# TARGET T0295 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.6155 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.077 0.316 0.189 0.028 0.201 0.014 0.041 0.057 0.028 0.018 0.031 2 S 0.057 0.315 0.135 0.014 0.184 0.013 0.022 0.073 0.105 0.054 0.028 3 F 0.126 0.174 0.045 0.005 0.268 0.011 0.037 0.102 0.092 0.084 0.056 4 L 0.225 0.103 0.023 0.006 0.230 0.011 0.020 0.063 0.073 0.118 0.127 5 T 0.015 0.098 0.080 0.118 0.048 0.196 0.193 0.107 0.062 0.067 0.016 6 N 0.148 0.297 0.153 0.004 0.247 0.001 0.001 0.021 0.013 0.064 0.052 7 F 0.007 0.010 0.003 0.001 0.009 0.001 0.002 0.393 0.523 0.041 0.008 8 D 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.003 0.015 0.719 0.232 0.017 0.002 9 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.806 0.140 0.034 0.001 10 W 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.006 0.775 0.168 0.039 0.001 11 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 0.891 0.080 0.002 0.001 12 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.806 0.134 0.039 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.813 0.153 0.024 0.001 14 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.891 0.098 0.003 0.001 15 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.951 0.033 0.001 0.001 16 I 0.006 0.003 0.001 0.001 0.010 0.002 0.021 0.934 0.022 0.001 0.001 17 C 0.009 0.007 0.001 0.001 0.012 0.003 0.022 0.890 0.048 0.005 0.002 18 F 0.013 0.019 0.003 0.002 0.016 0.004 0.019 0.786 0.095 0.040 0.004 19 S 0.018 0.050 0.009 0.004 0.039 0.013 0.071 0.621 0.107 0.058 0.010 20 R 0.030 0.057 0.032 0.013 0.040 0.013 0.055 0.498 0.156 0.090 0.017 21 K 0.014 0.053 0.027 0.016 0.037 0.052 0.213 0.470 0.090 0.020 0.008 22 R 0.124 0.244 0.054 0.014 0.234 0.011 0.024 0.069 0.037 0.122 0.068 23 K 0.085 0.415 0.102 0.005 0.310 0.003 0.007 0.035 0.007 0.011 0.020 24 T 0.111 0.412 0.062 0.003 0.356 0.002 0.006 0.032 0.003 0.003 0.010 25 L 0.298 0.068 0.010 0.008 0.348 0.014 0.016 0.135 0.039 0.017 0.045 26 H 0.218 0.063 0.008 0.016 0.303 0.027 0.046 0.164 0.045 0.041 0.071 27 A 0.235 0.131 0.026 0.005 0.431 0.004 0.011 0.094 0.015 0.019 0.029 28 I 0.115 0.167 0.029 0.007 0.315 0.021 0.066 0.183 0.034 0.035 0.028 29 F 0.146 0.217 0.060 0.010 0.230 0.012 0.021 0.114 0.030 0.073 0.086 30 K 0.100 0.135 0.066 0.019 0.105 0.028 0.039 0.211 0.071 0.128 0.099 31 R 0.072 0.149 0.043 0.025 0.140 0.025 0.035 0.342 0.091 0.044 0.033 32 N 0.008 0.047 0.027 0.020 0.023 0.028 0.033 0.610 0.123 0.068 0.013 33 A 0.017 0.019 0.010 0.003 0.018 0.002 0.010 0.797 0.060 0.052 0.013 34 V 0.004 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.919 0.051 0.013 0.002 35 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.934 0.054 0.002 0.001 36 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.967 0.022 0.001 0.001 37 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.933 0.040 0.011 0.001 38 L 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.861 0.101 0.023 0.002 39 E 0.002 0.008 0.003 0.002 0.003 0.007 0.041 0.795 0.126 0.011 0.002 40 H 0.003 0.100 0.067 0.020 0.020 0.038 0.145 0.496 0.071 0.036 0.004 41 N 0.067 0.032 0.014 0.006 0.038 0.004 0.020 0.177 0.075 0.461 0.107 42 Y 0.134 0.074 0.014 0.004 0.121 0.004 0.009 0.330 0.136 0.115 0.060 43 K 0.020 0.049 0.011 0.008 0.062 0.020 0.043 0.590 0.161 0.029 0.008 44 N 0.095 0.062 0.033 0.011 0.128 0.008 0.037 0.476 0.081 0.045 0.024 45 W 0.068 0.037 0.016 0.010 0.091 0.014 0.034 0.498 0.127 0.083 0.024 46 C 0.085 0.122 0.021 0.007 0.183 0.015 0.037 0.381 0.083 0.042 0.026 47 T 0.134 0.114 0.048 0.008 0.170 0.010 0.032 0.273 0.068 0.095 0.049 48 L 0.061 0.120 0.048 0.041 0.130 0.047 0.073 0.255 0.097 0.093 0.034 49 N 0.076 0.104 0.050 0.060 0.103 0.038 0.049 