 0.066 0.040 0.027 0.277 81 V 0.058 0.064 0.041 0.042 0.072 0.066 0.029 0.629 82 F 0.073 0.046 0.047 0.067 0.130 0.079 0.015 0.542 83 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 84 K 0.026 0.008 0.017 0.031 0.055 0.121 0.010 0.732 85 F 0.229 0.010 0.058 0.022 0.022 0.088 0.021 0.549 86 D 0.129 0.016 0.279 0.132 0.089 0.102 0.014 0.240 87 V 0.021 0.006 0.433 0.101 0.106 0.042 0.003 0.289 88 C 0.007 0.003 0.660 0.086 0.139 0.030 0.003 0.071 89 T 0.003 0.003 0.745 0.091 0.079 0.018 0.002 0.059 90 A 0.002 0.003 0.724 0.087 0.109 0.015 0.002 0.058 91 N 0.004 0.004 0.585 0.052 0.120 0.045 0.006 0.185 92 I 0.011 0.002 0.616 0.063 0.082 0.058 0.006 0.161 93 P 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.989 94 Y 0.012 0.003 0.179 0.062 0.144 0.144 0.005 0.450 95 K 0.061 0.014 0.072 0.041 0.047 0.111 0.007 0.647 96 I 0.054 0.023 0.069 0.047 0.078 0.069 0.008 0.652 97 S 0.078 0.049 0.052 0.038 0.064 0.178 0.009 0.532 98 S 0.093 0.056 0.021 0.022 0.037 0.107 0.008 0.657 99 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.991 100 L 0.015 0.178 0.005 0.012 0.021 0.310 0.004 0.455 101 I 0.041 0.747 0.005 0.005 0.009 0.044 0.005 0.143 102 F 0.004 0.965 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.020 103 K 0.007 0.969 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.014 104 L 0.013 0.964 0.002 0.002 0.003 0.002 0.004 0.011 105 I 0.025 0.942 0.002 0.003 0.005 0.002 0.007 0.013 106 S 0.069 0.830 0.007 0.007 0.008 0.005 0.029 0.046 107 H 0.210 0.472 0.017 0.007 0.008 0.009 0.133 0.144 108 R 0.231 0.266 0.044 0.019 0.017 0.031 0.044 0.349 109 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 110 L 0.019 0.013 0.015 0.018 0.029 0.094 0.008 0.805 111 F 0.323 0.026 0.042 0.018 0.017 0.075 0.018 0.480 112 K 0.112 0.059 0.068 0.056 0.057 0.133 0.009 0.506 113 C 0.028 0.038 0.046 0.031 0.041 0.074 0.004 0.738 114 A 0.074 0.107 0.085 0.081 0.115 0.138 0.008 0.392 115 V 0.066 0.200 0.071 0.143 0.126 0.111 0.014 0.269 116 L 0.067 0.306 0.082 0.134 0.190 0.065 0.009 0.147 117 M 0.052 0.336 0.046 0.136 0.215 0.064 0.004 0.147 118 F 0.019 0.503 0.021 0.161 0.129 0.031 0.007 0.129 119 Q 0.025 0.550 0.024 0.074 0.157 0.035 0.008 0.127 120 K 0.005 0.758 0.009 0.030 0.051 0.014 0.002 0.130 121 E 0.004 0.884 0.002 0.012 0.016 0.012 0.003 0.067 122 F 0.015 0.922 0.001 0.005 0.006 0.006 0.006 0.039 123 A 0.011 0.953 0.002 0.003 0.005 0.002 0.003 0.021 124 E 0.006 0.952 0.002 0.002 0.004 0.003 0.004 0.027 125 R 0.018 0.943 0.002 0.002 0.002 0.002 0.007 0.024 126 M 0.021 0.945 0.003 0.004 0.003 0.001 0.010 0.012 127 L 0.088 0.722 0.024 0.018 0.018 0.009 0.040 0.080 128 A 0.106 0.517 0.105 0.059 0.050 0.016 0.033 0.113 129 N 0.095 0.256 0.059 0.048 0.053 0.056 0.039 0.394 