# TARGET T0295 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2062 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.052 0.013 0.040 0.027 0.031 0.088 0.008 0.742 2 L 0.033 0.010 0.024 0.012 0.021 0.054 0.004 0.841 3 L 0.114 0.022 0.083 0.056 0.105 0.109 0.009 0.503 4 K 0.094 0.031 0.063 0.033 0.054 0.193 0.013 0.519 5 N 0.108 0.041 0.032 0.026 0.068 0.152 0.007 0.567 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 7 G 0.005 0.004 0.001 0.002 0.004 0.732 0.001 0.250 8 I 0.364 0.037 0.001 0.001 0.002 0.339 0.007 0.250 9 L 0.048 0.787 0.003 0.002 0.004 0.019 0.001 0.135 10 D 0.005 0.900 0.002 0.001 0.002 0.009 0.001 0.078 11 K 0.031 0.799 0.004 0.001 0.002 0.016 0.007 0.139 12 I 0.020 0.951 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.021 13 I 0.006 0.959 0.003 0.002 0.006 0.002 0.002 0.020 14 Y 0.005 0.972 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.015 15 A 0.027 0.934 0.003 0.002 0.002 0.001 0.012 0.020 16 A 0.126 0.765 0.008 0.009 0.005 0.003 0.048 0.035 17 K 0.360 0.228 0.034 0.025 0.013 0.018 0.103 0.218 18 I 0.168 0.108 0.244 0.054 0.054 0.037 0.034 0.302 19 K 0.074 0.088 0.083 0.072 0.102 0.148 0.020 0.414 20 S 0.014 0.016 0.038 0.015 0.019 0.044 0.009 0.844 21 S 0.046 0.019 0.087 0.029 0.026 0.103 0.027 0.663 22 D 0.305 0.005 0.114 0.023 0.018 0.144 0.032 0.360 23 I 0.088 0.004 0.355 0.079 0.084 0.172 0.011 0.207 24 V 0.018 0.004 0.329 0.130 0.252 0.076 0.003 0.188 25 L 0.005 0.003 0.506 0.161 0.229 0.024 0.001 0.071 26 E 0.004 0.005 0.358 0.180 0.245 0.058 0.003 0.148 27 I 0.007 0.008 0.398 0.081 0.174 0.033 0.003 0.296 28 G 0.011 0.011 0.299 0.110 0.164 0.129 0.006 0.270 29 C 0.008 0.008 0.075 0.028 0.042 0.062 0.004 0.773 30 G 0.016 0.034 0.129 0.036 0.084 0.128 0.009 0.564 31 T 0.050 0.014 0.023 0.008 0.015 0.118 0.008 0.764 32 G 0.072 0.154 0.076 0.036 0.030 0.094 0.023 0.517 33 N 0.133 0.058 0.035 0.011 0.021 0.127 0.014 0.602 34 L 0.098 0.261 0.076 0.037 0.037 0.147 0.013 0.330 35 T 0.171 0.278 0.029 0.017 0.061 0.182 0.015 0.245 36 V 0.058 0.516 0.028 0.016 0.035 0.042 0.008 0.296 37 K 0.042 0.552 0.011 0.010 0.015 0.062 0.011 0.297 38 L 0.177 0.422 0.013 0.009 0.020 0.108 0.041 0.209 39 L 0.112 0.662 0.009 0.010 0.024 0.013 0.010 0.160 40 P 0.006 0.189 0.004 0.004 0.010 0.017 0.004 0.765 41 L 0.083 0.425 0.007 0.015 0.020 0.060 0.032 0.357 42 A 0.291 0.463 0.015 0.009 0.012 0.017 0.064 0.129 43 K 0.162 0.285 0.091 0.061 0.033 0.046 0.072 0.250 44 K 0.181 0.049 0.269 0.063 0.044 0.065 0.060 0.271 45 V 0.174 0.020 0.446 0.056 0.073 0.051 0.017 0.163 46 I 0.001 0.002 0.878 0.064 0.033 0.004 0.001 0.017 47 T 0.001 0.001 0.493 0.063 0.081 0.011 0.001 0.349 48 I 0.001 0.001 0.847 0.033 0.064 0.007 0.001 0.048 49 D 0.002 0.003 0.542 0.072 0.070 0.088 0.002 0.221 50 I 0.013 0.005 0.336 0.022 0.053 0.174 0.003 0.393 51 D 0.021 0.008 0.073 0.008 0.039 0.422 0.004 0.425 52 S 0.027 0.012 0.014 0.002 0.009 0.065 0.004 0.867 53 R 0.016 0.012 0.002 0.001 0.001 0.540 0.003 0.426 54 M 0.081 0.063 0.001 0.001 0.001 0.654 0.007 0.193 55 I 0.013 0.926 