# TARGET T0295 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3565 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.022 0.007 0.011 0.026 0.206 0.727 2 L 0.126 0.038 0.025 0.076 0.314 0.421 3 L 0.107 0.059 0.022 0.034 0.304 0.475 4 K 0.062 0.062 0.012 0.039 0.324 0.500 5 N 0.016 0.008 0.004 0.029 0.268 0.674 6 P 0.001 0.001 0.047 0.897 0.039 0.016 7 G 0.001 0.001 0.044 0.915 0.030 0.009 8 I 0.001 0.001 0.034 0.952 0.010 0.002 9 L 0.001 0.001 0.006 0.982 0.004 0.006 10 D 0.002 0.001 0.006 0.982 0.005 0.005 11 K 0.002 0.001 0.005 0.984 0.006 0.003 12 I 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.002 13 I 0.001 0.001 0.008 0.981 0.007 0.003 14 Y 0.001 0.001 0.014 0.967 0.011 0.006 15 A 0.003 0.001 0.021 0.911 0.023 0.041 16 A 0.005 0.005 0.028 0.738 0.063 0.161 17 K 0.012 0.004 0.031 0.110 0.171 0.671 18 I 0.031 0.016 0.027 0.026 0.220 0.680 19 K 0.052 0.022 0.047 0.025 0.685 0.170 20 S 0.037 0.010 0.042 0.018 0.745 0.147 21 S 0.019 0.005 0.012 0.004 0.792 0.167 22 D 0.131 0.005 0.004 0.001 0.640 0.218 23 I 0.704 0.014 0.001 0.001 0.061 0.219 24 V 0.964 0.008 0.001 0.001 0.008 0.019 25 L 0.979 0.003 0.001 0.001 0.003 0.014 26 E 0.927 0.004 0.001 0.001 0.013 0.055 27 I 0.540 0.014 0.002 0.002 0.070 0.372 28 G 0.134 0.017 0.003 0.003 0.237 0.606 29 C 0.044 0.028 0.007 0.015 0.437 0.469 30 G 0.015 0.024 0.014 0.048 0.559 0.339 31 T 0.018 0.025 0.020 0.297 0.377 0.264 32 G 0.006 0.004 0.023 0.742 0.147 0.078 33 N 0.003 0.004 0.015 0.915 0.039 0.024 34 L 0.003 0.004 0.022 0.935 0.025 0.011 35 T 0.005 0.003 0.031 0.912 0.030 0.018 36 V 0.006 0.001 0.048 0.871 0.053 0.021 37 K 0.008 0.002 0.035 0.883 0.041 0.030 38 L 0.002 0.001 0.015 0.958 0.013 0.011 39 L 0.008 0.002 0.050 0.785 0.085 0.069 40 P 0.004 0.001 0.098 0.744 0.116 0.038 41 L 0.022 0.004 0.097 0.595 0.174 0.107 42 A 0.028 0.007 0.039 0.320 0.293 0.312 43 K 0.043 0.001 0.016 0.038 0.236 0.665 44 K 0.365 0.007 0.010 0.038 0.125 0.455 45 V 0.889 0.004 0.003 0.015 0.030 0.060 46 I 0.943 0.002 0.002 0.012 0.009 0.033 47 T 0.926 0.001 0.002 0.010 0.010 0.051 48 I 0.816 0.005 0.003 0.010 0.021 0.146 49 D 0.454 0.009 0.005 0.008 0.122 0.402 50 I 0.050 0.012 0.009 0.018 0.228 0.684 51 D 0.009 0.004 0.006 0.027 0.254 0.701 52 S 0.001 0.001 0.074 0.870 0.047 0.008 53 R 0.001 0.001 0.079 0.889 0.027 0.005 54 M 0.001 0.001 0.046 0.933 0.016 0.004 55 I 0.001 0.001 0.006 0.980 0.006 0.006 56 S 0.001 0.001 0.005 0.985 0.005 0.004 57 E 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.002 58 V 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 59 K 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 