# TARGET T0295 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.7648 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.315 0.160 0.048 0.126 0.109 0.083 0.062 0.041 0.030 0.017 0.009 2 S 0.280 0.130 0.046 0.094 0.093 0.089 0.083 0.064 0.062 0.036 0.023 3 F 0.146 0.145 0.054 0.176 0.136 0.106 0.095 0.057 0.044 0.024 0.016 4 L 0.024 0.020 0.021 0.038 0.046 0.069 0.135 0.125 0.170 0.177 0.175 5 T 0.059 0.102 0.079 0.199 0.144 0.122 0.127 0.066 0.048 0.031 0.023 6 N 0.027 0.050 0.050 0.114 0.104 0.113 0.166 0.123 0.109 0.089 0.055 7 F 0.035 0.023 0.022 0.055 0.068 0.090 0.156 0.136 0.162 0.140 0.112 8 D 0.212 0.120 0.119 0.192 0.118 0.082 0.067 0.034 0.031 0.016 0.008 9 E 0.013 0.026 0.029 0.076 0.085 0.106 0.205 0.130 0.125 0.117 0.088 10 W 0.012 0.020 0.020 0.036 0.045 0.070 0.165 0.157 0.174 0.159 0.141 11 D 0.070 0.074 0.084 0.181 0.151 0.134 0.129 0.075 0.053 0.032 0.018 12 N 0.124 0.104 0.139 0.156 0.148 0.119 0.085 0.055 0.039 0.021 0.010 13 L 0.009 0.012 0.010 0.031 0.042 0.065 0.151 0.149 0.203 0.171 0.158 14 L 0.010 0.012 0.016 0.035 0.047 0.069 0.160 0.146 0.194 0.167 0.142 15 R 0.016 0.028 0.097 0.151 0.144 0.132 0.164 0.091 0.080 0.059 0.038 16 I 0.009 0.014 0.053 0.069 0.082 0.113 0.202 0.144 0.136 0.107 0.072 17 C 0.004 0.006 0.012 0.023 0.028 0.045 0.137 0.161 0.214 0.206 0.164 18 F 0.014 0.018 0.038 0.052 0.063 0.083 0.172 0.148 0.162 0.138 0.112 19 S 0.051 0.067 0.109 0.152 0.129 0.118 0.152 0.085 0.067 0.043 0.026 20 R 0.079 0.074 0.082 0.131 0.120 0.117 0.153 0.083 0.073 0.053 0.035 21 K 0.122 0.121 0.059 0.130 0.106 0.110 0.149 0.079 0.065 0.038 0.020 22 R 0.168 0.145 0.090 0.187 0.139 0.098 0.084 0.041 0.026 0.015 0.007 23 K 0.101 0.063 0.047 0.082 0.087 0.117 0.178 0.125 0.092 0.067 0.040 24 T 0.164 0.213 0.120 0.225 0.131 0.070 0.038 0.019 0.011 0.005 0.002 25 L 0.009 0.010 0.011 0.019 0.028 0.061 0.157 0.154 0.196 0.198 0.156 26 H 0.099 0.137 0.096 0.245 0.184 0.111 0.069 0.029 0.017 0.009 0.004 27 A 0.035 0.032 0.058 0.089 0.077 0.106 0.188 0.135 0.130 0.100 0.050 28 I 0.064 0.070 0.080 0.169 0.147 0.122 0.144 0.090 0.058 0.036 0.020 29 F 0.030 0.024 0.041 0.043 0.037 0.062 0.147 0.139 0.188 0.169 0.120 30 K 0.041 0.186 0.140 0.203 0.172 0.119 0.077 0.032 0.018 0.009 0.004 31 R 0.062 0.094 0.101 0.165 0.128 0.147 0.165 0.066 0.042 0.022 0.009 32 N 0.417 0.101 0.128 0.161 0.082 0.050 0.036 0.014 0.007 0.004 0.001 33 A 0.219 0.149 0.129 0.199 0.110 0.088 0.066 0.025 0.011 0.004 0.001 34 V 0.002 0.011 0.022 0.015 0.019 0.038 0.107 0.156 0.233 0.221 0.175 35 L 0.004 0.012 0.029 0.068 0.130 0.228 0.302 0.112 0.061 0.035 0.019 36 N 0.077 0.054 0.579 0.183 0.064 0.026 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 37 M 0.005 0.010 0.032 0.086 0.103 0.169 0.325 0.155 0.067 0.033 0.015 38 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.023 0.066 0.245 0.330 0.328 39 E 0.005 0.015 0.122 0.133 0.218 0.207 0.194 0.055 0.028 0.018 0.006 40 H 0.019 0.044 0.721 0.124 0.047 0.027 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 41 N 0.009 0.016 0.037 0.059 0.071 0.151 0.342 0.168 0.086 0.042 0.019 42 Y 0.019 0.017 0.018 0.023 0.025 0.056 0.186 0.194 0.190 0.162 0.109 43 K 0.083 0.090 0.282 0.228 0.147 0.084 0.049 0.017 0.011 0.006 0.003 44 N 0.060 0.074 0.247 0.170 0.126 0.111 0.112 0.046 0.029 0.017 0.008 45 W 0.028 0.027 0.038 0.073 0.075 0.096 0.196 0.146 0.140 0.107 0.072 46 C 0.030 0.025 0.036 0.052 0.060 0.093 0.198 0.155 0.151 0.119 0.082 47 T 0.074 0.134 0.202 0.244 0.139 0.080 0.060 0.031 0.019 0.011 0.006 48 L 0.031 0.037 0.031 0.059 0.072 0.106 0.200 0.154 0.133 0.106 0.072 49 N 0.304 0.163 0.075 0.146 0.105 0.068 0.055 0.033 0.027 0.016 0.009 50 K 0.276 