# TARGET T0295 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3085 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.006 0.003 0.005 0.021 0.176 0.790 2 L 0.029 0.027 0.035 0.075 0.280 0.553 3 L 0.021 0.027 0.034 0.058 0.307 0.553 4 K 0.009 0.025 0.017 0.049 0.285 0.616 5 N 0.002 0.004 0.002 0.037 0.115 0.840 6 P 0.001 0.001 0.007 0.973 0.011 0.009 7 G 0.001 0.001 0.006 0.981 0.010 0.002 8 I 0.001 0.001 0.006 0.989 0.004 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 10 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 11 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 12 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 13 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.005 0.002 14 Y 0.001 0.001 0.003 0.974 0.012 0.010 15 A 0.002 0.001 0.007 0.907 0.034 0.050 16 A 0.014 0.010 0.010 0.458 0.112 0.396 17 K 0.014 0.007 0.007 0.023 0.186 0.764 18 I 0.027 0.017 0.008 0.018 0.255 0.675 19 K 0.020 0.017 0.006 0.006 0.865 0.086 20 S 0.017 0.005 0.013 0.008 0.912 0.045 21 S 0.029 0.001 0.006 0.002 0.915 0.048 22 D 0.343 0.008 0.005 0.003 0.560 0.082 23 I 0.895 0.017 0.001 0.001 0.017 0.068 24 V 0.955 0.013 0.001 0.001 0.007 0.023 25 L 0.947 0.002 0.001 0.002 0.011 0.036 26 E 0.913 0.006 0.002 0.001 0.015 0.062 27 I 0.477 0.004 0.008 0.004 0.132 0.374 28 G 0.237 0.012 0.008 0.007 0.308 0.428 29 C 0.052 0.019 0.006 0.012 0.485 0.426 30 G 0.012 0.020 0.018 0.060 0.560 0.330 31 T 0.012 0.013 0.041 0.342 0.422 0.170 32 G 0.006 0.003 0.043 0.557 0.220 0.170 33 N 0.001 0.001 0.017 0.964 0.011 0.006 34 L 0.001 0.001 0.012 0.979 0.005 0.002 35 T 0.001 0.001 0.007 0.986 0.004 0.003 36 V 0.001 0.001 0.005 0.989 0.004 0.001 37 K 0.001 0.001 0.005 0.988 0.006 0.001 38 L 0.001 0.001 0.006 0.982 0.009 0.001 39 L 0.001 0.001 0.013 0.962 0.020 0.004 40 P 0.001 0.001 0.041 0.830 0.105 0.022 41 L 0.003 0.003 0.055 0.612 0.216 0.110 42 A 0.009 0.004 0.025 0.064 0.521 0.377 43 K 0.034 0.001 0.011 0.009 0.463 0.483 44 K 0.621 0.005 0.006 0.006 0.177 0.185 45 V 0.957 0.004 0.001 0.001 0.013 0.025 46 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 47 T 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 48 I 0.967 0.002 0.001 0.001 0.005 0.026 49 D 0.760 0.005 0.001 0.002 0.044 0.188 50 I 0.123 0.011 0.004 0.003 0.156 0.704 51 D 0.015 0.006 0.001 0.007 0.114 0.858 52 S 0.001 0.001 0.039 0.860 0.071 0.030 53 R 0.001 0.001 0.018 0.924 0.045 0.011 54 M 0.001 0.001 0.013 0.963 0.018 0.004 55 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 56 S 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 57 E 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.001 