# TARGET T0295 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.6155 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.081 0.237 0.418 0.052 0.082 0.032 0.030 0.015 0.033 0.018 0.002 2 S 0.131 0.225 0.473 0.037 0.058 0.023 0.011 0.008 0.017 0.013 0.003 3 F 0.151 0.173 0.364 0.095 0.035 0.091 0.039 0.012 0.031 0.006 0.003 4 L 0.158 0.376 0.278 0.051 0.047 0.045 0.008 0.004 0.028 0.003 0.001 5 T 0.358 0.232 0.163 0.137 0.057 0.021 0.010 0.002 0.012 0.008 0.001 6 N 0.082 0.147 0.245 0.070 0.093 0.173 0.058 0.008 0.112 0.009 0.003 7 F 0.761 0.042 0.059 0.072 0.017 0.023 0.011 0.005 0.007 0.003 0.001 8 D 0.878 0.011 0.019 0.046 0.004 0.022 0.009 0.002 0.008 0.001 0.001 9 E 0.902 0.007 0.003 0.084 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 W 0.934 0.004 0.003 0.051 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 11 D 0.926 0.002 0.014 0.038 0.002 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 12 N 0.516 0.001 0.001 0.105 0.001 0.007 0.259 0.108 0.002 0.001 0.001 13 L 0.904 0.016 0.012 0.063 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.930 0.027 0.022 0.009 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 15 R 0.984 0.006 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 I 0.972 0.016 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 C 0.971 0.009 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.865 0.039 0.020 0.054 0.005 0.006 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 19 S 0.837 0.024 0.025 0.088 0.008 0.007 0.006 0.001 0.002 0.002 0.001 20 R 0.792 0.025 0.037 0.101 0.008 0.009 0.017 0.002 0.008 0.001 0.001 21 K 0.829 0.016 0.078 0.056 0.003 0.008 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 22 R 0.324 0.028 0.048 0.442 0.014 0.033 0.077 0.019 0.013 0.001 0.001 23 K 0.062 0.265 0.354 0.087 0.047 0.064 0.077 0.007 0.034 0.002 0.001 24 T 0.134 0.512 0.222 0.021 0.046 0.035 0.012 0.002 0.013 0.002 0.001 25 L 0.243 0.493 0.160 0.027 0.026 0.032 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 26 H 0.557 0.250 0.086 0.040 0.025 0.021 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 27 A 0.566 0.218 0.073 0.027 0.088 0.013 0.004 0.002 0.006 0.003 0.001 28 I 0.710 0.147 0.044 0.061 0.014 0.012 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 29 F 0.455 0.174 0.119 0.108 0.055 0.042 0.013 0.003 0.028 0.002 0.001 30 K 0.508 0.135 0.089 0.155 0.024 0.041 0.017 0.003 0.021 0.007 0.001 31 R 0.535 0.128 0.168 0.073 0.033 0.031 0.011 0.003 0.012 0.006 0.001 32 N 0.840 0.018 0.032 0.051 0.013 0.009 0.021 0.011 0.002 0.003 0.001 33 A 0.941 0.006 0.008 0.017 0.006 0.005 0.006 0.005 0.004 0.002 0.001 34 V 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 N 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 M 0.983 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.942 0.001 0.003 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.959 0.003 0.008 0.019 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 40 H 0.866 0.006 0.012 0.101 0.005 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 41 N 0.510 0.012 0.026 0.331 0.008 0.019 0.070 0.010 0.013 0.001 0.001 42 Y 0.683 0.063 0.054 0.113 0.010 0.026 0.026 0.007 0.016 0.001 0.001 43 K 0.797 0.065 0.044 0.062 0.008 0.010 0.008 0.001 0.003 0.002 0.001 44 N 0.701 0.088 0.055 0.093 0.020 0.016 0.009 0.002 0.014 0.001 0.001 45 W 0.742 0.072 0.046 0.095 0.013 0.015 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 46 C 0.695 0.104 