# TARGET T0295 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3085 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.014 0.016 0.026 0.071 0.082 0.113 0.233 0.157 0.124 0.099 0.064 2 L 0.011 0.010 0.026 0.032 0.034 0.042 0.115 0.144 0.204 0.201 0.181 3 L 0.017 0.020 0.059 0.056 0.060 0.082 0.158 0.151 0.154 0.133 0.110 4 K 0.037 0.132 0.138 0.182 0.151 0.122 0.108 0.059 0.036 0.022 0.015 5 N 0.066 0.078 0.034 0.092 0.100 0.128 0.182 0.121 0.101 0.062 0.037 6 P 0.535 0.131 0.041 0.109 0.074 0.045 0.030 0.015 0.012 0.005 0.002 7 G 0.483 0.142 0.075 0.135 0.071 0.045 0.027 0.011 0.007 0.003 0.001 8 I 0.006 0.021 0.014 0.034 0.051 0.074 0.179 0.170 0.169 0.152 0.130 9 L 0.004 0.014 0.020 0.043 0.055 0.102 0.210 0.169 0.161 0.118 0.103 10 D 0.049 0.053 0.305 0.233 0.153 0.099 0.059 0.024 0.014 0.008 0.003 11 K 0.010 0.022 0.061 0.172 0.199 0.206 0.203 0.085 0.027 0.012 0.004 12 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.065 0.253 0.340 0.313 13 I 0.001 0.001 0.008 0.014 0.043 0.093 0.223 0.194 0.176 0.152 0.093 14 Y 0.004 0.024 0.401 0.193 0.124 0.087 0.081 0.040 0.024 0.016 0.006 15 A 0.002 0.005 0.027 0.065 0.100 0.171 0.309 0.170 0.082 0.048 0.021 16 A 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.007 0.041 0.090 0.247 0.342 0.262 17 K 0.042 0.088 0.127 0.283 0.218 0.124 0.078 0.024 0.009 0.004 0.002 18 I 0.010 0.017 0.039 0.024 0.034 0.073 0.161 0.182 0.176 0.167 0.117 19 K 0.202 0.265 0.069 0.189 0.106 0.073 0.057 0.023 0.010 0.004 0.003 20 S 0.347 0.251 0.059 0.112 0.071 0.053 0.047 0.025 0.018 0.011 0.005 21 S 0.429 0.178 0.042 0.123 0.098 0.058 0.035 0.017 0.012 0.006 0.003 22 D 0.402 0.141 0.051 0.129 0.090 0.074 0.056 0.024 0.021 0.008 0.004 23 I 0.027 0.048 0.038 0.145 0.153 0.140 0.189 0.111 0.070 0.050 0.029 24 V 0.002 0.004 0.014 0.019 0.021 0.030 0.087 0.126 0.188 0.237 0.273 25 L 0.002 0.004 0.015 0.020 0.035 0.061 0.134 0.176 0.203 0.193 0.157 26 E 0.016 0.042 0.105 0.175 0.187 0.151 0.120 0.092 0.059 0.035 0.018 27 I 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.021 0.065 0.101 0.217 0.273 0.305 28 G 0.025 0.026 0.017 0.051 0.068 0.085 0.145 0.163 0.185 0.136 0.098 29 C 0.009 0.018 0.018 0.060 0.061 0.081 0.150 0.140 0.157 0.156 0.150 30 G 0.019 0.029 0.020 0.052 0.071 0.108 0.173 0.148 0.144 0.123 0.114 31 T 0.022 0.047 0.018 0.094 0.093 0.098 0.142 0.124 0.142 0.121 0.099 32 G 0.018 0.017 0.011 0.044 0.057 0.091 0.166 0.122 0.175 0.157 0.143 33 N 0.048 0.045 0.031 0.170 0.133 0.119 0.165 0.096 0.082 0.062 0.048 34 L 0.001 0.005 0.004 0.020 0.037 0.054 0.154 0.175 0.192 0.200 0.159 35 T 0.001 0.002 0.004 0.010 0.011 0.017 0.054 0.097 0.221 