# TARGET T0295 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.7648 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.089 0.235 0.433 0.056 0.064 0.037 0.027 0.010 0.035 0.012 0.003 2 S 0.136 0.223 0.466 0.037 0.061 0.023 0.012 0.008 0.018 0.013 0.003 3 F 0.161 0.157 0.363 0.102 0.032 0.095 0.039 0.011 0.031 0.005 0.003 4 L 0.164 0.371 0.279 0.053 0.045 0.045 0.008 0.004 0.028 0.003 0.001 5 T 0.350 0.239 0.166 0.134 0.057 0.021 0.010 0.002 0.012 0.007 0.001 6 N 0.086 0.145 0.247 0.071 0.087 0.175 0.059 0.008 0.111 0.009 0.003 7 F 0.763 0.041 0.059 0.072 0.016 0.024 0.010 0.005 0.007 0.003 0.001 8 D 0.881 0.011 0.018 0.045 0.004 0.021 0.009 0.002 0.007 0.001 0.001 9 E 0.903 0.007 0.003 0.083 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 W 0.935 0.004 0.003 0.050 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 11 D 0.927 0.002 0.014 0.037 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 12 N 0.523 0.001 0.001 0.105 0.001 0.007 0.254 0.107 0.001 0.001 0.001 13 L 0.905 0.016 0.011 0.063 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.931 0.027 0.022 0.009 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 15 R 0.984 0.006 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 I 0.972 0.016 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 C 0.971 0.009 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.865 0.039 0.020 0.054 0.005 0.006 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 19 S 0.838 0.024 0.025 0.088 0.008 0.007 0.006 0.001 0.002 0.002 0.001 20 R 0.792 0.025 0.037 0.101 0.008 0.009 0.017 0.002 0.008 0.001 0.001 21 K 0.830 0.015 0.078 0.056 0.003 0.008 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 22 R 0.324 0.028 0.047 0.443 0.014 0.033 0.077 0.019 0.013 0.001 0.001 23 K 0.062 0.265 0.354 0.088 0.047 0.064 0.077 0.007 0.034 0.002 0.001 24 T 0.134 0.512 0.222 0.021 0.046 0.035 0.012 0.002 0.013 0.002 0.001 25 L 0.248 0.488 0.159 0.027 0.026 0.032 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 26 H 0.561 0.247 0.086 0.040 0.025 0.020 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 27 A 0.573 0.214 0.072 0.027 0.086 0.013 0.004 0.002 0.006 0.003 0.001 28 I 0.715 0.144 0.043 0.061 0.014 0.012 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 29 F 0.460 0.172 0.118 0.108 0.054 0.042 0.013 0.003 0.028 0.002 0.001 30 K 0.511 0.134 0.088 0.155 0.024 0.040 0.017 0.003 0.021 0.007 0.001 31 R 0.536 0.127 0.168 0.073 0.033 0.031 0.011 0.003 0.012 0.006 0.001 32 N 0.841 0.018 0.032 0.051 0.013 0.009 0.020 0.011 0.002 0.003 0.001 33 A 0.941 0.006 0.008 0.017 0.006 0.005 0.006 0.005 0.004 0.002 0.001 34 V 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 N 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 M 0.983 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.942 0.001 0.003 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.960 0.003 0.008 0.019 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 40 H 0.868 0.006 0.012 0.100 0.005 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 41 N 0.510 0.012 0.026 0.332 0.008 0.019 0.069 0.009 0.013 0.001 0.001 42 Y 0.684 0.062 0.054 0.113 0.010 0.026 0.026 0.007 0.016 0.001 0.001 43 K 0.798 0.065 0.044 0.062 0.008 0.010 0.008 0.001 0.003 0.002 0.001 44 N 0.703 0.088 0.055 0.093 0.020 0.016 0.009 0.002 0.013 0.001 0.001 45 W 0.743 0.072 0.046 0.094 0.013 0.015 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 46 C 0.697 0.103 