# TARGET T0295 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2062 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.023 0.010 0.057 0.097 0.320 0.493 2 L 0.063 0.028 0.084 0.130 0.378 0.318 3 L 0.059 0.051 0.069 0.087 0.349 0.386 4 K 0.042 0.060 0.031 0.086 0.322 0.458 5 N 0.013 0.013 0.007 0.053 0.370 0.545 6 P 0.001 0.001 0.056 0.844 0.075 0.024 7 G 0.001 0.001 0.052 0.864 0.065 0.017 8 I 0.001 0.001 0.032 0.950 0.015 0.003 9 L 0.001 0.001 0.007 0.978 0.006 0.008 10 D 0.002 0.001 0.006 0.979 0.006 0.006 11 K 0.003 0.001 0.006 0.981 0.007 0.003 12 I 0.002 0.001 0.004 0.987 0.005 0.002 13 I 0.002 0.001 0.008 0.980 0.008 0.003 14 Y 0.002 0.001 0.013 0.969 0.009 0.006 15 A 0.003 0.001 0.018 0.928 0.017 0.033 16 A 0.006 0.005 0.022 0.749 0.050 0.169 17 K 0.014 0.004 0.015 0.048 0.125 0.794 18 I 0.044 0.025 0.010 0.009 0.143 0.769 19 K 0.064 0.023 0.023 0.009 0.774 0.106 20 S 0.035 0.008 0.022 0.007 0.848 0.081 21 S 0.011 0.003 0.008 0.002 0.896 0.080 22 D 0.153 0.007 0.003 0.001 0.711 0.125 23 I 0.770 0.015 0.001 0.001 0.043 0.171 24 V 0.972 0.007 0.001 0.001 0.006 0.013 25 L 0.984 0.002 0.001 0.001 0.003 0.011 26 E 0.933 0.003 0.001 0.001 0.011 0.052 27 I 0.543 0.012 0.002 0.002 0.065 0.376 28 G 0.138 0.018 0.003 0.003 0.211 0.627 29 C 0.044 0.029 0.006 0.014 0.402 0.505 30 G 0.015 0.022 0.013 0.056 0.560 0.333 31 T 0.017 0.022 0.019 0.314 0.380 0.248 32 G 0.006 0.004 0.026 0.742 0.152 0.071 33 N 0.004 0.005 0.018 0.899 0.046 0.028 34 L 0.004 0.005 0.024 0.924 0.030 0.014 35 T 0.006 0.004 0.036 0.890 0.038 0.025 36 V 0.006 0.001 0.056 0.850 0.061 0.026 37 K 0.006 0.002 0.032 0.886 0.041 0.033 38 L 0.001 0.001 0.011 0.971 0.009 0.007 39 L 0.006 0.002 0.037 0.839 0.063 0.053 40 P 0.003 0.001 0.081 0.783 0.099 0.033 41 L 0.019 0.004 0.113 0.595 0.177 0.092 42 A 0.029 0.007 0.055 0.426 0.284 0.200 43 K 0.046 0.001 0.033 0.085 0.313 0.522 44 K 0.313 0.007 0.019 0.073 0.162 0.426 45 V 0.874 0.004 0.005 0.028 0.035 0.055 46 I 0.933 0.002 0.002 0.023 0.009 0.031 47 T 0.910 0.001 0.002 0.020 0.010 0.057 48 I 0.823 0.005 0.003 0.016 0.020 0.133 49 D 0.524 0.009 0.005 0.010 0.103 0.349 50 I 0.069 0.014 0.007 0.016 0.207 0.687 51 D 0.010 0.004 0.005 0.027 0.244 0.710 52 S 0.001 0.001 0.075 0.871 0.045 0.008 53 R 0.001 0.001 0.088 0.879 0.029 0.004 54 M 0.001 0.001 0.053 0.923 0.018 0.004 55 I 0.001 0.001 0.007 0.978 0.006 0.007 56 S 0.001 0.001 0.004 0.985 0.005 0.004 57 E 0.001 0.001 0.004 0.991 0.004 0.002 58 V 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 59 K 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 60 K 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 61 R 0.001 0.001 0.005 0.983 0.006 0.006 62 C 0.001 0.001 0.017 0.937 0.027 0.017 63 L 0.002 0.002 0.080 0.824 0.063 0.029 64 Y 0.002 0.002 0.129 0.763 0.082 0.021 65 E 0.003 0.002 0.132 0.673 0.111 0.078 66 G 0.003 0.002 0.029 0.020 0.155 0.791 67 Y 0.034 0.039 0.147 0.015 0.514 0.250 68 N 