# TARGET T0295 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3085 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.639 0.206 0.095 0.043 0.013 0.003 0.001 2 L 0.403 0.191 0.136 0.141 0.087 0.038 0.004 3 L 0.254 0.186 0.143 0.157 0.155 0.090 0.015 4 K 0.200 0.245 0.194 0.185 0.121 0.047 0.007 5 N 0.149 0.262 0.274 0.196 0.086 0.030 0.004 6 P 0.381 0.375 0.169 0.057 0.014 0.003 0.001 7 G 0.230 0.417 0.244 0.083 0.022 0.004 0.001 8 I 0.011 0.031 0.078 0.221 0.429 0.222 0.009 9 L 0.007 0.051 0.156 0.365 0.312 0.105 0.005 10 D 0.086 0.468 0.307 0.109 0.026 0.004 0.001 11 K 0.015 0.079 0.290 0.405 0.184 0.026 0.001 12 I 0.005 0.007 0.011 0.058 0.314 0.565 0.040 13 I 0.010 0.052 0.219 0.441 0.232 0.044 0.002 14 Y 0.138 0.450 0.274 0.100 0.031 0.008 0.001 15 A 0.008 0.059 0.194 0.362 0.284 0.087 0.005 16 A 0.004 0.020 0.074 0.257 0.420 0.213 0.011 17 K 0.198 0.438 0.234 0.093 0.029 0.007 0.001 18 I 0.087 0.189 0.235 0.326 0.141 0.021 0.001 19 K 0.361 0.332 0.187 0.093 0.023 0.003 0.001 20 S 0.612 0.282 0.080 0.022 0.004 0.001 0.001 21 S 0.615 0.319 0.053 0.012 0.002 0.001 0.001 22 D 0.028 0.210 0.340 0.318 0.096 0.008 0.001 23 I 0.002 0.026 0.100 0.322 0.396 0.149 0.005 24 V 0.001 0.001 0.003 0.021 0.152 0.602 0.222 25 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.034 0.314 0.645 26 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.108 0.880 27 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.070 0.924 28 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.154 0.824 29 C 0.001 0.001 0.003 0.013 0.064 0.252 0.667 30 G 0.001 0.001 0.004 0.017 0.068 0.292 0.618 31 T 0.001 0.002 0.005 0.016 0.078 0.317 0.582 32 G 0.001 0.004 0.012 0.042 0.124 0.342 0.475 33 N 0.003 0.012 0.029 0.090 0.189 0.337 0.339 34 L 0.001 0.004 0.009 0.029 0.074 0.291 0.591 35 T 0.001 0.002 0.003 0.012 0.043 0.270 0.669 36 V 0.005 0.019 0.047 0.145 0.249 0.359 0.174 37 K 0.002 0.011 0.039 0.151 0.327 0.372 0.098 38 L 0.001 0.003 0.006 0.021 0.114 0.531 0.324 39 L 0.001 0.011 0.040 0.163 0.345 0.371 0.068 40 P 0.016 0.170 0.254 0.285 0.196 0.072 0.006 41 L 0.008 0.054 0.188 0.402 0.274 0.070 0.003 42 A 0.017 0.082 0.127 0.228 0.351 0.185 0.010 43 K 0.035 0.212 0.312 0.274 0.133 0.034 0.002 44 K 0.020 0.167 0.321 0.321 0.135 0.035 0.002 45 V 0.001 0.003 0.013 0.071 0.304 0.534 0.076 46 I 0.001 0.009 0.029 0.105 0.295 0.449 0.112 47 T 0.001 0.001 0.004 0.015 0.055 0.390 0.535 48 I 0.001 0.002 0.004 0.020 0.081 0.414 0.479 49 D 0.003 0.014 0.035 0.081 0.193 0.401 0.273 50 I 0.004 0.030 0.072 0.185 0.307 0.297 0.104 51 D 0.008 0.068 0.161 0.247 0.266 0.203 0.047 52 S 0.140 0.366 0.267 0.146 0.057 0.019 0.005 53 R 0.052 0.303 0.352 0.186 0.076 0.025 0.006 54 M 0.001 0.005 0.020 0.100 0.385 0.454 0.037 55 I 0.001 0.017 0.079 0.261 0.387 0.234 0.021 56 S 0.036 0.436 0.350 0.128 0.036 0.013 0.001 57 E 0.002 0.027 0.197 0.431 0.282 0.059 0.002 58 V 0.001 0.001 0.003 0.027 0.233 0.667 0.068 59 K 0.007 0.066 0.252 