# TARGET T0295 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.442 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.221 0.133 0.034 0.096 0.096 0.093 0.096 0.079 0.072 0.048 0.031 2 S 0.254 0.177 0.045 0.161 0.134 0.090 0.055 0.034 0.027 0.014 0.008 3 F 0.041 0.031 0.019 0.050 0.062 0.087 0.151 0.131 0.173 0.144 0.109 4 L 0.044 0.070 0.043 0.185 0.160 0.134 0.138 0.089 0.060 0.044 0.035 5 T 0.004 0.006 0.010 0.015 0.019 0.033 0.091 0.122 0.213 0.252 0.235 6 N 0.026 0.059 0.043 0.145 0.147 0.133 0.149 0.119 0.080 0.058 0.042 7 F 0.015 0.014 0.017 0.038 0.046 0.070 0.142 0.130 0.199 0.180 0.147 8 D 0.168 0.108 0.093 0.210 0.142 0.094 0.081 0.039 0.033 0.020 0.012 9 E 0.020 0.034 0.024 0.076 0.077 0.096 0.198 0.131 0.141 0.120 0.083 10 W 0.013 0.021 0.017 0.038 0.047 0.072 0.161 0.154 0.170 0.163 0.144 11 D 0.082 0.086 0.081 0.179 0.153 0.135 0.126 0.068 0.047 0.027 0.015 12 N 0.135 0.108 0.136 0.160 0.145 0.113 0.081 0.053 0.039 0.021 0.009 13 L 0.011 0.014 0.012 0.035 0.047 0.068 0.157 0.148 0.192 0.163 0.154 14 L 0.010 0.012 0.015 0.034 0.046 0.069 0.160 0.146 0.196 0.168 0.144 15 R 0.016 0.029 0.101 0.156 0.146 0.132 0.161 0.088 0.077 0.057 0.037 16 I 0.009 0.015 0.056 0.071 0.084 0.114 0.202 0.142 0.133 0.104 0.069 17 C 0.004 0.006 0.012 0.024 0.029 0.046 0.139 0.162 0.212 0.204 0.162 18 F 0.015 0.019 0.039 0.054 0.064 0.084 0.172 0.147 0.161 0.136 0.110 19 S 0.053 0.068 0.110 0.153 0.129 0.117 0.151 0.084 0.067 0.043 0.026 20 R 0.081 0.075 0.082 0.132 0.120 0.117 0.152 0.082 0.072 0.052 0.035 21 K 0.122 0.121 0.058 0.129 0.106 0.110 0.149 0.079 0.066 0.039 0.021 22 R 0.167 0.146 0.089 0.187 0.138 0.097 0.084 0.041 0.027 0.016 0.008 23 K 0.100 0.062 0.046 0.082 0.087 0.117 0.178 0.125 0.093 0.068 0.041 24 T 0.171 0.215 0.120 0.224 0.129 0.068 0.037 0.018 0.010 0.004 0.002 25 L 0.009 0.010 0.011 0.019 0.028 0.061 0.157 0.154 0.196 0.199 0.157 26 H 0.100 0.138 0.095 0.244 0.183 0.111 0.069 0.030 0.017 0.009 0.004 27 A 0.036 0.032 0.059 0.090 0.078 0.106 0.187 0.135 0.129 0.099 0.050 28 I 0.065 0.071 0.081 0.168 0.147 0.122 0.143 0.089 0.058 0.035 0.019 29 F 0.029 0.025 0.041 0.043 0.038 0.062 0.147 0.138 0.190 0.168 0.118 30 K 0.046 0.175 0.145 0.205 0.171 0.118 0.078 0.031 0.018 0.010 0.004 31 R 0.069 0.105 0.114 0.170 0.126 0.137 0.152 0.061 0.038 0.020 0.008 32 N 0.385 0.106 0.128 0.167 0.089 0.056 0.041 0.015 0.008 0.004 0.001 33 A 0.273 0.151 0.144 0.175 0.091 0.073 0.056 0.022 0.011 0.004 0.001 34 V 0.006 0.026 0.041 0.034 0.039 0.069 0.153 0.171 0.197 0.156 0.107 35 L 0.006 0.016 0.034 0.069 0.116 0.207 0.294 0.121 0.071 0.042 0.024 36 N 0.093 0.066 0.513 0.200 0.075 0.031 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 37 M 0.010 0.017 0.056 0.117 0.122 0.175 0.276 0.131 0.058 0.028 0.011 38 L 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.006 0.036 0.082 0.258 0.316 0.293 39 E 0.006 0.016 0.122 0.125 0.198 0.203 0.206 0.061 0.033 0.022 0.007 40 H 0.018 0.045 0.699 0.137 0.051 0.029 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 41 N 0.011 0.020 0.053 0.071 0.080 0.161 0.329 0.151 0.073 0.036 0.015 42 Y 0.024 0.022 0.025 0.031 0.032 0.066 0.200 0.190 0.175 0.144 0.090 43 K 0.095 0.096 0.274 0.222 0.143 0.084 0.049 0.017 0.011 0.006 0.002 44 N 0.063 0.074 0.236 0.160 0.122 0.112 0.117 0.052 0.034 0.021 0.009 45 W 0.029 0.032 0.042 0.083 0.085 0.106 0.199 0.144 0.128 0.093 0.061 46 C 0.027 0.021 0.035 0.047 0.055 0.089 0.192 0.155 0.161 0.129 0.089 47 T 0.082 0.130 0.208 0.250 0.137 0.077 0.057 0.028 0.016 0.010 0.005 48 L 0.025 0.034 0.031 0.056 0.067 0.099 0.199 0.154 0.139 0.115 0.081 49 N 0.228 0.162 0.070 0.153 0.115 0.080 0.076 0.047 0.036 0.021 0.013 50 K 