# TARGET T0295 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 50 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.017 0.009 0.001 0.001 0.059 0.007 0.906 2 S 0.031 0.009 0.001 0.002 0.027 0.008 0.923 3 F 0.059 0.012 0.003 0.005 0.100 0.021 0.800 4 L 0.122 0.034 0.006 0.012 0.099 0.036 0.691 5 T 0.162 0.083 0.005 0.015 0.109 0.013 0.614 6 N 0.113 0.036 0.002 0.015 0.040 0.007 0.785 7 F 0.020 0.004 0.091 0.517 0.088 0.119 0.162 8 D 0.013 0.004 0.109 0.486 0.111 0.195 0.083 9 E 0.013 0.004 0.112 0.539 0.082 0.141 0.110 10 W 0.018 0.008 0.057 0.585 0.043 0.110 0.178 11 D 0.011 0.003 0.043 0.553 0.077 0.244 0.069 12 N 0.034 0.004 0.029 0.583 0.070 0.217 0.063 13 L 0.039 0.006 0.014 0.790 0.061 0.033 0.058 14 L 0.093 0.006 0.010 0.816 0.017 0.013 0.046 15 R 0.134 0.003 0.023 0.764 0.018 0.022 0.035 16 I 0.163 0.002 0.037 0.721 0.017 0.038 0.022 17 C 0.214 0.004 0.039 0.609 0.021 0.066 0.047 18 F 0.181 0.012 0.028 0.518 0.056 0.113 0.091 19 S 0.144 0.008 0.019 0.361 0.088 0.140 0.239 20 R 0.121 0.008 0.020 0.205 0.119 0.102 0.427 21 K 0.125 0.021 0.030 0.375 0.117 0.121 0.212 22 R 0.067 0.008 0.033 0.552 0.111 0.091 0.139 23 K 0.066 0.005 0.038 0.619 0.093 0.058 0.120 24 T 0.158 0.008 0.032 0.628 0.042 0.063 0.069 25 L 0.076 0.003 0.046 0.755 0.023 0.055 0.042 26 H 0.106 0.003 0.083 0.686 0.022 0.060 0.040 27 A 0.113 0.004 0.143 0.573 0.026 0.106 0.035 28 I 0.118 0.006 0.120 0.485 0.047 0.171 0.054 29 F 0.113 0.019 0.074 0.432 0.096 0.143 0.123 30 K 0.090 0.009 0.032 0.346 0.129 0.133 0.260 31 R 0.031 0.003 0.029 0.597 0.082 0.136 0.121 32 N 0.012 0.002 0.023 0.818 0.038 0.072 0.035 33 A 0.011 0.005 0.014 0.878 0.018 0.039 0.036 34 V 0.003 0.001 0.006 0.969 0.004 0.012 0.006 35 L 0.003 0.001 0.002 0.981 0.004 0.005 0.004 36 N 0.003 0.001 0.003 0.986 0.002 0.004 0.002 37 M 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.007 0.002 38 L 0.002 0.001 0.004 0.978 0.001 0.013 0.002 39 E 0.001 0.001 0.005 0.973 0.002 0.017 0.002 40 H 0.001 0.001 0.003 0.958 0.004 0.032 0.002 41 N 0.001 0.001 0.005 0.881 0.009 0.094 0.010 42 Y 0.004 0.005 0.005 0.846 0.026 0.069 0.046 43 K 0.011 0.002 0.012 0.880 0.019 0.039 0.037 44 N 0.017 0.001 0.019 0.857 0.025 0.050 0.031 45 W 0.042 0.006 0.034 0.803 0.022 0.056 0.038 46 C 0.073 0.007 0.048 0.673 0.048 0.085 0.066 47 T 0.079 0.006 0.065 0.513 0.061 0.178 0.097 48 L 0.065 0.008 0.064 0.409 0.081 0.203 0.171 49 N 0.068 0.010 0.073 0.207 0.120 0.294 0.228 50 K 0.058 0.007 0.044 0.082 0.214 0.236 0.357 51 Q 0.070 0.037 0.028 0.055 0.221 0.070 0.518 52 V 0.063 0.055 0.018 0.035 0.154 0.029 0.646 53 P 0.028 0.014 0.026 0.028 0.075 0.062 0.767 54 V 0.008 0.004 0.049 0.043 0.123 0.288 0.484 55 N 0.006 0.004 0.067 0.078 0.211 0.337 0.297 56 F 0.007 0.008 0.050 0.198 0.315 0.124 0.299 57 P 0.016 0.030 0.025 0.406 0.079 0.067 0.377 58 F 0.006 0.004 0.017 0.843 0.016 0.026 0.088 59 K 0.006 0.001 0.004 0.957 0.006 0.007 0.019 60 K 0.004 0.001 0.002 0.983 0.003 0.004 0.005 61 Y 0.002 0.001 0.001 0.989 0.001 0.004 0.002 62 C 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 64 D 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.001 65 V 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.007 0.001 66 L 0.002 0.001 0.003 0.974 0.003 0.014 0.003 67 E 0.001 0.001 0.011 0.920 0.006 0.053 0.008 68 H 0.002 0.001 0.007 0.806 0.035 0.136 0.014 69 L 0.002 0.002 0.008 0.531 0.104 0.269 0.085 70 D 0.001 0.005 0.017 0.238 0.111 0.514 0.115 71 M 0.003 0.010 0.088 0.344 0.097 0.119 0.340 72 C 0.002 0.003 0.224 0.555 0.034 0.103 0.080 73 E 0.003 0.001 0.215 0.621 0.029 0.089 0.043 74 K 0.003 0.004 0.166 0.676 0.027 0.092 0.032 75 R 0.006 0.006 0.086 0.645 0.096 0.085 0.076 76 S 0.004 0.004 0.338 0.406 0.027 0.132 0.090 77 I 0.004 0.001 0.330 0.332 0.024 0.276 0.034 78 N 0.003 0.002 0.284 0.237 0.021 0.417 0.036 79 L 0.003 0.017 0.047 0.085 0.436 0.087 0.325 80 D 0.005 0.008 0.006 0.076 0.164 0.027 0.715 81 E 0.001 0.003 0.019 0.769 0.046 0.054 0.107 82 N 0.001 0.001 0.011 0.905 0.015 0.044 0.023 83 D 0.001 0.001 0.009 0.935 0.007 0.030 0.016 84 F 0.001 0.001 0.002 0.977 0.010 0.005 0.005 85 L 0.003 0.001 0.001 0.981 0.003 0.005 0.007 86 K 0.001 0.001 0.002 0.977 0.002 0.016 0.003 87 L 0.001 0.001 0.002 0.970 0.003 0.018 0.005 88 L 0.001 0.001 0.009 0.963 0.002 0.019 0.006 89 L 0.001 0.001 0.008 0.934 0.004 0.050 0.004 90 E 0.001 0.001 0.011 0.898 0.007 0.070 0.014 91 F 0.003 0.005 0.017 0.850 0.045 0.049 0.032 92 N 0.014 0.008 0.033 0.704 0.037 0.075 0.130 93 K 0.007 0.005 0.044 0.693 0.033 0.175 0.044 94 K 0.006 0.001 0.015 0.324 0.079 0.547 0.028 95 G 0.019 0.003 0.008 0.069 0.143 0.567 0.192 96 I 0.065 0.011 0.005 0.017 0.138 0.054 0.709 97 H 0.326 0.029 0.018 0.026 0.125 0.040 0.436 98 F 0.360 0.033 0.023 0.026 0.017 0.064 0.478 99 F 0.012 0.002 0.001 0.003 0.005 0.002 0.976