# TARGET T0295 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2966 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.063 0.025 0.026 0.050 0.081 0.084 0.135 0.535 2 L 0.046 0.037 0.022 0.026 0.043 0.145 0.059 0.623 3 L 0.012 0.025 0.032 0.044 0.064 0.153 0.037 0.633 4 K 0.027 0.085 0.011 0.010 0.010 0.077 0.031 0.748 5 N 0.168 0.728 0.002 0.001 0.001 0.008 0.065 0.027 6 P 0.027 0.802 0.006 0.002 0.002 0.021 0.042 0.100 7 G 0.012 0.856 0.006 0.002 0.003 0.014 0.042 0.066 8 I 0.010 0.960 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.008 9 L 0.007 0.960 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.006 10 D 0.004 0.910 0.004 0.001 0.001 0.003 0.062 0.015 11 K 0.003 0.961 0.004 0.001 0.001 0.003 0.015 0.012 12 I 0.048 0.870 0.026 0.002 0.002 0.005 0.032 0.015 13 I 0.210 0.466 0.077 0.011 0.007 0.022 0.118 0.090 14 Y 0.165 0.245 0.027 0.006 0.005 0.035 0.047 0.471 15 A 0.122 0.059 0.024 0.006 0.007 0.060 0.052 0.670 16 A 0.075 0.019 0.019 0.017 0.012 0.108 0.062 0.688 17 K 0.029 0.004 0.007 0.007 0.009 0.082 0.044 0.817 18 I 0.025 0.003 0.011 0.004 0.004 0.101 0.039 0.814 19 K 0.270 0.008 0.014 0.005 0.004 0.110 0.068 0.521 20 S 0.190 0.011 0.006 0.002 0.003 0.084 0.022 0.684 21 S 0.016 0.011 0.028 0.004 0.017 0.193 0.034 0.696 22 D 0.004 0.006 0.154 0.035 0.122 0.129 0.081 0.469 23 I 0.004 0.005 0.405 0.173 0.179 0.034 0.102 0.098 24 V 0.003 0.003 0.419 0.105 0.114 0.033 0.064 0.259 25 L 0.008 0.002 0.568 0.187 0.119 0.022 0.033 0.061 26 E 0.023 0.003 0.325 0.090 0.141 0.070 0.073 0.275 27 I 0.033 0.004 0.269 0.043 0.080 0.125 0.083 0.363 28 G 0.039 0.017 0.077 0.040 0.083 0.136 0.072 0.536 29 C 0.023 0.022 0.072 0.020 0.035 0.141 0.058 0.628 30 G 0.060 0.122 0.078 0.061 0.103 0.130 0.109 0.337 31 T 0.041 0.094 0.044 0.019 0.042 0.090 0.359 0.311 32 G 0.034 0.368 0.062 0.032 0.040 0.060 0.253 0.150 33 N 0.050 0.392 0.085 0.034 0.065 0.062 0.087 0.226 34 L 0.040 0.359 0.094 0.069 0.076 0.052 0.120 0.189 35 T 0.083 0.596 0.037 0.018 0.041 0.024 0.098 0.103 36 V 0.197 0.249 0.052 0.037 0.032 0.048 0.154 0.231 37 K 0.020 0.171 0.039 0.069 0.050 0.082 0.137 0.431 38 L 0.063 0.082 0.050 0.022 0.029 0.072 0.161 0.519 39 L 0.470 0.052 0.022 0.048 0.037 0.050 0.131 0.189 40 P 0.165 0.009 0.020 0.008 0.015 0.060 0.086 0.636 41 L 0.095 0.004 0.012 0.005 0.010 0.077 0.029 0.767 42 A 0.041 0.002 0.032 0.007 0.019 0.143 0.044 0.713 43 K 0.002 0.001 0.066 0.009 0.019 0.148 0.027 0.728 44 K 0.001 0.001 0.664 0.027 0.075 0.064 0.042 0.126 45 V 0.001 