# TARGET T0295 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2062 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.053 0.023 0.027 0.041 0.074 0.080 0.140 0.562 2 L 0.055 0.039 0.022 0.021 0.037 0.158 0.064 0.605 3 L 0.015 0.027 0.032 0.043 0.060 0.169 0.046 0.606 4 K 0.019 0.070 0.009 0.007 0.007 0.074 0.024 0.790 5 N 0.169 0.741 0.001 0.001 0.001 0.007 0.059 0.021 6 P 0.026 0.818 0.005 0.001 0.001 0.020 0.043 0.086 7 G 0.011 0.869 0.005 0.002 0.002 0.012 0.040 0.060 8 I 0.010 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.007 9 L 0.007 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.006 10 D 0.004 0.912 0.004 0.001 0.001 0.003 0.061 0.014 11 K 0.003 0.964 0.004 0.001 0.001 0.002 0.014 0.011 12 I 0.051 0.863 0.030 0.002 0.002 0.005 0.032 0.015 13 I 0.231 0.401 0.096 0.012 0.007 0.024 0.134 0.096 14 Y 0.188 0.205 0.026 0.005 0.005 0.035 0.043 0.493 15 A 0.120 0.042 0.022 0.005 0.006 0.057 0.043 0.705 16 A 0.062 0.015 0.015 0.016 0.012 0.110 0.049 0.721 17 K 0.023 0.004 0.007 0.007 0.009 0.083 0.037 0.831 18 I 0.021 0.002 0.010 0.004 0.004 0.104 0.036 0.818 19 K 0.343 0.009 0.014 0.006 0.005 0.101 0.076 0.447 20 S 0.202 0.011 0.006 0.002 0.002 0.080 0.020 0.677 21 S 0.015 0.012 0.030 0.005 0.018 0.191 0.034 0.696 22 D 0.004 0.006 0.157 0.039 0.134 0.126 0.084 0.451 23 I 0.004 0.005 0.376 0.188 0.190 0.034 0.102 0.102 24 V 0.003 0.003 0.409 0.111 0.121 0.032 0.062 0.258 25 L 0.008 0.002 0.530 0.207 0.131 0.023 0.035 0.064 26 E 0.021 0.003 0.310 0.093 0.147 0.069 0.069 0.287 27 I 0.033 0.004 0.260 0.046 0.085 0.122 0.081 0.369 28 G 0.040 0.016 0.073 0.044 0.086 0.134 0.071 0.535 29 C 0.023 0.020 0.069 0.020 0.035 0.137 0.057 0.638 30 G 0.057 0.110 0.077 0.066 0.109 0.131 0.109 0.341 31 T 0.042 0.087 0.047 0.021 0.046 0.093 0.330 0.334 32 G 0.037 0.362 0.064 0.037 0.044 0.061 0.236 0.159 33 N 0.052 0.366 0.091 0.037 0.071 0.062 0.081 0.241 34 L 0.041 0.293 0.109 0.084 0.089 0.057 0.116 0.211 35 T 0.089 0.547 0.046 0.023 0.051 0.028 0.095 0.121 36 V 0.215 0.219 0.050 0.038 0.035 0.050 0.138 0.255 37 K 0.019 0.140 0.041 0.086 0.061 0.084 0.117 0.451 38 L 0.050 0.064 0.040 0.023 0.034 0.073 0.141 0.575 39 L 0.427 0.046 0.025 0.058 0.044 0.051 0.165 0.183 40 P 0.173 0.009 0.020 0.011 0.020 0.065 0.097 0.605 41 L 0.090 0.004 0.012 0.005 0.012 0.075 0.029 0.773 42 A 0.028 0.002 0.037 0.010 0.027 0.162 0.045 0.690 43 K 0.001 0.001 0.082 0.014 0.033 0.154 0.034 0.681 44 K 0.001 0.001 0.674 0.040 0.093 0.050 0.046 0.096 45 V 0.001 0.001 0.417 