# TARGET T0295 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.7648 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.018 0.755 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.151 0.050 0.001 0.014 2 S 0.001 0.026 0.788 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.117 0.046 0.008 0.006 3 F 0.001 0.025 0.782 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.002 0.088 0.078 0.004 0.010 4 L 0.001 0.024 0.593 0.001 0.026 0.006 0.001 0.001 0.002 0.201 0.138 0.003 0.007 5 T 0.001 0.003 0.513 0.001 0.018 0.010 0.001 0.001 0.001 0.322 0.130 0.002 0.001 6 N 0.001 0.006 0.783 0.001 0.030 0.021 0.001 0.001 0.001 0.076 0.080 0.001 0.003 7 F 0.001 0.012 0.689 0.001 0.052 0.176 0.001 0.001 0.005 0.036 0.023 0.003 0.002 8 D 0.001 0.011 0.495 0.001 0.047 0.302 0.001 0.001 0.004 0.087 0.048 0.003 0.002 9 E 0.001 0.007 0.125 0.001 0.062 0.594 0.002 0.001 0.023 0.021 0.151 0.005 0.008 10 W 0.001 0.006 0.120 0.001 0.021 0.764 0.001 0.001 0.007 0.038 0.035 0.002 0.005 11 D 0.001 0.002 0.051 0.001 0.006 0.865 0.001 0.001 0.001 0.051 0.019 0.002 0.002 12 N 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.970 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.001 0.003 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 17 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 18 F 0.003 0.001 0.003 0.001 0.003 0.897 0.001 0.001 0.001 0.002 0.090 0.001 0.001 19 S 0.003 0.002 0.046 0.001 0.006 0.824 0.001 0.001 0.001 0.024 0.089 0.002 0.002 20 R 0.001 0.006 0.226 0.003 0.023 0.558 0.001 0.001 0.003 0.072 0.097 0.006 0.005 21 K 0.001 0.003 0.148 0.002 0.035 0.596 0.001 0.001 0.002 0.068 0.136 0.005 0.005 22 R 0.001 0.003 0.282 0.004 0.028 0.329 0.001 0.001 0.003 0.121 0.214 0.009 0.006 23 K 0.005 0.020 0.407 0.003 0.018 0.177 0.002 0.003 0.015 0.121 0.177 0.027 0.025 24 T 0.019 0.051 0.329 0.006 0.017 0.171 0.004 0.008 0.041 0.069 0.071 0.052 0.162 25 L 0.028 0.012 0.237 0.053 0.043 0.374 0.003 0.006 0.012 0.068 0.073 0.045 0.045 26 H 0.030 0.004 0.166 0.022 0.076 0.374 0.006 0.014 0.024 0.057 0.074 0.068 0.086 27 A 0.025 0.005 0.131 0.002 0.084 0.414 0.015 0.026 0.046 0.022 0.047 0.049 0.133 28 I 0.014 0.010 0.101 0.014 0.080 0.557 0.012 0.013 0.041 0.040 0.075 0.020 0.023 29 F 0.013 0.009 0.246 0.002 0.050 0.459 0.005 0.005 0.025 0.063 0.076 0.020 0.026 30 K 0.001 0.011 0.309 0.004 0.028 0.472 0.001 0.001 0.007 0.050 0.084 0.008 0.024 31 R 0.001 0.002 0.140 0.001 0.011 0.759 0.001 0.001 0.001 0.037 0.044 0.003 0.002 32 N 0.001 0.001 0.037 0.001 0.009 0.844 0.001 0.001 0.001 0.019 0.087 0.001 0.001 33 A 0.001 0.007 0.034 0.001 0.008 0.881 0.001 0.001 0.004 0.013 0.041 0.007 0.003 34 V 0.001 0.003 0.017 0.001 0.003 0.962 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.006 35 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 37 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 39 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 40 H 0.001 0.001 0.005 0.001 0.011 0.734 0.001 0.001 0.001 0.006 0.242 0.001 0.001 41 N 0.001 0.001 0.038 0.001 0.014 0.388 0.001 0.001 0.001 0.040 0.517 0.001 0.001 42 Y 0.004 0.014 0.497 0.001 0.024 0.179 0.001 0.001 0.013 0.107 0.131 0.008 0.022 43 K 0.008 0.060 0.362 0.028 0.048 0.127 0.003 0.004 0.029 0.118 0.081 0.054 0.077 44 N 0.013 0.020 0.188 0.018 0.052 0.128 0.006 0.025 0.079 0.114 0.078 0.173 0.105 45 W 0.018 0.011 0.162 0.063 0.058 0.119 0.010 0.033 0.072 0.058 0.047 0.033 0.316 46 C 0.037 0.013 0.165 0.073 0.052 0.115 0.011 0.021 0.044 0.058 0.053 0.271 0.088 47 T 0.047 0.019 0.194 0.010 0.045 0.072 0.005 0.012 0.042 0.054 