0.167 0.139 0.159 0.055 50 K 0.060 0.179 0.085 0.018 0.164 0.012 0.038 0.186 0.120 0.109 0.030 51 Q 0.138 0.174 0.062 0.007 0.256 0.014 0.046 0.084 0.074 0.096 0.050 52 V 0.044 0.429 0.275 0.016 0.159 0.004 0.013 0.029 0.011 0.007 0.012 53 P 0.086 0.361 0.142 0.015 0.197 0.012 0.016 0.069 0.035 0.031 0.038 54 V 0.036 0.149 0.043 0.015 0.106 0.041 0.094 0.236 0.193 0.067 0.021 55 N 0.153 0.054 0.027 0.010 0.119 0.012 0.024 0.123 0.104 0.259 0.114 56 F 0.020 0.389 0.272 0.015 0.117 0.007 0.014 0.110 0.027 0.020 0.009 57 P 0.098 0.159 0.038 0.003 0.152 0.003 0.022 0.379 0.062 0.037 0.045 58 F 0.021 0.035 0.010 0.002 0.023 0.004 0.006 0.602 0.223 0.060 0.013 59 K 0.001 0.009 0.004 0.002 0.006 0.003 0.005 0.876 0.088 0.006 0.001 60 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.954 0.029 0.001 0.001 61 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.950 0.037 0.007 0.001 62 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.059 0.005 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.032 0.001 0.001 64 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.978 0.015 0.001 0.001 65 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.963 0.028 0.003 0.001 66 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.910 0.080 0.004 0.001 67 E 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.028 0.885 0.072 0.005 0.001 68 H 0.006 0.011 0.005 0.001 0.009 0.004 0.065 0.696 0.073 0.124 0.006 69 L 0.009 0.695 0.168 0.001 0.102 0.001 0.001 0.016 0.003 0.003 0.002 70 D 0.064 0.020 0.014 0.007 0.035 0.008 0.020 0.489 0.107 0.122 0.113 71 M 0.011 0.018 0.007 0.003 0.016 0.004 0.014 0.805 0.089 0.027 0.007 72 C 0.007 0.028 0.010 0.007 0.023 0.009 0.013 0.718 0.120 0.060 0.006 73 E 0.012 0.035 0.009 0.007 0.035 0.010 0.030 0.701 0.118 0.036 0.006 74 K 0.023 0.024 0.020 0.007 0.030 0.016 0.072 0.558 0.138 0.098 0.014 75 R 0.014 0.063 0.055 0.020 0.033 0.009 0.034 0.540 0.121 0.095 0.014 76 S 0.048 0.053 0.010 0.004 0.071 0.006 0.033 0.483 0.231 0.039 0.020 77 I 0.015 0.087 0.025 0.008 0.047 0.023 0.077 0.460 0.219 0.030 0.009 78 N 0.079 0.042 0.013 0.001 0.069 0.004 0.029 0.127 0.077 0.481 0.078 79 L 0.077 0.472 0.103 0.007 0.245 0.005 0.009 0.017 0.008 0.032 0.024 80 D 0.051 0.548 0.251 0.002 0.128 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.009 81 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.568 0.423 0.004 0.001 82 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.900 0.084 0.009 0.001 83 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.841 0.130 0.027 0.001 84 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.043 0.004 0.001 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.038 0.001 0.001 86 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.011 0.001 0.001 87 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.024 0.002 0.001 88 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.053 0.002 0.001 89 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.912 0.078 0.002 0.001 90 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.943 0.032 0.007 0.001 91 F 0.001 0.009 0.004 0.002 0.006 0.004 0.027 0.853 0.074 0.021 0.001 92 N 0.019 0.016 0.011 0.003 0.007 0.003 0.027 0.649 0.194 0.052 0.020 93 K 0.009 0.021 0.013 0.008 0.015 0.019 0.116 0.620 0.134 0.040 0.006 94 K 0.001 0.541 0.286 0.061 0.025 0.016 0.026 0.023 0.007 0.012 0.002 95 G 0.066 0.023 0.036 0.063 0.022 0.015 0.006 0.014 0.016 0.417 0.322 96 I 0.240 0.155 0.011 0.003 0.501 0.005 0.005 0.013 0.009 0.012 0.045 97 H 0.195 0.105 0.018 0.005 0.556 0.003 0.005 0.012 0.010 0.024 0.067 98 F 0.314 0.157 0.034 0.008 0.333 0.007 0.009 0.021 0.019 0.036 0.063 99 F 0.123 0.221 0.106 0.030 0.268 0.026 0.050 0.051 0.034 0.052 0.039