# TARGET T0295 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 50 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.089 0.251 0.199 0.032 0.227 0.013 0.027 0.039 0.043 0.048 0.032 2 S 0.058 0.370 0.191 0.017 0.193 0.013 0.026 0.038 0.047 0.030 0.018 3 F 0.045 0.347 0.218 0.018 0.226 0.014 0.021 0.029 0.029 0.029 0.024 4 L 0.203 0.180 0.069 0.003 0.336 0.003 0.010 0.020 0.030 0.071 0.074 5 T 0.051 0.458 0.130 0.005 0.296 0.004 0.008 0.009 0.008 0.019 0.014 6 N 0.052 0.545 0.133 0.004 0.243 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.012 7 F 0.006 0.003 0.001 0.001 0.016 0.002 0.005 0.357 0.591 0.015 0.003 8 D 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.052 0.712 0.203 0.019 0.001 9 E 0.006 0.012 0.003 0.002 0.010 0.004 0.051 0.641 0.121 0.144 0.007 10 W 0.005 0.008 0.006 0.007 0.006 0.012 0.018 0.661 0.190 0.078 0.008 11 D 0.002 0.012 0.014 0.008 0.005 0.005 0.030 0.772 0.128 0.019 0.004 12 N 0.001 0.011 0.007 0.001 0.004 0.001 0.012 0.819 0.087 0.055 0.002 13 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 0.892 0.077 0.008 0.001 14 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.915 0.066 0.002 0.001 15 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.927 0.055 0.002 0.001 16 I 0.008 0.002 0.001 0.001 0.011 0.002 0.016 0.917 0.041 0.001 0.001 17 C 0.005 0.002 0.001 0.001 0.012 0.002 0.017 0.884 0.072 0.005 0.001 18 F 0.007 0.007 0.003 0.002 0.016 0.006 0.021 0.814 0.098 0.024 0.003 19 S 0.018 0.034 0.008 0.006 0.037 0.015 0.056 0.633 0.112 0.073 0.009 20 R 0.047 0.070 0.051 0.029 0.082 0.025 0.067 0.434 0.093 0.081 0.021 21 K 0.026 0.079 0.048 0.028 0.057 0.050 0.136 0.402 0.120 0.039 0.012 22 R 0.142 0.081 0.029 0.021 0.156 0.017 0.037 0.182 0.095 0.160 0.080 23 K 0.037 0.168 0.045 0.020 0.122 0.024 0.097 0.294 0.116 0.063 0.014 24 T 0.139 0.201 0.044 0.008 0.241 0.012 0.031 0.199 0.059 0.042 0.024 25 L 0.065 0.068 0.018 0.029 0.105 0.109 0.125 0.350 0.078 0.033 0.020 26 H 0.223 0.029 0.011 0.013 0.123 0.014 0.015 0.081 0.064 0.188 0.240 27 A 0.111 0.224 0.075 0.034 0.299 0.020 0.012 0.116 0.054 0.034 0.022 28 I 0.155 0.091 0.033 0.008 0.273 0.009 0.024 0.168 0.084 0.086 0.069 29 F 0.180 0.141 0.038 0.031 0.194 0.020 0.012 0.120 0.070 0.086 0.108 30 K 0.060 0.197 0.081 0.045 0.138 0.044 0.070 0.206 0.049 0.088 0.023 31 R 0.224 0.131 0.030 0.009 0.202 0.007 0.007 0.178 0.065 0.071 0.074 32 N 0.011 0.031 0.013 0.034 0.027 0.040 0.034 0.630 0.142 0.027 0.011 33 A 0.017 0.057 0.014 0.001 0.038 0.001 0.008 0.778 0.054 0.022 0.009 34 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.916 0.070 0.008 0.001 35 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.950 0.043 0.001 0.001 36 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.036 0.001 0.001 37 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.949 0.040 0.005 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.908 0.081 0.007 0.001 39 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.880 0.100 0.004 0.001 40 H 0.001 0.005 0.003 0.002 0.002 0.003 0.059 0.858 0.054 0.013 0.001 41 N 0.006 0.007 0.004 0.003 0.007 0.007 0.052 0.701 0.121 0.084 0.007 42 Y 0.026 0.022 0.003 0.001 0.028 0.002 0.012 0.607 0.177 0.088 0.034 43 K 0.004 0.013 0.003 0.003 0.012 0.008 0.027 0.783 0.131 0.012 0.002 44 N 0.015 0.012 0.007 0.006 0.025 0.012 0.044 0.763 0.083 0.029 0.005 45 W 0.029 0.013 0.005 0.004 0.036 0.006 0.026 0.655 0.158 0.053 0.014 46 C 0.023 0.053 0.018 0.009 0.058 0.008 0.023 0.577 0.179 0.043 0.010 47 T 0.025 0.051 0.022 0.007 0.059 0.011 0.074 0.552 0.133 0.057 0.011 48 L 0.035 0.054 0.033 0.026 0.054 0.051 0.182 0.383 0.098 0.071 0.014 49 N 0.038 0.367 0.114 0.048 0.136 0.029 0.042 0.093 0.045 0.066 0.023 50 