0.435 0.200 0.038 0.002 60 K 0.145 0.539 0.221 0.071 0.020 0.004 0.001 61 R 0.009 0.076 0.243 0.394 0.224 0.052 0.002 62 C 0.012 0.043 0.115 0.342 0.391 0.094 0.002 63 L 0.298 0.418 0.190 0.072 0.018 0.003 0.001 64 Y 0.445 0.360 0.121 0.058 0.014 0.002 0.001 65 E 0.183 0.285 0.275 0.179 0.065 0.012 0.001 66 G 0.423 0.374 0.142 0.046 0.012 0.002 0.001 67 Y 0.099 0.102 0.172 0.316 0.253 0.055 0.003 68 N 0.245 0.346 0.234 0.131 0.037 0.006 0.001 69 N 0.112 0.264 0.254 0.219 0.115 0.033 0.002 70 L 0.008 0.016 0.045 0.160 0.350 0.366 0.054 71 E 0.024 0.132 0.221 0.282 0.219 0.108 0.013 72 V 0.004 0.011 0.034 0.102 0.259 0.426 0.164 73 Y 0.011 0.046 0.098 0.200 0.294 0.288 0.064 74 E 0.017 0.063 0.151 0.260 0.267 0.201 0.042 75 G 0.023 0.064 0.107 0.198 0.291 0.252 0.065 76 D 0.048 0.137 0.199 0.227 0.207 0.152 0.029 77 A 0.023 0.043 0.099 0.210 0.307 0.274 0.043 78 I 0.089 0.194 0.211 0.245 0.173 0.079 0.009 79 K 0.182 0.326 0.256 0.147 0.064 0.022 0.002 80 T 0.071 0.131 0.207 0.296 0.229 0.062 0.003 81 V 0.396 0.318 0.168 0.092 0.023 0.003 0.001 82 F 0.529 0.291 0.117 0.050 0.012 0.001 0.001 83 P 0.520 0.313 0.118 0.041 0.008 0.001 0.001 84 K 0.207 0.466 0.229 0.081 0.015 0.001 0.001 85 F 0.004 0.031 0.120 0.332 0.390 0.121 0.003 86 D 0.001 0.009 0.047 0.217 0.399 0.311 0.017 87 V 0.001 0.001 0.001 0.012 0.097 0.510 0.379 88 C 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.202 0.782 89 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.127 0.861 90 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.113 0.873 91 N 0.001 0.001 0.003 0.010 0.044 0.246 0.696 92 I 0.001 0.003 0.008 0.031 0.113 0.331 0.513 93 P 0.002 0.008 0.020 0.048 0.122 0.343 0.457 94 Y 0.008 0.020 0.034 0.088 0.192 0.396 0.262 95 K 0.023 0.050 0.075 0.137 0.235 0.307 0.174 96 I 0.026 0.054 0.104 0.190 0.231 0.262 0.134 97 S 0.029 0.059 0.078 0.142 0.225 0.309 0.158 98 S 0.101 0.170 0.178 0.203 0.179 0.120 0.049 99 P 0.123 0.232 0.225 0.184 0.126 0.079 0.031 100 L 0.022 0.058 0.099 0.183 0.274 0.284 0.079 101 I 0.031 0.086 0.150 0.231 0.269 0.198 0.036 102 F 0.105 0.228 0.215 0.185 0.138 0.107 0.021 103 K 0.015 0.057 0.156 0.298 0.287 0.164 0.023 104 L 0.006 0.010 0.022 0.075 0.257 0.507 0.122 105 I 0.044 0.144 0.221 0.280 0.199 0.097 0.015 106 S 0.104 0.261 0.251 0.199 0.116 0.059 0.009 107 H 0.020 0.040 0.077 0.185 0.321 0.296 0.062 108 R 0.032 0.066 0.132 0.237 0.280 0.215 0.038 109 P 0.156 0.234 0.199 0.185 0.133 0.078 0.016 110 L 0.097 0.156 0.183 0.223 0.197 0.119 0.026 111 F 0.032 0.043 0.073 0.173 0.302 0.305 0.071 112 K 0.107 0.183 0.218 0.202 0.168 0.100 0.022 113 C 0.213 0.218 0.189 0.189 0.119 0.059 0.012 114 A 0.112 0.167 0.172 0.214 0.186 0.117 0.031 115 V 0.035 0.058 0.082 0.158 0.258 0.305 0.105 116 L 0.033 0.062 0.102 0.173 0.239 0.275 0.115 117 M 0.051 0.055 0.076 0.129 0.178 0.323 0.188 118 F 0.024 0.040 0.066 0.155 0.257 0.326 0.132 119 Q 0.014 0.020 0.031 0.076 0.188 0.424 0.248 120 K 0.028 0.084 0.140 