# TARGET T0295 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3085 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.220 0.068 0.120 0.123 0.029 0.127 0.195 0.005 0.110 0.001 0.001 2 L 0.769 0.044 0.049 0.106 0.008 0.011 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 3 L 0.717 0.073 0.087 0.094 0.007 0.014 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 4 K 0.365 0.093 0.103 0.386 0.012 0.020 0.009 0.002 0.010 0.001 0.001 5 N 0.035 0.116 0.455 0.002 0.020 0.061 0.005 0.001 0.302 0.003 0.001 6 P 0.992 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 G 0.973 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 8 I 0.983 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 Y 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.806 0.001 0.001 0.191 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.417 0.020 0.112 0.411 0.006 0.006 0.007 0.006 0.014 0.001 0.001 17 K 0.164 0.032 0.164 0.104 0.012 0.116 0.372 0.006 0.027 0.002 0.001 18 I 0.124 0.125 0.638 0.042 0.005 0.055 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 19 K 0.102 0.195 0.464 0.067 0.055 0.050 0.009 0.002 0.050 0.006 0.001 20 S 0.397 0.045 0.400 0.081 0.019 0.019 0.018 0.005 0.006 0.009 0.002 21 S 0.213 0.028 0.061 0.362 0.029 0.009 0.065 0.214 0.009 0.011 0.001 22 D 0.029 0.145 0.588 0.089 0.027 0.053 0.039 0.007 0.023 0.001 0.001 23 I 0.008 0.644 0.291 0.006 0.033 0.011 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 24 V 0.010 0.844 0.093 0.002 0.019 0.013 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 25 L 0.013 0.758 0.149 0.003 0.022 0.024 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 26 E 0.016 0.348 0.454 0.003 0.020 0.130 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 27 I 0.072 0.502 0.215 0.080 0.020 0.050 0.004 0.001 0.054 0.001 0.001 28 G 0.045 0.046 0.131 0.007 0.256 0.007 0.035 0.062 0.009 0.402 0.001 29 C 0.312 0.073 0.326 0.198 0.036 0.026 0.006 0.003 0.007 0.005 0.007 30 G 0.133 0.016 0.076 0.033 0.097 0.005 0.021 0.099 0.003 0.516 0.001 31 T 0.610 0.028 0.079 0.240 0.009 0.016 0.006 0.002 0.005 0.003 0.002 32 G 0.661 0.006 0.053 0.021 0.029 0.004 0.013 0.100 0.002 0.111 0.001 33 N 0.941 0.002 0.006 0.033 0.001 0.010 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 34 L 0.975 0.002 0.002 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 T 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 V 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 K 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.931 0.001 0.001 0.067 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 L 0.953 0.004 0.019 0.011 0.001 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 40 P 0.973 0.001 0.009 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 L 0.566 0.003 0.007 0.418 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 A 0.325 0.055 0.322 0.124 0.020 0.039 0.056 0.032 0.024 0.004 0.001 43 K 0.436 0.088 0.155 0.212 0.047 0.011 0.028 0.010 0.005 0.008 0.001 44 K 0.092 0.414 0.289 0.073 0.051 0.039 0.021 0.002 0.018 0.001 0.001 45 V 0.012 0.619 0.287 0.002 0.008 0.037 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 46 I 0.234 0.450 0.149 0.067 0.004 0.065 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 47 T 0.009 0.682 0.122 0.006 0.140 0.020 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 48 I 0.016 0.842 0.049 0.010 0.023 0.018 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 