K 0.120 0.054 0.038 0.025 0.093 0.006 0.007 0.044 0.060 0.371 0.182 51 Q 0.044 0.365 0.256 0.020 0.164 0.009 0.017 0.049 0.031 0.030 0.015 52 V 0.055 0.424 0.173 0.013 0.200 0.007 0.018 0.052 0.019 0.016 0.022 53 P 0.098 0.273 0.185 0.027 0.161 0.020 0.030 0.070 0.046 0.048 0.042 54 V 0.028 0.174 0.118 0.056 0.090 0.095 0.134 0.167 0.075 0.051 0.012 55 N 0.099 0.116 0.062 0.031 0.124 0.034 0.041 0.119 0.075 0.213 0.085 56 F 0.034 0.158 0.126 0.088 0.074 0.074 0.034 0.136 0.073 0.152 0.052 57 P 0.066 0.164 0.068 0.007 0.124 0.005 0.015 0.313 0.108 0.076 0.055 58 F 0.011 0.037 0.025 0.003 0.015 0.001 0.002 0.563 0.239 0.095 0.010 59 K 0.003 0.010 0.003 0.001 0.008 0.001 0.005 0.846 0.118 0.004 0.001 60 K 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.008 0.907 0.067 0.003 0.001 61 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.946 0.036 0.006 0.001 62 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.923 0.068 0.007 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.945 0.050 0.001 0.001 64 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.957 0.034 0.003 0.001 65 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.942 0.053 0.001 0.001 66 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.869 0.111 0.007 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.047 0.816 0.123 0.007 0.001 68 H 0.008 0.012 0.002 0.002 0.007 0.006 0.091 0.408 0.152 0.303 0.009 69 L 0.002 0.701 0.247 0.003 0.041 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 70 D 0.137 0.033 0.021 0.017 0.026 0.005 0.005 0.022 0.020 0.221 0.495 71 M 0.069 0.069 0.039 0.010 0.127 0.009 0.014 0.266 0.263 0.099 0.034 72 C 0.008 0.018 0.004 0.009 0.013 0.007 0.013 0.582 0.289 0.044 0.012 73 E 0.010 0.031 0.010 0.005 0.024 0.008 0.067 0.644 0.153 0.043 0.004 74 K 0.007 0.013 0.007 0.007 0.008 0.018 0.084 0.629 0.122 0.097 0.007 75 R 0.043 0.043 0.021 0.008 0.056 0.006 0.021 0.501 0.167 0.085 0.048 76 S 0.016 0.032 0.009 0.007 0.031 0.014 0.026 0.476 0.314 0.063 0.012 77 I 0.011 0.034 0.018 0.008 0.038 0.024 0.143 0.484 0.182 0.052 0.007 78 N 0.071 0.050 0.018 0.006 0.059 0.007 0.035 0.119 0.094 0.459 0.083 79 L 0.027 0.453 0.102 0.023 0.184 0.037 0.021 0.028 0.027 0.073 0.025 80 D 0.042 0.515 0.318 0.004 0.097 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.014 81 E 0.004 0.006 0.005 0.001 0.010 0.003 0.004 0.631 0.301 0.033 0.003 82 N 0.001 0.008 0.002 0.001 0.002 0.006 0.012 0.869 0.096 0.004 0.001 83 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.875 0.078 0.032 0.001 84 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.917 0.073 0.008 0.001 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.050 0.001 0.001 86 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.977 0.021 0.001 0.001 87 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.031 0.001 0.001 88 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.060 0.002 0.001 89 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.925 0.070 0.001 0.001 90 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.947 0.039 0.002 0.001 91 F 0.001 0.005 0.003 0.002 0.004 0.007 0.075 0.794 0.096 0.011 0.001 92 N 0.037 0.011 0.004 0.003 0.015 0.004 0.051 0.456 0.202 0.180 0.037 93 K 0.010 0.027 0.007 0.007 0.015 0.041 0.133 0.527 0.146 0.079 0.009 94 K 0.017 0.475 0.234 0.037 0.109 0.010 0.015 0.030 0.022 0.037 0.012 95 G 0.078 0.057 0.084 0.220 0.070 0.048 0.031 0.053 0.040 0.190 0.128 96 I 0.204 0.165 0.018 0.004 0.490 0.003 0.011 0.047 0.024 0.011 0.024 97 H 0.168 0.127 0.026 0.019 0.431 0.022 0.038 0.061 0.028 0.025 0.055 98 F 0.267 0.135 0.035 0.003 0.410 0.003 0.007 0.027 0.014 0.035 0.064 99 F 0.137 0.157 0.055 0.020 0.272 0.034 0.056 0.078 0.042 0.083 0.065