130 V 0.044 0.078 0.055 0.025 0.026 0.036 0.015 0.720 131 G 0.034 0.059 0.050 0.025 0.032 0.175 0.021 0.604 132 D 0.209 0.026 0.034 0.019 0.026 0.106 0.025 0.553 133 S 0.028 0.018 0.027 0.010 0.012 0.088 0.007 0.809 134 N 0.068 0.014 0.011 0.009 0.016 0.518 0.014 0.350 135 Y 0.319 0.051 0.038 0.018 0.029 0.235 0.019 0.291 136 S 0.114 0.124 0.041 0.059 0.074 0.222 0.015 0.352 137 R 0.033 0.062 0.047 0.045 0.081 0.104 0.008 0.620 138 L 0.089 0.108 0.052 0.146 0.243 0.129 0.013 0.221 139 T 0.090 0.079 0.048 0.150 0.221 0.162 0.019 0.230 140 I 0.059 0.130 0.085 0.192 0.242 0.056 0.012 0.224 141 N 0.037 0.134 0.092 0.206 0.269 0.099 0.011 0.152 142 V 0.056 0.087 0.064 0.200 0.278 0.086 0.019 0.211 143 K 0.040 0.131 0.079 0.209 0.317 0.057 0.007 0.160 144 L 0.015 0.116 0.052 0.268 0.294 0.050 0.009 0.196 145 F 0.043 0.120 0.044 0.197 0.345 0.054 0.014 0.183 146 C 0.063 0.095 0.041 0.295 0.318 0.046 0.013 0.130 147 K 0.056 0.077 0.034 0.255 0.258 0.056 0.017 0.247 148 V 0.058 0.044 0.060 0.146 0.308 0.059 0.013 0.311 149 T 0.016 0.074 0.057 0.387 0.266 0.035 0.007 0.157 150 K 0.022 0.030 0.044 0.097 0.205 0.061 0.013 0.528 151 V 0.044 0.051 0.148 0.210 0.330 0.052 0.008 0.158 152 C 0.025 0.066 0.139 0.357 0.233 0.033 0.009 0.137 153 N 0.030 0.028 0.111 0.136 0.208 0.039 0.014 0.434 154 V 0.043 0.018 0.271 0.121 0.187 0.067 0.009 0.283 155 N 0.014 0.018 0.047 0.065 0.110 0.169 0.006 0.572 156 R 0.021 0.012 0.028 0.021 0.068 0.064 0.008 0.779 157 S 0.052 0.025 0.018 0.017 0.020 0.345 0.014 0.509 158 S 0.452 0.014 0.017 0.013 0.016 0.212 0.045 0.231 159 F 0.320 0.074 0.065 0.057 0.050 0.088 0.041 0.304 160 N 0.067 0.024 0.136 0.097 0.189 0.133 0.019 0.336 161 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 162 P 0.008 0.002 0.019 0.040 0.073 0.078 0.002 0.779 163 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 164 K 0.045 0.001 0.069 0.088 0.170 0.185 0.007 0.434 165 V 0.070 0.003 0.123 0.117 0.095 0.059 0.003 0.531 166 D 0.010 0.004 0.138 0.240 0.281 0.056 0.003 0.268 167 S 0.042 0.002 0.132 0.121 0.245 0.097 0.005 0.356 168 V 0.029 0.001 0.350 0.279 0.219 0.039 0.007 0.075 169 I 0.015 0.001 0.231 0.217 0.248 0.064 0.004 0.221 170 V 0.003 0.001 0.157 0.383 0.425 0.011 0.001 0.020 171 K 0.002 0.001 0.081 0.252 0.613 0.010 0.001 0.041 172 L 0.002 0.001 0.075 0.202 0.567 0.012 0.002 0.140 173 I 0.003 0.001 0.075 0.452 0.357 0.020 0.001 0.091 174 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 175 K 0.003 0.001 0.033 0.080 0.485 0.088 0.001 0.311 176 E 0.090 0.001 0.008 0.010 0.016 0.097 0.006 0.773 177 S 0.166 0.006 0.019 0.014 0.021 0.103 0.008 0.661 178 S 0.115 0.009 0.030 0.013 0.015 0.090 0.005 0.724 179 F 0.066 0.010 0.037 0.012 0.021 0.119 0.007 0.727 180 L 