0.104 0.108 0.024 0.103 0.242 46 I 0.001 0.001 0.821 0.089 0.055 0.005 0.009 0.019 47 T 0.002 0.001 0.611 0.076 0.159 0.014 0.034 0.103 48 I 0.007 0.009 0.537 0.120 0.077 0.043 0.032 0.175 49 D 0.020 0.052 0.358 0.075 0.070 0.096 0.048 0.282 50 I 0.028 0.301 0.048 0.011 0.013 0.088 0.060 0.450 51 D 0.103 0.866 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.010 52 S 0.035 0.167 0.004 0.001 0.001 0.006 0.765 0.022 53 R 0.006 0.700 0.003 0.001 0.001 0.010 0.225 0.054 54 M 0.026 0.942 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.015 55 I 0.013 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.012 56 S 0.006 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.021 57 E 0.013 0.940 0.002 0.001 0.001 0.003 0.024 0.018 58 V 0.023 0.925 0.008 0.001 0.001 0.003 0.035 0.006 59 K 0.039 0.906 0.006 0.001 0.001 0.004 0.018 0.027 60 K 0.017 0.865 0.022 0.001 0.001 0.006 0.013 0.077 61 R 0.072 0.642 0.121 0.002 0.002 0.017 0.043 0.101 62 C 0.181 0.047 0.248 0.007 0.003 0.047 0.223 0.244 63 L 0.614 0.016 0.014 0.002 0.001 0.023 0.029 0.301 64 Y 0.205 0.003 0.007 0.001 0.001 0.034 0.015 0.735 65 E 0.002 0.001 0.011 0.002 0.002 0.109 0.007 0.867 66 G 0.045 0.002 0.007 0.002 0.004 0.046 0.015 0.881 67 Y 0.197 0.004 0.013 0.006 0.003 0.096 0.045 0.636 68 N 0.016 0.005 0.095 0.013 0.025 0.170 0.023 0.653 69 N 0.010 0.006 0.071 0.009 0.042 0.081 0.037 0.743 70 L 0.005 0.015 0.255 0.102 0.074 0.072 0.064 0.412 71 E 0.004 0.017 0.653 0.086 0.107 0.019 0.043 0.071 72 V 0.012 0.041 0.383 0.132 0.131 0.035 0.071 0.195 73 Y 0.029 0.069 0.573 0.097 0.069 0.023 0.054 0.085 74 E 0.054 0.147 0.183 0.066 0.094 0.056 0.131 0.269 75 G 0.047 0.121 0.125 0.042 0.067 0.076 0.114 0.408 76 D 0.203 0.077 0.049 0.068 0.083 0.064 0.179 0.275 77 A 0.139 0.022 0.033 0.039 0.046 0.086 0.179 0.457 78 I 0.053 0.013 0.019 0.061 0.103 0.079 0.049 0.624 79 K 0.028 0.002 0.007 0.023 0.047 0.074 0.020 0.799 80 T 0.010 0.001 0.018 0.084 0.070 0.119 0.043 0.654 81 V 0.055 0.002 0.016 0.026 0.046 0.101 0.038 0.717 82 F 0.255 0.002 0.020 0.014 0.014 0.099 0.081 0.516 83 P 0.033 0.002 0.027 0.009 0.011 0.136 0.022 0.760 84 K 0.014 0.002 0.028 0.004 0.014 0.124 0.027 0.785 85 F 0.004 0.002 0.155 0.031 0.049 0.205 0.071 0.483 86 D 0.001 0.002 0.600 0.054 0.102 0.030 0.119 0.091 87 V 0.001 0.001 0.613 0.067 0.086 0.014 0.123 0.094 88 C 0.003 0.001 0.776 0.084 0.063 0.010 0.022 0.041 89 T 0.012 0.001 0.687 0.081 0.079 0.023 0.042 0.074 90 A 0.008 0.003 0.409 0.044 0.103 0.113 0.054 0.266 91 N 