# TARGET T0295 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.442 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.017 0.709 0.004 0.006 0.004 0.001 0.001 0.009 0.125 0.080 0.002 0.043 2 S 0.001 0.016 0.805 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.087 0.009 0.054 0.007 3 F 0.001 0.012 0.712 0.004 0.006 0.004 0.002 0.001 0.075 0.102 0.032 0.006 0.044 4 L 0.003 0.053 0.477 0.015 0.013 0.003 0.015 0.003 0.151 0.116 0.079 0.037 0.033 5 T 0.001 0.055 0.529 0.001 0.003 0.006 0.007 0.001 0.145 0.123 0.012 0.089 0.026 6 N 0.001 0.027 0.845 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.041 0.036 0.004 0.001 0.032 7 F 0.001 0.003 0.069 0.001 0.123 0.713 0.001 0.001 0.011 0.012 0.067 0.001 0.001 8 D 0.001 0.001 0.016 0.001 0.162 0.748 0.001 0.001 0.001 0.014 0.056 0.001 0.001 9 E 0.001 0.001 0.012 0.001 0.101 0.865 0.001 0.001 0.003 0.002 0.016 0.001 0.001 10 W 0.001 0.002 0.003 0.001 0.007 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 11 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 12 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 17 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 18 F 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.890 0.001 0.001 0.001 0.002 0.097 0.001 0.001 19 S 0.002 0.002 0.048 0.001 0.006 0.820 0.001 0.001 0.001 0.025 0.090 0.002 0.001 20 R 0.001 0.006 0.238 0.003 0.023 0.546 0.001 0.001 0.003 0.073 0.096 0.006 0.005 21 K 0.001 0.003 0.153 0.002 0.035 0.592 0.001 0.001 0.002 0.068 0.135 0.005 0.005 22 R 0.001 0.003 0.287 0.004 0.027 0.325 0.001 0.001 0.003 0.120 0.213 0.009 0.007 23 K 0.005 0.020 0.413 0.003 0.017 0.175 0.002 0.003 0.015 0.120 0.175 0.027 0.025 24 T 0.019 0.050 0.335 0.005 0.016 0.167 0.004 0.008 0.043 0.069 0.068 0.051 0.165 25 L 0.027 0.012 0.238 0.052 0.041 0.384 0.003 0.006 0.012 0.067 0.072 0.043 0.043 26 H 0.030 0.004 0.164 0.022 0.073 0.378 0.006 0.014 0.024 0.057 0.073 0.068 0.087 27 A 0.026 0.005 0.129 0.002 0.080 0.411 0.016 0.026 0.047 0.021 0.045 0.053 0.139 28 I 0.014 0.010 0.099 0.015 0.077 0.563 0.013 0.014 0.039 0.038 0.074 0.020 0.023 29 F 0.013 0.008 0.238 0.002 0.049 0.472 0.005 0.005 0.026 0.059 0.076 0.020 0.026 30 K 0.001 0.010 0.289 0.004 0.028 0.491 0.001 0.001 0.007 0.048 0.087 0.008 0.024 31 R 0.001 0.002 0.134 0.001 0.010 0.764 0.001 0.001 0.001 0.037 0.046 0.003 0.002 32 N 0.001 0.001 0.040 0.001 0.009 0.840 0.001 0.001 0.001 0.019 0.089 0.001 0.001 33 A 0.001 0.007 0.035 0.001 0.008 0.877 0.001 0.001 0.004 0.013 0.043 0.007 0.003 34 V 0.001 0.003 0.018 0.001 0.003 0.960 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.006 35 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 39 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 40 H 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.814 0.001 0.001 0.001 0.003 0.172 0.001 0.001 41 N 0.001 0.001 0.025 0.001 0.008 0.465 0.001 0.001 0.001 0.027 0.472 0.001 0.001 42 Y 0.003 0.010 0.480 0.001 0.016 0.199 0.001 0.001 0.008 0.116 0.143 0.008 0.015 43 K 0.006 0.048 0.406 0.024 0.033 0.135 0.002 0.002 0.018 0.126 0.075 0.041 0.084 44 N 0.013 0.016 0.194 0.026 0.041 0.152 0.005 0.014 0.048 0.123 0.075 0.182 0.110 45 W 0.027 0.008 0.138 0.039 0.046 0.160 0.011 0.033 0.063 0.044 0.038 0.044 0.350 46 C 0.052 0.011 0.119 0.076 0.051 0.179 0.016 0.022 0.039 0.041 0.037 0.245 0.109 47 T 0.066 0.014 0.139 0.008 0.052 0.122 0.008 0.016 0.049 0.032 0.078 0.160 0.254 48 L 0.040 0.018 0.206 0.029 0.049 0.101 0.005 0.009 0.029 0.087 0.212 0.051 0.163 49 N 0.014 0.008 0.247 0.055 0.040 0.039 0.002 0.002 0.011 0.162 0.333 0.048 0.039 