0.262 0.320 36 V 0.010 0.007 0.030 0.050 0.087 0.113 0.198 0.148 0.160 0.123 0.075 37 K 0.009 0.026 0.063 0.197 0.198 0.160 0.186 0.086 0.043 0.022 0.011 38 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.007 0.041 0.087 0.233 0.308 0.314 39 L 0.003 0.003 0.007 0.015 0.036 0.071 0.194 0.208 0.197 0.163 0.103 40 P 0.067 0.082 0.462 0.207 0.095 0.046 0.024 0.009 0.006 0.003 0.001 41 L 0.008 0.029 0.030 0.092 0.137 0.205 0.289 0.127 0.049 0.024 0.011 42 A 0.007 0.007 0.007 0.010 0.011 0.022 0.086 0.131 0.234 0.246 0.241 43 K 0.047 0.062 0.077 0.212 0.194 0.161 0.147 0.046 0.028 0.017 0.009 44 K 0.043 0.076 0.214 0.242 0.199 0.118 0.061 0.026 0.013 0.006 0.002 45 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.015 0.075 0.111 0.212 0.262 0.313 46 I 0.004 0.007 0.010 0.027 0.045 0.074 0.194 0.237 0.184 0.129 0.089 47 T 0.002 0.006 0.048 0.040 0.040 0.042 0.089 0.133 0.197 0.209 0.193 48 I 0.006 0.006 0.022 0.023 0.047 0.086 0.191 0.168 0.181 0.139 0.131 49 D 0.139 0.132 0.102 0.242 0.119 0.076 0.078 0.045 0.036 0.020 0.011 50 I 0.014 0.047 0.015 0.049 0.063 0.103 0.220 0.164 0.141 0.105 0.079 51 D 0.112 0.206 0.043 0.146 0.121 0.118 0.115 0.068 0.043 0.018 0.010 52 S 0.425 0.107 0.087 0.169 0.107 0.057 0.030 0.010 0.006 0.002 0.001 53 R 0.395 0.103 0.154 0.185 0.085 0.044 0.022 0.007 0.003 0.001 0.001 54 M 0.001 0.008 0.010 0.012 0.016 0.035 0.125 0.190 0.277 0.200 0.125 55 I 0.001 0.001 0.007 0.011 0.032 0.116 0.290 0.214 0.153 0.110 0.067 56 S 0.018 0.023 0.723 0.147 0.056 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 57 E 0.005 0.016 0.099 0.226 0.209 0.240 0.158 0.040 0.006 0.001 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.175 0.373 0.427 59 K 0.001 0.003 0.017 0.041 0.178 0.329 0.320 0.069 0.024 0.013 0.003 60 K 0.002 0.007 0.925 0.048 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 61 R 0.003 0.006 0.045 0.105 0.107 0.219 0.415 0.080 0.013 0.005 0.001 62 C 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.032 0.091 0.231 0.341 0.298 63 L 0.022 0.079 0.171 0.246 0.177 0.129 0.113 0.032 0.016 0.010 0.005 64 Y 0.082 0.114 0.396 0.157 0.100 0.063 0.044 0.019 0.012 0.009 0.004 65 E 0.301 0.136 0.071 0.132 0.099 0.089 0.086 0.041 0.026 0.012 0.007 66 G 0.392 0.278 0.036 0.102 0.064 0.047 0.037 0.024 0.015 0.005 0.002 67 Y 0.027 0.017 0.010 0.027 0.040 0.066 0.133 0.135 0.175 0.177 0.194 68 N 0.162 0.226 0.138 0.238 0.122 0.058 0.034 0.012 0.007 0.003 0.002 69 N 0.025 0.046 0.060 0.185 0.159 0.140 0.158 0.098 0.065 0.045 0.020 70 L 0.003 0.002 0.005 0.006 0.011 0.023 0.071 0.120 0.220 0.265 0.274 71 E 0.040 0.065 0.060 0.230 0.200 0.151 0.125 0.069 0.037 