0.028 0.005 0.138 0.018 0.050 0.154 0.046 0.562 92 I 0.127 0.012 0.046 0.034 0.041 0.180 0.096 0.464 93 P 0.043 0.012 0.069 0.028 0.071 0.144 0.164 0.470 94 Y 0.026 0.011 0.057 0.049 0.142 0.105 0.111 0.499 95 K 0.026 0.011 0.089 0.121 0.144 0.115 0.093 0.402 96 I 0.011 0.020 0.051 0.050 0.066 0.118 0.047 0.636 97 S 0.046 0.185 0.047 0.031 0.046 0.093 0.065 0.488 98 S 0.083 0.582 0.021 0.013 0.011 0.046 0.056 0.188 99 P 0.046 0.800 0.010 0.005 0.005 0.019 0.026 0.089 100 L 0.029 0.923 0.004 0.002 0.003 0.005 0.014 0.021 101 I 0.057 0.868 0.005 0.001 0.002 0.007 0.031 0.029 102 F 0.048 0.273 0.037 0.014 0.011 0.028 0.465 0.124 103 K 0.031 0.262 0.023 0.011 0.013 0.043 0.434 0.184 104 L 0.401 0.191 0.032 0.005 0.009 0.040 0.151 0.170 105 I 0.216 0.068 0.021 0.020 0.017 0.084 0.105 0.469 106 S 0.007 0.018 0.006 0.003 0.006 0.053 0.025 0.881 107 H 0.049 0.060 0.012 0.006 0.009 0.129 0.054 0.680 108 R 0.364 0.084 0.022 0.019 0.013 0.096 0.099 0.304 109 P 0.126 0.055 0.026 0.009 0.016 0.094 0.051 0.623 110 L 0.018 0.024 0.106 0.015 0.040 0.127 0.075 0.595 111 F 0.042 0.020 0.177 0.036 0.046 0.121 0.082 0.478 112 K 0.167 0.044 0.093 0.033 0.031 0.088 0.080 0.465 113 C 0.023 0.042 0.082 0.017 0.037 0.104 0.037 0.659 114 A 0.010 0.046 0.190 0.052 0.197 0.106 0.059 0.340 115 V 0.010 0.050 0.179 0.152 0.271 0.047 0.104 0.187 116 L 0.011 0.077 0.167 0.279 0.268 0.028 0.052 0.118 117 M 0.009 0.089 0.179 0.235 0.273 0.027 0.059 0.128 118 F 0.009 0.187 0.159 0.185 0.225 0.030 0.086 0.119 119 Q 0.038 0.567 0.060 0.067 0.085 0.021 0.070 0.093 120 K 0.046 0.604 0.038 0.044 0.040 0.026 0.079 0.123 121 E 0.033 0.621 0.031 0.030 0.033 0.030 0.076 0.145 122 F 0.090 0.619 0.019 0.014 0.016 0.028 0.085 0.129 123 A 0.089 0.585 0.019 0.017 0.018 0.028 0.087 0.157 124 E 0.090 0.455 0.010 0.014 0.021 0.032 0.048 0.330 125 R 0.055 0.156 0.039 0.031 0.034 0.068 0.120 0.498 126 M 0.111 0.131 0.043 0.053 0.052 0.109 0.100 0.400 127 L 0.130 0.030 0.052 0.030 0.039 0.093 0.081 0.544 128 A 0.058 0.015 0.023 0.023 0.027 0.112 0.030 0.712 129 N 0.164 0.016 0.015 0.011 0.016 0.092 0.051 0.635 130 V 0.024 0.008 0.010 0.010 0.011 0.138 0.042 0.756 131 G 0.072 0.025 0.009 0.005 0.009 0.090 0.039 0.751 132 D 0.233 0.049 0.008 0.008 0.009 0.093 0.087 0.514 133 S 0.049 0.083 0.019 0.014 0.017 0.113 0.055 0.651 134 N 0.096 0.148 0.016 0.010 0.029 0.088 0.045 0.568 135 Y 0.036 0.051 0.033 0.033 0.038 0.111 0.165 0.533 136 S 0.054 0.203 0.027 0.039 0.068 0.078 0.179 0.353 137 R 0.040 0.181 0.030 0.029 