# TARGET T0295 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3565 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.161 0.089 0.070 0.131 0.118 0.115 0.124 0.072 0.062 0.038 0.021 2 L 0.075 0.060 0.041 0.105 0.101 0.103 0.161 0.121 0.106 0.075 0.053 3 L 0.051 0.042 0.046 0.062 0.059 0.079 0.142 0.136 0.146 0.125 0.111 4 K 0.078 0.174 0.110 0.200 0.140 0.106 0.087 0.046 0.029 0.017 0.013 5 N 0.106 0.114 0.058 0.117 0.109 0.112 0.136 0.089 0.076 0.051 0.031 6 P 0.399 0.127 0.042 0.133 0.103 0.072 0.055 0.029 0.022 0.011 0.006 7 G 0.486 0.155 0.076 0.123 0.065 0.042 0.027 0.013 0.010 0.004 0.002 8 I 0.012 0.039 0.021 0.062 0.077 0.099 0.195 0.154 0.135 0.115 0.091 9 L 0.008 0.020 0.022 0.049 0.059 0.102 0.204 0.160 0.156 0.119 0.101 10 D 0.073 0.068 0.241 0.241 0.160 0.102 0.062 0.026 0.016 0.008 0.003 11 K 0.020 0.033 0.086 0.189 0.196 0.185 0.172 0.074 0.027 0.013 0.005 12 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.007 0.038 0.089 0.260 0.318 0.278 13 I 0.001 0.002 0.013 0.019 0.046 0.089 0.208 0.188 0.179 0.156 0.099 14 Y 0.007 0.032 0.386 0.200 0.126 0.089 0.079 0.037 0.023 0.015 0.006 15 A 0.005 0.012 0.046 0.087 0.117 0.176 0.275 0.147 0.073 0.044 0.018 16 A 0.007 0.003 0.009 0.007 0.009 0.021 0.086 0.131 0.251 0.278 0.199 17 K 0.101 0.140 0.143 0.272 0.169 0.091 0.054 0.018 0.008 0.003 0.001 18 I 0.024 0.028 0.045 0.037 0.050 0.088 0.177 0.168 0.152 0.138 0.094 19 K 0.232 0.257 0.069 0.171 0.100 0.069 0.056 0.025 0.012 0.005 0.004 20 S 0.299 0.251 0.070 0.131 0.084 0.059 0.048 0.026 0.018 0.010 0.005 21 S 0.350 0.165 0.049 0.131 0.113 0.077 0.051 0.027 0.020 0.011 0.006 22 D 0.342 0.132 0.057 0.144 0.104 0.086 0.065 0.028 0.025 0.010 0.006 23 I 0.023 0.042 0.036 0.142 0.152 0.143 0.200 0.114 0.070 0.050 0.029 24 V 0.002 0.004 0.011 0.016 0.018 0.026 0.077 0.122 0.188 0.250 0.286 25 L 0.002 0.003 0.012 0.018 0.032 0.059 0.130 0.182 0.209 0.195 0.158 26 E 0.017 0.045 0.109 0.178 0.190 0.150 0.114 0.088 0.058 0.034 0.018 27 I 0.001 0.001 0.003 0.006 0.011 0.023 0.070 0.104 0.217 0.267 0.299 28 G 0.024 0.024 0.016 0.049 0.064 0.080 0.140 0.162 0.191 0.144 0.106 29 C 0.008 0.016 0.016 0.056 0.057 0.078 0.151 0.140 0.160 0.160 0.158 30 G 0.015 0.025 0.020 0.049 0.067 0.102 0.168 0.148 0.149 0.132 0.124 31 T 0.017 0.038 0.016 0.084 0.087 0.096 0.146 0.128 0.151 0.129 0.108 32 G 0.016 0.016 0.011 0.043 0.057 0.089 0.164 0.123 0.178 0.159 0.143 33 N 0.037 0.037 0.027 0.154 0.126 0.119 0.177 0.106 0.091 