60 K 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 61 R 0.001 0.001 0.005 0.978 0.008 0.008 62 C 0.001 0.001 0.021 0.915 0.036 0.024 63 L 0.003 0.002 0.086 0.802 0.072 0.036 64 Y 0.003 0.002 0.140 0.740 0.090 0.025 65 E 0.004 0.003 0.141 0.647 0.120 0.085 66 G 0.004 0.002 0.032 0.021 0.170 0.772 67 Y 0.035 0.041 0.131 0.015 0.494 0.284 68 N 0.104 0.020 0.072 0.007 0.574 0.223 69 N 0.161 0.006 0.044 0.007 0.568 0.213 70 L 0.697 0.007 0.004 0.003 0.160 0.130 71 E 0.948 0.002 0.001 0.001 0.015 0.033 72 V 0.985 0.003 0.001 0.001 0.004 0.007 73 Y 0.966 0.002 0.001 0.003 0.009 0.021 74 E 0.832 0.003 0.001 0.006 0.035 0.123 75 G 0.487 0.007 0.008 0.012 0.148 0.339 76 D 0.206 0.021 0.044 0.032 0.313 0.384 77 A 0.055 0.010 0.453 0.152 0.252 0.079 78 I 0.045 0.006 0.521 0.166 0.197 0.065 79 K 0.059 0.007 0.502 0.165 0.183 0.085 80 T 0.059 0.019 0.067 0.139 0.216 0.499 81 V 0.031 0.016 0.023 0.038 0.200 0.693 82 F 0.019 0.017 0.020 0.007 0.367 0.570 83 P 0.017 0.005 0.065 0.006 0.597 0.309 84 K 0.026 0.008 0.089 0.005 0.594 0.278 85 F 0.093 0.010 0.017 0.002 0.507 0.372 86 D 0.256 0.003 0.004 0.001 0.221 0.515 87 V 0.959 0.007 0.001 0.001 0.009 0.025 88 C 0.993 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 89 T 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 90 A 0.935 0.002 0.001 0.002 0.023 0.038 91 N 0.290 0.005 0.004 0.004 0.268 0.428 92 I 0.120 0.017 0.007 0.006 0.461 0.390 93 P 0.074 0.023 0.041 0.021 0.424 0.417 94 Y 0.098 0.023 0.176 0.077 0.453 0.173 95 K 0.088 0.018 0.188 0.097 0.441 0.169 96 I 0.083 0.033 0.098 0.156 0.356 0.274 97 S 0.051 0.028 0.019 0.109 0.331 0.462 98 S 0.017 0.008 0.007 0.153 0.280 0.535 99 P 0.006 0.003 0.016 0.699 0.128 0.148 100 L 0.003 0.001 0.013 0.948 0.022 0.013 101 I 0.004 0.001 0.012 0.951 0.021 0.011 102 F 0.006 0.001 0.015 0.946 0.021 0.012 103 K 0.008 0.002 0.022 0.939 0.018 0.012 104 L 0.006 0.001 0.032 0.922 0.025 0.014 105 I 0.006 0.001 0.041 0.888 0.039 0.025 106 S 0.007 0.002 0.033 0.860 0.046 0.052 107 H 0.011 0.007 0.043 0.673 0.088 0.179 108 R 0.014 0.006 0.106 0.297 0.280 0.297 109 P 0.012 0.002 0.271 0.266 0.308 0.140 110 L 0.030 0.006 0.308 0.292 0.220 0.146 111 F 0.066 0.026 0.112 0.309 0.225 0.262 112 K 0.076 0.018 0.042 0.199 0.419 0.247 113 C 0.037 0.005 0.024 0.388 0.395 0.152 114 A 0.058 0.004 0.025 0.241 0.490 0.182 115 V 0.538 0.011 0.012 0.187 0.155 0.096 116 L 0.678 0.003 0.003 0.242 0.021 0.053 117 M 0.725 0.001 0.003 0.244 0.012 0.015 118 F 0.733 0.001 0.002 0.243 0.009 0.012 119 Q 0.661 0.001 0.003 0.298 0.014 0.023 120 K 0.602 0.002 