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.053 56 S 0.001 0.924 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.062 57 E 0.008 0.916 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.068 58 V 0.013 0.960 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.023 59 K 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 60 K 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 61 R 0.015 0.964 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 62 C 0.020 0.956 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 63 L 0.021 0.894 0.016 0.003 0.007 0.008 0.012 0.039 64 Y 0.060 0.838 0.012 0.003 0.003 0.008 0.018 0.057 65 E 0.190 0.616 0.025 0.007 0.003 0.012 0.083 0.065 66 G 0.711 0.030 0.012 0.003 0.002 0.007 0.130 0.105 67 Y 0.108 0.028 0.674 0.021 0.021 0.032 0.018 0.097 68 N 0.003 0.005 0.051 0.026 0.026 0.041 0.004 0.845 69 N 0.020 0.002 0.096 0.022 0.040 0.083 0.011 0.725 70 L 0.159 0.002 0.442 0.043 0.038 0.087 0.010 0.219 71 E 0.001 0.001 0.947 0.026 0.012 0.004 0.001 0.008 72 V 0.001 0.001 0.468 0.047 0.079 0.015 0.001 0.389 73 Y 0.001 0.001 0.910 0.030 0.043 0.004 0.001 0.013 74 E 0.001 0.001 0.628 0.076 0.098 0.029 0.001 0.166 75 G 0.002 0.001 0.614 0.041 0.114 0.034 0.002 0.192 76 D 0.026 0.003 0.206 0.047 0.109 0.191 0.006 0.413 77 A 0.070 0.014 0.163 0.062 0.163 0.139 0.006 0.382 78 I 0.078 0.026 0.062 0.089 0.180 0.356 0.017 0.191 79 K 0.317 0.032 0.026 0.044 0.061 0.149 0.048 0.324 80 T 0.343 0.072 0.073 0.084 0.083 0.041 0.026 0.277 81 V 0.014 0.013 0.019 0.021 0.034 0.040 0.010 0.849 82 F 0.045 0.017 0.041 0.056 0.122 0.074 0.011 0.635 83 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 84 K 0.022 0.004 0.019 0.035 0.056 0.120 0.007 0.736 85 F 0.192 0.007 0.072 0.026 0.032 0.108 0.013 0.551 86 D 0.086 0.011 0.306 0.194 0.117 0.091 0.009 0.186 87 V 0.010 0.004 0.427 0.117 0.133 0.037 0.002 0.270 88 C 0.004 0.003 0.656 0.107 0.172 0.020 0.002 0.037 89 T 0.004 0.003 0.765 0.088 0.089 0.018 0.002 0.032 90 A 0.003 0.005 0.698 0.106 0.118 0.013 0.002 0.055 91 N 0.003 0.006 0.633 0.063 0.130 0.029 0.005 0.132 92 I 0.013 0.003 0.445 0.076 0.129 0.076 0.007 0.252 93 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.991 94 Y 0.020 0.004 0.094 0.063 0.175 0.155 0.006 0.484 95 K 0.135 0.022 0.071 0.058 0.060 0.124 0.011 0.517 96 I 0.093 0.037 0.058 0.051 0.071 0.066 0.011 0.614 97 S 0.141 0.072 0.085 0.046 0.078 0.112 0.010 0.457 98 S 0.051 0.061 0.029 0.021 0.037 0.103 0.007 0.691 99 P 0.002 0.007 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.973 100 L 0.027 0.151 0.005 0.005 0.011 0.290 0.005 0.506 101 I 0.064 0.613 0.007 0.003 0.007 0.088 0.008 0.209 102 F 0.007 0.938 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.043 103 K 0.009 0.948 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.032 104 L 0.013 0.963 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.015 105 I 0.010 0.969 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.012 106 S 0.039 0.910 0.003 0.002 0.002 0.002 0.014 0.027 107 H 0.176 0.655 0.013 0.003 0.004 0.006 0.076 0.067 108 R 