# TARGET T0295 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 50 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.009 0.004 0.002 0.006 0.098 0.881 2 S 0.030 0.036 0.014 0.019 0.236 0.665 3 F 0.039 0.012 0.026 0.027 0.324 0.571 4 L 0.034 0.017 0.044 0.031 0.277 0.596 5 T 0.046 0.104 0.015 0.024 0.268 0.543 6 N 0.022 0.007 0.005 0.016 0.108 0.842 7 F 0.017 0.004 0.141 0.573 0.119 0.147 8 D 0.020 0.005 0.119 0.687 0.106 0.062 9 E 0.010 0.004 0.050 0.839 0.047 0.049 10 W 0.001 0.001 0.003 0.987 0.004 0.005 11 D 0.001 0.001 0.001 0.990 0.004 0.005 12 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 13 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 15 R 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.001 16 I 0.005 0.001 0.003 0.977 0.010 0.004 17 C 0.013 0.001 0.004 0.962 0.015 0.006 18 F 0.020 0.001 0.007 0.917 0.036 0.018 19 S 0.024 0.004 0.008 0.873 0.051 0.040 20 R 0.049 0.004 0.012 0.731 0.119 0.086 21 K 0.062 0.011 0.009 0.648 0.126 0.144 22 R 0.063 0.011 0.010 0.472 0.209 0.234 23 K 0.048 0.006 0.012 0.451 0.214 0.270 24 T 0.063 0.017 0.018 0.495 0.151 0.257 25 L 0.047 0.011 0.029 0.716 0.093 0.104 26 H 0.052 0.004 0.065 0.691 0.096 0.092 27 A 0.046 0.005 0.107 0.697 0.093 0.053 28 I 0.052 0.005 0.097 0.658 0.130 0.057 29 F 0.049 0.005 0.091 0.627 0.150 0.077 30 K 0.040 0.008 0.054 0.526 0.205 0.168 31 R 0.020 0.004 0.017 0.561 0.140 0.258 32 N 0.004 0.001 0.005 0.922 0.027 0.041 33 A 0.005 0.002 0.003 0.961 0.011 0.020 34 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 35 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 36 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 37 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 39 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 40 H 0.001 0.001 0.001 0.985 0.008 0.006 41 N 0.002 0.001 0.002 0.926 0.023 0.048 42 Y 0.010 0.002 0.004 0.787 0.059 0.139 43 K 0.033 0.004 0.006 0.735 0.089 0.134 44 N 0.084 0.008 0.011 0.711 0.086 0.099 45 W 0.158 0.007 0.031 0.573 0.124 0.107 46 C 0.244 0.007 0.076 0.453 0.128 0.091 47 T 0.157 0.008 0.076 0.416 0.225 0.119 48 L 0.078 0.009 0.077 0.417 0.276 0.144 49 N 0.073 0.011 0.049 0.170 0.405 0.293 50 K 0.083 0.009 0.041 0.094 0.434 0.339 51 Q 0.143 0.054 0.027 0.070 0.329 0.378 52 V 0.110 0.036 0.014 0.047 0.310 0.483 53 P 0.050 0.020 0.024 0.027 0.582 0.297 54 V 0.018 0.012 0.018 0.031 0.591 0.329 55 N 0.017 0.008 0.017 0.065 0.484 0.409 56 F 0.029 0.012 0.022 0.252 0.354 0.330 57 P 0.038 0.017 0.021 0.478 0.129 0.317 58 F 0.009 0.004 0.025 0.904 0.029 0.030 59 K 0.002 0.001 0.013 0.969 0.008 0.008 60 K 0.002 0.001 0.008 0.980 0.005 0.005 61 Y 0.001 0.001 0.004 0.988 0.002 0.004 62 C 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 63 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 64 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 65 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 66 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.002 67 E 0.001 0.001 0.004 0.984 0.007 0.006 68 H 0.001 0.001 0.003 0.889 0.029 0.079 69 L 0.001 0.001 0.003 0.520 0.047 0.430 70 D 0.001 0.002 0.019 0.343 0.081 0.556 71 M 0.001 0.003 0.099 0.671 0.118 0.108 72 C 0.001 0.003 0.161 0.662 0.125 0.048 73 E 0.001 0.001 0.071 0.719 0.137 0.071 74 K 0.002 0.001 0.033 0.819 0.069 0.077 75 R 0.003 0.007 0.031 0.852 0.063 0.044 76 S 0.007 0.018 0.084 0.783 0.073 0.036 77 I 0.016 0.005 0.121 0.745 0.080 0.033 78 N 0.019 0.006 0.133 0.613 0.140 0.090 79 L 0.021 0.028 0.034 0.503 0.175 0.239 80 D 0.016 0.045 0.006 0.318 0.216 0.399 81 E 0.001 0.001 0.001 0.980 0.014 0.005 82 N 0.001 0.001 0.001 0.988 0.009 0.002 83 D 0.001 0.001 0.001 0.993 0.005 0.001 84 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 85 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 86 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 87 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 88 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.002 0.001 89 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 90 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.005 0.002 91 F 0.001 0.001 0.003 0.976 0.015 0.006 92 N 0.001 0.002 0.009 0.910 0.052 0.027 93 K 0.004 0.003 0.023 0.762 0.149 0.059 94 K 0.006 0.001 0.033 0.571 0.225 0.164 95 G 0.017 0.002 0.006 0.037 0.247 0.691 96 I 0.108 0.011 0.004 0.011 0.140 0.726 97 H 0.344 0.028 0.003 0.008 0.099 0.518 98 F 0.313 0.072 0.003 0.007 0.066 0.540 99 F 0.005 0.002 0.001 0.001 0.019 0.972