# TARGET T0295 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.442 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.106 0.184 0.570 0.020 0.045 0.026 0.012 0.004 0.020 0.008 0.003 2 S 0.180 0.082 0.578 0.056 0.006 0.057 0.006 0.002 0.016 0.001 0.017 3 F 0.161 0.245 0.401 0.048 0.068 0.022 0.017 0.006 0.023 0.007 0.001 4 L 0.167 0.161 0.418 0.072 0.019 0.092 0.029 0.006 0.024 0.003 0.008 5 T 0.064 0.489 0.346 0.031 0.035 0.022 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 6 N 0.014 0.088 0.566 0.003 0.016 0.242 0.003 0.001 0.066 0.002 0.001 7 F 0.980 0.002 0.002 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 D 0.970 0.001 0.002 0.023 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 E 0.851 0.002 0.001 0.145 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 W 0.937 0.002 0.004 0.046 0.001 0.003 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 11 D 0.925 0.002 0.016 0.040 0.001 0.002 0.010 0.002 0.001 0.002 0.001 12 N 0.520 0.001 0.001 0.132 0.001 0.008 0.222 0.113 0.001 0.001 0.001 13 L 0.895 0.018 0.014 0.066 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.928 0.028 0.022 0.008 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 15 R 0.985 0.006 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 I 0.975 0.014 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 C 0.973 0.008 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.872 0.035 0.018 0.054 0.005 0.006 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 19 S 0.843 0.022 0.024 0.087 0.007 0.006 0.005 0.001 0.002 0.002 0.001 20 R 0.798 0.023 0.035 0.101 0.008 0.009 0.016 0.002 0.007 0.001 0.001 21 K 0.835 0.015 0.076 0.055 0.003 0.008 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 22 R 0.323 0.026 0.045 0.452 0.014 0.032 0.075 0.019 0.012 0.001 0.001 23 K 0.058 0.263 0.363 0.085 0.045 0.065 0.077 0.007 0.034 0.002 0.001 24 T 0.127 0.520 0.223 0.020 0.046 0.036 0.012 0.002 0.013 0.002 0.001 25 L 0.237 0.500 0.160 0.026 0.026 0.031 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 26 H 0.549 0.259 0.086 0.038 0.026 0.021 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 27 A 0.555 0.224 0.074 0.027 0.092 0.013 0.004 0.002 0.006 0.002 0.001 28 I 0.701 0.155 0.045 0.060 0.015 0.012 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 29 F 0.449 0.185 0.122 0.102 0.054 0.043 0.012 0.003 0.029 0.002 0.001 30 K 0.534 0.133 0.088 0.146 0.020 0.037 0.014 0.002 0.020 0.006 0.001 31 R 0.525 0.135 0.164 0.078 0.034 0.030 0.012 0.003 0.012 0.006 0.001 32 N 0.817 0.023 0.039 0.054 0.016 0.010 0.024 0.011 0.002 0.004 0.001 33 A 0.923 0.008 0.011 0.021 0.008 0.006 0.009 0.008 0.004 0.002 0.001 34 V 0.989 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 N 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 M 0.986 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.954 0.002 0.003 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.959 0.004 0.007 0.020 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 40 H 0.871 0.008 0.014 0.094 0.005 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 41 N 0.487 0.011 0.023 0.338 0.009 0.016 0.087 0.014 0.013 0.001 0.001 42 Y 0.663 0.065 0.062 0.117 0.011 0.027 0.029 0.007 0.016 0.002 0.001 43 K 0.775 0.074 0.052 0.066 0.009 0.010 0.008 0.001 0.003 0.002 0.001 44 N 0.657 0.105 0.063 0.100 0.028 0.018 0.010 0.002 0.015 0.001 0.001 45 W 0.720 0.087 0.052 0.091 0.015 0.015 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 46 C 0.651 0.141 0.075 0.079 0.024 0.014 0.005 0.002 0.008 0.001 0.001 