0.071 0.055 34 L 0.001 0.005 0.004 0.018 0.034 0.050 0.145 0.169 0.195 0.209 0.170 35 T 0.001 0.002 0.004 0.009 0.011 0.018 0.055 0.099 0.222 0.262 0.316 36 V 0.008 0.007 0.028 0.049 0.089 0.117 0.200 0.149 0.158 0.120 0.074 37 K 0.008 0.022 0.053 0.174 0.189 0.163 0.203 0.099 0.050 0.026 0.013 38 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.007 0.039 0.082 0.225 0.309 0.329 39 L 0.003 0.003 0.007 0.013 0.031 0.062 0.178 0.203 0.209 0.178 0.114 40 P 0.049 0.076 0.426 0.214 0.111 0.059 0.035 0.013 0.009 0.005 0.002 41 L 0.009 0.030 0.032 0.088 0.126 0.197 0.291 0.129 0.054 0.029 0.014 42 A 0.021 0.021 0.016 0.028 0.027 0.042 0.123 0.152 0.214 0.193 0.161 43 K 0.058 0.062 0.057 0.173 0.164 0.159 0.172 0.065 0.044 0.028 0.017 44 K 0.065 0.097 0.164 0.240 0.207 0.119 0.060 0.027 0.014 0.006 0.002 45 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.016 0.072 0.107 0.208 0.262 0.322 46 I 0.005 0.009 0.013 0.035 0.056 0.081 0.192 0.221 0.174 0.124 0.091 47 T 0.002 0.004 0.032 0.031 0.031 0.035 0.083 0.128 0.207 0.231 0.217 48 I 0.006 0.006 0.022 0.022 0.045 0.080 0.178 0.168 0.187 0.149 0.137 49 D 0.110 0.122 0.102 0.242 0.125 0.084 0.089 0.052 0.041 0.022 0.012 50 I 0.011 0.039 0.013 0.041 0.055 0.095 0.214 0.173 0.151 0.117 0.091 51 D 0.132 0.220 0.044 0.155 0.124 0.112 0.101 0.057 0.034 0.014 0.007 52 S 0.486 0.106 0.083 0.148 0.090 0.047 0.024 0.008 0.005 0.002 0.001 53 R 0.389 0.110 0.132 0.188 0.092 0.050 0.026 0.008 0.003 0.001 0.001 54 M 0.001 0.008 0.010 0.012 0.016 0.033 0.118 0.184 0.279 0.207 0.133 55 I 0.001 0.002 0.008 0.013 0.037 0.128 0.298 0.208 0.143 0.101 0.062 56 S 0.018 0.024 0.722 0.145 0.057 0.023 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 57 E 0.003 0.012 0.072 0.195 0.198 0.252 0.201 0.056 0.009 0.002 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.171 0.374 0.432 59 K 0.001 0.003 0.017 0.039 0.176 0.327 0.322 0.072 0.026 0.015 0.004 60 K 0.002 0.007 0.918 0.051 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 61 R 0.002 0.005 0.035 0.092 0.098 0.214 0.440 0.088 0.016 0.006 0.002 62 C 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.031 0.086 0.222 0.347 0.307 63 L 0.020 0.068 0.165 0.238 0.180 0.134 0.124 0.035 0.018 0.011 0.006 64 Y 0.079 0.112 0.391 0.158 0.101 0.065 0.047 0.021 0.013 0.010 0.004 65 E 0.254 0.122 0.067 0.131 0.103 0.098 0.108 0.053 0.035 0.018 0.011 66 G 0.391 0.305 0.034 0.100 0.060 0.041 0.032 0.020 0.011 0.004 0.002 67 Y 0.035 0.021 0.011 