# TARGET T0295 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.6155 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.018 0.744 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.159 0.056 0.001 0.013 2 S 0.001 0.024 0.792 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.121 0.042 0.008 0.005 3 F 0.001 0.022 0.814 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.076 0.064 0.004 0.009 4 L 0.001 0.023 0.640 0.001 0.021 0.005 0.001 0.001 0.002 0.179 0.120 0.003 0.006 5 T 0.001 0.003 0.564 0.001 0.017 0.010 0.001 0.001 0.001 0.276 0.126 0.002 0.001 6 N 0.001 0.006 0.783 0.001 0.029 0.020 0.001 0.001 0.001 0.070 0.088 0.001 0.002 7 F 0.001 0.011 0.712 0.001 0.049 0.160 0.001 0.001 0.005 0.036 0.022 0.003 0.002 8 D 0.001 0.011 0.512 0.001 0.047 0.282 0.001 0.001 0.004 0.090 0.047 0.003 0.002 9 E 0.001 0.007 0.129 0.001 0.064 0.575 0.002 0.001 0.028 0.022 0.156 0.005 0.009 10 W 0.001 0.007 0.127 0.001 0.022 0.752 0.001 0.001 0.008 0.040 0.035 0.002 0.005 11 D 0.001 0.002 0.054 0.001 0.006 0.857 0.001 0.001 0.001 0.055 0.019 0.002 0.002 12 N 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.968 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.001 0.003 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 17 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 18 F 0.003 0.001 0.003 0.001 0.003 0.896 0.001 0.001 0.001 0.002 0.091 0.001 0.001 19 S 0.003 0.002 0.047 0.001 0.006 0.822 0.001 0.001 0.001 0.025 0.089 0.002 0.002 20 R 0.001 0.006 0.229 0.003 0.023 0.554 0.001 0.001 0.003 0.073 0.097 0.006 0.006 21 K 0.001 0.003 0.149 0.002 0.035 0.593 0.001 0.001 0.002 0.068 0.137 0.005 0.005 22 R 0.001 0.003 0.282 0.004 0.028 0.327 0.001 0.001 0.003 0.121 0.214 0.009 0.006 23 K 0.005 0.020 0.408 0.003 0.018 0.176 0.002 0.003 0.015 0.122 0.176 0.027 0.025 24 T 0.019 0.051 0.327 0.006 0.017 0.170 0.004 0.008 0.042 0.069 0.071 0.052 0.163 25 L 0.028 0.012 0.239 0.054 0.042 0.370 0.003 0.006 0.012 0.068 0.073 0.045 0.046 26 H 0.031 0.004 0.167 0.022 0.075 0.371 0.006 0.014 0.024 0.057 0.074 0.068 0.087 27 A 0.025 0.005 0.131 0.002 0.083 0.412 0.016 0.026 0.047 0.022 0.047 0.050 0.134 28 I 0.014 0.010 0.102 0.014 0.080 0.555 0.012 0.013 0.042 0.040 0.074 0.020 0.023 29 F 0.013 0.009 0.247 0.002 0.050 0.457 0.005 0.005 0.026 0.064 0.076 0.021 0.026 30 K 0.001 0.011 0.313 0.004 0.027 0.469 0.001 0.001 0.007 0.050 0.083 0.008 0.025 31 R 0.001 0.002 0.140 0.001 0.011 0.759 0.001 0.001 0.001 0.037 0.044 0.003 0.002 32 N 0.001 0.001 0.037 0.001 0.009 0.844 0.001 0.001 0.001 0.019 0.087 0.001 0.001 33 A 0.001 0.007 0.034 0.001 0.008 0.882 0.001 0.001 0.004 0.013 0.041 0.007 0.003 34 V 0.001 0.003 0.017 0.001 0.003 0.962 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.006 35 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 37 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 39 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 40 H 0.001 0.001 0.005 0.001 0.012 0.733 0.001 0.001 0.001 0.006 0.243 0.001 0.001 41 N 0.001 0.001 0.038 0.001 0.014 0.387 0.001 0.001 0.001 0.040 0.518 0.001 0.001 42 Y 0.004 0.014 0.497 0.001 0.024 0.178 0.001 0.001 0.013 0.107 0.131 0.008 0.022 43 K 0.008 0.060 0.363 0.028 0.048 0.126 0.003 0.004 0.030 0.118 0.081 0.054 0.077 44 N 0.013 0.020 0.188 0.018 0.052 0.127 0.006 0.025 0.080 0.114 0.078 0.173 0.106 45 W 0.018 0.011 0.162 0.063 0.058 0.118 0.010 0.033 0.072 0.058 0.047 0.033 0.316 46 C 0.037 0.013 0.166 0.073 0.052 0.114 0.011 0.021 0.044 0.058 0.053 0.271 0.088 47 T 0.047 0.019 0.194 0.010 0.045 0.071 0.005 0.012 0.042 0.054 