0.104 0.021 0.077 0.007 0.603 0.188 69 N 0.155 0.006 0.046 0.008 0.598 0.187 70 L 0.722 0.006 0.003 0.003 0.158 0.108 71 E 0.958 0.002 0.001 0.001 0.012 0.026 72 V 0.987 0.003 0.001 0.001 0.003 0.006 73 Y 0.971 0.001 0.001 0.003 0.007 0.018 74 E 0.862 0.002 0.001 0.006 0.029 0.100 75 G 0.570 0.006 0.007 0.010 0.129 0.279 76 D 0.279 0.021 0.039 0.028 0.285 0.348 77 A 0.103 0.013 0.362 0.150 0.273 0.099 78 I 0.082 0.008 0.420 0.185 0.218 0.087 79 K 0.093 0.009 0.416 0.185 0.187 0.110 80 T 0.077 0.021 0.061 0.137 0.194 0.510 81 V 0.038 0.018 0.019 0.035 0.174 0.715 82 F 0.020 0.020 0.012 0.008 0.285 0.655 83 P 0.019 0.008 0.034 0.007 0.509 0.423 84 K 0.019 0.010 0.059 0.007 0.568 0.336 85 F 0.039 0.007 0.017 0.003 0.569 0.364 86 D 0.142 0.004 0.008 0.002 0.327 0.517 87 V 0.913 0.011 0.003 0.002 0.024 0.048 88 C 0.985 0.003 0.001 0.001 0.004 0.006 89 T 0.989 0.002 0.001 0.002 0.005 0.002 90 A 0.944 0.002 0.001 0.005 0.027 0.021 91 N 0.333 0.006 0.006 0.016 0.322 0.316 92 I 0.164 0.023 0.007 0.013 0.495 0.298 93 P 0.115 0.020 0.037 0.044 0.392 0.392 94 Y 0.156 0.025 0.176 0.119 0.386 0.138 95 K 0.123 0.020 0.194 0.157 0.375 0.131 96 I 0.124 0.039 0.093 0.179 0.317 0.248 97 S 0.049 0.023 0.013 0.125 0.307 0.484 98 S 0.013 0.005 0.006 0.198 0.236 0.542 99 P 0.003 0.001 0.014 0.882 0.060 0.041 100 L 0.002 0.001 0.015 0.954 0.020 0.008 101 I 0.003 0.001 0.013 0.961 0.016 0.006 102 F 0.004 0.001 0.013 0.962 0.013 0.008 103 K 0.003 0.001 0.019 0.955 0.013 0.008 104 L 0.002 0.001 0.031 0.929 0.024 0.013 105 I 0.002 0.001 0.031 0.915 0.032 0.020 106 S 0.002 0.002 0.025 0.884 0.041 0.046 107 H 0.005 0.007 0.038 0.573 0.116 0.260 108 R 0.007 0.007 0.069 0.159 0.350 0.409 109 P 0.007 0.002 0.249 0.128 0.421 0.192 110 L 0.023 0.007 0.354 0.149 0.302 0.164 111 F 0.069 0.031 0.138 0.187 0.301 0.273 112 K 0.090 0.020 0.042 0.176 0.359 0.313 113 C 0.023 0.004 0.017 0.673 0.183 0.100 114 A 0.034 0.004 0.026 0.608 0.204 0.123 115 V 0.130 0.005 0.018 0.756 0.047 0.043 116 L 0.153 0.002 0.007 0.803 0.012 0.022 117 M 0.192 0.002 0.010 0.773 0.013 0.011 118 F 0.271 0.002 0.015 0.677 0.018 0.017 119 Q 0.188 0.002 0.024 0.724 0.032 0.030 120 K 0.139 0.002 0.065 0.700 0.067 0.028 121 E 0.096 0.002 0.071 0.699 0.093 0.040 122 F 0.035 0.004 0.051 0.695 0.097 0.118 123 A 0.029 0.007 0.072 0.693 0.100 0.099 124 E 0.051 0.003 0.099 0.633 0.128 0.086 125 R 0.050 0.003 0.068 0.697 0.090 0.092 126 M 0.093 0.010 0.047 0.504 0.100 0.246 127 L 0.118 0.010 0.044 0.339 0.135 0.354 128 A 0.120 0.017 0.042 0.159 0.144 0.518 129 N 0.118 0.023 0.030 0.081 0.333 0.416 130 V 0.062 0.017 0.040 0.084 0.406 0.389 131 G 0.023 0.013 0.029 0.031 0.528 0.377 132 D 0.014 0.014 0.095 0.036 0.718 0.123 133 S 0.011 0.007 0.213 0.059 0.570 0.140 134 N 0.013 0.009 0.224 0.066 0.566 0.123 135 Y 0.038 0.022 0.158 0.088 0.510 0.184 136 S 0.111 0.023 0.047 0.080 0.312 0.427 137 R 0.207 0.022 0.055 0.147 0.267 0.302 138 L 0.367 0.013 