# TARGET T0295 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1990 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.545 0.242 0.121 0.064 0.021 0.006 0.001 2 L 0.271 0.200 0.164 0.186 0.122 0.052 0.004 3 L 0.097 0.086 0.102 0.173 0.264 0.239 0.040 4 K 0.170 0.264 0.218 0.195 0.107 0.039 0.006 5 N 0.108 0.232 0.295 0.232 0.101 0.029 0.003 6 P 0.324 0.391 0.189 0.071 0.020 0.004 0.001 7 G 0.230 0.443 0.237 0.072 0.016 0.002 0.001 8 I 0.012 0.042 0.110 0.258 0.402 0.169 0.007 9 L 0.006 0.040 0.113 0.305 0.364 0.163 0.008 10 D 0.073 0.423 0.337 0.131 0.031 0.005 0.001 11 K 0.026 0.126 0.337 0.358 0.132 0.020 0.001 12 I 0.008 0.013 0.020 0.086 0.362 0.481 0.030 13 I 0.011 0.042 0.184 0.417 0.279 0.063 0.003 14 Y 0.134 0.453 0.276 0.100 0.030 0.007 0.001 15 A 0.013 0.086 0.254 0.377 0.219 0.049 0.002 16 A 0.005 0.023 0.078 0.263 0.414 0.206 0.012 17 K 0.221 0.448 0.217 0.082 0.026 0.006 0.001 18 I 0.085 0.179 0.232 0.334 0.147 0.022 0.001 19 K 0.401 0.344 0.168 0.071 0.015 0.002 0.001 20 S 0.624 0.280 0.074 0.019 0.003 0.001 0.001 21 S 0.623 0.316 0.050 0.010 0.001 0.001 0.001 22 D 0.019 0.171 0.326 0.357 0.117 0.010 0.001 23 I 0.001 0.016 0.068 0.270 0.433 0.203 0.008 24 V 0.001 0.001 0.002 0.016 0.127 0.585 0.269 25 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.276 0.692 26 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.096 0.894 27 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.070 0.924 28 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.173 0.802 29 C 0.001 0.001 0.005 0.017 0.082 0.280 0.615 30 G 0.001 0.001 0.006 0.023 0.081 0.317 0.572 31 T 0.001 0.002 0.006 0.022 0.100 0.355 0.513 32 G 0.001 0.005 0.015 0.053 0.148 0.353 0.424 33 N 0.004 0.013 0.034 0.099 0.192 0.335 0.323 34 L 0.001 0.004 0.008 0.026 0.073 0.301 0.588 35 T 0.001 0.002 0.003 0.011 0.041 0.270 0.672 36 V 0.005 0.019 0.047 0.148 0.258 0.367 0.157 37 K 0.003 0.014 0.047 0.167 0.335 0.352 0.083 38 L 0.002 0.004 0.008 0.027 0.128 0.545 0.287 39 L 0.002 0.014 0.048 0.181 0.370 0.337 0.048 40 P 0.021 0.201 0.287 0.280 0.158 0.049 0.003 41 L 0.014 0.078 0.215 0.399 0.238 0.054 0.002 42 A 0.020 0.104 0.167 0.261 0.316 0.125 0.006 43 K 0.039 0.239 0.309 0.258 0.122 0.031 0.001 44 K 0.015 0.145 0.299 0.337 0.160 0.042 0.002 45 V 0.001 0.002 0.009 0.054 0.266 0.571 0.096 46 I 0.001 0.008 0.027 0.101 0.285 0.456 0.123 47 T 0.001 0.001 0.003 0.014 0.051 0.380 0.550 48 I 0.001 0.002 0.005 0.022 0.089 0.441 0.440 49 D 0.002 0.010 0.028 0.072 0.192 0.423 0.273 50 I 0.004 0.032 0.075 0.199 0.316 0.284 0.090 51 D 0.005 0.053 0.150 0.249 0.280 0.214 0.047 52 S 0.150 0.406 0.258 0.123 0.045 0.014 0.004 53 R 0.036 0.257 0.357 0.222 