0.111 0.647 0.026 0.011 0.012 0.012 0.022 0.159 109 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 110 L 0.078 0.059 0.019 0.019 0.021 0.061 0.023 0.720 111 F 0.409 0.090 0.079 0.021 0.015 0.033 0.041 0.312 112 K 0.104 0.072 0.199 0.085 0.084 0.112 0.020 0.324 113 C 0.006 0.012 0.035 0.014 0.017 0.030 0.002 0.883 114 A 0.033 0.053 0.114 0.069 0.086 0.126 0.013 0.506 115 V 0.178 0.036 0.141 0.061 0.061 0.121 0.028 0.374 116 L 0.060 0.033 0.394 0.120 0.107 0.062 0.010 0.215 117 M 0.030 0.036 0.188 0.189 0.235 0.058 0.004 0.259 118 F 0.021 0.047 0.184 0.209 0.295 0.048 0.005 0.191 119 Q 0.013 0.074 0.108 0.176 0.323 0.045 0.004 0.257 120 K 0.007 0.076 0.057 0.069 0.162 0.048 0.004 0.578 121 E 0.023 0.145 0.021 0.042 0.081 0.156 0.009 0.524 122 F 0.097 0.453 0.012 0.023 0.038 0.060 0.015 0.303 123 A 0.054 0.691 0.019 0.020 0.033 0.029 0.013 0.141 124 E 0.039 0.726 0.013 0.012 0.020 0.029 0.015 0.145 125 R 0.079 0.753 0.011 0.009 0.011 0.017 0.018 0.103 126 M 0.062 0.817 0.014 0.011 0.012 0.011 0.017 0.056 127 L 0.115 0.610 0.040 0.021 0.029 0.024 0.036 0.125 128 A 0.132 0.493 0.090 0.046 0.045 0.027 0.034 0.132 129 N 0.165 0.208 0.053 0.029 0.037 0.058 0.050 0.400 130 V 0.125 0.095 0.090 0.024 0.029 0.040 0.023 0.574 131 G 0.046 0.053 0.059 0.019 0.027 0.160 0.022 0.614 132 D 0.136 0.031 0.042 0.016 0.025 0.101 0.020 0.627 133 S 0.030 0.019 0.024 0.007 0.010 0.077 0.006 0.828 134 N 0.071 0.017 0.013 0.007 0.014 0.481 0.011 0.386 135 Y 0.295 0.059 0.034 0.014 0.025 0.255 0.014 0.305 136 S 0.098 0.167 0.026 0.033 0.050 0.224 0.011 0.390 137 R 0.049 0.109 0.030 0.026 0.054 0.101 0.008 0.623 138 L 0.118 0.195 0.034 0.073 0.113 0.158 0.018 0.292 139 T 0.159 0.155 0.032 0.074 0.103 0.151 0.030 0.295 140 I 0.116 0.213 0.087 0.114 0.154 0.060 0.015 0.239 141 N 0.052 0.205 0.078 0.163 0.204 0.107 0.014 0.178 142 V 0.062 0.134 0.092 0.144 0.220 0.068 0.020 0.259 143 K 0.045 0.185 0.103 0.182 0.248 0.061 0.009 0.168 144 L 0.027 0.146 0.077 0.187 0.223 0.059 0.012 0.270 145 F 0.053 0.146 0.065 0.148 0.263 0.058 0.017 0.251 146 C 0.076 0.124 0.073 0.206 0.229 0.058 0.017 0.217 147 K 0.075 0.085 0.045 0.156 0.172 0.077 0.025 0.365 148 V 0.071 0.045 0.070 0.072 0.155 0.061 0.014 0.511 149 T 0.030 0.090 0.074 0.248 0.194 0.068 0.010 0.286 150 K 0.025 0.027 0.037 0.043 0.083 0.060 0.012 0.713 151 V 0.075 0.073 0.150 0.128 0.210 0.080 0.011 0.273 152 C 0.055 0.092 0.154 0.201 0.162 0.072 0.015 0.248 153 N 0.056 0.044 0.090 0.077 0.122 0.059 0.018 0.535 154 V 0.077 0.031 0.232 0.077 0.124 0.082 0.012 0.364 155 N 0.022 0.029 0.045 0.052 0.082 0.194 0.008 0.569 156 R 0.032 0.020 0.034 0.021 0.065 0.069 0.009 0.749 157 S 0.058 0.042 0.022 0.020 0.026 0.355 0.014 0.464 158 S 0.411 0.025 0.020 0.015 0.021 0.214 0.041 0.253 159 F 0.346 0.088 0.051 0.046 0.046 0.082 0.039 0.303 160 N 0.082 0.035 0.120 0.098 0.171 0.125 0.022 0.347 161 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 162 P 0.007 0.001 0.012 0.028 0.053 0.067 0.002 0.829 163 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 164 K 0.048 0.002 0.051 