0.016 0.007 72 V 0.003 0.005 0.024 0.022 0.023 0.035 0.086 0.111 0.187 0.257 0.247 73 Y 0.014 0.033 0.032 0.066 0.089 0.117 0.205 0.153 0.127 0.091 0.072 74 E 0.038 0.068 0.050 0.145 0.121 0.124 0.157 0.113 0.093 0.061 0.031 75 G 0.090 0.060 0.058 0.099 0.121 0.137 0.143 0.107 0.089 0.060 0.037 76 D 0.130 0.125 0.047 0.183 0.144 0.115 0.117 0.066 0.044 0.020 0.010 77 A 0.012 0.013 0.014 0.029 0.032 0.041 0.104 0.116 0.197 0.227 0.214 78 I 0.029 0.030 0.045 0.084 0.106 0.118 0.201 0.118 0.111 0.090 0.067 79 K 0.070 0.092 0.180 0.262 0.152 0.094 0.076 0.032 0.022 0.013 0.006 80 T 0.031 0.029 0.040 0.058 0.067 0.103 0.195 0.151 0.134 0.115 0.078 81 V 0.132 0.159 0.051 0.120 0.098 0.092 0.118 0.098 0.067 0.040 0.025 82 F 0.161 0.126 0.045 0.105 0.105 0.109 0.118 0.090 0.068 0.044 0.029 83 P 0.470 0.209 0.078 0.110 0.067 0.033 0.015 0.008 0.006 0.003 0.001 84 K 0.248 0.180 0.042 0.155 0.127 0.093 0.073 0.036 0.026 0.013 0.006 85 F 0.029 0.032 0.014 0.054 0.067 0.094 0.159 0.132 0.156 0.137 0.126 86 D 0.019 0.033 0.031 0.110 0.113 0.138 0.199 0.119 0.107 0.075 0.056 87 V 0.008 0.019 0.048 0.129 0.135 0.137 0.173 0.127 0.097 0.078 0.049 88 C 0.001 0.001 0.003 0.006 0.010 0.019 0.070 0.125 0.213 0.277 0.276 89 T 0.001 0.003 0.007 0.020 0.032 0.041 0.099 0.169 0.220 0.212 0.196 90 A 0.001 0.001 0.005 0.007 0.013 0.023 0.067 0.113 0.234 0.266 0.269 91 N 0.009 0.017 0.031 0.077 0.114 0.136 0.186 0.149 0.128 0.086 0.066 92 I 0.003 0.007 0.007 0.029 0.042 0.068 0.170 0.166 0.193 0.174 0.140 93 P 0.010 0.014 0.013 0.036 0.041 0.054 0.117 0.136 0.201 0.196 0.182 94 Y 0.011 0.010 0.012 0.037 0.053 0.082 0.177 0.142 0.180 0.159 0.137 95 K 0.048 0.057 0.077 0.155 0.134 0.118 0.148 0.083 0.078 0.059 0.044 96 I 0.011 0.018 0.015 0.050 0.059 0.085 0.196 0.156 0.157 0.138 0.115 97 S 0.021 0.025 0.019 0.035 0.040 0.055 0.123 0.145 0.188 0.180 0.170 98 S 0.104 0.103 0.062 0.169 0.144 0.124 0.126 0.067 0.051 0.031 0.020 99 P 0.203 0.132 0.101 0.165 0.122 0.093 0.078 0.040 0.034 0.020 0.011 100 L 0.042 0.066 0.026 0.085 0.097 0.113 0.182 0.124 0.122 0.085 0.057 101 I 0.041 0.052 0.034 0.107 0.105 0.130 0.190 0.117 0.108 0.070 0.045 102 F 0.051 0.041 0.101 0.141 0.119 0.120 0.158 0.088 0.079 0.063 0.039 103 K 0.022 0.054 0.087 0.186 0.177 0.161 0.170 0.078 0.038 0.019 0.008 104 L 0.002 0.002 0.010 0.010 0.011 0.018 0.074 0.104 0.225 0.283 0.260 105 I 0.028 0.023 0.071 0.078 0.111 0.137 0.211 0.133 0.097 0.073 0.039 106 S 0.033 0.098 0.246 0.248 0.143 0.096 0.071 0.032 0.020 0.010 0.004 107 H 0.013 0.022 0.033 0.041 0.056 0.110 0.232 0.176 0.149 0.105 0.064 108 R 0.096 0.070 0.055 0.126 0.121 0.126 0.167 0.092 