# TARGET T0295 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2062 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.301 0.235 0.164 0.136 0.099 0.056 0.009 2 L 0.154 0.150 0.158 0.194 0.192 0.130 0.022 3 L 0.073 0.090 0.136 0.247 0.259 0.171 0.024 4 K 0.182 0.333 0.253 0.146 0.059 0.021 0.005 5 N 0.169 0.275 0.264 0.186 0.081 0.022 0.003 6 P 0.424 0.308 0.159 0.072 0.028 0.008 0.001 7 G 0.326 0.411 0.183 0.056 0.018 0.005 0.001 8 I 0.011 0.038 0.106 0.267 0.380 0.187 0.010 9 L 0.011 0.040 0.101 0.275 0.358 0.197 0.019 10 D 0.067 0.323 0.347 0.195 0.054 0.013 0.001 11 K 0.021 0.109 0.319 0.355 0.164 0.031 0.001 12 I 0.008 0.009 0.019 0.082 0.313 0.526 0.043 13 I 0.006 0.024 0.094 0.277 0.395 0.193 0.011 14 Y 0.130 0.379 0.275 0.145 0.053 0.017 0.001 15 A 0.035 0.145 0.270 0.314 0.179 0.054 0.003 16 A 0.017 0.042 0.119 0.279 0.358 0.173 0.012 17 K 0.207 0.490 0.204 0.071 0.021 0.006 0.001 18 I 0.044 0.096 0.210 0.359 0.251 0.039 0.001 19 K 0.348 0.349 0.193 0.082 0.024 0.004 0.001 20 S 0.641 0.267 0.068 0.020 0.004 0.001 0.001 21 S 0.459 0.303 0.155 0.066 0.015 0.002 0.001 22 D 0.072 0.263 0.299 0.253 0.097 0.015 0.001 23 I 0.001 0.014 0.083 0.291 0.421 0.179 0.011 24 V 0.001 0.001 0.005 0.029 0.148 0.564 0.252 25 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.045 0.356 0.592 26 E 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 0.166 0.804 27 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.096 0.895 28 G 0.001 0.001 0.002 0.007 0.035 0.233 0.722 29 C 0.001 0.002 0.005 0.021 0.087 0.323 0.561 30 G 0.001 0.006 0.018 0.070 0.184 0.428 0.294 31 T 0.003 0.014 0.033 0.085 0.185 0.380 0.301 32 G 0.003 0.020 0.068 0.170 0.297 0.322 0.120 33 N 0.008 0.037 0.117 0.239 0.328 0.212 0.058 34 L 0.001 0.003 0.008 0.029 0.134 0.518 0.307 35 T 0.001 0.002 0.003 0.010 0.060 0.429 0.495 36 V 0.002 0.022 0.098 0.251 0.313 0.252 0.062 37 K 0.002 0.020 0.113 0.339 0.343 0.154 0.029 38 L 0.001 0.001 0.001 0.008 0.067 0.599 0.323 39 L 0.001 0.011 0.043 0.182 0.384 0.354 0.026 40 P 0.032 0.281 0.370 0.217 0.083 0.016 0.002 41 L 0.014 0.069 0.208 0.413 0.246 0.047 0.003 42 A 0.008 0.034 0.092 0.249 0.383 0.219 0.015 43 K 0.085 0.359 0.298 0.173 0.068 0.015 0.001 44 K 0.063 0.216 0.345 0.270 0.088 0.016 0.002 45 V 0.002 0.011 0.038 0.109 0.294 0.469 0.077 46 I 0.001 0.003 0.015 0.089 0.308 0.495 0.090 47 T 0.001 0.001 0.002 0.007 0.050 0.416 0.523 48 I 0.001 0.003 0.007 0.034 0.170 0.504 0.280 49 D 0.001 0.015 0.066 0.189 0.294 0.342 0.094 50 I 0.002 0.022 0.075 0.215 0.372 0.274 0.041 51 D 0.023 0.094 0.147 0.216 0.262 0.226 0.032 52 S 0.216 0.297 0.231 0.153 0.078 0.023 0.002 53 R 0.115 0.375 0.339 0.131 