0.092 0.029 0.007 54 M 0.001 0.003 0.014 0.081 0.370 0.497 0.034 55 I 0.001 0.016 0.079 0.270 0.387 0.227 0.019 56 S 0.031 0.430 0.358 0.131 0.037 0.012 0.001 57 E 0.001 0.018 0.169 0.453 0.302 0.055 0.001 58 V 0.001 0.001 0.002 0.022 0.218 0.688 0.067 59 K 0.006 0.070 0.263 0.428 0.196 0.036 0.001 60 K 0.108 0.552 0.245 0.074 0.019 0.003 0.001 61 R 0.006 0.060 0.241 0.432 0.220 0.041 0.001 62 C 0.010 0.046 0.119 0.353 0.389 0.081 0.002 63 L 0.316 0.433 0.172 0.061 0.015 0.003 0.001 64 Y 0.499 0.356 0.097 0.039 0.008 0.001 0.001 65 E 0.224 0.305 0.270 0.149 0.044 0.006 0.001 66 G 0.455 0.347 0.135 0.048 0.013 0.002 0.001 67 Y 0.131 0.151 0.212 0.299 0.175 0.030 0.001 68 N 0.275 0.362 0.216 0.111 0.032 0.005 0.001 69 N 0.099 0.273 0.272 0.225 0.104 0.026 0.002 70 L 0.006 0.012 0.035 0.142 0.372 0.384 0.049 71 E 0.017 0.114 0.232 0.305 0.226 0.097 0.009 72 V 0.004 0.009 0.028 0.094 0.249 0.443 0.173 73 Y 0.007 0.037 0.081 0.181 0.298 0.320 0.077 74 E 0.011 0.050 0.121 0.234 0.279 0.244 0.061 75 G 0.023 0.073 0.117 0.192 0.255 0.249 0.092 76 D 0.029 0.096 0.155 0.218 0.235 0.218 0.050 77 A 0.016 0.032 0.080 0.179 0.298 0.331 0.064 78 I 0.058 0.138 0.173 0.250 0.233 0.132 0.017 79 K 0.107 0.285 0.291 0.191 0.089 0.032 0.005 80 T 0.031 0.077 0.156 0.298 0.311 0.118 0.009 81 V 0.286 0.390 0.199 0.095 0.026 0.005 0.001 82 F 0.179 0.212 0.230 0.247 0.111 0.019 0.001 83 P 0.507 0.310 0.120 0.047 0.013 0.002 0.001 84 K 0.295 0.407 0.200 0.077 0.018 0.003 0.001 85 F 0.015 0.080 0.198 0.362 0.279 0.064 0.001 86 D 0.002 0.018 0.075 0.249 0.382 0.263 0.012 87 V 0.001 0.002 0.011 0.072 0.261 0.485 0.168 88 C 0.001 0.001 0.001 0.004 0.035 0.311 0.648 89 T 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.188 0.789 90 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.149 0.829 91 N 0.001 0.001 0.002 0.008 0.032 0.208 0.749 92 I 0.001 0.004 0.009 0.027 0.088 0.309 0.562 93 P 0.006 0.015 0.033 0.072 0.147 0.308 0.419 94 Y 0.013 0.027 0.048 0.097 0.171 0.317 0.327 95 K 0.028 0.066 0.093 0.155 0.251 0.251 0.156 96 I 0.014 0.034 0.072 0.154 0.225 0.297 0.205 97 S 0.017 0.034 0.051 0.109 0.184 0.338 0.266 98 S 0.018 0.047 0.083 0.158 0.252 0.278 0.164 99 P 0.027 0.076 0.128 0.218 0.251 0.224 0.077 100 L 0.006 0.012 0.025 0.078 0.209 0.433 0.237 101 I 0.006 0.008 0.010 0.031 0.107 0.461 0.377 102 F 0.013 0.040 0.092 0.207 0.260 0.308 0.080 103 K 0.014 0.046 0.131 0.253 0.287 0.232 0.037 104 L 0.006 0.010 0.016 0.057 0.215 0.530 0.166 105 I 0.013 0.027 0.061 0.170 0.314 0.348 0.066 106 S 0.058 0.205 0.247 0.247 0.155 0.075 0.014 107 H 0.083 0.180 0.216 0.259 0.185 0.066 0.011 108 R 0.103 0.171 0.208 0.241 0.176 0.088 0.014 109 P 0.209 