50 K 0.005 0.008 0.264 0.010 0.032 0.020 0.001 0.001 0.004 0.302 0.290 0.032 0.033 51 Q 0.005 0.036 0.432 0.004 0.022 0.013 0.002 0.001 0.008 0.228 0.088 0.035 0.125 52 V 0.002 0.048 0.659 0.002 0.006 0.006 0.001 0.001 0.009 0.130 0.014 0.092 0.031 53 P 0.001 0.008 0.817 0.002 0.017 0.007 0.001 0.001 0.005 0.054 0.033 0.003 0.054 54 V 0.001 0.018 0.239 0.002 0.049 0.032 0.001 0.001 0.001 0.232 0.410 0.014 0.003 55 N 0.001 0.005 0.253 0.001 0.043 0.029 0.001 0.001 0.001 0.168 0.494 0.001 0.005 56 F 0.001 0.003 0.377 0.001 0.037 0.047 0.001 0.001 0.001 0.423 0.111 0.001 0.001 57 P 0.001 0.006 0.602 0.001 0.037 0.132 0.001 0.001 0.001 0.134 0.086 0.001 0.001 58 F 0.001 0.021 0.247 0.001 0.065 0.564 0.001 0.001 0.001 0.036 0.063 0.001 0.002 59 K 0.001 0.003 0.161 0.001 0.014 0.805 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.001 0.001 60 K 0.001 0.001 0.009 0.001 0.005 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 61 Y 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.951 0.001 0.001 0.001 0.003 0.032 0.001 0.001 62 C 0.001 0.001 0.016 0.001 0.002 0.973 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 64 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 65 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 66 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.010 0.001 0.051 0.862 0.001 0.001 0.001 0.005 0.072 0.001 0.001 68 H 0.001 0.001 0.021 0.001 0.070 0.710 0.001 0.001 0.001 0.015 0.184 0.001 0.001 69 L 0.001 0.002 0.118 0.001 0.056 0.478 0.001 0.001 0.001 0.047 0.298 0.001 0.001 70 D 0.001 0.004 0.162 0.001 0.178 0.333 0.001 0.001 0.001 0.059 0.261 0.001 0.001 71 M 0.001 0.006 0.178 0.001 0.242 0.387 0.001 0.001 0.002 0.067 0.116 0.001 0.001 72 C 0.001 0.009 0.258 0.001 0.211 0.371 0.001 0.001 0.015 0.046 0.082 0.001 0.004 73 E 0.001 0.011 0.215 0.002 0.149 0.427 0.001 0.003 0.022 0.069 0.088 0.007 0.005 74 K 0.001 0.010 0.172 0.005 0.162 0.418 0.001 0.006 0.014 0.094 0.107 0.002 0.010 75 R 0.001 0.010 0.211 0.002 0.094 0.380 0.001 0.004 0.026 0.113 0.149 0.007 0.004 76 S 0.001 0.020 0.256 0.002 0.190 0.267 0.001 0.006 0.022 0.072 0.130 0.003 0.030 77 I 0.001 0.021 0.163 0.007 0.147 0.301 0.001 0.007 0.014 0.117 0.196 0.018 0.008 78 N 0.001 0.013 0.251 0.003 0.109 0.172 0.001 0.006 0.028 0.129 0.263 0.005 0.018 79 L 0.001 0.029 0.435 0.001 0.024 0.221 0.001 0.001 0.019 0.193 0.061 0.006 0.010 80 D 0.001 0.021 0.653 0.001 0.008 0.184 0.001 0.001 0.010 0.079 0.035 0.002 0.007 81 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.010 0.938 0.001 0.001 0.001 0.007 0.037 0.001 0.001 82 N 0.001 0.001 0.010 0.001 0.004 0.961 0.001 0.001 0.001 0.008 0.017 0.001 0.001 83 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 84 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 90 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 91 F 0.001 0.001 0.009 0.001 0.007 0.921 0.001 0.001 0.001 0.005 0.057 0.001 0.001 92 N 0.001 0.005 0.059 0.001 0.024 0.779 0.001 0.001 0.001 0.018 0.115 0.001 0.001 93 K 0.001 0.004 0.178 0.001 0.064 0.589 0.001 0.001 0.002 0.044 0.116 0.001 0.003 94 K 0.001 0.001 0.073 0.002 0.033 0.128 0.001 0.001 0.002 0.138 0.621 0.001 0.001 95 G 0.001 0.001 0.086 0.001 0.012 0.020 0.001 0.004 0.055 0.103 0.712 0.001 0.002 96 I 0.005 0.006 0.242 0.002 0.005 0.003 0.012 0.088 0.515 0.069 0.019 0.007 0.025 97 H 0.004 0.012 0.047 0.002 0.003 0.003 0.041 0.189 0.641 0.024 0.002 0.024 0.008 98 F 0.003 0.004 0.021 0.001 0.001 0.001 0.043 0.265 0.632 0.003 0.001 0.001 0.023 99 F 0.001 0.004 0.130 0.017 0.003 0.002 0.011 0.085 0.665 0.027 0.003 0.047 0.005