0.073 0.048 0.027 109 P 0.244 0.134 0.206 0.187 0.099 0.061 0.039 0.015 0.009 0.004 0.001 110 L 0.047 0.052 0.074 0.118 0.111 0.121 0.186 0.114 0.081 0.058 0.037 111 F 0.017 0.022 0.021 0.028 0.037 0.068 0.169 0.168 0.189 0.154 0.125 112 K 0.075 0.130 0.175 0.246 0.158 0.097 0.062 0.026 0.017 0.010 0.005 113 C 0.079 0.082 0.134 0.158 0.129 0.132 0.129 0.068 0.044 0.030 0.015 114 A 0.079 0.081 0.048 0.132 0.128 0.135 0.153 0.102 0.077 0.042 0.022 115 V 0.017 0.019 0.018 0.039 0.046 0.081 0.162 0.156 0.201 0.152 0.108 116 L 0.025 0.034 0.070 0.129 0.137 0.134 0.171 0.108 0.090 0.063 0.042 117 M 0.013 0.017 0.056 0.078 0.071 0.088 0.183 0.140 0.136 0.124 0.094 118 F 0.008 0.020 0.037 0.061 0.064 0.080 0.164 0.150 0.165 0.142 0.110 119 Q 0.012 0.021 0.038 0.054 0.061 0.090 0.182 0.150 0.169 0.136 0.087 120 K 0.074 0.073 0.122 0.196 0.171 0.138 0.117 0.046 0.033 0.020 0.009 121 E 0.154 0.122 0.143 0.189 0.121 0.103 0.090 0.039 0.023 0.011 0.004 122 F 0.024 0.038 0.031 0.069 0.065 0.091 0.204 0.165 0.136 0.107 0.069 123 A 0.023 0.035 0.038 0.052 0.070 0.109 0.195 0.152 0.138 0.110 0.078 124 E 0.082 0.118 0.223 0.255 0.158 0.086 0.045 0.016 0.010 0.005 0.002 125 R 0.051 0.044 0.107 0.151 0.143 0.151 0.172 0.076 0.053 0.035 0.017 126 M 0.016 0.016 0.024 0.054 0.051 0.069 0.199 0.152 0.166 0.148 0.104 127 L 0.017 0.023 0.043 0.070 0.073 0.089 0.172 0.162 0.145 0.127 0.079 128 A 0.017 0.025 0.072 0.059 0.075 0.099 0.152 0.140 0.142 0.126 0.093 129 N 0.131 0.154 0.131 0.212 0.145 0.096 0.068 0.032 0.018 0.009 0.004 130 V 0.093 0.055 0.025 0.060 0.068 0.087 0.148 0.134 0.139 0.113 0.078 131 G 0.328 0.220 0.042 0.115 0.088 0.065 0.057 0.036 0.027 0.013 0.009 132 D 0.248 0.173 0.054 0.147 0.105 0.082 0.078 0.044 0.036 0.021 0.013 133 S 0.281 0.165 0.075 0.137 0.113 0.081 0.063 0.033 0.026 0.016 0.010 134 N 0.186 0.181 0.071 0.177 0.119 0.091 0.080 0.042 0.030 0.015 0.007 135 Y 0.049 0.047 0.038 0.096 0.100 0.123 0.178 0.123 0.105 0.082 0.060 136 S 0.080 0.074 0.083 0.136 0.112 0.113 0.140 0.094 0.080 0.054 0.033 137 R 0.039 0.068 0.095 0.188 0.156 0.135 0.133 0.077 0.055 0.035 0.019 138 L 0.007 0.010 0.018 0.025 0.034 0.061 0.142 0.155 0.202 0.197 0.148 139 T 0.049 0.067 0.075 0.175 0.160 0.143 0.137 0.082 0.058 0.035 0.019 140 I 0.021 0.031 0.051 0.076 0.079 0.108 0.174 0.146 0.140 0.112 0.065 141 N 0.022 0.050 0.051 0.119 0.128 0.133 0.170 0.122 0.098 0.065 0.042 142 V 0.010 0.010 0.016 0.033 0.039 0.069 0.170 0.149 0.201 0.179 0.123 143 K 0.063 0.069 0.143 0.222 0.179 0.124 0.098 0.044 0.031 0.019 0.009 144 L 0.006 0.013 0.028 0.051 0.053 0.086 0.219 0.156 0.160 0.138 0.090 145 F 0.014 0.023 0.041 0.066 