0.265 0.199 0.170 0.107 0.045 0.006 110 L 0.157 0.233 0.220 0.198 0.134 0.050 0.007 111 F 0.056 0.094 0.141 0.236 0.260 0.180 0.032 112 K 0.058 0.118 0.162 0.219 0.239 0.172 0.033 113 C 0.036 0.084 0.146 0.250 0.275 0.174 0.035 114 A 0.019 0.041 0.061 0.148 0.279 0.339 0.112 115 V 0.009 0.020 0.038 0.106 0.219 0.413 0.195 116 L 0.006 0.019 0.043 0.098 0.196 0.422 0.215 117 M 0.013 0.037 0.077 0.171 0.237 0.335 0.130 118 F 0.004 0.016 0.041 0.141 0.276 0.366 0.155 119 Q 0.002 0.004 0.008 0.030 0.126 0.442 0.388 120 K 0.008 0.047 0.116 0.242 0.307 0.221 0.059 121 E 0.010 0.085 0.192 0.283 0.231 0.153 0.046 122 F 0.003 0.010 0.025 0.088 0.268 0.473 0.133 123 A 0.007 0.021 0.045 0.133 0.302 0.403 0.089 124 E 0.062 0.229 0.277 0.226 0.121 0.069 0.016 125 R 0.059 0.107 0.185 0.251 0.239 0.141 0.020 126 M 0.013 0.030 0.061 0.159 0.329 0.350 0.059 127 L 0.077 0.136 0.191 0.246 0.219 0.114 0.016 128 A 0.107 0.138 0.147 0.215 0.222 0.146 0.026 129 N 0.162 0.268 0.249 0.202 0.090 0.026 0.003 130 V 0.283 0.226 0.213 0.175 0.079 0.022 0.002 131 G 0.588 0.236 0.092 0.054 0.022 0.006 0.001 132 D 0.543 0.243 0.114 0.067 0.026 0.006 0.001 133 S 0.476 0.280 0.142 0.069 0.026 0.007 0.001 134 N 0.223 0.231 0.200 0.186 0.113 0.044 0.004 135 Y 0.086 0.124 0.184 0.263 0.217 0.110 0.016 136 S 0.049 0.093 0.106 0.177 0.263 0.246 0.066 137 R 0.038 0.065 0.092 0.180 0.251 0.260 0.114 138 L 0.029 0.030 0.035 0.067 0.137 0.365 0.337 139 T 0.029 0.032 0.051 0.111 0.176 0.295 0.305 140 I 0.016 0.028 0.042 0.071 0.108 0.280 0.456 141 N 0.016 0.021 0.040 0.090 0.152 0.301 0.380 142 V 0.019 0.027 0.048 0.081 0.174 0.336 0.315 143 K 0.028 0.046 0.082 0.135 0.202 0.313 0.194 144 L 0.023 0.041 0.075 0.130 0.180 0.361 0.192 145 F 0.040 0.084 0.145 0.227 0.247 0.218 0.040 146 C 0.040 0.063 0.084 0.191 0.339 0.255 0.029 147 K 0.069 0.217 0.280 0.254 0.136 0.040 0.004 148 V 0.075 0.113 0.145 0.272 0.257 0.127 0.011 149 T 0.266 0.368 0.210 0.109 0.039 0.009 0.001 150 K 0.200 0.249 0.219 0.194 0.105 0.031 0.001 151 V 0.105 0.138 0.210 0.263 0.203 0.078 0.003 152 C 0.114 0.188 0.210 0.255 0.181 0.051 0.002 153 N 0.292 0.396 0.208 0.080 0.021 0.004 0.001 154 V 0.089 0.159 0.252 0.310 0.158 0.030 0.001 155 N 0.463 0.330 0.135 0.057 0.013 0.002 0.001 156 R 0.536 0.311 0.108 0.036 0.008 0.001 0.001 157 S 0.519 0.285 0.119 0.055 0.018 0.004 0.001 158 S 0.189 0.265 0.237 0.194 0.089 0.024 0.002 159 F 0.101 0.138 0.199 0.275 0.207 0.073 0.007 160 N 0.175 0.306 0.265 0.171 0.065 0.016 0.002 161 P 0.114 0.200 0.229 0.271 0.151 0.032 0.003 162 P 0.208 0.357 0.241 0.137 0.047 0.010 0.001 163 P 0.217 0.273 0.213 0.199 0.080 0.016 0.001 164 K 0.249 0.398 0.216 0.100 0.029 0.007 