0.033 0.006 0.001 54 M 0.006 0.019 0.051 0.203 0.423 0.284 0.014 55 I 0.006 0.045 0.135 0.336 0.329 0.138 0.010 56 S 0.128 0.523 0.256 0.077 0.014 0.002 0.001 57 E 0.014 0.093 0.354 0.412 0.117 0.010 0.001 58 V 0.001 0.002 0.007 0.054 0.365 0.544 0.026 59 K 0.007 0.073 0.310 0.427 0.166 0.017 0.001 60 K 0.183 0.639 0.148 0.026 0.004 0.001 0.001 61 R 0.013 0.099 0.294 0.413 0.160 0.021 0.001 62 C 0.019 0.053 0.143 0.377 0.334 0.071 0.002 63 L 0.262 0.466 0.209 0.053 0.009 0.001 0.001 64 Y 0.670 0.229 0.072 0.024 0.005 0.001 0.001 65 E 0.354 0.338 0.197 0.086 0.022 0.003 0.001 66 G 0.638 0.258 0.075 0.024 0.005 0.001 0.001 67 Y 0.047 0.100 0.277 0.391 0.168 0.017 0.001 68 N 0.286 0.491 0.170 0.043 0.009 0.001 0.001 69 N 0.059 0.174 0.290 0.311 0.139 0.026 0.002 70 L 0.013 0.028 0.066 0.188 0.367 0.315 0.023 71 E 0.018 0.135 0.270 0.318 0.188 0.064 0.007 72 V 0.008 0.016 0.039 0.126 0.278 0.423 0.110 73 Y 0.004 0.028 0.076 0.213 0.346 0.290 0.042 74 E 0.021 0.097 0.182 0.250 0.241 0.177 0.032 75 G 0.042 0.118 0.194 0.244 0.225 0.146 0.031 76 D 0.047 0.139 0.235 0.263 0.200 0.104 0.011 77 A 0.043 0.045 0.077 0.175 0.321 0.300 0.039 78 I 0.077 0.129 0.199 0.288 0.217 0.084 0.005 79 K 0.268 0.379 0.212 0.090 0.036 0.013 0.002 80 T 0.070 0.128 0.215 0.308 0.207 0.067 0.006 81 V 0.235 0.350 0.216 0.120 0.056 0.020 0.002 82 F 0.076 0.121 0.212 0.319 0.214 0.054 0.003 83 P 0.501 0.301 0.119 0.053 0.020 0.005 0.001 84 K 0.320 0.373 0.198 0.080 0.023 0.005 0.001 85 F 0.022 0.080 0.184 0.322 0.257 0.119 0.015 86 D 0.006 0.033 0.091 0.211 0.340 0.270 0.049 87 V 0.003 0.008 0.030 0.104 0.268 0.402 0.185 88 C 0.001 0.002 0.004 0.010 0.050 0.374 0.558 89 T 0.001 0.002 0.005 0.021 0.072 0.256 0.644 90 A 0.001 0.002 0.004 0.015 0.052 0.234 0.692 91 N 0.002 0.007 0.014 0.048 0.133 0.337 0.459 92 I 0.003 0.009 0.022 0.057 0.123 0.314 0.472 93 P 0.004 0.014 0.024 0.046 0.097 0.315 0.501 94 Y 0.016 0.026 0.044 0.102 0.170 0.312 0.330 95 K 0.025 0.049 0.072 0.124 0.173 0.296 0.261 96 I 0.020 0.034 0.049 0.097 0.177 0.355 0.268 97 S 0.012 0.021 0.035 0.082 0.180 0.391 0.279 98 S 0.037 0.102 0.176 0.253 0.223 0.152 0.057 99 P 0.117 0.273 0.225 0.164 0.115 0.073 0.033 100 L 0.018 0.045 0.100 0.214 0.307 0.257 0.059 101 I 0.032 0.069 0.109 0.193 0.268 0.265 0.065 102 F 0.043 0.137 0.228 0.270 0.198 0.107 0.017 103 K 0.022 0.080 0.202 0.318 0.246 0.114 0.018 104 L 0.008 0.009 0.015 0.054 0.202 0.512 0.200 105 I 0.034 0.106 0.196 0.313 0.239 0.100 0.012 106 S 0.105 0.336 0.296 0.161 0.069 0.027 0.006 107 H 0.019 0.061 0.122 0.229 0.301 0.227 0.040 108 R 0.021 0.063 0.141 0.273 0.298 0.179 0.026 109 P 0.087 0.262 0.276 0.205 0.112 0.049 0.009 