0.070 0.088 0.177 0.154 0.151 0.129 0.087 146 C 0.028 0.029 0.058 0.071 0.077 0.112 0.193 0.145 0.126 0.101 0.060 147 K 0.075 0.179 0.173 0.229 0.160 0.095 0.050 0.022 0.011 0.004 0.002 148 V 0.014 0.014 0.014 0.030 0.037 0.070 0.187 0.160 0.193 0.163 0.118 149 T 0.165 0.108 0.097 0.173 0.140 0.099 0.098 0.047 0.036 0.023 0.013 150 K 0.054 0.088 0.116 0.238 0.151 0.119 0.127 0.052 0.031 0.017 0.006 151 V 0.016 0.018 0.051 0.055 0.062 0.082 0.162 0.135 0.152 0.149 0.116 152 C 0.032 0.030 0.053 0.088 0.092 0.124 0.232 0.123 0.105 0.077 0.044 153 N 0.098 0.135 0.244 0.245 0.132 0.065 0.040 0.021 0.011 0.006 0.002 154 V 0.009 0.009 0.009 0.014 0.026 0.059 0.161 0.197 0.190 0.175 0.152 155 N 0.283 0.266 0.066 0.147 0.094 0.057 0.038 0.025 0.015 0.006 0.004 156 R 0.205 0.117 0.076 0.146 0.119 0.092 0.090 0.050 0.048 0.035 0.022 157 S 0.373 0.180 0.066 0.130 0.101 0.060 0.044 0.020 0.014 0.007 0.004 158 S 0.153 0.114 0.041 0.148 0.114 0.099 0.121 0.081 0.067 0.040 0.023 159 F 0.061 0.051 0.031 0.061 0.075 0.098 0.148 0.147 0.134 0.111 0.084 160 N 0.141 0.161 0.107 0.202 0.136 0.090 0.064 0.041 0.029 0.017 0.011 161 P 0.052 0.056 0.036 0.078 0.088 0.107 0.156 0.127 0.121 0.104 0.074 162 P 0.163 0.138 0.042 0.154 0.140 0.106 0.090 0.067 0.051 0.030 0.020 163 P 0.110 0.057 0.027 0.071 0.070 0.087 0.129 0.111 0.139 0.112 0.086 164 K 0.161 0.199 0.055 0.212 0.147 0.090 0.059 0.035 0.022 0.013 0.008 165 V 0.010 0.015 0.007 0.021 0.030 0.051 0.122 0.139 0.192 0.210 0.204 166 D 0.071 0.115 0.032 0.176 0.155 0.129 0.121 0.079 0.056 0.037 0.028 167 S 0.094 0.073 0.057 0.158 0.138 0.124 0.117 0.076 0.082 0.052 0.030 168 V 0.017 0.024 0.016 0.070 0.096 0.105 0.183 0.153 0.138 0.114 0.083 169 I 0.004 0.006 0.007 0.029 0.036 0.045 0.121 0.154 0.220 0.201 0.177 170 V 0.004 0.003 0.015 0.014 0.020 0.028 0.076 0.118 0.221 0.264 0.238 171 K 0.018 0.048 0.091 0.198 0.213 0.157 0.140 0.072 0.036 0.018 0.009 172 L 0.003 0.004 0.010 0.012 0.016 0.029 0.094 0.132 0.221 0.251 0.228 173 I 0.082 0.083 0.041 0.130 0.141 0.134 0.173 0.099 0.061 0.035 0.021 174 P 0.254 0.184 0.119 0.170 0.096 0.060 0.049 0.028 0.022 0.012 0.005 175 K 0.175 0.108 0.048 0.114 0.126 0.125 0.136 0.072 0.048 0.029 0.020 176 E 0.334 0.206 0.051 0.132 0.089 0.061 0.057 0.031 0.022 0.011 0.005 177 S 0.228 0.118 0.071 0.146 0.114 0.091 0.095 0.052 0.039 0.027 0.017 178 S 0.285 0.161 0.102 0.142 0.104 0.074 0.062 0.031 0.021 0.012 0.007 179 F 0.180 0.146 0.069 0.144 0.113 0.094 0.094 0.067 0.048 0.028 0.016 180 L 0.109 0.092 0.034 0.077 0.092 0.112 0.143 0.128 0.098 0.066 0.050 181 T 0.316 0.227 0.078 0.154 0.092 0.054 0.034 0.020 0.014 0.007 0.004