0.001 165 V 0.070 0.111 0.152 0.247 0.257 0.147 0.017 166 D 0.102 0.182 0.208 0.225 0.174 0.093 0.016 167 S 0.077 0.123 0.137 0.192 0.189 0.213 0.069 168 V 0.040 0.076 0.115 0.185 0.232 0.254 0.098 169 I 0.023 0.039 0.074 0.138 0.231 0.353 0.142 170 V 0.023 0.049 0.079 0.158 0.237 0.324 0.130 171 K 0.031 0.112 0.215 0.267 0.227 0.129 0.020 172 L 0.009 0.019 0.047 0.149 0.340 0.394 0.042 173 I 0.042 0.171 0.291 0.303 0.159 0.032 0.001 174 P 0.161 0.265 0.268 0.210 0.082 0.014 0.001 175 K 0.211 0.285 0.266 0.176 0.053 0.008 0.001 176 E 0.479 0.292 0.137 0.068 0.020 0.003 0.001 177 S 0.445 0.298 0.150 0.075 0.026 0.006 0.001 178 S 0.352 0.259 0.196 0.133 0.050 0.010 0.001 179 F 0.317 0.278 0.198 0.139 0.055 0.012 0.001 180 L 0.304 0.268 0.193 0.146 0.070 0.018 0.001 181 T 0.372 0.262 0.178 0.123 0.052 0.012 0.001 182 N 0.396 0.333 0.159 0.081 0.025 0.005 0.001 183 F 0.121 0.256 0.290 0.230 0.088 0.014 0.001 184 D 0.513 0.363 0.094 0.025 0.005 0.001 0.001 185 E 0.081 0.251 0.327 0.243 0.085 0.013 0.001 186 W 0.030 0.065 0.107 0.249 0.381 0.161 0.006 187 D 0.050 0.251 0.342 0.265 0.082 0.011 0.001 188 N 0.113 0.302 0.326 0.196 0.054 0.010 0.001 189 L 0.055 0.062 0.067 0.145 0.317 0.323 0.030 190 L 0.012 0.019 0.051 0.170 0.338 0.362 0.048 191 R 0.083 0.245 0.312 0.234 0.093 0.029 0.004 192 I 0.094 0.151 0.221 0.268 0.195 0.064 0.007 193 C 0.040 0.036 0.046 0.102 0.209 0.404 0.163 194 F 0.092 0.078 0.102 0.210 0.243 0.215 0.060 195 S 0.245 0.255 0.197 0.156 0.099 0.040 0.008 196 R 0.145 0.186 0.196 0.216 0.162 0.076 0.019 197 K 0.104 0.106 0.113 0.186 0.213 0.227 0.051 198 R 0.049 0.090 0.145 0.231 0.258 0.200 0.028 199 K 0.190 0.315 0.255 0.150 0.068 0.020 0.002 200 T 0.131 0.218 0.203 0.211 0.158 0.070 0.010 201 L 0.047 0.034 0.038 0.122 0.290 0.414 0.055 202 H 0.045 0.115 0.215 0.339 0.226 0.058 0.002 203 A 0.174 0.420 0.262 0.106 0.032 0.006 0.001 204 I 0.040 0.070 0.179 0.351 0.272 0.085 0.004 205 F 0.032 0.029 0.043 0.165 0.381 0.332 0.017 206 K 0.120 0.334 0.287 0.183 0.061 0.014 0.002 207 R 0.325 0.413 0.168 0.068 0.019 0.005 0.001 208 N 0.099 0.181 0.232 0.253 0.160 0.070 0.005 209 A 0.051 0.112 0.183 0.279 0.278 0.091 0.005 210 V 0.188 0.395 0.241 0.130 0.040 0.007 0.001 211 L 0.145 0.309 0.316 0.173 0.048 0.008 0.001 212 N 0.475 0.399 0.099 0.020 0.004 0.001 0.001 213 M 0.036 0.191 0.323 0.271 0.147 0.028 0.003 214 L 0.005 0.019 0.064 0.241 0.433 0.223 0.014 215 E 0.070 0.365 0.353 0.166 0.040 0.007 0.001 216 H 0.149 0.479 0.258 0.087 0.022 0.005 0.001 217 N 0.013 0.039 0.094 0.255 0.402 0.189 0.007 218 Y 0.015 0.029 0.125 0.367 0.342 0.117 0.006 219 K 0.314 0.476 0.159 0.040 0.009 0.002 0.001 220 N 0.227 0.364 