49 D 0.013 0.362 0.368 0.008 0.086 0.120 0.005 0.001 0.037 0.002 0.001 50 I 0.273 0.130 0.146 0.366 0.019 0.052 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 51 D 0.014 0.149 0.565 0.004 0.137 0.067 0.001 0.001 0.058 0.006 0.001 52 S 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 R 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 M 0.977 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 E 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 V 0.984 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 K 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 R 0.875 0.001 0.001 0.121 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 C 0.826 0.013 0.047 0.070 0.003 0.008 0.010 0.006 0.016 0.002 0.001 63 L 0.887 0.015 0.034 0.039 0.003 0.009 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 64 Y 0.780 0.037 0.031 0.108 0.009 0.011 0.010 0.004 0.007 0.001 0.001 65 E 0.221 0.041 0.071 0.573 0.018 0.010 0.038 0.003 0.022 0.001 0.001 66 G 0.037 0.003 0.015 0.022 0.020 0.002 0.168 0.659 0.001 0.071 0.001 67 Y 0.147 0.322 0.314 0.101 0.024 0.054 0.007 0.002 0.026 0.003 0.001 68 N 0.280 0.168 0.171 0.230 0.041 0.029 0.050 0.005 0.015 0.011 0.001 69 N 0.056 0.072 0.056 0.272 0.059 0.059 0.365 0.019 0.038 0.002 0.001 70 L 0.013 0.610 0.303 0.008 0.048 0.008 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 71 E 0.013 0.695 0.232 0.003 0.013 0.031 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 72 V 0.017 0.767 0.153 0.002 0.021 0.025 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 73 Y 0.060 0.723 0.083 0.015 0.045 0.040 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 74 E 0.048 0.590 0.174 0.034 0.072 0.035 0.007 0.001 0.036 0.001 0.001 75 G 0.141 0.101 0.126 0.023 0.367 0.009 0.034 0.083 0.008 0.107 0.001 76 D 0.176 0.151 0.224 0.101 0.096 0.131 0.028 0.003 0.082 0.006 0.003 77 A 0.763 0.044 0.042 0.108 0.012 0.013 0.007 0.003 0.005 0.002 0.001 78 I 0.685 0.082 0.078 0.123 0.010 0.010 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 79 K 0.513 0.105 0.110 0.158 0.036 0.019 0.030 0.008 0.020 0.001 0.001 80 T 0.350 0.151 0.258 0.127 0.032 0.034 0.022 0.004 0.021 0.002 0.001 81 V 0.315 0.177 0.133 0.251 0.016 0.052 0.019 0.002 0.032 0.002 0.001 82 F 0.116 0.141 0.360 0.016 0.032 0.048 0.066 0.005 0.198 0.015 0.001 83 P 0.600 0.006 0.257 0.034 0.003 0.017 0.004 0.004 0.001 0.002 0.072 84 K 0.329 0.169 0.093 0.296 0.035 0.015 0.028 0.021 0.012 0.003 0.001 85 F 0.052 0.224 0.527 0.012 0.070 0.071 0.012 0.003 0.025 0.003 0.001 86 D 0.611 0.006 0.007 0.363 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 87 V 0.006 0.765 0.015 0.006 0.201 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 88 C 0.007 0.892 0.049 0.002 0.010 0.010 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 89 T 0.011 0.806 0.054 0.003 0.022 0.028 0.001 0.001 0.074 0.001 0.001 90 A 0.045 0.472 0.123 0.035 0.126 0.115 0.019 0.003 0.051 0.010 0.001 91 N 0.098 0.169 0.179 0.127 0.071 0.147 0.066 0.009 0.115 0.014 0.004 92 I 0.077 0.240 0.315 0.009 0.054 0.064 0.097 0.001 0.131 0.004 0.008 93 P 0.287 0.015 0.501 0.019 0.001 0.073 0.003 0.001 0.003 0.001 0.097 94 Y 0.428 0.129 0.138 0.143 0.044 0.035 0.047 0.014 0.017 0.003 0.001 95 K 0.303 0.126 0.108 0.124 0.067 0.071 0.139 0.022 0.030 0.008 0.001 96 I 0.310 0.164 0.109 0.308 0.024 0.039 0.016 0.003 0.024 0.002 0.001 97 S 0.275 0.147 0.268 0.149 0.059 0.033 0.023 0.007 