# TARGET T0295 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.7648 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.713 0.192 0.062 0.025 0.007 0.002 0.001 2 S 0.602 0.251 0.092 0.039 0.013 0.003 0.001 3 F 0.398 0.267 0.169 0.117 0.039 0.009 0.001 4 L 0.226 0.176 0.189 0.222 0.144 0.040 0.002 5 T 0.446 0.280 0.168 0.071 0.026 0.007 0.001 6 N 0.566 0.256 0.108 0.048 0.016 0.005 0.001 7 F 0.332 0.222 0.215 0.154 0.064 0.012 0.001 8 D 0.565 0.259 0.099 0.047 0.021 0.007 0.001 9 E 0.212 0.146 0.190 0.232 0.160 0.056 0.004 10 W 0.175 0.134 0.155 0.185 0.204 0.131 0.016 11 D 0.355 0.237 0.159 0.141 0.076 0.028 0.004 12 N 0.414 0.261 0.160 0.097 0.045 0.019 0.004 13 L 0.276 0.134 0.137 0.168 0.164 0.104 0.018 14 L 0.172 0.120 0.148 0.213 0.179 0.136 0.032 15 R 0.271 0.229 0.167 0.123 0.099 0.080 0.031 16 I 0.259 0.157 0.148 0.179 0.134 0.088 0.034 17 C 0.163 0.157 0.144 0.191 0.163 0.140 0.042 18 F 0.104 0.094 0.101 0.177 0.211 0.239 0.075 19 S 0.213 0.199 0.210 0.208 0.112 0.048 0.008 20 R 0.323 0.276 0.178 0.126 0.061 0.031 0.006 21 K 0.261 0.218 0.202 0.191 0.092 0.032 0.005 22 R 0.392 0.288 0.163 0.089 0.045 0.020 0.003 23 K 0.427 0.216 0.148 0.120 0.063 0.022 0.003 24 T 0.258 0.309 0.208 0.127 0.065 0.030 0.003 25 L 0.169 0.137 0.159 0.242 0.195 0.088 0.010 26 H 0.148 0.320 0.263 0.172 0.064 0.028 0.005 27 A 0.163 0.158 0.140 0.176 0.191 0.140 0.032 28 I 0.129 0.212 0.264 0.228 0.121 0.041 0.006 29 F 0.155 0.126 0.160 0.223 0.223 0.100 0.013 30 K 0.210 0.353 0.250 0.127 0.047 0.011 0.001 31 R 0.228 0.263 0.208 0.177 0.099 0.024 0.002 32 N 0.458 0.353 0.137 0.043 0.009 0.002 0.001 33 A 0.190 0.358 0.276 0.136 0.034 0.005 0.001 34 V 0.042 0.039 0.065 0.215 0.386 0.234 0.018 35 L 0.035 0.144 0.250 0.350 0.179 0.039 0.002 36 N 0.181 0.446 0.243 0.099 0.025 0.006 0.001 37 M 0.027 0.075 0.209 0.361 0.253 0.071 0.004 38 L 0.013 0.012 0.022 0.085 0.336 0.470 0.063 39 E 0.061 0.207 0.311 0.287 0.106 0.025 0.002 40 H 0.167 0.476 0.248 0.085 0.020 0.004 0.001 41 N 0.029 0.104 0.227 0.332 0.226 0.075 0.005 42 Y 0.022 0.033 0.071 0.218 0.376 0.259 0.022 43 K 0.197 0.331 0.272 0.139 0.051 0.010 0.001 44 N 0.257 0.304 0.209 0.149 0.060 0.018 0.002 45 W 0.042 0.097 0.156 0.264 0.256 0.163 0.021 46 C 0.058 0.100 0.178 0.274 0.259 0.119 0.013 47 T 0.294 0.331 0.198 0.110 0.049 0.015 0.002 48 L 0.161 0.215 0.239 0.224 0.123 0.035 0.003 49 N 0.378 