59 K 0.001 0.001 0.002 0.991 0.005 0.002 60 K 0.001 0.001 0.001 0.982 0.009 0.007 61 R 0.001 0.001 0.002 0.954 0.018 0.024 62 C 0.004 0.003 0.017 0.908 0.044 0.024 63 L 0.006 0.002 0.067 0.777 0.109 0.039 64 Y 0.007 0.002 0.097 0.727 0.110 0.058 65 E 0.012 0.004 0.085 0.468 0.236 0.196 66 G 0.021 0.004 0.009 0.041 0.225 0.701 67 Y 0.063 0.016 0.012 0.015 0.485 0.408 68 N 0.139 0.008 0.017 0.017 0.531 0.288 69 N 0.366 0.008 0.017 0.012 0.423 0.174 70 L 0.804 0.009 0.003 0.006 0.089 0.090 71 E 0.938 0.002 0.001 0.004 0.016 0.039 72 V 0.957 0.004 0.001 0.003 0.008 0.027 73 Y 0.909 0.004 0.001 0.004 0.020 0.061 74 E 0.786 0.009 0.004 0.008 0.058 0.136 75 G 0.386 0.009 0.012 0.011 0.213 0.368 76 D 0.259 0.021 0.028 0.020 0.386 0.286 77 A 0.089 0.009 0.281 0.074 0.416 0.132 78 I 0.091 0.015 0.308 0.098 0.354 0.133 79 K 0.066 0.015 0.299 0.106 0.389 0.126 80 T 0.038 0.011 0.086 0.081 0.418 0.365 81 V 0.031 0.018 0.080 0.056 0.464 0.351 82 F 0.030 0.017 0.155 0.042 0.517 0.239 83 P 0.027 0.006 0.108 0.027 0.539 0.293 84 K 0.065 0.011 0.103 0.011 0.493 0.316 85 F 0.193 0.016 0.022 0.006 0.419 0.344 86 D 0.316 0.003 0.013 0.003 0.230 0.435 87 V 0.949 0.003 0.001 0.001 0.014 0.032 88 C 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 89 T 0.979 0.002 0.001 0.001 0.004 0.014 90 A 0.897 0.003 0.001 0.002 0.018 0.078 91 N 0.301 0.006 0.004 0.005 0.159 0.524 92 I 0.072 0.011 0.027 0.027 0.447 0.415 93 P 0.045 0.012 0.083 0.049 0.474 0.338 94 Y 0.035 0.018 0.258 0.111 0.428 0.149 95 K 0.028 0.014 0.280 0.146 0.378 0.154 96 I 0.026 0.011 0.197 0.152 0.376 0.237 97 S 0.010 0.008 0.043 0.150 0.339 0.450 98 S 0.006 0.005 0.026 0.176 0.254 0.533 99 P 0.007 0.008 0.045 0.441 0.197 0.302 100 L 0.003 0.002 0.040 0.867 0.054 0.035 101 I 0.004 0.001 0.027 0.902 0.042 0.024 102 F 0.005 0.001 0.021 0.921 0.033 0.020 103 K 0.006 0.002 0.016 0.946 0.019 0.012 104 L 0.007 0.002 0.014 0.949 0.017 0.012 105 I 0.015 0.001 0.024 0.908 0.030 0.022 106 S 0.015 0.001 0.021 0.892 0.039 0.031 107 H 0.015 0.002 0.020 0.869 0.043 0.051 108 R 0.021 0.004 0.066 0.719 0.096 0.094 109 P 0.037 0.004 0.115 0.590 0.148 0.106 110 L 0.056 0.006 0.104 0.469 0.217 0.148 111 F 0.063 0.019 0.036 0.303 0.252 0.327 112 K 0.067 0.014 0.021 0.134 0.572 0.192 113 C 0.040 0.005 0.021 0.113 0.656 0.165 114 A 0.063 0.004 0.020 0.051 0.690 0.173 115 V 0.573 0.013 0.012 0.044 0.246 0.112 116 L 0.886 0.006 0.002 0.026 0.021 0.059 117 M 0.919 0.005 0.002 0.034 0.009 0.031 118 F 0.909 0.003 0.003 0.041 0.012 0.032 119 Q 0.834 0.004 0.006 0.071 0.023 0.061 120 K 0.719 0.003 0.017 0.077 0.066 0.118 121 E 0.625 0.005 