0.055 0.080 0.173 0.413 138 L 0.019 0.302 0.039 0.078 0.123 0.078 0.092 0.268 139 T 0.027 0.388 0.047 0.051 0.120 0.049 0.093 0.226 140 I 0.025 0.481 0.032 0.095 0.109 0.047 0.059 0.151 141 N 0.030 0.410 0.080 0.065 0.135 0.027 0.135 0.118 142 V 0.070 0.402 0.031 0.105 0.102 0.042 0.097 0.151 143 K 0.060 0.153 0.096 0.106 0.133 0.044 0.123 0.285 144 L 0.064 0.147 0.039 0.107 0.160 0.071 0.067 0.345 145 F 0.023 0.030 0.063 0.067 0.137 0.078 0.171 0.431 146 C 0.015 0.025 0.047 0.150 0.140 0.099 0.097 0.425 147 K 0.078 0.081 0.036 0.074 0.104 0.066 0.097 0.465 148 V 0.097 0.060 0.028 0.052 0.069 0.092 0.057 0.545 149 T 0.047 0.024 0.070 0.077 0.116 0.077 0.117 0.473 150 K 0.081 0.026 0.037 0.062 0.084 0.088 0.068 0.554 151 V 0.031 0.010 0.058 0.066 0.089 0.095 0.059 0.592 152 C 0.021 0.011 0.052 0.076 0.100 0.109 0.038 0.592 153 N 0.024 0.008 0.046 0.046 0.069 0.102 0.060 0.644 154 V 0.026 0.006 0.048 0.044 0.030 0.132 0.083 0.631 155 N 0.168 0.030 0.036 0.026 0.030 0.095 0.178 0.438 156 R 0.184 0.013 0.018 0.011 0.019 0.105 0.065 0.584 157 S 0.057 0.008 0.038 0.028 0.053 0.100 0.084 0.634 158 S 0.015 0.004 0.039 0.030 0.080 0.110 0.056 0.666 159 F 0.017 0.002 0.053 0.051 0.092 0.143 0.033 0.608 160 N 0.029 0.003 0.058 0.089 0.089 0.126 0.045 0.561 161 P 0.047 0.005 0.023 0.023 0.035 0.112 0.032 0.722 162 P 0.073 0.007 0.030 0.025 0.040 0.136 0.048 0.641 163 P 0.031 0.005 0.030 0.030 0.039 0.113 0.056 0.696 164 K 0.064 0.016 0.043 0.030 0.056 0.126 0.154 0.511 165 V 0.076 0.020 0.051 0.039 0.054 0.124 0.086 0.550 166 D 0.079 0.033 0.067 0.080 0.180 0.105 0.050 0.405 167 S 0.010 0.012 0.067 0.054 0.205 0.057 0.049 0.545 168 V 0.003 0.004 0.139 0.263 0.452 0.034 0.022 0.083 169 I 0.009 0.002 0.091 0.239 0.442 0.023 0.036 0.159 170 V 0.016 0.002 0.057 0.467 0.238 0.027 0.022 0.172 171 K 0.005 0.001 0.067 0.214 0.444 0.045 0.014 0.211 172 L 0.008 0.001 0.031 0.095 0.220 0.061 0.018 0.567 173 I 0.032 0.004 0.048 0.382 0.241 0.052 0.041 0.201 174 P 0.036 0.005 0.019 0.050 0.064 0.082 0.034 0.710 175 K 0.116 0.017 0.018 0.050 0.053 0.095 0.061 0.590 176 E 0.140 0.021 0.013 0.018 0.025 0.090 0.049 0.645 177 S 0.127 0.018 0.009 0.010 0.016 0.094 0.056 0.669 178 S 0.038 0.019 0.023 0.029 0.038 0.123 0.067 0.662 179 F 0.062 0.053 0.016 0.016 0.032 0.121 0.056 0.644 180 L 0.077 0.066 0.021 0.020 0.026 0.120 0.038 0.633 181 T 0.037 0.092 0.023 0.015 0.015 0.108 0.050 0.661 182 N 0.091 0.623 0.006 0.003 0.004 0.027 0.086 0.159 183 F 0.106 0.637 0.008 0.002 0.002 0.032 0.074 