0.072 0.082 0.018 0.013 0.005 0.002 0.007 0.001 0.001 47 T 0.509 0.191 0.110 0.101 0.028 0.020 0.010 0.002 0.026 0.002 0.001 48 L 0.560 0.090 0.129 0.176 0.010 0.011 0.010 0.001 0.011 0.003 0.001 49 N 0.207 0.036 0.068 0.177 0.017 0.042 0.384 0.038 0.026 0.004 0.001 50 K 0.299 0.163 0.199 0.170 0.038 0.027 0.066 0.014 0.017 0.007 0.001 51 Q 0.223 0.203 0.420 0.077 0.010 0.038 0.008 0.002 0.016 0.001 0.002 52 V 0.036 0.440 0.329 0.004 0.016 0.026 0.007 0.001 0.141 0.001 0.001 53 P 0.110 0.012 0.805 0.008 0.001 0.048 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 54 V 0.272 0.245 0.289 0.104 0.052 0.018 0.005 0.003 0.006 0.005 0.001 55 N 0.162 0.094 0.200 0.283 0.020 0.090 0.080 0.017 0.048 0.005 0.001 56 F 0.129 0.209 0.505 0.007 0.046 0.013 0.012 0.002 0.069 0.008 0.001 57 P 0.509 0.003 0.371 0.014 0.001 0.060 0.003 0.001 0.001 0.001 0.037 58 F 0.880 0.022 0.025 0.049 0.003 0.009 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 59 K 0.971 0.005 0.015 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 K 0.988 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 Y 0.987 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 C 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 V 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 L 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.989 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 H 0.768 0.003 0.004 0.217 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 69 L 0.389 0.045 0.081 0.448 0.009 0.007 0.005 0.002 0.012 0.001 0.001 70 D 0.116 0.008 0.042 0.036 0.008 0.105 0.627 0.032 0.021 0.006 0.001 71 M 0.778 0.018 0.023 0.148 0.007 0.011 0.005 0.003 0.005 0.002 0.001 72 C 0.870 0.012 0.024 0.077 0.003 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 73 E 0.880 0.012 0.022 0.062 0.005 0.007 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 74 K 0.769 0.047 0.058 0.090 0.011 0.006 0.009 0.003 0.005 0.001 0.001 75 R 0.804 0.027 0.049 0.083 0.011 0.004 0.009 0.003 0.006 0.003 0.001 76 S 0.670 0.024 0.193 0.055 0.009 0.023 0.007 0.005 0.004 0.003 0.005 77 I 0.658 0.085 0.047 0.182 0.014 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 78 N 0.174 0.110 0.107 0.379 0.044 0.038 0.107 0.009 0.030 0.002 0.001 79 L 0.025 0.402 0.379 0.034 0.029 0.067 0.008 0.001 0.056 0.001 0.001 80 D 0.019 0.123 0.564 0.009 0.026 0.198 0.007 0.001 0.043 0.010 0.001 81 E 0.949 0.003 0.003 0.036 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 82 N 0.883 0.002 0.007 0.098 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 83 D 0.940 0.001 0.002 0.044 0.001 0.005 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 84 F 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 E 0.968 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 F 0.742 0.003 0.008 0.238 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 92 N 0.710 0.014 0.033 0.097 0.007 0.033 0.087 0.008 0.008 0.004 0.001 93 K 0.716 0.085 0.052 0.089 0.017 0.020 0.010 0.002 0.006 0.001 0.001 94 K 0.170 0.040 0.027 0.722 0.012 0.004 0.015 0.002 0.008 0.001 0.001 95 G 0.022 0.010 0.045 0.019 0.090 0.004 0.212 0.471 0.006 0.119 0.001 96 I 0.086 0.633 0.183 0.024 0.031 0.025 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 97 H 0.089 0.290 0.216 0.084 0.024 0.200 0.017 0.001 0.075 0.002 0.001 98 F 0.084 0.334 0.240 0.133 0.072 0.065 0.012 0.004 0.049 0.003 0.002 99 F 0.138 0.330 0.258 0.063 0.107 0.036 0.016 0.009 0.029 0.013 0.001