0.001 0.431 0.092 0.096 0.028 0.107 0.245 46 I 0.001 0.001 0.843 0.071 0.048 0.006 0.010 0.022 47 T 0.002 0.001 0.646 0.068 0.137 0.013 0.034 0.100 48 I 0.006 0.008 0.563 0.111 0.068 0.041 0.031 0.171 49 D 0.020 0.049 0.393 0.064 0.061 0.093 0.050 0.271 50 I 0.030 0.296 0.051 0.011 0.012 0.090 0.059 0.449 51 D 0.106 0.852 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.013 52 S 0.036 0.166 0.004 0.001 0.001 0.006 0.765 0.022 53 R 0.006 0.704 0.003 0.001 0.001 0.010 0.219 0.054 54 M 0.023 0.946 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.015 55 I 0.013 0.956 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.012 56 S 0.006 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.021 57 E 0.015 0.936 0.002 0.001 0.001 0.003 0.026 0.018 58 V 0.026 0.914 0.009 0.001 0.001 0.003 0.040 0.007 59 K 0.040 0.901 0.006 0.001 0.001 0.004 0.017 0.031 60 K 0.020 0.835 0.026 0.001 0.001 0.007 0.016 0.095 61 R 0.075 0.618 0.118 0.003 0.002 0.020 0.049 0.115 62 C 0.197 0.049 0.224 0.007 0.003 0.050 0.207 0.263 63 L 0.549 0.017 0.016 0.002 0.001 0.028 0.031 0.355 64 Y 0.176 0.003 0.007 0.001 0.001 0.037 0.016 0.759 65 E 0.002 0.001 0.012 0.002 0.002 0.112 0.008 0.862 66 G 0.050 0.002 0.007 0.002 0.004 0.049 0.016 0.871 67 Y 0.227 0.004 0.012 0.005 0.003 0.093 0.044 0.611 68 N 0.017 0.005 0.082 0.012 0.024 0.169 0.023 0.668 69 N 0.010 0.006 0.069 0.009 0.043 0.082 0.037 0.743 70 L 0.005 0.014 0.238 0.106 0.081 0.075 0.067 0.414 71 E 0.004 0.014 0.622 0.099 0.118 0.021 0.045 0.078 72 V 0.012 0.031 0.366 0.136 0.135 0.037 0.072 0.211 73 Y 0.032 0.053 0.567 0.099 0.072 0.026 0.055 0.096 74 E 0.057 0.113 0.177 0.067 0.096 0.062 0.116 0.312 75 G 0.047 0.088 0.118 0.040 0.063 0.081 0.098 0.466 76 D 0.198 0.064 0.045 0.065 0.080 0.070 0.175 0.303 77 A 0.132 0.018 0.032 0.035 0.042 0.088 0.170 0.482 78 I 0.053 0.012 0.019 0.060 0.101 0.080 0.048 0.628 79 K 0.024 0.002 0.007 0.021 0.044 0.070 0.019 0.812 80 T 0.009 0.001 0.023 0.092 0.078 0.124 0.043 0.631 81 V 0.047 0.002 0.020 0.028 0.049 0.100 0.039 0.715 82 F 0.237 0.002 0.023 0.016 0.015 0.102 0.084 0.520 83 P 0.029 0.002 0.034 0.011 0.013 0.145 0.024 0.742 84 K 0.013 0.002 0.032 0.004 0.016 0.129 0.030 0.773 85 F 0.004 0.003 0.173 0.033 0.050 0.193 0.078 0.464 86 D 0.002 0.002 0.608 0.052 0.092 0.030 0.125 0.088 87 V 0.002 0.002 0.628 0.058 0.075 0.015 0.124 0.096 88 C 0.003 0.001 0.794 0.070 0.055 0.011 0.024 0.042 89 T 0.018 0.002 0.679 0.069 0.070 0.028 0.049 0.086 90 A 0.009 0.003 0.387 0.038 0.091 0.127 0.060 