0.138 184 D 0.020 0.341 0.010 0.006 0.005 0.032 0.442 0.144 185 E 0.014 0.864 0.002 0.001 0.001 0.011 0.063 0.045 186 W 0.012 0.936 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.017 187 D 0.006 0.934 0.003 0.002 0.002 0.005 0.023 0.024 188 N 0.008 0.934 0.002 0.001 0.003 0.007 0.024 0.021 189 L 0.005 0.943 0.005 0.001 0.002 0.004 0.030 0.010 190 L 0.015 0.912 0.009 0.003 0.005 0.005 0.035 0.017 191 R 0.030 0.365 0.033 0.014 0.015 0.027 0.418 0.098 192 I 0.019 0.463 0.047 0.014 0.014 0.038 0.301 0.104 193 C 0.052 0.685 0.035 0.012 0.017 0.036 0.041 0.121 194 F 0.043 0.380 0.030 0.026 0.031 0.054 0.070 0.366 195 S 0.050 0.449 0.012 0.012 0.021 0.046 0.102 0.306 196 R 0.061 0.321 0.016 0.018 0.017 0.060 0.303 0.204 197 K 0.020 0.771 0.004 0.006 0.007 0.028 0.048 0.117 198 R 0.014 0.835 0.004 0.002 0.003 0.014 0.031 0.098 199 K 0.005 0.874 0.009 0.007 0.006 0.012 0.032 0.055 200 T 0.011 0.881 0.009 0.003 0.003 0.006 0.071 0.017 201 L 0.012 0.914 0.003 0.001 0.001 0.003 0.056 0.009 202 H 0.013 0.915 0.008 0.002 0.002 0.004 0.038 0.018 203 A 0.029 0.789 0.009 0.004 0.004 0.012 0.077 0.076 204 I 0.031 0.303 0.047 0.006 0.009 0.031 0.490 0.082 205 F 0.133 0.380 0.027 0.011 0.012 0.045 0.221 0.170 206 K 0.132 0.170 0.016 0.009 0.011 0.057 0.123 0.482 207 R 0.036 0.218 0.011 0.004 0.008 0.080 0.046 0.598 208 N 0.032 0.147 0.031 0.011 0.015 0.118 0.123 0.524 209 A 0.027 0.463 0.023 0.015 0.009 0.068 0.041 0.354 210 V 0.044 0.880 0.004 0.001 0.001 0.009 0.009 0.053 211 L 0.031 0.894 0.010 0.001 0.001 0.007 0.020 0.035 212 N 0.022 0.869 0.011 0.001 0.001 0.009 0.040 0.047 213 M 0.048 0.334 0.027 0.001 0.001 0.013 0.527 0.049 214 L 0.039 0.718 0.011 0.001 0.001 0.009 0.192 0.029 215 E 0.151 0.609 0.011 0.001 0.001 0.018 0.055 0.154 216 H 0.033 0.168 0.023 0.004 0.003 0.055 0.263 0.452 217 N 0.060 0.342 0.022 0.004 0.004 0.065 0.208 0.295 218 Y 0.241 0.164 0.021 0.003 0.004 0.083 0.095 0.390 219 K 0.151 0.083 0.026 0.009 0.010 0.115 0.067 0.540 220 N 0.086 0.032 0.035 0.003 0.009 0.103 0.079 0.654 221 W 0.032 0.023 0.114 0.014 0.021 0.213 0.083 0.501 222 C 0.022 0.011 0.201 0.021 0.036 0.127 0.077 0.506 223 T 0.055 0.009 0.077 0.018 0.018 0.114 0.048 0.661 224 L 0.248 0.018 0.072 0.018 0.024 0.112 0.067 0.441 225 N 0.076 0.012 0.035 0.011 0.018 0.104 0.030 0.713 226 K 0.018 0.007 0.027 0.012 0.027 0.125 0.021 0.763 227 Q 0.014 0.004 0.069 0.032 0.039 0.104 0.072 0.665 228 V 0.292 0.012 0.028 0.052 0.042 0.083 0.049 0.442 229 P 0.368 0.004 0.019 0.015 0.018 