0.037 0.181 0.182 0.221 139 T 0.569 0.008 0.024 0.177 0.090 0.132 140 I 0.664 0.005 0.019 0.196 0.053 0.063 141 N 0.707 0.004 0.012 0.159 0.047 0.071 142 V 0.780 0.004 0.009 0.138 0.028 0.041 143 K 0.737 0.003 0.011 0.128 0.048 0.072 144 L 0.690 0.004 0.020 0.146 0.059 0.082 145 F 0.686 0.006 0.020 0.091 0.083 0.115 146 C 0.642 0.008 0.018 0.092 0.089 0.152 147 K 0.504 0.005 0.015 0.072 0.116 0.287 148 V 0.600 0.007 0.018 0.069 0.094 0.213 149 T 0.694 0.007 0.017 0.062 0.070 0.150 150 K 0.787 0.007 0.029 0.056 0.046 0.074 151 V 0.726 0.011 0.044 0.078 0.067 0.074 152 C 0.699 0.009 0.043 0.052 0.087 0.110 153 N 0.471 0.016 0.031 0.054 0.169 0.260 154 V 0.242 0.056 0.017 0.040 0.210 0.435 155 N 0.107 0.030 0.025 0.031 0.427 0.379 156 R 0.008 0.003 0.620 0.074 0.256 0.039 157 S 0.010 0.002 0.693 0.071 0.197 0.026 158 S 0.023 0.012 0.651 0.088 0.199 0.027 159 F 0.070 0.036 0.063 0.078 0.379 0.374 160 N 0.052 0.026 0.012 0.026 0.333 0.551 161 P 0.027 0.011 0.005 0.008 0.346 0.604 162 P 0.037 0.013 0.007 0.003 0.298 0.643 163 P 0.088 0.026 0.011 0.003 0.200 0.672 164 K 0.236 0.024 0.017 0.002 0.191 0.530 165 V 0.456 0.017 0.021 0.003 0.161 0.342 166 D 0.600 0.005 0.011 0.002 0.126 0.257 167 S 0.822 0.003 0.005 0.002 0.070 0.098 168 V 0.933 0.002 0.001 0.001 0.021 0.042 169 I 0.974 0.001 0.001 0.002 0.007 0.016 170 V 0.978 0.001 0.001 0.003 0.005 0.013 171 K 0.954 0.001 0.001 0.005 0.009 0.030 172 L 0.875 0.003 0.001 0.004 0.021 0.095 173 I 0.591 0.008 0.003 0.007 0.078 0.313 174 P 0.245 0.010 0.007 0.009 0.224 0.505 175 K 0.079 0.012 0.024 0.020 0.369 0.496 176 E 0.045 0.012 0.051 0.027 0.394 0.471 177 S 0.026 0.010 0.120 0.064 0.449 0.332 178 S 0.024 0.012 0.162 0.071 0.378 0.353 179 F 0.040 0.013 0.144 0.053 0.396 0.354 180 L 0.069 0.025 0.085 0.051 0.315 0.455 181 T 0.077 0.037 0.021 0.044 0.249 0.572 182 N 0.049 0.014 0.008 0.034 0.125 0.771 183 F 0.001 0.001 0.082 0.880 0.023 0.014 184 D 0.002 0.001 0.091 0.887 0.015 0.004 185 E 0.002 0.001 0.085 0.896 0.013 0.004 186 W 0.005 0.001 0.016 0.953 0.010 0.015 187 D 0.002 0.001 0.005 0.976 0.007 0.010 188 N 0.002 0.001 0.003 0.986 0.005 0.004 189 L 0.002 0.001 0.002 0.987 0.005 0.004 190 L 0.002 0.001 0.003 0.988 0.004 0.002 191 R 0.002 0.001 0.005 0.987 0.004 0.002 192 I 0.002 0.001 0.004 0.988 0.003 0.002 193 C 0.004 0.001 0.004 0.974 0.006 0.011 194 F 0.011 0.002 0.011 0.933 0.018 0.025 195 S 0.012 0.001 0.009 0.909 0.029 0.039 196 R 0.012 0.003 0.014 0.892 0.039 0.039 197 K 0.009 0.003 0.011 0.859 0.052 0.066 198 R 0.005 0.002 0.009 0.831 0.068 0.084 199 K 0.004 0.001 0.003 0.952 0.023 0.017 200 T 0.005 0.001 0.002 0.970 0.007 0.015 201 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 202 H 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 203 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 204 I 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 205 F 0.001 0.001 0.005 0.984 0.006 0.004 206 K 0.001 0.001 