0.086 0.165 0.188 0.007 0.453 165 V 0.106 0.002 0.100 0.093 0.089 0.060 0.003 0.547 166 D 0.014 0.004 0.132 0.272 0.266 0.053 0.003 0.256 167 S 0.040 0.002 0.113 0.112 0.225 0.073 0.005 0.430 168 V 0.025 0.001 0.333 0.279 0.243 0.034 0.005 0.080 169 I 0.010 0.001 0.181 0.210 0.228 0.052 0.003 0.317 170 V 0.003 0.001 0.153 0.334 0.432 0.017 0.001 0.060 171 K 0.003 0.001 0.095 0.259 0.559 0.017 0.001 0.065 172 L 0.005 0.001 0.069 0.176 0.500 0.021 0.003 0.225 173 I 0.009 0.001 0.083 0.386 0.336 0.033 0.002 0.150 174 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 175 K 0.004 0.001 0.029 0.081 0.414 0.095 0.002 0.375 176 E 0.099 0.001 0.011 0.012 0.021 0.098 0.007 0.751 177 S 0.108 0.008 0.016 0.015 0.020 0.086 0.008 0.739 178 S 0.149 0.010 0.033 0.017 0.020 0.100 0.007 0.664 179 F 0.083 0.011 0.047 0.017 0.027 0.139 0.008 0.668 180 L 0.094 0.019 0.051 0.029 0.070 0.154 0.008 0.575 181 T 0.083 0.040 0.058 0.038 0.066 0.244 0.007 0.464 182 N 0.047 0.050 0.017 0.016 0.030 0.202 0.006 0.632 183 F 0.079 0.084 0.025 0.012 0.045 0.061 0.006 0.688 184 D 0.027 0.078 0.009 0.007 0.015 0.388 0.006 0.470 185 E 0.102 0.165 0.004 0.003 0.008 0.402 0.010 0.305 186 W 0.058 0.811 0.003 0.002 0.005 0.021 0.004 0.096 187 D 0.016 0.859 0.004 0.002 0.004 0.018 0.004 0.093 188 N 0.031 0.823 0.003 0.002 0.002 0.017 0.007 0.114 189 L 0.058 0.845 0.004 0.002 0.003 0.011 0.009 0.067 190 L 0.010 0.940 0.005 0.003 0.004 0.004 0.003 0.031 191 R 0.004 0.946 0.005 0.003 0.004 0.005 0.003 0.032 192 I 0.006 0.949 0.005 0.003 0.003 0.004 0.003 0.027 193 C 0.009 0.958 0.004 0.004 0.004 0.003 0.004 0.015 194 F 0.022 0.911 0.008 0.007 0.006 0.005 0.008 0.033 195 S 0.056 0.828 0.017 0.011 0.010 0.010 0.013 0.056 196 R 0.093 0.656 0.018 0.013 0.014 0.023 0.023 0.160 197 K 0.071 0.631 0.020 0.010 0.012 0.048 0.019 0.188 198 R 0.046 0.571 0.028 0.008 0.014 0.071 0.019 0.243 199 K 0.057 0.619 0.014 0.006 0.006 0.037 0.010 0.252 200 T 0.051 0.593 0.012 0.004 0.006 0.079 0.011 0.245 201 L 0.037 0.779 0.010 0.004 0.009 0.028 0.007 0.126 202 H 0.010 0.895 0.006 0.002 0.005 0.016 0.003 0.063 203 A 0.013 0.915 0.003 0.002 0.003 0.014 0.004 0.048 204 I 0.019 0.942 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.027 205 F 0.020 0.934 0.003 0.002 0.003 0.004 0.006 0.029 206 K 0.015 0.932 0.006 0.003 0.003 0.005 0.005 0.030 207 R 0.034 0.884 0.007 0.003 0.003 0.005 0.016 0.049 208 N 0.124 0.715 0.019 0.005 0.004 0.008 0.031 0.095 209 A 0.104 0.570 0.055 0.013 0.009 0.035 0.025 0.188 210 V 0.052 0.303 0.056 0.012 0.016 0.098 0.015 0.449 211 L 0.043 0.416 0.052 0.010 0.028 0.058 0.007 0.386 212 N 0.023 0.401 0.014 0.005 0.009 0.174 0.006 0.369 213 M 0.069 0.536 0.005 0.002 0.004 0.113 0.008 0.263 214 L 0.034 0.886 0.003 0.001 0.002 0.009 0.003 0.061 215 E 0.012 0.918 0.003 0.001 0.003 0.009 0.004 0.050 216 H 0.027 0.883 0.002 0.001 0.002 0.007 0.006 0.072 217 N 0.065 0.863 0.002 0.001 0.002 0.004 0.010 0.053 218 Y 0.033 0.896 0.005 0.002 0.004 0.003 0.009 0.049 219 K 0.024 0.858 0.010 0.003 0.005 0.009 0.012 0.078 220 N 0.053 0.684 0.022 