0.032 0.102 0.121 0.114 122 F 0.542 0.013 0.044 0.100 0.174 0.126 123 A 0.420 0.013 0.069 0.100 0.244 0.154 124 E 0.403 0.005 0.084 0.081 0.247 0.180 125 R 0.450 0.009 0.071 0.094 0.184 0.192 126 M 0.555 0.023 0.029 0.085 0.126 0.182 127 L 0.513 0.025 0.014 0.056 0.113 0.279 128 A 0.312 0.030 0.012 0.048 0.155 0.443 129 N 0.146 0.027 0.016 0.036 0.389 0.387 130 V 0.062 0.011 0.023 0.039 0.561 0.304 131 G 0.029 0.005 0.018 0.026 0.685 0.237 132 D 0.034 0.017 0.026 0.050 0.690 0.182 133 S 0.032 0.011 0.024 0.136 0.495 0.302 134 N 0.041 0.012 0.046 0.368 0.337 0.196 135 Y 0.059 0.011 0.040 0.580 0.164 0.146 136 S 0.119 0.014 0.029 0.635 0.088 0.114 137 R 0.149 0.010 0.023 0.701 0.049 0.069 138 L 0.198 0.006 0.019 0.700 0.029 0.049 139 T 0.255 0.004 0.020 0.658 0.025 0.037 140 I 0.245 0.002 0.022 0.693 0.020 0.018 141 N 0.210 0.002 0.020 0.724 0.025 0.020 142 V 0.190 0.003 0.020 0.728 0.033 0.025 143 K 0.251 0.003 0.020 0.611 0.064 0.051 144 L 0.187 0.005 0.021 0.630 0.086 0.070 145 F 0.218 0.008 0.026 0.456 0.167 0.123 146 C 0.180 0.006 0.036 0.299 0.260 0.218 147 K 0.309 0.008 0.025 0.101 0.266 0.291 148 V 0.560 0.006 0.016 0.051 0.159 0.208 149 T 0.752 0.008 0.008 0.028 0.077 0.127 150 K 0.868 0.006 0.004 0.015 0.035 0.072 151 V 0.827 0.005 0.008 0.015 0.050 0.095 152 C 0.788 0.004 0.007 0.013 0.061 0.126 153 N 0.740 0.013 0.006 0.007 0.075 0.159 154 V 0.413 0.064 0.003 0.006 0.119 0.395 155 N 0.121 0.018 0.010 0.007 0.301 0.543 156 R 0.018 0.006 0.464 0.026 0.385 0.100 157 S 0.014 0.004 0.514 0.021 0.379 0.068 158 S 0.044 0.012 0.415 0.034 0.397 0.098 159 F 0.108 0.043 0.067 0.022 0.340 0.420 160 N 0.097 0.028 0.015 0.011 0.266 0.582 161 P 0.102 0.042 0.019 0.012 0.253 0.572 162 P 0.065 0.015 0.010 0.007 0.390 0.513 163 P 0.059 0.013 0.015 0.009 0.379 0.525 164 K 0.117 0.026 0.018 0.008 0.364 0.467 165 V 0.172 0.022 0.012 0.008 0.391 0.395 166 D 0.190 0.013 0.011 0.005 0.246 0.535 167 S 0.613 0.011 0.010 0.005 0.132 0.229 168 V 0.879 0.004 0.004 0.004 0.039 0.070 169 I 0.969 0.004 0.001 0.001 0.008 0.017 170 V 0.976 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 171 K 0.971 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 172 L 0.938 0.003 0.001 0.001 0.007 0.051 173 I 0.808 0.004 0.001 0.001 0.030 0.156 174 P 0.433 0.006 0.001 0.001 0.076 0.482 175 K 0.157 0.019 0.003 0.001 0.160 0.660 176 E 0.046 0.010 0.003 0.001 0.150 0.789 177 S 0.026 0.007 0.003 0.001 0.146 0.816 178 S 0.025 0.010 0.004 0.002 0.119 0.841 179 F 0.035 0.027 0.004 0.004 0.091 0.840 180 L 0.019 0.010 0.004 0.006 0.082 0.878 181 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 0.976