0.022 0.016 0.001 98 S 0.378 0.051 0.362 0.006 0.061 0.013 0.013 0.016 0.022 0.074 0.003 99 P 0.834 0.002 0.078 0.021 0.001 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.040 100 L 0.921 0.012 0.025 0.029 0.001 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 101 I 0.959 0.009 0.014 0.012 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 F 0.977 0.005 0.004 0.008 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 103 K 0.969 0.007 0.004 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 L 0.964 0.005 0.009 0.018 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 I 0.955 0.008 0.005 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 S 0.895 0.018 0.017 0.054 0.009 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 107 H 0.633 0.021 0.031 0.291 0.004 0.007 0.006 0.002 0.005 0.001 0.001 108 R 0.424 0.105 0.206 0.006 0.029 0.009 0.025 0.004 0.175 0.016 0.001 109 P 0.757 0.001 0.163 0.014 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 110 L 0.723 0.031 0.070 0.144 0.006 0.013 0.005 0.002 0.005 0.001 0.001 111 F 0.333 0.158 0.200 0.196 0.028 0.046 0.015 0.003 0.018 0.002 0.001 112 K 0.361 0.216 0.183 0.066 0.032 0.035 0.044 0.004 0.055 0.005 0.001 113 C 0.336 0.119 0.354 0.097 0.042 0.018 0.011 0.005 0.007 0.009 0.002 114 A 0.329 0.049 0.080 0.185 0.057 0.017 0.132 0.121 0.011 0.018 0.001 115 V 0.194 0.408 0.260 0.029 0.069 0.016 0.005 0.002 0.013 0.003 0.001 116 L 0.307 0.370 0.254 0.014 0.011 0.030 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 117 M 0.449 0.366 0.100 0.020 0.021 0.023 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 118 F 0.429 0.350 0.103 0.024 0.033 0.034 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 119 Q 0.673 0.135 0.102 0.020 0.014 0.039 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 120 K 0.871 0.042 0.033 0.023 0.009 0.013 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 121 E 0.848 0.051 0.033 0.038 0.011 0.009 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 122 F 0.790 0.039 0.029 0.117 0.005 0.009 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 123 A 0.778 0.044 0.063 0.044 0.021 0.006 0.021 0.007 0.007 0.008 0.001 124 E 0.825 0.024 0.055 0.059 0.009 0.010 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 125 R 0.634 0.102 0.096 0.130 0.013 0.010 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 126 M 0.500 0.133 0.175 0.118 0.018 0.023 0.010 0.002 0.019 0.001 0.001 127 L 0.320 0.211 0.157 0.182 0.025 0.050 0.020 0.002 0.031 0.001 0.001 128 A 0.142 0.330 0.316 0.053 0.086 0.027 0.009 0.002 0.030 0.005 0.001 129 N 0.053 0.157 0.623 0.021 0.018 0.082 0.008 0.001 0.032 0.001 0.004 130 V 0.275 0.178 0.394 0.099 0.009 0.026 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 131 G 0.089 0.027 0.096 0.041 0.119 0.008 0.046 0.241 0.007 0.325 0.001 132 D 0.212 0.093 0.278 0.238 0.030 0.077 0.023 0.005 0.037 0.005 0.003 133 S 0.358 0.100 0.200 0.181 0.065 0.014 0.035 0.017 0.013 0.017 0.001 134 N 0.320 0.050 0.143 0.287 0.021 0.046 0.086 0.018 0.020 0.004 0.002 135 Y 0.261 0.201 0.177 0.213 0.060 0.021 0.036 0.014 0.012 0.006 0.001 136 S 0.239 0.268 0.173 0.107 0.135 0.015 0.021 0.013 0.013 0.015 0.001 137 R 0.115 0.552 0.199 0.018 0.049 0.021 0.008 0.001 0.036 0.001 0.001 138 L 0.120 0.164 0.640 0.011 0.007 0.049 0.002 0.001 0.005 0.001 0.002 139 T 0.155 0.626 0.099 0.020 0.076 0.010 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 