0.010 0.297 0.040 0.049 121 E 0.397 0.004 0.029 0.303 0.130 0.137 122 F 0.126 0.008 0.056 0.353 0.205 0.252 123 A 0.076 0.010 0.102 0.443 0.196 0.173 124 E 0.089 0.004 0.174 0.451 0.190 0.092 125 R 0.075 0.003 0.126 0.580 0.132 0.085 126 M 0.102 0.010 0.081 0.578 0.107 0.123 127 L 0.108 0.010 0.050 0.530 0.115 0.186 128 A 0.112 0.012 0.051 0.351 0.137 0.339 129 N 0.097 0.019 0.033 0.201 0.329 0.321 130 V 0.041 0.014 0.047 0.204 0.416 0.278 131 G 0.016 0.009 0.037 0.055 0.556 0.327 132 D 0.015 0.012 0.103 0.059 0.640 0.171 133 S 0.022 0.013 0.144 0.077 0.491 0.254 134 N 0.035 0.014 0.131 0.089 0.470 0.261 135 Y 0.066 0.021 0.121 0.168 0.366 0.258 136 S 0.164 0.017 0.056 0.186 0.260 0.317 137 R 0.247 0.016 0.047 0.293 0.179 0.218 138 L 0.333 0.010 0.024 0.360 0.107 0.166 139 T 0.382 0.006 0.017 0.407 0.066 0.122 140 I 0.387 0.005 0.017 0.492 0.043 0.055 141 N 0.437 0.005 0.016 0.420 0.051 0.072 142 V 0.431 0.004 0.020 0.461 0.036 0.047 143 K 0.405 0.004 0.031 0.411 0.069 0.081 144 L 0.350 0.004 0.046 0.421 0.085 0.094 145 F 0.420 0.008 0.036 0.223 0.122 0.192 146 C 0.438 0.010 0.028 0.188 0.124 0.211 147 K 0.369 0.005 0.023 0.127 0.140 0.335 148 V 0.488 0.009 0.033 0.137 0.113 0.220 149 T 0.615 0.009 0.030 0.100 0.085 0.161 150 K 0.731 0.008 0.049 0.076 0.048 0.088 151 V 0.654 0.013 0.071 0.104 0.071 0.087 152 C 0.638 0.011 0.066 0.062 0.093 0.131 153 N 0.412 0.019 0.034 0.042 0.178 0.315 154 V 0.238 0.062 0.012 0.021 0.201 0.466 155 N 0.115 0.030 0.020 0.017 0.426 0.392 156 R 0.009 0.003 0.610 0.047 0.293 0.038 157 S 0.010 0.002 0.674 0.043 0.244 0.027 158 S 0.019 0.010 0.653 0.049 0.242 0.026 159 F 0.070 0.045 0.061 0.054 0.407 0.363 160 N 0.057 0.033 0.014 0.025 0.334 0.539 161 P 0.028 0.013 0.006 0.009 0.339 0.604 162 P 0.034 0.017 0.014 0.006 0.376 0.553 163 P 0.064 0.025 0.026 0.007 0.302 0.576 164 K 0.140 0.019 0.041 0.005 0.274 0.521 165 V 0.335 0.020 0.037 0.007 0.219 0.382 166 D 0.524 0.007 0.014 0.004 0.135 0.316 167 S 0.768 0.003 0.007 0.005 0.086 0.131 168 V 0.924 0.002 0.001 0.003 0.026 0.045 169 I 0.977 0.001 0.001 0.003 0.006 0.013 170 V 0.980 0.001 0.001 0.004 0.004 0.010 171 K 0.956 0.001 0.001 0.005 0.008 0.029 172 L 0.870 0.003 0.001 0.004 0.022 0.100 173 I 0.543 0.009 0.003 0.005 0.092 0.347 174 P 0.227 0.009 0.006 0.006 0.314 0.438 175 K 0.074 0.010 0.042 0.021 0.484 0.369 176 E 0.053 0.015 0.068 0.038 0.442 0.384 177 S 0.035 0.012 0.110 0.036 0.528 0.279 178 S 0.024 0.007 0.104 0.070 0.414 0.380 179 F 0.030 0.021 0.077 0.076 0.300 0.496 180 L 0.041 0.049 0.019 0.071 0.190 0.631 181 T 0.023 0.007 0.002 0.015 0.060 0.894