110 L 0.024 0.071 0.155 0.265 0.283 0.175 0.027 111 F 0.005 0.010 0.025 0.089 0.253 0.463 0.154 112 K 0.016 0.074 0.145 0.234 0.255 0.203 0.072 113 C 0.021 0.081 0.140 0.219 0.232 0.215 0.093 114 A 0.011 0.033 0.062 0.120 0.210 0.344 0.221 115 V 0.003 0.009 0.026 0.070 0.178 0.409 0.305 116 L 0.002 0.006 0.021 0.076 0.209 0.408 0.278 117 M 0.002 0.003 0.006 0.016 0.067 0.368 0.537 118 F 0.001 0.002 0.004 0.015 0.077 0.367 0.533 119 Q 0.001 0.003 0.009 0.037 0.136 0.424 0.391 120 K 0.009 0.061 0.148 0.295 0.267 0.157 0.064 121 E 0.034 0.191 0.270 0.255 0.149 0.080 0.021 122 F 0.013 0.040 0.074 0.147 0.272 0.358 0.096 123 A 0.014 0.017 0.041 0.134 0.302 0.401 0.092 124 E 0.055 0.162 0.255 0.272 0.163 0.077 0.015 125 R 0.055 0.105 0.158 0.238 0.221 0.172 0.050 126 M 0.023 0.041 0.066 0.125 0.237 0.361 0.146 127 L 0.069 0.112 0.139 0.170 0.192 0.212 0.106 128 A 0.133 0.127 0.134 0.186 0.201 0.162 0.057 129 N 0.195 0.274 0.206 0.160 0.099 0.052 0.014 130 V 0.217 0.194 0.194 0.208 0.130 0.048 0.009 131 G 0.467 0.269 0.135 0.078 0.035 0.013 0.004 132 D 0.496 0.255 0.136 0.073 0.029 0.009 0.002 133 S 0.432 0.288 0.147 0.080 0.035 0.014 0.004 134 N 0.285 0.246 0.176 0.143 0.092 0.047 0.011 135 Y 0.099 0.126 0.172 0.234 0.210 0.128 0.031 136 S 0.152 0.215 0.213 0.197 0.122 0.079 0.022 137 R 0.080 0.153 0.179 0.199 0.185 0.148 0.056 138 L 0.029 0.031 0.056 0.125 0.236 0.335 0.188 139 T 0.063 0.109 0.156 0.183 0.188 0.195 0.106 140 I 0.064 0.076 0.107 0.151 0.177 0.255 0.170 141 N 0.079 0.085 0.100 0.157 0.211 0.235 0.133 142 V 0.071 0.076 0.099 0.142 0.164 0.268 0.180 143 K 0.103 0.113 0.122 0.173 0.178 0.185 0.127 144 L 0.062 0.087 0.106 0.137 0.172 0.260 0.175 145 F 0.044 0.075 0.093 0.154 0.193 0.260 0.179 146 C 0.039 0.057 0.090 0.162 0.230 0.295 0.127 147 K 0.094 0.256 0.266 0.214 0.115 0.046 0.010 148 V 0.034 0.043 0.089 0.191 0.319 0.273 0.051 149 T 0.132 0.295 0.275 0.182 0.083 0.028 0.005 150 K 0.104 0.188 0.213 0.232 0.172 0.081 0.010 151 V 0.071 0.105 0.154 0.245 0.260 0.142 0.023 152 C 0.073 0.126 0.194 0.272 0.226 0.098 0.011 153 N 0.294 0.360 0.205 0.097 0.033 0.010 0.002 154 V 0.103 0.121 0.183 0.293 0.224 0.071 0.006 155 N 0.462 0.342 0.134 0.045 0.013 0.003 0.001 156 R 0.320 0.308 0.219 0.111 0.035 0.006 0.001 157 S 0.492 0.285 0.131 0.062 0.023 0.006 0.001 158 S 0.190 0.259 0.242 0.187 0.094 0.025 0.002 159 F 0.087 0.112 0.179 0.281 0.241 0.093 0.007 160 N 0.222 0.315 0.248 0.145 0.055 0.013 0.002 161 P 0.178 0.255 0.251 0.202 0.089 0.022 0.003 162 P 0.366 0.330 0.172 0.090 0.033 0.009 0.001 163 P 0.109 0.158 0.235 0.266 0.171 0.055 0.006 164 K 0.149 0.274 0.271 0.187 0.084 0.031 0.004 165 V 0.037 