0.285 91 N 0.024 0.005 0.121 0.014 0.040 0.160 0.043 0.593 92 I 0.144 0.014 0.045 0.027 0.033 0.185 0.095 0.458 93 P 0.040 0.014 0.062 0.022 0.051 0.144 0.171 0.495 94 Y 0.028 0.019 0.066 0.039 0.114 0.118 0.130 0.487 95 K 0.035 0.019 0.084 0.087 0.108 0.130 0.111 0.425 96 I 0.014 0.036 0.066 0.052 0.062 0.124 0.054 0.591 97 S 0.055 0.288 0.040 0.019 0.036 0.078 0.071 0.413 98 S 0.089 0.614 0.024 0.014 0.012 0.040 0.067 0.141 99 P 0.034 0.727 0.020 0.009 0.010 0.031 0.037 0.132 100 L 0.040 0.880 0.007 0.003 0.005 0.008 0.023 0.034 101 I 0.084 0.770 0.009 0.003 0.005 0.014 0.064 0.050 102 F 0.043 0.274 0.037 0.020 0.018 0.036 0.373 0.200 103 K 0.036 0.263 0.026 0.015 0.020 0.055 0.314 0.270 104 L 0.324 0.216 0.035 0.010 0.015 0.053 0.132 0.215 105 I 0.186 0.077 0.020 0.019 0.020 0.085 0.097 0.494 106 S 0.011 0.040 0.006 0.004 0.007 0.059 0.029 0.844 107 H 0.050 0.154 0.010 0.005 0.008 0.103 0.051 0.618 108 R 0.242 0.277 0.020 0.016 0.010 0.079 0.105 0.250 109 P 0.129 0.233 0.024 0.009 0.012 0.072 0.065 0.457 110 L 0.059 0.191 0.068 0.013 0.026 0.096 0.091 0.456 111 F 0.087 0.132 0.107 0.027 0.037 0.100 0.108 0.402 112 K 0.137 0.147 0.054 0.025 0.031 0.079 0.083 0.444 113 C 0.036 0.125 0.045 0.017 0.038 0.083 0.059 0.597 114 A 0.017 0.114 0.105 0.053 0.149 0.110 0.090 0.362 115 V 0.021 0.107 0.103 0.131 0.222 0.066 0.108 0.242 116 L 0.027 0.132 0.098 0.190 0.199 0.052 0.066 0.235 117 M 0.012 0.120 0.126 0.173 0.210 0.058 0.078 0.223 118 F 0.017 0.210 0.101 0.100 0.132 0.053 0.153 0.235 119 Q 0.070 0.620 0.020 0.036 0.041 0.021 0.101 0.090 120 K 0.039 0.639 0.016 0.017 0.022 0.032 0.075 0.161 121 E 0.018 0.629 0.019 0.024 0.036 0.040 0.084 0.150 122 F 0.037 0.689 0.015 0.014 0.022 0.027 0.100 0.097 123 A 0.043 0.671 0.018 0.022 0.029 0.024 0.096 0.097 124 E 0.066 0.476 0.023 0.038 0.065 0.037 0.085 0.211 125 R 0.048 0.148 0.063 0.073 0.088 0.070 0.162 0.348 126 M 0.072 0.092 0.083 0.105 0.132 0.107 0.109 0.298 127 L 0.065 0.023 0.081 0.074 0.111 0.099 0.087 0.460 128 A 0.041 0.012 0.039 0.054 0.071 0.122 0.038 0.623 129 N 0.187 0.014 0.022 0.024 0.037 0.107 0.064 0.544 130 V 0.035 0.007 0.012 0.017 0.018 0.146 0.051 0.714 131 G 0.056 0.016 0.007 0.005 0.009 0.088 0.029 0.792 132 D 0.192 0.042 0.008 0.008 0.009 0.101 0.070 0.571 133 S 0.054 0.083 0.016 0.013 0.014 0.115 0.046 0.659 134 N 0.120 0.178 0.012 0.009 0.023 0.080 0.043 0.536 135 Y 0.041 0.064 0.027 0.026 0.033 0.108 0.196 0.505 136 S 0.044 0.242 0.024 0.036 0.065 0.074 0.190 0.324 137 R 0.033 0.203 0.028 