0.086 0.127 0.288 48 L 0.025 0.019 0.249 0.045 0.046 0.064 0.003 0.006 0.022 0.135 0.189 0.058 0.136 49 N 0.010 0.008 0.297 0.065 0.040 0.027 0.001 0.002 0.011 0.180 0.274 0.045 0.042 50 K 0.006 0.011 0.330 0.010 0.039 0.022 0.002 0.001 0.007 0.275 0.196 0.051 0.051 51 Q 0.011 0.060 0.369 0.004 0.022 0.014 0.006 0.002 0.018 0.160 0.067 0.038 0.230 52 V 0.003 0.048 0.595 0.003 0.005 0.005 0.002 0.001 0.017 0.123 0.011 0.160 0.028 53 P 0.001 0.007 0.798 0.002 0.016 0.006 0.001 0.001 0.006 0.051 0.036 0.002 0.076 54 V 0.001 0.023 0.247 0.001 0.040 0.029 0.001 0.001 0.001 0.250 0.391 0.013 0.003 55 N 0.001 0.007 0.353 0.001 0.035 0.033 0.001 0.001 0.001 0.208 0.357 0.001 0.004 56 F 0.001 0.003 0.355 0.001 0.047 0.097 0.001 0.001 0.001 0.382 0.115 0.001 0.001 57 P 0.001 0.006 0.531 0.001 0.037 0.233 0.001 0.001 0.001 0.108 0.083 0.001 0.001 58 F 0.001 0.015 0.132 0.001 0.043 0.746 0.001 0.001 0.001 0.019 0.042 0.001 0.002 59 K 0.001 0.003 0.075 0.001 0.007 0.904 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 61 Y 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 62 C 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 64 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 65 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 66 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.076 0.820 0.001 0.001 0.001 0.004 0.092 0.001 0.001 68 H 0.001 0.001 0.020 0.001 0.110 0.667 0.001 0.001 0.001 0.015 0.187 0.001 0.001 69 L 0.001 0.003 0.119 0.001 0.081 0.460 0.001 0.001 0.002 0.048 0.287 0.001 0.001 70 D 0.001 0.004 0.158 0.001 0.202 0.311 0.001 0.001 0.002 0.060 0.263 0.001 0.001 71 M 0.001 0.006 0.190 0.001 0.254 0.370 0.001 0.001 0.002 0.070 0.106 0.001 0.001 72 C 0.001 0.010 0.259 0.001 0.212 0.364 0.001 0.002 0.019 0.051 0.077 0.001 0.004 73 E 0.001 0.013 0.218 0.002 0.145 0.409 0.001 0.004 0.026 0.073 0.096 0.008 0.006 74 K 0.001 0.011 0.180 0.007 0.161 0.396 0.001 0.007 0.016 0.100 0.109 0.003 0.011 75 R 0.001 0.010 0.225 0.002 0.094 0.362 0.001 0.005 0.028 0.116 0.145 0.008 0.004 76 S 0.001 0.022 0.272 0.002 0.182 0.243 0.001 0.008 0.027 0.076 0.125 0.004 0.037 77 I 0.001 0.023 0.182 0.009 0.136 0.273 0.001 0.008 0.020 0.126 0.187 0.023 0.010 78 N 0.001 0.015 0.276 0.004 0.099 0.147 0.001 0.007 0.034 0.137 0.254 0.006 0.020 79 L 0.001 0.030 0.452 0.001 0.024 0.203 0.001 0.001 0.019 0.192 0.060 0.007 0.011 80 D 0.001 0.021 0.660 0.001 0.008 0.177 0.001 0.001 0.010 0.077 0.037 0.002 0.008 81 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.012 0.932 0.001 0.001 0.001 0.007 0.041 0.001 0.001 82 N 0.001 0.001 0.011 0.001 0.004 0.957 0.001 0.001 0.001 0.008 0.020 0.001 0.001 83 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 84 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 90 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 91 F 0.001 0.001 0.010 0.001 0.007 0.922 0.001 0.001 0.001 0.005 0.056 0.001 0.001 92 N 0.001 0.005 0.062 0.001 0.024 0.762 0.001 0.001 0.001 0.021 0.124 0.001 0.001 93 K 0.001 0.004 0.170 0.001 0.067 0.578 0.001 0.001 0.002 0.046 0.128 0.001 0.003 94 K 0.001 0.001 0.069 0.002 0.039 0.150 0.001 0.001 0.002 0.139 0.595 0.001 0.001 95 G 0.001 0.001 0.097 0.001 0.016 0.028 0.001 0.005 0.054 0.104 0.688 0.002 0.002 96 I 0.006 0.009 0.252 0.003 0.008 0.006 0.015 0.082 0.481 0.071 0.024 0.010 0.034 97 H 0.006 0.022 0.075 0.002 0.005 0.007 0.044 0.150 0.600 0.035 0.004 0.039 0.012 98 F 0.004 0.009 0.042 0.001 0.003 0.002 0.043 0.191 0.655 0.006 0.003 0.002 0.039 99 F 0.001 0.006 0.237 0.020 0.005 0.004 0.007 0.041 0.559 0.049 0.005 0.060 0.007