0.050 0.052 0.474 230 V 0.011 0.004 0.017 0.016 0.034 0.124 0.013 0.780 231 N 0.004 0.004 0.009 0.005 0.021 0.067 0.007 0.882 232 F 0.015 0.023 0.017 0.039 0.018 0.124 0.024 0.739 233 P 0.094 0.612 0.014 0.012 0.010 0.038 0.059 0.160 234 F 0.075 0.847 0.002 0.002 0.002 0.007 0.019 0.046 235 K 0.026 0.827 0.009 0.005 0.006 0.014 0.028 0.084 236 K 0.009 0.850 0.006 0.006 0.007 0.010 0.062 0.050 237 Y 0.006 0.960 0.001 0.001 0.002 0.004 0.016 0.011 238 C 0.009 0.937 0.005 0.002 0.003 0.003 0.030 0.011 239 L 0.009 0.862 0.007 0.007 0.007 0.007 0.063 0.037 240 D 0.022 0.831 0.007 0.002 0.004 0.007 0.104 0.023 241 V 0.042 0.869 0.005 0.002 0.002 0.007 0.048 0.025 242 L 0.041 0.661 0.019 0.011 0.009 0.021 0.082 0.158 243 E 0.031 0.578 0.013 0.004 0.005 0.037 0.067 0.267 244 H 0.160 0.585 0.022 0.005 0.004 0.029 0.086 0.109 245 L 0.191 0.367 0.019 0.008 0.006 0.048 0.059 0.302 246 D 0.071 0.292 0.009 0.002 0.004 0.045 0.033 0.544 247 M 0.078 0.280 0.020 0.006 0.007 0.077 0.058 0.475 248 C 0.080 0.149 0.041 0.018 0.014 0.090 0.147 0.459 249 E 0.108 0.128 0.018 0.009 0.011 0.074 0.102 0.551 250 K 0.118 0.065 0.029 0.012 0.015 0.095 0.107 0.559 251 R 0.103 0.065 0.017 0.017 0.022 0.110 0.048 0.618 252 S 0.044 0.043 0.013 0.009 0.020 0.087 0.035 0.749 253 I 0.046 0.088 0.023 0.021 0.032 0.139 0.041 0.611 254 N 0.025 0.068 0.045 0.055 0.081 0.134 0.097 0.495 255 L 0.050 0.081 0.025 0.023 0.023 0.126 0.056 0.617 256 D 0.198 0.573 0.011 0.016 0.015 0.028 0.049 0.110 257 E 0.043 0.536 0.007 0.005 0.012 0.042 0.021 0.334 258 N 0.026 0.626 0.017 0.015 0.024 0.033 0.067 0.192 259 D 0.032 0.795 0.010 0.023 0.020 0.019 0.037 0.063 260 F 0.085 0.757 0.012 0.012 0.014 0.018 0.026 0.077 261 L 0.060 0.636 0.026 0.028 0.031 0.025 0.051 0.144 262 K 0.071 0.439 0.022 0.023 0.024 0.043 0.080 0.298 263 L 0.172 0.413 0.019 0.016 0.014 0.041 0.070 0.255 264 L 0.115 0.136 0.019 0.017 0.017 0.064 0.202 0.430 265 L 0.241 0.156 0.011 0.009 0.008 0.046 0.100 0.430 266 E 0.086 0.065 0.010 0.009 0.013 0.087 0.046 0.684 267 F 0.022 0.006 0.034 0.009 0.008 0.104 0.048 0.768 268 N 0.544 0.012 0.010 0.006 0.007 0.053 0.044 0.322 269 K 0.206 0.003 0.009 0.002 0.003 0.070 0.028 0.679 270 K 0.008 0.002 0.047 0.007 0.022 0.169 0.013 0.732 271 G 0.006 0.001 0.048 0.011 0.044 0.086 0.027 0.777 272 I 0.011 0.002 0.110 0.103 0.062 0.102 0.043 0.567 273 H 0.019 0.005 0.335 0.092 0.113 0.073 0.057 0.305 274 F 0.023 0.005 0.102 0.087 0.113 0.079 0.071 0.520 275 F 0.029 0.007 0.183 0.089 0.098 0.081 0.058 0.455