0.033 0.047 0.070 0.135 0.134 0.165 0.165 0.185 68 N 0.218 0.245 0.115 0.209 0.110 0.051 0.030 0.011 0.006 0.003 0.002 69 N 0.038 0.067 0.058 0.224 0.190 0.139 0.122 0.077 0.046 0.027 0.011 70 L 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.014 0.050 0.108 0.224 0.283 0.309 71 E 0.043 0.077 0.054 0.267 0.225 0.147 0.098 0.053 0.024 0.009 0.004 72 V 0.001 0.003 0.015 0.013 0.013 0.021 0.060 0.090 0.184 0.290 0.310 73 Y 0.012 0.029 0.028 0.059 0.087 0.113 0.201 0.163 0.134 0.096 0.078 74 E 0.027 0.051 0.040 0.130 0.114 0.129 0.172 0.126 0.108 0.069 0.035 75 G 0.088 0.064 0.070 0.113 0.132 0.141 0.135 0.099 0.078 0.051 0.030 76 D 0.092 0.108 0.035 0.181 0.150 0.125 0.141 0.084 0.051 0.023 0.011 77 A 0.005 0.005 0.007 0.014 0.016 0.023 0.070 0.092 0.195 0.266 0.307 78 I 0.027 0.036 0.057 0.113 0.132 0.132 0.206 0.102 0.085 0.066 0.044 79 K 0.045 0.077 0.163 0.262 0.178 0.108 0.083 0.040 0.024 0.014 0.006 80 T 0.012 0.009 0.014 0.019 0.028 0.062 0.153 0.175 0.192 0.188 0.148 81 V 0.148 0.233 0.056 0.167 0.118 0.084 0.074 0.061 0.034 0.016 0.009 82 F 0.040 0.036 0.016 0.035 0.052 0.082 0.140 0.161 0.167 0.148 0.123 83 P 0.406 0.237 0.064 0.141 0.083 0.038 0.016 0.007 0.005 0.002 0.002 84 K 0.223 0.169 0.044 0.174 0.133 0.095 0.074 0.036 0.030 0.016 0.007 85 F 0.015 0.017 0.007 0.035 0.047 0.070 0.139 0.133 0.169 0.180 0.189 86 D 0.011 0.021 0.015 0.065 0.076 0.114 0.204 0.151 0.152 0.106 0.084 87 V 0.006 0.015 0.039 0.109 0.116 0.117 0.161 0.134 0.116 0.108 0.080 88 C 0.001 0.001 0.004 0.007 0.012 0.022 0.073 0.121 0.208 0.268 0.282 89 T 0.001 0.003 0.005 0.019 0.030 0.039 0.098 0.163 0.222 0.217 0.202 90 A 0.001 0.002 0.005 0.008 0.014 0.024 0.069 0.111 0.231 0.263 0.272 91 N 0.011 0.018 0.031 0.079 0.116 0.136 0.185 0.144 0.129 0.087 0.065 92 I 0.004 0.009 0.009 0.034 0.048 0.075 0.182 0.168 0.184 0.162 0.125 93 P 0.012 0.016 0.015 0.041 0.045 0.056 0.121 0.139 0.195 0.188 0.173 94 Y 0.014 0.012 0.013 0.034 0.050 0.076 0.169 0.145 0.183 0.164 0.142 95 K 0.073 0.084 0.096 0.179 0.142 0.113 0.120 0.065 0.058 0.040 0.029 96 I 0.017 0.027 0.019 0.059 0.068 0.097 0.205 0.146 0.144 0.121 0.098 97 S 0.057 0.056 0.032 0.070 0.069 0.081 0.145 0.132 0.143 0.119 0.098 98 S 0.158 0.120 0.067 0.169 0.128 0.108 0.108 0.056 0.043 0.026 0.016 99 P 0.213 0.147 0.097 0.163 0.120 0.091 0.074 0.038 0.030 0.017 0.009 100 L 0.038 0.065 0.028 0.080 0.088 0.107 0.177 0.127 0.131 0.094 0.066 101 I 0.051 0.058 0.043 0.125 0.125 0.145 0.185 0.100 