0.248 0.118 0.036 0.007 0.001 221 W 0.052 0.102 0.192 0.318 0.251 0.081 0.005 222 C 0.275 0.366 0.218 0.097 0.036 0.009 0.001 223 T 0.136 0.170 0.201 0.288 0.169 0.034 0.002 224 L 0.320 0.360 0.197 0.091 0.027 0.004 0.001 225 N 0.347 0.290 0.186 0.122 0.045 0.009 0.001 226 K 0.506 0.298 0.115 0.055 0.020 0.006 0.001 227 Q 0.208 0.261 0.226 0.190 0.089 0.024 0.003 228 V 0.106 0.173 0.201 0.244 0.194 0.075 0.007 229 P 0.135 0.173 0.196 0.224 0.168 0.090 0.014 230 V 0.162 0.250 0.201 0.202 0.124 0.055 0.007 231 N 0.109 0.262 0.267 0.204 0.109 0.045 0.005 232 F 0.021 0.045 0.099 0.240 0.355 0.215 0.025 233 P 0.081 0.301 0.296 0.212 0.084 0.023 0.003 234 F 0.024 0.097 0.217 0.316 0.261 0.079 0.006 235 K 0.272 0.431 0.196 0.075 0.020 0.005 0.001 236 K 0.044 0.193 0.296 0.275 0.145 0.042 0.005 237 Y 0.005 0.013 0.034 0.126 0.387 0.399 0.036 238 C 0.014 0.106 0.262 0.340 0.209 0.065 0.004 239 L 0.060 0.297 0.336 0.217 0.068 0.020 0.002 240 D 0.012 0.027 0.044 0.120 0.324 0.428 0.045 241 V 0.004 0.010 0.036 0.168 0.401 0.354 0.027 242 L 0.052 0.297 0.360 0.206 0.066 0.017 0.002 243 E 0.070 0.181 0.294 0.293 0.134 0.027 0.001 244 H 0.027 0.062 0.094 0.210 0.355 0.232 0.019 245 L 0.131 0.229 0.271 0.236 0.104 0.028 0.002 246 D 0.442 0.362 0.128 0.050 0.015 0.004 0.001 247 M 0.210 0.239 0.234 0.194 0.097 0.023 0.002 248 C 0.354 0.239 0.179 0.140 0.067 0.019 0.002 249 E 0.560 0.225 0.108 0.065 0.030 0.011 0.002 250 K 0.553 0.230 0.109 0.068 0.029 0.010 0.002 251 R 0.469 0.220 0.136 0.098 0.053 0.021 0.003 252 S 0.489 0.208 0.131 0.095 0.052 0.022 0.004 253 I 0.542 0.195 0.109 0.082 0.048 0.021 0.003 254 N 0.531 0.210 0.115 0.080 0.044 0.018 0.002 255 L 0.461 0.203 0.136 0.111 0.063 0.024 0.003 256 D 0.580 0.224 0.098 0.058 0.028 0.011 0.001 257 E 0.421 0.201 0.146 0.125 0.074 0.029 0.003 258 N 0.601 0.217 0.090 0.054 0.026 0.010 0.001 259 D 0.481 0.218 0.134 0.092 0.052 0.021 0.003 260 F 0.441 0.198 0.134 0.117 0.074 0.031 0.004 261 L 0.441 0.218 0.141 0.110 0.063 0.024 0.003 262 K 0.500 0.238 0.137 0.079 0.033 0.012 0.001 263 L 0.343 0.216 0.165 0.148 0.091 0.033 0.003 264 L 0.355 0.221 0.179 0.141 0.079 0.023 0.002 265 L 0.612 0.229 0.094 0.044 0.016 0.004 0.001 266 E 0.669 0.213 0.075 0.031 0.010 0.002 0.001 267 F 0.574 0.206 0.125 0.073 0.019 0.003 0.001 268 N 0.700 0.184 0.071 0.034 0.009 0.001 0.001 269 K 0.790 0.151 0.043 0.013 0.003 0.001 0.001 270 K 0.812 0.139 0.035 0.011 0.003 0.001 0.001 271 G 0.591 0.234 0.101 0.053 0.017 0.004 0.001 272 I 0.382 0.280 0.199 0.106 0.030 0.004 0.001 273 H 0.549 0.303 0.103 0.035 0.008 0.001 0.001 274 F 0.450 0.268 0.160 0.096 0.023 0.003 0.001 275 F 0.458 0.197 0.136 0.130 0.065 0.013 0.001