0.031 0.062 0.076 0.183 0.383 138 L 0.017 0.332 0.038 0.076 0.116 0.074 0.106 0.241 139 T 0.030 0.463 0.040 0.048 0.106 0.043 0.091 0.179 140 I 0.031 0.549 0.024 0.070 0.081 0.043 0.053 0.148 141 N 0.035 0.450 0.061 0.053 0.105 0.029 0.141 0.125 142 V 0.079 0.448 0.024 0.075 0.081 0.044 0.094 0.156 143 K 0.070 0.187 0.070 0.086 0.114 0.048 0.116 0.309 144 L 0.062 0.156 0.033 0.089 0.135 0.079 0.065 0.382 145 F 0.023 0.034 0.053 0.063 0.124 0.083 0.183 0.437 146 C 0.016 0.029 0.041 0.123 0.118 0.108 0.107 0.457 147 K 0.085 0.087 0.036 0.069 0.092 0.067 0.111 0.453 148 V 0.112 0.067 0.026 0.048 0.064 0.093 0.060 0.530 149 T 0.053 0.025 0.058 0.062 0.103 0.077 0.112 0.509 150 K 0.074 0.024 0.038 0.068 0.092 0.095 0.064 0.545 151 V 0.023 0.008 0.054 0.062 0.097 0.099 0.055 0.602 152 C 0.018 0.010 0.058 0.086 0.114 0.112 0.039 0.563 153 N 0.024 0.008 0.056 0.064 0.090 0.104 0.064 0.590 154 V 0.025 0.006 0.051 0.046 0.033 0.130 0.087 0.622 155 N 0.166 0.028 0.039 0.029 0.033 0.096 0.166 0.443 156 R 0.201 0.012 0.017 0.011 0.019 0.103 0.062 0.574 157 S 0.054 0.007 0.030 0.023 0.042 0.099 0.073 0.672 158 S 0.017 0.004 0.041 0.032 0.085 0.122 0.053 0.646 159 F 0.016 0.002 0.041 0.042 0.079 0.137 0.033 0.651 160 N 0.023 0.002 0.061 0.097 0.088 0.129 0.043 0.557 161 P 0.056 0.005 0.023 0.021 0.033 0.107 0.036 0.720 162 P 0.118 0.009 0.027 0.025 0.036 0.129 0.057 0.599 163 P 0.033 0.005 0.026 0.023 0.035 0.110 0.045 0.723 164 K 0.050 0.013 0.038 0.027 0.062 0.132 0.134 0.545 165 V 0.051 0.018 0.051 0.046 0.068 0.133 0.083 0.551 166 D 0.062 0.031 0.073 0.101 0.221 0.099 0.053 0.360 167 S 0.009 0.012 0.071 0.070 0.243 0.052 0.049 0.494 168 V 0.003 0.004 0.136 0.268 0.462 0.029 0.022 0.076 169 I 0.009 0.002 0.089 0.242 0.461 0.021 0.034 0.142 170 V 0.012 0.002 0.053 0.474 0.262 0.025 0.019 0.154 171 K 0.003 0.001 0.062 0.224 0.488 0.038 0.012 0.172 172 L 0.007 0.001 0.030 0.114 0.265 0.056 0.017 0.509 173 I 0.032 0.003 0.041 0.431 0.249 0.044 0.039 0.161 174 P 0.028 0.005 0.019 0.056 0.073 0.086 0.033 0.700 175 K 0.119 0.016 0.016 0.045 0.053 0.093 0.055 0.602 176 E 0.176 0.021 0.013 0.020 0.025 0.090 0.056 0.599 177 S 0.123 0.018 0.008 0.010 0.017 0.096 0.053 0.675 178 S 0.039 0.017 0.020 0.026 0.040 0.119 0.071 0.668 179 F 0.050 0.044 0.017 0.020 0.039 0.127 0.057 0.646 180 L 0.063 0.060 0.020 0.023 0.033 0.116 0.037 0.648 181 T 0.027 0.080 0.027 0.020 0.019 0.107 0.042 0.678 182 N 0.088 0.633 0.006 0.005 0.006 0.027 0.077 0.158 183 F 0.109 0.666 0.008 0.002 0.002 0.027 