0.295 0.180 0.098 0.038 0.010 0.001 50 K 0.436 0.324 0.152 0.064 0.020 0.004 0.001 51 Q 0.387 0.300 0.178 0.093 0.034 0.007 0.001 52 V 0.143 0.185 0.229 0.260 0.148 0.033 0.001 53 P 0.397 0.302 0.173 0.090 0.032 0.007 0.001 54 V 0.271 0.288 0.226 0.152 0.054 0.009 0.001 55 N 0.508 0.308 0.118 0.049 0.015 0.003 0.001 56 F 0.196 0.258 0.278 0.192 0.065 0.011 0.001 57 P 0.416 0.410 0.129 0.035 0.008 0.002 0.001 58 F 0.026 0.058 0.143 0.353 0.329 0.086 0.004 59 K 0.049 0.229 0.334 0.267 0.102 0.018 0.001 60 K 0.242 0.505 0.193 0.048 0.010 0.002 0.001 61 Y 0.013 0.096 0.287 0.371 0.190 0.041 0.002 62 C 0.003 0.009 0.035 0.165 0.440 0.330 0.019 63 L 0.043 0.197 0.350 0.294 0.099 0.017 0.001 64 D 0.122 0.482 0.288 0.092 0.014 0.002 0.001 65 V 0.016 0.033 0.091 0.314 0.397 0.145 0.004 66 L 0.029 0.062 0.157 0.343 0.338 0.068 0.001 67 E 0.373 0.458 0.136 0.027 0.004 0.001 0.001 68 H 0.435 0.343 0.155 0.055 0.010 0.001 0.001 69 L 0.192 0.286 0.288 0.165 0.057 0.011 0.001 70 D 0.772 0.170 0.036 0.014 0.006 0.002 0.001 71 M 0.334 0.207 0.182 0.161 0.088 0.026 0.002 72 C 0.199 0.161 0.182 0.242 0.162 0.051 0.003 73 E 0.296 0.390 0.211 0.084 0.016 0.003 0.001 74 K 0.499 0.308 0.133 0.046 0.012 0.002 0.001 75 R 0.223 0.129 0.173 0.233 0.185 0.053 0.002 76 S 0.175 0.109 0.157 0.285 0.207 0.065 0.003 77 I 0.365 0.375 0.179 0.064 0.015 0.002 0.001 78 N 0.485 0.338 0.123 0.043 0.009 0.002 0.001 79 L 0.110 0.140 0.196 0.259 0.211 0.079 0.004 80 D 0.262 0.293 0.218 0.134 0.073 0.019 0.001 81 E 0.277 0.302 0.214 0.142 0.056 0.008 0.001 82 N 0.400 0.378 0.158 0.051 0.012 0.002 0.001 83 D 0.070 0.186 0.288 0.311 0.124 0.020 0.001 84 F 0.012 0.022 0.041 0.139 0.356 0.394 0.036 85 L 0.006 0.033 0.105 0.319 0.364 0.164 0.009 86 K 0.016 0.132 0.292 0.343 0.180 0.036 0.002 87 L 0.001 0.002 0.012 0.096 0.352 0.502 0.035 88 L 0.002 0.003 0.003 0.008 0.062 0.560 0.363 89 L 0.020 0.092 0.148 0.263 0.282 0.173 0.023 90 E 0.016 0.142 0.335 0.352 0.129 0.023 0.003 91 F 0.003 0.010 0.033 0.149 0.408 0.364 0.032 92 N 0.104 0.251 0.256 0.239 0.119 0.029 0.001 93 K 0.317 0.400 0.191 0.069 0.019 0.003 0.001 94 K 0.325 0.310 0.229 0.104 0.027 0.004 0.001 95 G 0.123 0.170 0.237 0.279 0.143 0.047 0.002 96 I 0.128 0.087 0.083 0.141 0.249 0.282 0.030 97 H 0.112 0.155 0.157 0.195 0.205 0.146 0.029 98 F 0.130 0.121 0.155 0.223 0.205 0.136 0.030 99 F 0.286 0.238 0.190 0.154 0.086 0.037 0.007