0.052 0.089 0.199 0.311 0.266 0.045 166 D 0.076 0.145 0.200 0.237 0.186 0.128 0.029 167 S 0.052 0.118 0.171 0.195 0.190 0.207 0.067 168 V 0.032 0.055 0.095 0.172 0.236 0.304 0.107 169 I 0.021 0.057 0.105 0.175 0.232 0.291 0.118 170 V 0.030 0.050 0.077 0.146 0.247 0.338 0.112 171 K 0.027 0.120 0.214 0.262 0.224 0.131 0.022 172 L 0.018 0.028 0.064 0.165 0.358 0.319 0.048 173 I 0.065 0.218 0.274 0.252 0.139 0.049 0.004 174 P 0.125 0.253 0.268 0.226 0.107 0.021 0.001 175 K 0.414 0.328 0.178 0.065 0.014 0.002 0.001 176 E 0.765 0.182 0.040 0.011 0.002 0.001 0.001 177 S 0.723 0.176 0.066 0.026 0.007 0.001 0.001 178 S 0.442 0.286 0.162 0.081 0.024 0.004 0.001 179 F 0.223 0.219 0.228 0.211 0.097 0.020 0.001 180 L 0.204 0.227 0.236 0.206 0.100 0.025 0.001 181 T 0.378 0.288 0.174 0.100 0.046 0.012 0.001 182 N 0.496 0.282 0.125 0.063 0.026 0.007 0.001 183 F 0.096 0.207 0.306 0.265 0.106 0.020 0.001 184 D 0.560 0.326 0.083 0.023 0.007 0.002 0.001 185 E 0.174 0.298 0.283 0.175 0.058 0.011 0.001 186 W 0.045 0.056 0.100 0.275 0.357 0.159 0.009 187 D 0.133 0.280 0.306 0.207 0.061 0.012 0.001 188 N 0.299 0.375 0.217 0.084 0.021 0.004 0.001 189 L 0.114 0.088 0.121 0.216 0.274 0.173 0.014 190 L 0.071 0.073 0.125 0.246 0.281 0.184 0.021 191 R 0.189 0.307 0.253 0.153 0.065 0.028 0.004 192 I 0.208 0.182 0.178 0.203 0.146 0.072 0.012 193 C 0.073 0.095 0.108 0.151 0.210 0.270 0.093 194 F 0.126 0.109 0.115 0.169 0.209 0.210 0.062 195 S 0.203 0.243 0.231 0.190 0.091 0.034 0.008 196 R 0.157 0.201 0.199 0.197 0.143 0.081 0.022 197 K 0.104 0.180 0.203 0.201 0.168 0.117 0.027 198 R 0.066 0.117 0.157 0.217 0.243 0.165 0.034 199 K 0.223 0.236 0.209 0.184 0.103 0.037 0.007 200 T 0.090 0.240 0.267 0.221 0.119 0.054 0.009 201 L 0.013 0.018 0.037 0.141 0.320 0.383 0.087 202 H 0.037 0.149 0.233 0.297 0.183 0.084 0.017 203 A 0.148 0.331 0.233 0.157 0.083 0.039 0.009 204 I 0.046 0.093 0.181 0.296 0.250 0.116 0.017 205 F 0.033 0.031 0.061 0.178 0.346 0.302 0.050 206 K 0.128 0.270 0.277 0.203 0.091 0.028 0.003 207 R 0.247 0.331 0.207 0.128 0.063 0.021 0.002 208 N 0.096 0.180 0.237 0.243 0.161 0.072 0.010 209 A 0.087 0.111 0.154 0.232 0.238 0.155 0.023 210 V 0.144 0.239 0.217 0.181 0.133 0.072 0.013 211 L 0.083 0.185 0.240 0.255 0.161 0.066 0.010 212 N 0.343 0.341 0.160 0.082 0.044 0.023 0.008 213 M 0.041 0.135 0.223 0.275 0.208 0.100 0.017 214 L 0.013 0.017 0.044 0.176 0.386 0.320 0.045 215 E 0.125 0.331 0.310 0.169 0.051 0.012 0.002 216 H 0.218 0.442 0.238 0.081 0.018 0.004 0.001 217 N 0.039 0.063 0.116 0.260 0.323 0.183 0.016 218 Y 0.030 0.051 0.130 0.299 0.335 0.142 0.013 219 K 0.281 0.405 0.211 0.078 0.019 0.005 0.001 220 N 0.272 0.310 0.217 0.135 