0.247 0.254 0.185 0.062 121 E 0.053 0.153 0.217 0.240 0.191 0.116 0.031 122 F 0.027 0.054 0.090 0.188 0.291 0.280 0.071 123 A 0.070 0.106 0.145 0.216 0.241 0.186 0.036 124 E 0.183 0.272 0.223 0.165 0.092 0.054 0.010 125 R 0.120 0.158 0.189 0.215 0.187 0.113 0.017 126 M 0.040 0.070 0.116 0.214 0.290 0.233 0.038 127 L 0.058 0.089 0.131 0.195 0.249 0.234 0.045 128 A 0.047 0.045 0.071 0.157 0.270 0.327 0.083 129 N 0.122 0.202 0.223 0.225 0.148 0.070 0.011 130 V 0.164 0.172 0.216 0.232 0.150 0.059 0.008 131 G 0.426 0.248 0.137 0.107 0.058 0.022 0.003 132 D 0.413 0.251 0.158 0.112 0.050 0.015 0.002 133 S 0.539 0.262 0.116 0.054 0.021 0.007 0.001 134 N 0.332 0.249 0.175 0.141 0.071 0.028 0.004 135 Y 0.177 0.171 0.193 0.212 0.157 0.076 0.014 136 S 0.124 0.146 0.150 0.189 0.205 0.150 0.035 137 R 0.076 0.110 0.144 0.215 0.216 0.181 0.057 138 L 0.064 0.059 0.071 0.132 0.214 0.319 0.141 139 T 0.076 0.078 0.097 0.161 0.212 0.252 0.124 140 I 0.084 0.078 0.081 0.127 0.179 0.289 0.162 141 N 0.086 0.078 0.101 0.163 0.211 0.252 0.110 142 V 0.111 0.108 0.122 0.165 0.204 0.218 0.073 143 K 0.132 0.145 0.147 0.186 0.182 0.162 0.046 144 L 0.107 0.103 0.114 0.176 0.225 0.226 0.048 145 F 0.140 0.181 0.192 0.204 0.166 0.102 0.014 146 C 0.244 0.211 0.158 0.172 0.141 0.067 0.008 147 K 0.312 0.290 0.189 0.123 0.060 0.023 0.003 148 V 0.205 0.169 0.170 0.218 0.163 0.068 0.006 149 T 0.329 0.290 0.188 0.119 0.054 0.018 0.002 150 K 0.311 0.276 0.188 0.131 0.069 0.025 0.002 151 V 0.165 0.155 0.186 0.237 0.180 0.072 0.005 152 C 0.213 0.226 0.205 0.199 0.117 0.038 0.002 153 N 0.351 0.361 0.176 0.079 0.026 0.007 0.001 154 V 0.111 0.151 0.220 0.288 0.179 0.049 0.004 155 N 0.415 0.306 0.159 0.086 0.027 0.006 0.001 156 R 0.455 0.306 0.145 0.067 0.022 0.004 0.001 157 S 0.462 0.281 0.138 0.078 0.031 0.009 0.001 158 S 0.222 0.247 0.218 0.186 0.094 0.030 0.003 159 F 0.164 0.167 0.188 0.231 0.172 0.070 0.007 160 N 0.195 0.254 0.244 0.188 0.089 0.027 0.003 161 P 0.187 0.220 0.206 0.217 0.130 0.036 0.003 162 P 0.260 0.333 0.216 0.133 0.046 0.011 0.001 163 P 0.354 0.288 0.169 0.130 0.048 0.010 0.001 164 K 0.409 0.369 0.146 0.055 0.016 0.003 0.001 165 V 0.190 0.192 0.186 0.217 0.148 0.061 0.005 166 D 0.207 0.252 0.213 0.187 0.103 0.035 0.003 167 S 0.176 0.292 0.225 0.180 0.082 0.038 0.006 168 V 0.059 0.110 0.156 0.241 0.252 0.155 0.028 169 I 0.033 0.076 0.153 0.238 0.270 0.193 0.036 170 V 0.029 0.060 0.101 0.189 0.251 0.282 0.088 171 K 0.040 0.145 0.259 0.283 0.190 0.077 0.007 172 L 0.013 0.027 0.062 0.185 0.396 0.297 0.020 173 I 0.062 0.228 0.364 0.259 0.076 0.010 0.001 174 P 0.244 0.279 0.248 0.168 0.054 0.007 0.001 175 K 0.272 0.279 0.248 0.151 0.044 0.006 0.001 176 E 0.603 0.238 0.099 0.045 0.013 0.002 0.001 177 S 0.539 0.253 0.131 0.058 0.016 0.003 0.001 178 S 0.476 0.265 0.145 0.087 0.024 0.004 0.001 179 F 0.625 0.221 0.097 0.042 0.013 0.002 0.001 180 L 0.643 0.194 0.094 0.053 0.015 0.002 0.001 181 T 0.866 0.102 0.023 0.007 0.002 0.001 0.001