0.064 0.122 184 D 0.019 0.381 0.011 0.007 0.006 0.034 0.375 0.167 185 E 0.016 0.858 0.002 0.001 0.001 0.010 0.071 0.040 186 W 0.014 0.935 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.016 187 D 0.006 0.932 0.003 0.002 0.002 0.005 0.024 0.026 188 N 0.007 0.941 0.002 0.001 0.002 0.006 0.021 0.020 189 L 0.005 0.945 0.005 0.001 0.002 0.004 0.027 0.011 190 L 0.015 0.916 0.007 0.003 0.005 0.005 0.033 0.016 191 R 0.025 0.355 0.029 0.010 0.012 0.025 0.456 0.088 192 I 0.016 0.552 0.032 0.011 0.010 0.030 0.264 0.085 193 C 0.038 0.785 0.021 0.007 0.010 0.023 0.029 0.087 194 F 0.036 0.532 0.024 0.018 0.020 0.040 0.057 0.273 195 S 0.047 0.615 0.009 0.009 0.014 0.031 0.081 0.195 196 R 0.056 0.357 0.014 0.012 0.011 0.047 0.331 0.173 197 K 0.017 0.811 0.003 0.004 0.004 0.021 0.057 0.082 198 R 0.013 0.857 0.003 0.001 0.002 0.011 0.034 0.078 199 K 0.005 0.892 0.007 0.005 0.004 0.011 0.027 0.049 200 T 0.012 0.877 0.009 0.002 0.003 0.006 0.070 0.019 201 L 0.014 0.914 0.003 0.001 0.001 0.003 0.053 0.011 202 H 0.016 0.905 0.009 0.002 0.002 0.005 0.041 0.021 203 A 0.028 0.793 0.009 0.004 0.004 0.013 0.070 0.080 204 I 0.036 0.298 0.052 0.006 0.008 0.033 0.475 0.092 205 F 0.150 0.347 0.029 0.011 0.011 0.048 0.224 0.180 206 K 0.130 0.150 0.017 0.009 0.012 0.061 0.099 0.523 207 R 0.035 0.152 0.012 0.004 0.008 0.088 0.038 0.661 208 N 0.031 0.105 0.034 0.013 0.018 0.134 0.102 0.563 209 A 0.041 0.275 0.030 0.017 0.011 0.095 0.051 0.480 210 V 0.107 0.694 0.010 0.003 0.003 0.025 0.024 0.133 211 L 0.064 0.735 0.018 0.004 0.003 0.022 0.036 0.117 212 N 0.040 0.710 0.017 0.003 0.004 0.024 0.057 0.145 213 M 0.058 0.385 0.029 0.003 0.003 0.029 0.364 0.128 214 L 0.044 0.757 0.009 0.002 0.002 0.015 0.115 0.054 215 E 0.137 0.651 0.008 0.001 0.002 0.020 0.041 0.140 216 H 0.037 0.215 0.023 0.007 0.006 0.060 0.261 0.391 217 N 0.057 0.393 0.018 0.005 0.007 0.059 0.207 0.255 218 Y 0.242 0.218 0.021 0.004 0.006 0.074 0.113 0.322 219 K 0.143 0.105 0.026 0.016 0.017 0.112 0.086 0.495 220 N 0.079 0.047 0.024 0.004 0.012 0.095 0.088 0.652 221 W 0.042 0.039 0.060 0.016 0.023 0.202 0.078 0.541 222 C 0.027 0.020 0.117 0.027 0.042 0.138 0.085 0.544 223 T 0.071 0.017 0.049 0.016 0.018 0.110 0.054 0.666 224 L 0.385 0.029 0.043 0.015 0.020 0.088 0.067 0.353 225 N 0.081 0.015 0.029 0.011 0.016 0.094 0.031 0.723 226 K 0.016 0.008 0.028 0.012 0.032 0.124 0.023 0.758 227 Q 0.011 0.004 0.071 0.031 0.044 0.100 0.073 0.666 228 V 0.268 0.010 0.034 0.074 0.054 0.085 0.049 0.426 229 P 0.288 0.004 0.022 0.017 0.022 