0.050 0.014 0.002 221 W 0.064 0.093 0.159 0.257 0.268 0.141 0.017 222 C 0.191 0.250 0.223 0.175 0.102 0.049 0.010 223 T 0.190 0.170 0.172 0.201 0.172 0.079 0.016 224 L 0.234 0.259 0.200 0.155 0.096 0.047 0.009 225 N 0.317 0.231 0.180 0.152 0.084 0.031 0.005 226 K 0.400 0.290 0.161 0.091 0.042 0.014 0.002 227 Q 0.342 0.254 0.174 0.123 0.072 0.030 0.005 228 V 0.191 0.226 0.214 0.199 0.113 0.049 0.007 229 P 0.198 0.169 0.176 0.215 0.160 0.071 0.011 230 V 0.230 0.291 0.235 0.154 0.062 0.022 0.005 231 N 0.341 0.328 0.175 0.092 0.040 0.020 0.005 232 F 0.091 0.115 0.179 0.250 0.234 0.114 0.017 233 P 0.239 0.376 0.209 0.104 0.047 0.021 0.004 234 F 0.044 0.095 0.200 0.330 0.260 0.066 0.006 235 K 0.354 0.387 0.178 0.059 0.016 0.005 0.001 236 K 0.085 0.269 0.315 0.220 0.087 0.023 0.002 237 Y 0.021 0.022 0.049 0.180 0.398 0.301 0.030 238 C 0.026 0.094 0.207 0.363 0.238 0.068 0.004 239 L 0.105 0.361 0.280 0.171 0.060 0.020 0.002 240 D 0.021 0.059 0.160 0.312 0.293 0.145 0.010 241 V 0.016 0.018 0.035 0.108 0.311 0.437 0.075 242 L 0.110 0.234 0.276 0.237 0.107 0.034 0.003 243 E 0.135 0.296 0.295 0.189 0.070 0.014 0.001 244 H 0.073 0.090 0.151 0.258 0.287 0.131 0.009 245 L 0.182 0.245 0.263 0.203 0.088 0.018 0.001 246 D 0.558 0.289 0.102 0.037 0.012 0.002 0.001 247 M 0.344 0.247 0.188 0.146 0.060 0.014 0.001 248 C 0.188 0.185 0.202 0.244 0.142 0.037 0.001 249 E 0.590 0.280 0.090 0.030 0.008 0.001 0.001 250 K 0.423 0.286 0.182 0.084 0.023 0.003 0.001 251 R 0.645 0.239 0.075 0.029 0.009 0.002 0.001 252 S 0.637 0.224 0.088 0.039 0.010 0.002 0.001 253 I 0.450 0.247 0.170 0.095 0.032 0.005 0.001 254 N 0.643 0.243 0.075 0.029 0.008 0.002 0.001 255 L 0.210 0.246 0.239 0.197 0.087 0.019 0.001 256 D 0.225 0.213 0.227 0.200 0.107 0.028 0.002 257 E 0.356 0.312 0.202 0.098 0.028 0.004 0.001 258 N 0.595 0.243 0.104 0.042 0.013 0.003 0.001 259 D 0.354 0.312 0.198 0.100 0.030 0.006 0.001 260 F 0.171 0.121 0.150 0.253 0.222 0.078 0.004 261 L 0.186 0.226 0.237 0.224 0.101 0.025 0.002 262 K 0.409 0.329 0.160 0.072 0.024 0.006 0.001 263 L 0.291 0.279 0.215 0.146 0.055 0.014 0.001 264 L 0.194 0.243 0.232 0.194 0.102 0.032 0.003 265 L 0.296 0.239 0.202 0.153 0.084 0.024 0.002 266 E 0.630 0.264 0.075 0.024 0.006 0.001 0.001 267 F 0.294 0.254 0.208 0.162 0.063 0.018 0.002 268 N 0.189 0.216 0.230 0.216 0.116 0.031 0.002 269 K 0.382 0.330 0.181 0.079 0.024 0.005 0.001 270 K 0.302 0.248 0.199 0.156 0.074 0.020 0.001 271 G 0.206 0.246 0.243 0.171 0.093 0.037 0.003 272 I 0.157 0.093 0.113 0.209 0.252 0.162 0.013 273 H 0.218 0.284 0.219 0.157 0.080 0.037 0.005 274 F 0.239 0.172 0.159 0.187 0.153 0.078 0.013 275 F 0.412 0.243 0.170 0.107 0.047 0.017 0.004