0.073 0.082 0.018 0.013 0.005 0.002 0.007 0.001 0.001 47 T 0.507 0.191 0.111 0.101 0.028 0.020 0.010 0.002 0.027 0.002 0.001 48 L 0.558 0.090 0.129 0.176 0.010 0.011 0.010 0.001 0.011 0.003 0.001 49 N 0.206 0.036 0.069 0.177 0.017 0.042 0.384 0.039 0.026 0.004 0.001 50 K 0.298 0.164 0.200 0.170 0.038 0.027 0.066 0.014 0.017 0.007 0.001 51 Q 0.222 0.203 0.421 0.077 0.010 0.038 0.008 0.002 0.016 0.001 0.002 52 V 0.036 0.441 0.329 0.004 0.016 0.026 0.007 0.001 0.140 0.001 0.001 53 P 0.109 0.012 0.807 0.008 0.001 0.048 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 54 V 0.271 0.246 0.290 0.104 0.052 0.018 0.005 0.003 0.006 0.005 0.001 55 N 0.161 0.094 0.201 0.282 0.020 0.091 0.080 0.017 0.048 0.005 0.001 56 F 0.127 0.210 0.505 0.007 0.046 0.013 0.012 0.002 0.070 0.008 0.001 57 P 0.505 0.003 0.374 0.014 0.001 0.061 0.003 0.001 0.001 0.001 0.037 58 F 0.879 0.022 0.026 0.050 0.003 0.009 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 59 K 0.971 0.005 0.015 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 K 0.988 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 Y 0.987 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 C 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 V 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 L 0.988 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.989 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 H 0.766 0.003 0.005 0.219 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 69 L 0.390 0.046 0.083 0.445 0.009 0.007 0.005 0.002 0.012 0.001 0.001 70 D 0.118 0.008 0.043 0.036 0.008 0.105 0.623 0.032 0.021 0.006 0.001 71 M 0.778 0.018 0.023 0.148 0.007 0.011 0.005 0.003 0.005 0.002 0.001 72 C 0.870 0.012 0.024 0.077 0.003 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 73 E 0.880 0.012 0.022 0.062 0.005 0.007 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 74 K 0.768 0.048 0.058 0.090 0.012 0.006 0.009 0.003 0.005 0.001 0.001 75 R 0.803 0.027 0.049 0.083 0.011 0.004 0.009 0.003 0.006 0.003 0.001 76 S 0.669 0.024 0.194 0.055 0.009 0.024 0.007 0.005 0.004 0.003 0.005 77 I 0.656 0.087 0.048 0.181 0.015 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 78 N 0.173 0.111 0.108 0.376 0.044 0.038 0.107 0.009 0.030 0.002 0.001 79 L 0.025 0.402 0.378 0.034 0.029 0.067 0.008 0.001 0.055 0.001 0.001 80 D 0.019 0.123 0.562 0.009 0.025 0.199 0.007 0.001 0.043 0.010 0.001 81 E 0.949 0.003 0.003 0.037 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 82 N 0.881 0.002 0.007 0.099 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 83 D 0.938 0.001 0.002 0.044 0.001 0.005 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 84 F 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 E 0.968 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 F 0.740 0.004 0.009 0.239 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 92 N 0.707 0.014 0.033 0.098 0.007 0.033 0.087 0.009 0.009 0.004 0.001 93 K 0.714 0.085 0.053 0.090 0.018 0.020 0.010 0.002 0.007 0.001 0.001 94 K 0.171 0.041 0.027 0.720 0.012 0.004 0.015 0.002 0.008 0.001 0.001 95 G 0.022 0.010 0.046 0.019 0.091 0.004 0.211 0.470 0.006 0.119 0.001 96 I 0.086 0.634 0.183 0.024 0.031 0.025 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 97 H 0.089 0.291 0.217 0.083 0.024 0.200 0.017 0.001 0.075 0.002 0.001 98 F 0.084 0.335 0.241 0.133 0.072 0.065 0.012 0.004 0.049 0.003 0.002 99 F 0.138 0.330 0.258 0.062 0.107 0.036 0.016 0.009 0.029 0.013 0.001