0.116 0.016 0.041 0.022 0.047 0.169 0.010 0.578 181 T 0.113 0.035 0.052 0.025 0.045 0.259 0.007 0.464 182 N 0.049 0.044 0.016 0.013 0.026 0.232 0.006 0.615 183 F 0.042 0.052 0.014 0.006 0.028 0.052 0.004 0.803 184 D 0.020 0.051 0.005 0.003 0.009 0.386 0.004 0.522 185 E 0.060 0.122 0.002 0.001 0.003 0.557 0.005 0.250 186 W 0.036 0.877 0.001 0.001 0.002 0.008 0.002 0.073 187 D 0.006 0.920 0.001 0.001 0.002 0.008 0.002 0.060 188 N 0.020 0.883 0.002 0.001 0.001 0.007 0.005 0.082 189 L 0.041 0.902 0.002 0.001 0.001 0.004 0.006 0.043 190 L 0.007 0.955 0.003 0.002 0.003 0.003 0.002 0.025 191 R 0.002 0.971 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.018 192 I 0.002 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 193 C 0.003 0.979 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.008 194 F 0.010 0.956 0.004 0.003 0.002 0.002 0.004 0.018 195 S 0.035 0.903 0.009 0.005 0.004 0.005 0.008 0.031 196 R 0.066 0.794 0.008 0.005 0.005 0.014 0.017 0.092 197 K 0.065 0.771 0.012 0.004 0.005 0.023 0.016 0.104 198 R 0.036 0.735 0.021 0.004 0.006 0.042 0.016 0.140 199 K 0.047 0.760 0.011 0.003 0.003 0.021 0.009 0.145 200 T 0.023 0.789 0.010 0.002 0.003 0.039 0.006 0.127 201 L 0.021 0.851 0.008 0.002 0.006 0.019 0.005 0.087 202 H 0.007 0.930 0.004 0.001 0.003 0.011 0.002 0.043 203 A 0.012 0.929 0.002 0.001 0.001 0.012 0.004 0.039 204 I 0.016 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.016 205 F 0.016 0.953 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.022 206 K 0.019 0.936 0.003 0.001 0.002 0.004 0.006 0.029 207 R 0.070 0.849 0.006 0.001 0.001 0.004 0.025 0.043 208 N 0.234 0.622 0.014 0.002 0.002 0.006 0.043 0.077 209 A 0.104 0.502 0.085 0.008 0.006 0.041 0.027 0.228 210 V 0.055 0.316 0.067 0.008 0.014 0.138 0.015 0.387 211 L 0.048 0.427 0.052 0.004 0.015 0.082 0.007 0.365 212 N 0.023 0.461 0.012 0.002 0.004 0.135 0.005 0.358 213 M 0.065 0.583 0.004 0.001 0.002 0.096 0.007 0.242 214 L 0.035 0.884 0.003 0.001 0.001 0.010 0.004 0.061 215 E 0.008 0.935 0.004 0.001 0.002 0.006 0.002 0.041 216 H 0.012 0.915 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.062 217 N 0.024 0.923 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.043 218 Y 0.010 0.955 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.027 219 K 0.007 0.952 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.030 220 N 0.023 0.920 0.004 0.001 0.001 0.003 0.012 0.036 221 W 0.078 0.841 0.009 0.004 0.002 0.002 0.026 0.038 222 C 0.230 0.419 0.057 0.020 0.012 0.022 0.076 0.163 223 T 0.101 0.278 0.257 0.044 0.035 0.052 0.027 0.206 224 L 0.080 0.232 0.110 0.042 0.061 0.095 0.020 0.360 225 N 0.058 0.078 0.052 0.024 0.027 0.076 0.021 0.664 226 K 0.172 0.051 0.077 0.020 0.026 0.174 0.045 0.433 227 Q 