0.006 0.006 0.013 0.030 0.187 221 W 0.140 0.615 0.034 0.016 0.011 0.011 0.037 0.136 222 C 0.158 0.223 0.138 0.042 0.030 0.051 0.059 0.298 223 T 0.070 0.115 0.304 0.069 0.058 0.064 0.020 0.300 224 L 0.058 0.092 0.141 0.064 0.082 0.118 0.014 0.432 225 N 0.042 0.031 0.050 0.029 0.034 0.086 0.014 0.715 226 K 0.138 0.024 0.088 0.028 0.039 0.174 0.033 0.475 227 Q 0.166 0.026 0.090 0.032 0.042 0.172 0.045 0.427 228 V 0.150 0.011 0.129 0.098 0.109 0.122 0.018 0.362 229 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 230 V 0.011 0.002 0.143 0.132 0.322 0.083 0.005 0.302 231 N 0.111 0.003 0.021 0.013 0.023 0.033 0.009 0.787 232 F 0.207 0.005 0.157 0.103 0.117 0.050 0.007 0.354 233 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 234 F 0.005 0.002 0.012 0.010 0.070 0.049 0.001 0.851 235 K 0.019 0.006 0.005 0.003 0.011 0.169 0.002 0.785 236 K 0.061 0.035 0.001 0.003 0.004 0.205 0.003 0.688 237 Y 0.055 0.639 0.003 0.003 0.004 0.032 0.002 0.263 238 C 0.007 0.897 0.002 0.002 0.003 0.008 0.001 0.079 239 L 0.002 0.966 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.025 240 D 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 241 V 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 242 L 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 243 E 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 244 H 0.026 0.935 0.002 0.001 0.001 0.002 0.008 0.024 245 L 0.023 0.919 0.004 0.001 0.002 0.003 0.007 0.041 246 D 0.044 0.798 0.006 0.002 0.002 0.009 0.022 0.117 247 M 0.171 0.599 0.016 0.003 0.004 0.015 0.034 0.157 248 C 0.083 0.631 0.023 0.008 0.009 0.037 0.022 0.188 249 E 0.072 0.339 0.041 0.015 0.019 0.116 0.028 0.372 250 K 0.075 0.422 0.036 0.014 0.019 0.052 0.013 0.369 251 R 0.065 0.415 0.033 0.018 0.027 0.109 0.019 0.314 252 S 0.063 0.260 0.027 0.016 0.019 0.058 0.020 0.537 253 I 0.161 0.270 0.048 0.029 0.037 0.069 0.031 0.355 254 N 0.291 0.142 0.038 0.035 0.042 0.120 0.026 0.306 255 L 0.154 0.106 0.053 0.033 0.061 0.073 0.013 0.506 256 D 0.091 0.173 0.037 0.077 0.102 0.135 0.015 0.370 257 E 0.095 0.115 0.086 0.047 0.078 0.097 0.019 0.464 258 N 0.048 0.120 0.030 0.036 0.048 0.219 0.019 0.481 259 D 0.229 0.065 0.025 0.018 0.030 0.161 0.023 0.449 260 F 0.097 0.298 0.057 0.044 0.075 0.217 0.008 0.205 261 L 0.059 0.325 0.041 0.068 0.148 0.140 0.014 0.205 262 K 0.076 0.442 0.033 0.055 0.100 0.064 0.011 0.219 263 L 0.068 0.543 0.031 0.054 0.092 0.035 0.012 0.164 264 L 0.048 0.420 0.022 0.040 0.078 0.032 0.015 0.345 265 L 0.096 0.364 0.021 0.034 0.065 0.065 0.036 0.318 266 E 0.338 0.230 0.027 0.025 0.039 0.085 0.037 0.218 267 F 0.329 0.189 0.024 0.021 0.023 0.094 0.048 0.272 268 N 0.266 0.178 0.061 0.034 0.037 0.099 0.057 0.268 269 K 0.100 0.114 0.109 0.024 0.031 0.062 0.027 0.533 270 K 0.053 0.043 0.062 0.024 0.036 0.424 0.024 0.335 271 G 0.261 0.030 0.054 0.023 0.033 0.167 0.045 0.388 272 I 0.242 0.045 0.184 0.050 0.070 0.132 0.011 0.266 273 H 0.018 0.014 0.204 0.145 0.134 0.109 0.008 0.368 274 F 0.022 0.011 0.068 0.074 0.175 0.050 0.003 0.596 275 F 0.021 0.014 0.144 0.175 0.352 0.072 0.005 0.216