140 I 0.144 0.691 0.073 0.008 0.066 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 141 N 0.250 0.435 0.183 0.024 0.027 0.054 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 142 V 0.238 0.548 0.079 0.033 0.061 0.018 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 143 K 0.274 0.449 0.150 0.017 0.032 0.032 0.008 0.001 0.036 0.001 0.001 144 L 0.381 0.313 0.180 0.061 0.018 0.028 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 145 F 0.297 0.220 0.163 0.144 0.045 0.046 0.038 0.006 0.038 0.003 0.001 146 C 0.303 0.210 0.191 0.074 0.147 0.010 0.025 0.018 0.008 0.015 0.001 147 K 0.216 0.262 0.176 0.149 0.063 0.052 0.050 0.006 0.022 0.003 0.001 148 V 0.090 0.422 0.368 0.025 0.044 0.031 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 149 T 0.163 0.632 0.075 0.050 0.039 0.011 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 150 K 0.032 0.433 0.476 0.003 0.020 0.027 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 151 V 0.126 0.585 0.126 0.060 0.018 0.036 0.002 0.001 0.046 0.001 0.001 152 C 0.077 0.512 0.142 0.030 0.174 0.016 0.011 0.002 0.034 0.004 0.001 153 N 0.046 0.218 0.432 0.057 0.051 0.104 0.048 0.005 0.032 0.003 0.005 154 V 0.018 0.615 0.293 0.018 0.028 0.016 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 155 N 0.004 0.111 0.693 0.001 0.029 0.116 0.002 0.001 0.041 0.002 0.001 156 R 0.916 0.006 0.012 0.053 0.002 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 157 S 0.775 0.022 0.018 0.164 0.008 0.002 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 158 S 0.398 0.085 0.045 0.432 0.023 0.003 0.004 0.004 0.005 0.001 0.001 159 F 0.104 0.208 0.370 0.111 0.055 0.033 0.068 0.016 0.016 0.019 0.001 160 N 0.008 0.402 0.267 0.002 0.018 0.019 0.015 0.001 0.267 0.001 0.001 161 P 0.010 0.004 0.868 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.108 162 P 0.007 0.002 0.854 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.128 163 P 0.037 0.008 0.844 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 164 K 0.074 0.185 0.446 0.045 0.042 0.128 0.026 0.012 0.037 0.002 0.003 165 V 0.042 0.565 0.244 0.020 0.031 0.057 0.004 0.001 0.035 0.001 0.001 166 D 0.236 0.234 0.137 0.280 0.029 0.051 0.006 0.001 0.023 0.001 0.001 167 S 0.024 0.350 0.085 0.035 0.489 0.003 0.003 0.004 0.004 0.002 0.001 168 V 0.004 0.689 0.103 0.006 0.173 0.008 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 169 I 0.001 0.800 0.144 0.001 0.028 0.011 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 170 V 0.001 0.888 0.055 0.001 0.022 0.011 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 171 K 0.001 0.581 0.348 0.001 0.004 0.046 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 172 L 0.003 0.497 0.401 0.001 0.008 0.056 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 173 I 0.001 0.530 0.244 0.001 0.006 0.024 0.002 0.001 0.193 0.001 0.001 174 P 0.031 0.005 0.911 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 175 K 0.042 0.295 0.434 0.019 0.075 0.060 0.014 0.002 0.058 0.001 0.001 176 E 0.176 0.136 0.531 0.043 0.021 0.047 0.010 0.003 0.019 0.004 0.011 177 S 0.136 0.159 0.459 0.109 0.067 0.029 0.007 0.004 0.021 0.006 0.003 178 S 0.142 0.159 0.482 0.058 0.068 0.040 0.011 0.004 0.027 0.006 0.003 179 F 0.167 0.113 0.508 0.088 0.011 0.072 0.005 0.002 0.028 0.001 0.006 180 L 0.144 0.194 0.433 0.110 0.016 0.063 0.005 0.003 0.030 0.002 0.001 181 T 0.141 0.210 0.336 0.105 0.080 0.049 0.020 0.011 0.031 0.017 0.001