0.010 0.970 0.012 0.007 207 R 0.001 0.001 0.011 0.949 0.019 0.019 208 N 0.002 0.001 0.021 0.863 0.044 0.068 209 A 0.005 0.005 0.034 0.548 0.145 0.263 210 V 0.009 0.005 0.045 0.567 0.116 0.257 211 L 0.006 0.002 0.065 0.791 0.069 0.068 212 N 0.004 0.001 0.056 0.843 0.059 0.037 213 M 0.001 0.001 0.051 0.923 0.017 0.009 214 L 0.002 0.001 0.023 0.948 0.014 0.012 215 E 0.002 0.001 0.032 0.917 0.028 0.020 216 H 0.005 0.001 0.031 0.873 0.049 0.041 217 N 0.009 0.004 0.023 0.857 0.066 0.041 218 Y 0.011 0.003 0.034 0.809 0.091 0.053 219 K 0.012 0.001 0.058 0.794 0.066 0.069 220 N 0.018 0.003 0.075 0.723 0.082 0.099 221 W 0.039 0.007 0.059 0.600 0.113 0.182 222 C 0.074 0.013 0.022 0.122 0.189 0.580 223 T 0.109 0.041 0.021 0.064 0.216 0.549 224 L 0.096 0.022 0.017 0.039 0.473 0.352 225 N 0.042 0.007 0.047 0.055 0.577 0.271 226 K 0.040 0.016 0.028 0.014 0.466 0.436 227 Q 0.153 0.067 0.033 0.013 0.350 0.383 228 V 0.109 0.044 0.017 0.008 0.211 0.611 229 P 0.079 0.042 0.124 0.015 0.531 0.208 230 V 0.119 0.018 0.124 0.014 0.525 0.201 231 N 0.091 0.013 0.110 0.014 0.551 0.221 232 F 0.089 0.065 0.006 0.009 0.362 0.469 233 P 0.031 0.012 0.001 0.011 0.060 0.885 234 F 0.001 0.001 0.033 0.956 0.005 0.005 235 K 0.001 0.001 0.021 0.974 0.004 0.001 236 K 0.001 0.001 0.021 0.974 0.003 0.001 237 Y 0.002 0.001 0.003 0.992 0.002 0.001 238 C 0.003 0.001 0.003 0.990 0.002 0.002 239 L 0.004 0.001 0.003 0.983 0.006 0.004 240 D 0.005 0.001 0.003 0.973 0.006 0.012 241 V 0.001 0.001 0.003 0.989 0.003 0.004 242 L 0.002 0.001 0.011 0.972 0.009 0.006 243 E 0.002 0.001 0.010 0.961 0.015 0.011 244 H 0.003 0.001 0.011 0.939 0.023 0.023 245 L 0.003 0.001 0.014 0.880 0.043 0.058 246 D 0.003 0.001 0.022 0.765 0.080 0.129 247 M 0.006 0.002 0.030 0.738 0.098 0.126 248 C 0.035 0.008 0.046 0.469 0.175 0.267 249 E 0.067 0.007 0.060 0.445 0.189 0.232 250 K 0.101 0.006 0.078 0.491 0.137 0.188 251 R 0.127 0.008 0.059 0.416 0.149 0.241 252 S 0.110 0.007 0.069 0.382 0.178 0.254 253 I 0.108 0.011 0.037 0.309 0.189 0.346 254 N 0.178 0.023 0.033 0.173 0.212 0.381 255 L 0.114 0.041 0.021 0.091 0.201 0.532 256 D 0.066 0.018 0.013 0.066 0.289 0.548 257 E 0.026 0.005 0.039 0.571 0.184 0.175 258 N 0.025 0.003 0.032 0.667 0.150 0.123 259 D 0.021 0.003 0.020 0.844 0.078 0.034 260 F 0.032 0.006 0.012 0.898 0.025 0.027 261 L 0.016 0.001 0.011 0.952 0.011 0.009 262 K 0.011 0.001 0.020 0.947 0.011 0.010 263 L 0.007 0.001 0.016 0.955 0.010 0.012 264 L 0.005 0.002 0.018 0.936 0.015 0.024 265 L 0.009 0.003 0.031 0.646 0.100 0.211 266 E 0.011 0.005 0.060 0.594 0.149 0.181 267 F 0.026 0.018 0.064 0.368 0.227 0.297 268 N 0.019 0.016 0.048 0.135 0.369 0.412 269 K 0.016 0.009 0.118 0.071 0.470 0.316 270 K 0.043 0.010 0.080 0.029 0.519 0.319 271 G 0.084 0.008 0.044 0.008 0.438 0.417 272 I 0.287 0.027 0.012 0.004 0.197 0.473 273 H 0.548 0.039 0.004 0.003 0.092 0.314 274 F 0.534 0.046 0.004 0.003 0.086 0.326 275 F 0.330 0.023 0.005 0.004 0.154 0.484