0.273 0.059 0.102 0.026 0.033 0.162 0.065 0.281 228 V 0.207 0.021 0.149 0.103 0.097 0.093 0.024 0.305 229 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 230 V 0.012 0.003 0.209 0.142 0.328 0.072 0.005 0.229 231 N 0.110 0.003 0.027 0.012 0.020 0.028 0.009 0.792 232 F 0.163 0.005 0.246 0.104 0.121 0.046 0.006 0.308 233 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 234 F 0.005 0.002 0.015 0.009 0.080 0.054 0.001 0.833 235 K 0.019 0.005 0.006 0.002 0.010 0.161 0.002 0.796 236 K 0.056 0.026 0.001 0.002 0.004 0.220 0.003 0.688 237 Y 0.073 0.554 0.002 0.002 0.003 0.035 0.002 0.329 238 C 0.010 0.862 0.002 0.001 0.003 0.008 0.002 0.112 239 L 0.004 0.947 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.041 240 D 0.019 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 241 V 0.013 0.958 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 242 L 0.006 0.949 0.002 0.001 0.002 0.004 0.003 0.033 243 E 0.010 0.950 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.030 244 H 0.037 0.888 0.005 0.001 0.002 0.005 0.010 0.053 245 L 0.022 0.910 0.007 0.001 0.002 0.004 0.006 0.048 246 D 0.043 0.789 0.008 0.003 0.002 0.011 0.020 0.125 247 M 0.174 0.624 0.021 0.004 0.004 0.017 0.035 0.121 248 C 0.103 0.656 0.023 0.007 0.008 0.025 0.022 0.155 249 E 0.087 0.340 0.058 0.014 0.019 0.117 0.033 0.331 250 K 0.100 0.336 0.038 0.012 0.014 0.087 0.019 0.394 251 R 0.110 0.329 0.034 0.012 0.018 0.086 0.024 0.386 252 S 0.083 0.223 0.033 0.018 0.020 0.071 0.023 0.530 253 I 0.104 0.126 0.062 0.020 0.026 0.101 0.024 0.536 254 N 0.143 0.100 0.040 0.031 0.040 0.169 0.018 0.459 255 L 0.231 0.074 0.042 0.023 0.039 0.075 0.014 0.502 256 D 0.085 0.097 0.051 0.035 0.059 0.182 0.012 0.478 257 E 0.093 0.047 0.046 0.017 0.026 0.132 0.013 0.627 258 N 0.037 0.048 0.013 0.009 0.013 0.610 0.011 0.259 259 D 0.330 0.069 0.013 0.009 0.013 0.107 0.024 0.435 260 F 0.071 0.078 0.026 0.007 0.018 0.525 0.006 0.271 261 L 0.062 0.108 0.011 0.012 0.034 0.488 0.009 0.277 262 K 0.073 0.561 0.009 0.013 0.030 0.119 0.006 0.189 263 L 0.064 0.679 0.006 0.014 0.038 0.046 0.007 0.148 264 L 0.075 0.719 0.007 0.018 0.040 0.023 0.010 0.108 265 L 0.098 0.702 0.008 0.020 0.032 0.023 0.023 0.094 266 E 0.252 0.526 0.013 0.024 0.034 0.034 0.031 0.084 267 F 0.350 0.371 0.015 0.025 0.025 0.024 0.046 0.144 268 N 0.209 0.310 0.071 0.045 0.049 0.051 0.056 0.209 269 K 0.089 0.153 0.118 0.029 0.039 0.075 0.037 0.459 270 K 0.071 0.059 0.048 0.019 0.025 0.417 0.035 0.325 271 G 0.396 0.040 0.051 0.019 0.022 0.142 0.058 0.272 272 I 0.147 0.053 0.288 0.046 0.048 0.140 0.012 0.267 273 H 0.012 0.017 0.252 0.130 0.115 0.078 0.007 0.389 274 F 0.020 0.013 0.114 0.089 0.218 0.053 0.004 0.489 275 F 0.018 0.016 0.188 0.190 0.343 0.047 0.005 0.194