47 T 0.488 0.218 0.124 0.080 0.040 0.017 0.008 0.002 0.019 0.002 0.001 48 L 0.591 0.106 0.094 0.163 0.008 0.013 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 49 N 0.255 0.051 0.086 0.193 0.021 0.030 0.308 0.020 0.026 0.009 0.001 50 K 0.219 0.044 0.088 0.216 0.025 0.032 0.309 0.045 0.013 0.008 0.001 51 Q 0.238 0.268 0.319 0.109 0.018 0.022 0.007 0.002 0.015 0.001 0.001 52 V 0.038 0.350 0.454 0.005 0.009 0.034 0.007 0.001 0.102 0.001 0.001 53 P 0.104 0.022 0.808 0.008 0.001 0.045 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 54 V 0.301 0.243 0.266 0.096 0.054 0.017 0.006 0.004 0.007 0.006 0.001 55 N 0.170 0.101 0.160 0.337 0.024 0.066 0.074 0.021 0.041 0.006 0.001 56 F 0.088 0.199 0.546 0.008 0.040 0.015 0.013 0.002 0.082 0.006 0.001 57 P 0.465 0.004 0.415 0.021 0.001 0.047 0.004 0.001 0.001 0.001 0.040 58 F 0.682 0.063 0.088 0.093 0.012 0.023 0.013 0.007 0.014 0.004 0.001 59 K 0.875 0.028 0.063 0.015 0.004 0.008 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 60 K 0.939 0.009 0.020 0.018 0.003 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 61 Y 0.944 0.011 0.013 0.020 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 62 C 0.981 0.003 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 L 0.995 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 V 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 L 0.983 0.002 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.983 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 H 0.775 0.009 0.009 0.195 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 69 L 0.424 0.055 0.078 0.399 0.012 0.007 0.008 0.002 0.013 0.002 0.001 70 D 0.126 0.008 0.042 0.034 0.009 0.100 0.618 0.034 0.023 0.006 0.001 71 M 0.788 0.015 0.022 0.145 0.006 0.011 0.005 0.003 0.004 0.002 0.001 72 C 0.879 0.011 0.022 0.073 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 73 E 0.892 0.011 0.021 0.055 0.004 0.006 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 74 K 0.782 0.044 0.055 0.087 0.011 0.006 0.009 0.003 0.004 0.001 0.001 75 R 0.819 0.025 0.045 0.076 0.011 0.004 0.008 0.003 0.006 0.003 0.001 76 S 0.690 0.022 0.181 0.054 0.009 0.022 0.007 0.005 0.004 0.003 0.004 77 I 0.678 0.078 0.045 0.175 0.013 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 78 N 0.182 0.105 0.100 0.392 0.042 0.036 0.102 0.009 0.028 0.002 0.001 79 L 0.024 0.401 0.379 0.034 0.028 0.068 0.008 0.001 0.057 0.001 0.001 80 D 0.019 0.122 0.564 0.009 0.025 0.199 0.007 0.001 0.043 0.010 0.001 81 E 0.952 0.003 0.003 0.034 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 82 N 0.889 0.002 0.006 0.093 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 83 D 0.945 0.001 0.002 0.041 0.001 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 84 F 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 E 0.972 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 F 0.753 0.003 0.007 0.231 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 92 N 0.724 0.011 0.027 0.093 0.005 0.028 0.093 0.008 0.007 0.003 0.001 93 K 0.721 0.078 0.054 0.091 0.018 0.019 0.010 0.002 0.006 0.001 0.001 94 K 0.174 0.038 0.028 0.720 0.013 0.004 0.014 0.002 0.007 0.001 0.001 95 G 0.020 0.010 0.039 0.018 0.095 0.004 0.214 0.480 0.007 0.113 0.001 96 I 0.068 0.672 0.168 0.019 0.029 0.026 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 97 H 0.083 0.345 0.208 0.057 0.025 0.184 0.013 0.001 0.081 0.001 0.001 98 F 0.078 0.380 0.232 0.093 0.061 0.080 0.011 0.003 0.057 0.002 0.003 99 F 0.128 0.376 0.240 0.064 0.076 0.057 0.011 0.003 0.039 0.004 0.001