0.086 0.127 0.289 48 L 0.025 0.020 0.250 0.045 0.046 0.064 0.003 0.006 0.022 0.135 0.189 0.059 0.136 49 N 0.010 0.008 0.296 0.065 0.040 0.027 0.001 0.002 0.011 0.180 0.274 0.045 0.042 50 K 0.006 0.011 0.331 0.010 0.038 0.022 0.002 0.001 0.007 0.275 0.195 0.051 0.051 51 Q 0.011 0.061 0.368 0.004 0.022 0.014 0.006 0.002 0.018 0.160 0.066 0.038 0.231 52 V 0.003 0.047 0.594 0.003 0.005 0.005 0.002 0.001 0.017 0.123 0.011 0.163 0.028 53 P 0.001 0.007 0.796 0.002 0.016 0.006 0.001 0.001 0.006 0.051 0.036 0.002 0.077 54 V 0.001 0.023 0.249 0.001 0.041 0.029 0.001 0.001 0.001 0.249 0.388 0.014 0.003 55 N 0.001 0.007 0.356 0.001 0.036 0.033 0.001 0.001 0.001 0.207 0.353 0.001 0.005 56 F 0.001 0.003 0.357 0.001 0.047 0.096 0.001 0.001 0.001 0.382 0.113 0.001 0.001 57 P 0.001 0.006 0.532 0.001 0.038 0.231 0.001 0.001 0.001 0.108 0.084 0.001 0.001 58 F 0.001 0.015 0.132 0.001 0.044 0.743 0.001 0.001 0.001 0.019 0.043 0.001 0.002 59 K 0.001 0.003 0.077 0.001 0.007 0.902 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 61 Y 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 62 C 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 64 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 65 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 66 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.076 0.820 0.001 0.001 0.001 0.004 0.092 0.001 0.001 68 H 0.001 0.001 0.021 0.001 0.109 0.668 0.001 0.001 0.001 0.015 0.187 0.001 0.001 69 L 0.001 0.003 0.120 0.001 0.081 0.461 0.001 0.001 0.002 0.049 0.285 0.001 0.001 70 D 0.001 0.004 0.159 0.001 0.201 0.311 0.001 0.001 0.002 0.060 0.261 0.001 0.001 71 M 0.001 0.006 0.190 0.001 0.253 0.370 0.001 0.001 0.002 0.070 0.107 0.001 0.001 72 C 0.001 0.010 0.260 0.001 0.211 0.364 0.001 0.002 0.019 0.051 0.077 0.001 0.004 73 E 0.001 0.013 0.218 0.002 0.145 0.408 0.001 0.004 0.026 0.073 0.096 0.008 0.006 74 K 0.001 0.011 0.180 0.007 0.161 0.396 0.001 0.007 0.016 0.100 0.109 0.003 0.011 75 R 0.001 0.010 0.225 0.002 0.094 0.362 0.001 0.005 0.028 0.116 0.145 0.008 0.004 76 S 0.001 0.022 0.273 0.002 0.181 0.242 0.001 0.008 0.027 0.076 0.125 0.004 0.037 77 I 0.001 0.023 0.183 0.009 0.135 0.272 0.001 0.008 0.020 0.127 0.187 0.024 0.010 78 N 0.001 0.015 0.278 0.004 0.097 0.145 0.001 0.007 0.034 0.137 0.253 0.006 0.021 79 L 0.001 0.030 0.453 0.001 0.024 0.202 0.001 0.001 0.019 0.191 0.060 0.007 0.012 80 D 0.001 0.021 0.661 0.001 0.008 0.176 0.001 0.001 0.010 0.077 0.037 0.002 0.008 81 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.012 0.931 0.001 0.001 0.001 0.007 0.041 0.001 0.001 82 N 0.001 0.001 0.011 0.001 0.004 0.956 0.001 0.001 0.001 0.008 0.020 0.001 0.001 83 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 84 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 90 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 91 F 0.001 0.001 0.010 0.001 0.007 0.922 0.001 0.001 0.001 0.005 0.056 0.001 0.001 92 N 0.001 0.005 0.063 0.001 0.024 0.761 0.001 0.001 0.001 0.021 0.125 0.001 0.001 93 K 0.001 0.004 0.170 0.001 0.068 0.576 0.001 0.001 0.002 0.047 0.129 0.001 0.003 94 K 0.001 0.001 0.069 0.002 0.039 0.150 0.001 0.001 0.002 0.140 0.595 0.001 0.001 95 G 0.001 0.001 0.097 0.001 0.016 0.028 0.001 0.005 0.054 0.105 0.686 0.002 0.002 96 I 0.007 0.009 0.252 0.003 0.008 0.006 0.015 0.082 0.480 0.071 0.024 0.010 0.034 97 H 0.006 0.022 0.076 0.003 0.005 0.007 0.044 0.150 0.598 0.035 0.004 0.039 0.012 98 F 0.004 0.009 0.042 0.001 0.003 0.002 0.043 0.191 0.655 0.006 0.003 0.002 0.039 99 F 0.001 0.006 0.238 0.020 0.005 0.004 0.007 0.041 0.557 0.049 0.005 0.061 0.007