0.307 0.136 0.079 0.166 0.114 0.077 0.062 0.026 0.019 0.010 0.004 51 Q 0.323 0.152 0.106 0.134 0.098 0.064 0.053 0.029 0.022 0.012 0.007 52 V 0.083 0.078 0.029 0.100 0.095 0.111 0.202 0.128 0.086 0.052 0.036 53 P 0.221 0.159 0.113 0.132 0.096 0.073 0.071 0.052 0.039 0.026 0.018 54 V 0.212 0.194 0.111 0.176 0.117 0.079 0.057 0.026 0.016 0.008 0.004 55 N 0.394 0.193 0.084 0.122 0.092 0.054 0.030 0.016 0.010 0.004 0.001 56 F 0.247 0.076 0.030 0.078 0.080 0.096 0.131 0.100 0.082 0.049 0.032 57 P 0.322 0.269 0.097 0.156 0.078 0.041 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 58 F 0.019 0.055 0.047 0.061 0.066 0.095 0.162 0.153 0.146 0.116 0.079 59 K 0.076 0.089 0.074 0.188 0.199 0.169 0.125 0.044 0.022 0.009 0.005 60 K 0.345 0.078 0.292 0.174 0.053 0.028 0.016 0.007 0.005 0.002 0.001 61 Y 0.010 0.043 0.042 0.147 0.173 0.199 0.242 0.090 0.032 0.015 0.006 62 C 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.012 0.063 0.122 0.248 0.285 0.257 63 L 0.008 0.014 0.058 0.132 0.230 0.240 0.200 0.067 0.029 0.017 0.006 64 D 0.060 0.055 0.616 0.157 0.071 0.028 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 65 V 0.001 0.001 0.003 0.006 0.008 0.019 0.130 0.158 0.243 0.231 0.201 66 L 0.002 0.001 0.006 0.003 0.007 0.019 0.093 0.166 0.259 0.250 0.195 67 E 0.006 0.042 0.478 0.261 0.115 0.052 0.031 0.007 0.004 0.002 0.001 68 H 0.030 0.094 0.376 0.140 0.119 0.125 0.078 0.027 0.007 0.003 0.001 69 L 0.053 0.020 0.017 0.039 0.044 0.081 0.225 0.196 0.166 0.101 0.058 70 D 0.691 0.140 0.080 0.053 0.021 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 71 M 0.062 0.081 0.147 0.148 0.123 0.113 0.138 0.077 0.057 0.035 0.018 72 C 0.027 0.061 0.071 0.062 0.080 0.123 0.225 0.140 0.098 0.063 0.051 73 E 0.070 0.091 0.177 0.282 0.166 0.109 0.067 0.021 0.011 0.005 0.002 74 K 0.136 0.072 0.462 0.152 0.080 0.049 0.027 0.011 0.006 0.003 0.001 75 R 0.011 0.018 0.023 0.068 0.070 0.115 0.290 0.176 0.119 0.072 0.039 76 S 0.009 0.012 0.031 0.026 0.033 0.061 0.150 0.169 0.204 0.179 0.125 77 I 0.032 0.049 0.268 0.198 0.151 0.115 0.102 0.036 0.025 0.017 0.008 78 N 0.134 0.118 0.348 0.187 0.104 0.058 0.030 0.012 0.006 0.002 0.001 79 L 0.012 0.008 0.006 0.014 0.020 0.054 0.177 0.200 0.201 0.167 0.140 80 D 0.171 0.309 0.092 0.143 0.096 0.069 0.056 0.032 0.019 0.008 0.005 81 E 0.066 0.093 0.087 0.179 0.141 0.127 0.132 0.065 0.052 0.036 0.021 82 N 0.420 0.133 0.124 0.134 0.090 0.053 0.025 0.010 0.006 0.003 0.001 83 D 0.038 0.056 0.028 0.166 0.157 0.164 0.212 0.098 0.050 0.022 0.009 84 F 0.001 0.004 0.008 0.013 0.018 0.028 0.086 0.129 0.213 0.252 0.248 85 L 0.001 0.001 0.008 0.012 0.023 0.052 0.145 0.171 0.234 0.200 0.152 86 K 0.004 0.016 0.167 0.200 0.237 0.170 0.117 0.054 0.021 0.009 0.003 87 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.015 0.075 0.138 0.227 0.281 0.251 88 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.006 0.037 0.102 0.267 0.299 0.282 89 L 0.002 0.004 0.063 0.045 0.072 0.104 0.215 0.164 0.154 0.115 0.062 90 E 0.005 0.021 0.138 0.146 0.170 0.194 0.193 0.076 0.034 0.015 0.007 91 F 0.002 0.003 0.009 0.009 0.010 0.023 0.107 0.135 0.231 0.244 0.227 92 N 0.037 0.062 0.035 0.100 0.103 0.121 0.227 0.136 0.082 0.060 0.038 93 K 0.140 0.145 0.176 0.204 0.132 0.089 0.059 0.024 0.017 0.010 0.005 94 K 0.192 0.116 0.092 0.160 0.146 0.125 0.096 0.036 0.022 0.010 0.004 95 G 0.129 0.090 0.048 0.132 0.119 0.111 0.132 0.095 0.080 0.044 0.020 96 I 0.005 0.004 0.006 0.011 0.019 0.042 0.123 0.151 0.213 0.212 0.214 97 H 0.024 0.056 0.104 0.173 0.148 0.127 0.143 0.094 0.061 0.040 0.032 98 F 0.005 0.009 0.029 0.035 0.038 0.053 0.130 0.132 0.178 0.202 0.189 99 F 0.039 0.042 0.043 0.085 0.093 0.102 0.161 0.130 0.125 0.100 0.079