0.138 0.068 0.164 0.116 0.085 0.076 0.034 0.025 0.013 0.006 51 Q 0.222 0.139 0.080 0.128 0.112 0.083 0.084 0.059 0.046 0.029 0.018 52 V 0.074 0.062 0.023 0.083 0.083 0.105 0.202 0.141 0.106 0.069 0.054 53 P 0.320 0.197 0.146 0.155 0.081 0.041 0.025 0.014 0.010 0.006 0.004 54 V 0.125 0.148 0.066 0.142 0.125 0.115 0.124 0.065 0.046 0.027 0.016 55 N 0.337 0.217 0.058 0.137 0.108 0.064 0.038 0.023 0.013 0.005 0.002 56 F 0.262 0.067 0.030 0.070 0.074 0.091 0.119 0.109 0.089 0.055 0.033 57 P 0.332 0.284 0.096 0.162 0.076 0.032 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 58 F 0.004 0.013 0.012 0.015 0.021 0.040 0.109 0.150 0.226 0.225 0.185 59 K 0.040 0.061 0.048 0.172 0.230 0.205 0.154 0.050 0.024 0.010 0.005 60 K 0.245 0.067 0.420 0.184 0.044 0.021 0.011 0.004 0.003 0.002 0.001 61 Y 0.004 0.023 0.026 0.117 0.164 0.221 0.295 0.103 0.029 0.013 0.005 62 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.082 0.239 0.316 0.324 63 L 0.005 0.010 0.055 0.130 0.251 0.248 0.199 0.059 0.024 0.014 0.004 64 D 0.039 0.044 0.691 0.135 0.059 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 65 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.016 0.122 0.157 0.251 0.233 0.210 66 L 0.001 0.001 0.005 0.002 0.006 0.019 0.098 0.173 0.257 0.247 0.191 67 E 0.006 0.036 0.534 0.250 0.098 0.041 0.024 0.005 0.003 0.002 0.001 68 H 0.026 0.091 0.358 0.147 0.128 0.134 0.081 0.027 0.006 0.002 0.001 69 L 0.025 0.010 0.009 0.019 0.025 0.055 0.193 0.219 0.214 0.143 0.089 70 D 0.672 0.148 0.084 0.059 0.023 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 71 M 0.064 0.088 0.175 0.161 0.128 0.108 0.120 0.065 0.048 0.029 0.014 72 C 0.024 0.052 0.058 0.054 0.073 0.117 0.233 0.149 0.108 0.072 0.061 73 E 0.072 0.093 0.155 0.282 0.170 0.116 0.072 0.022 0.012 0.005 0.002 74 K 0.129 0.070 0.494 0.150 0.074 0.043 0.022 0.009 0.005 0.003 0.001 75 R 0.010 0.016 0.023 0.064 0.068 0.115 0.300 0.178 0.116 0.071 0.039 76 S 0.009 0.012 0.029 0.025 0.031 0.059 0.150 0.171 0.207 0.181 0.125 77 I 0.031 0.048 0.277 0.198 0.150 0.113 0.099 0.035 0.024 0.016 0.008 78 N 0.135 0.119 0.354 0.184 0.103 0.057 0.029 0.012 0.005 0.002 0.001 79 L 0.012 0.008 0.006 0.014 0.020 0.053 0.175 0.200 0.203 0.168 0.141 80 D 0.176 0.312 0.091 0.142 0.095 0.068 0.054 0.031 0.018 0.008 0.005 81 E 0.067 0.094 0.089 0.181 0.141 0.126 0.130 0.064 0.051 0.035 0.021 82 N 0.415 0.133 0.125 0.135 0.092 0.055 0.026 0.010 0.007 0.003 0.001 83 D 0.038 0.057 0.028 0.168 0.158 0.163 0.209 0.097 0.049 0.022 0.009 84 F 0.001 0.004 0.008 0.014 0.018 0.029 0.086 0.130 0.213 0.251 0.246 85 L 0.001 0.001 0.008 0.012 0.023 0.052 0.145 0.171 0.234 0.200 0.153 86 K 0.004 0.015 0.163 0.197 0.237 0.172 0.120 0.056 0.022 0.009 0.003 87 L 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.015 0.076 0.140 0.227 0.279 0.250 88 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.006 0.036 0.101 0.267 0.301 0.282 89 L 0.002 0.004 0.062 0.045 0.074 0.107 0.217 0.164 0.152 0.113 0.060 90 E 0.006 0.022 0.152 0.146 0.165 0.188 0.187 0.074 0.035 0.016 0.008 91 F 0.003 0.005 0.012 0.014 0.015 0.032 0.136 0.149 0.223 0.219 0.190 92 N 0.039 0.063 0.035 0.097 0.096 0.115 0.226 0.137 0.086 0.065 0.041 93 K 0.147 0.146 0.167 0.203 0.134 0.090 0.060 0.024 0.016 0.009 0.005 94 K 0.208 0.121 0.099 0.162 0.141 0.115 0.087 0.033 0.020 0.009 0.004 95 G 0.139 0.089 0.050 0.133 0.122 0.111 0.128 0.092 0.075 0.041 0.019 96 I 0.006 0.004 0.007 0.011 0.019 0.042 0.124 0.154 0.214 0.210 0.207 97 H 0.028 0.067 0.112 0.186 0.150 0.122 0.130 0.085 0.055 0.035 0.028 98 F 0.006 0.011 0.030 0.035 0.038 0.055 0.133 0.133 0.176 0.198 0.185 99 F 0.067 0.070 0.055 0.121 0.119 0.115 0.149 0.104 0.089 0.064 0.047