0.050 0.050 0.547 230 V 0.009 0.003 0.021 0.022 0.046 0.131 0.013 0.754 231 N 0.003 0.003 0.011 0.006 0.024 0.070 0.007 0.875 232 F 0.013 0.018 0.016 0.039 0.016 0.118 0.021 0.758 233 P 0.101 0.625 0.013 0.011 0.008 0.034 0.061 0.148 234 F 0.078 0.859 0.002 0.001 0.002 0.005 0.018 0.035 235 K 0.027 0.836 0.009 0.004 0.005 0.013 0.026 0.081 236 K 0.011 0.844 0.007 0.006 0.007 0.010 0.061 0.055 237 Y 0.007 0.955 0.002 0.001 0.002 0.004 0.016 0.013 238 C 0.012 0.927 0.005 0.002 0.003 0.004 0.032 0.014 239 L 0.013 0.834 0.009 0.008 0.007 0.009 0.070 0.049 240 D 0.028 0.786 0.009 0.003 0.004 0.009 0.126 0.035 241 V 0.051 0.843 0.006 0.003 0.002 0.009 0.050 0.035 242 L 0.049 0.602 0.019 0.011 0.010 0.027 0.083 0.199 243 E 0.029 0.526 0.013 0.004 0.005 0.043 0.069 0.312 244 H 0.133 0.629 0.017 0.005 0.004 0.028 0.076 0.108 245 L 0.182 0.436 0.017 0.007 0.005 0.042 0.054 0.255 246 D 0.066 0.353 0.011 0.003 0.004 0.046 0.036 0.480 247 M 0.081 0.311 0.024 0.006 0.008 0.075 0.062 0.433 248 C 0.094 0.162 0.041 0.019 0.015 0.086 0.155 0.429 249 E 0.103 0.154 0.016 0.008 0.010 0.070 0.094 0.544 250 K 0.088 0.082 0.025 0.011 0.016 0.091 0.107 0.580 251 R 0.090 0.093 0.017 0.020 0.024 0.114 0.053 0.588 252 S 0.058 0.072 0.014 0.012 0.023 0.090 0.043 0.688 253 I 0.059 0.139 0.018 0.018 0.027 0.130 0.040 0.569 254 N 0.028 0.108 0.035 0.042 0.064 0.124 0.121 0.478 255 L 0.046 0.138 0.019 0.018 0.019 0.123 0.065 0.571 256 D 0.135 0.703 0.007 0.010 0.009 0.019 0.043 0.075 257 E 0.031 0.715 0.005 0.004 0.007 0.027 0.018 0.193 258 N 0.020 0.771 0.009 0.008 0.013 0.020 0.047 0.112 259 D 0.024 0.869 0.006 0.012 0.009 0.012 0.028 0.040 260 F 0.038 0.870 0.006 0.005 0.007 0.011 0.019 0.043 261 L 0.043 0.812 0.012 0.009 0.011 0.012 0.033 0.068 262 K 0.053 0.647 0.019 0.017 0.015 0.025 0.069 0.153 263 L 0.120 0.593 0.013 0.008 0.008 0.026 0.047 0.185 264 L 0.131 0.203 0.025 0.015 0.014 0.048 0.268 0.297 265 L 0.186 0.221 0.012 0.010 0.007 0.047 0.094 0.424 266 E 0.123 0.086 0.009 0.006 0.009 0.069 0.044 0.654 267 F 0.023 0.009 0.029 0.010 0.007 0.104 0.052 0.767 268 N 0.524 0.016 0.008 0.005 0.006 0.051 0.046 0.344 269 K 0.276 0.005 0.007 0.002 0.002 0.060 0.027 0.621 270 K 0.009 0.003 0.028 0.006 0.016 0.158 0.011 0.769 271 G 0.010 0.002 0.032 0.008 0.032 0.088 0.026 0.801 272 I 0.016 0.004 0.079 0.095 0.058 0.112 0.051 0.584 273 H 0.022 0.007 0.267 0.088 0.111 0.081 0.063 0.360 274 F 0.023 0.007 0.087 0.084 0.112 0.079 0.073 0.534 275 F 0.030 0.008 0.174 0.101 0.111 0.077 0.063 0.436