0.084 0.052 0.032 102 F 0.080 0.056 0.143 0.174 0.123 0.110 0.128 0.068 0.056 0.041 0.023 103 K 0.017 0.046 0.065 0.152 0.159 0.166 0.199 0.103 0.053 0.028 0.013 104 L 0.002 0.002 0.009 0.008 0.009 0.017 0.071 0.102 0.231 0.281 0.267 105 I 0.040 0.033 0.120 0.125 0.148 0.147 0.180 0.091 0.057 0.040 0.019 106 S 0.027 0.090 0.239 0.248 0.148 0.104 0.079 0.034 0.019 0.009 0.003 107 H 0.006 0.013 0.022 0.024 0.034 0.077 0.200 0.185 0.194 0.148 0.097 108 R 0.062 0.053 0.052 0.130 0.144 0.156 0.190 0.088 0.064 0.040 0.021 109 P 0.189 0.104 0.304 0.201 0.097 0.053 0.031 0.011 0.007 0.003 0.001 110 L 0.020 0.026 0.054 0.092 0.095 0.120 0.235 0.145 0.098 0.070 0.045 111 F 0.004 0.007 0.010 0.009 0.014 0.032 0.112 0.163 0.234 0.221 0.194 112 K 0.043 0.097 0.199 0.247 0.176 0.109 0.069 0.028 0.017 0.010 0.005 113 C 0.071 0.091 0.182 0.179 0.134 0.125 0.107 0.052 0.031 0.020 0.009 114 A 0.066 0.074 0.038 0.120 0.129 0.144 0.166 0.111 0.086 0.044 0.022 115 V 0.014 0.012 0.010 0.027 0.034 0.070 0.161 0.153 0.218 0.170 0.131 116 L 0.023 0.032 0.068 0.152 0.160 0.140 0.168 0.099 0.075 0.051 0.032 117 M 0.004 0.007 0.029 0.043 0.045 0.062 0.166 0.157 0.166 0.171 0.150 118 F 0.003 0.008 0.020 0.026 0.030 0.040 0.105 0.144 0.208 0.211 0.205 119 Q 0.009 0.016 0.031 0.046 0.062 0.091 0.181 0.160 0.175 0.138 0.092 120 K 0.080 0.086 0.133 0.205 0.173 0.129 0.098 0.042 0.031 0.017 0.008 121 E 0.150 0.112 0.088 0.165 0.124 0.123 0.122 0.058 0.036 0.016 0.006 122 F 0.032 0.049 0.027 0.069 0.064 0.085 0.182 0.160 0.145 0.113 0.076 123 A 0.029 0.043 0.041 0.068 0.085 0.126 0.205 0.138 0.118 0.087 0.061 124 E 0.095 0.107 0.223 0.247 0.155 0.086 0.050 0.017 0.011 0.006 0.002 125 R 0.057 0.049 0.116 0.169 0.142 0.141 0.166 0.070 0.046 0.030 0.015 126 M 0.015 0.017 0.025 0.050 0.046 0.063 0.188 0.154 0.175 0.158 0.109 127 L 0.022 0.028 0.053 0.075 0.085 0.107 0.192 0.150 0.125 0.102 0.061 128 A 0.058 0.074 0.197 0.146 0.120 0.108 0.112 0.067 0.054 0.039 0.024 129 N 0.186 0.177 0.128 0.188 0.126 0.084 0.060 0.027 0.014 0.006 0.003 130 V 0.121 0.068 0.023 0.053 0.062 0.083 0.147 0.143 0.134 0.099 0.069 131 G 0.407 0.240 0.050 0.116 0.078 0.047 0.030 0.016 0.010 0.004 0.002 132 D 0.338 0.165 0.090 0.144 0.097 0.064 0.046 0.023 0.019 0.010 0.005 133 S 0.235 0.142 0.080 0.137 0.120 0.097 0.085 0.043 0.032 0.018 0.011 134 N 0.104 0.124 0.067 0.158 0.117 0.112 0.132 0.079 0.059 0.031 0.017 135 Y 0.039 0.042 0.056 0.093 0.095 0.117 0.174 0.127 0.105 0.087 0.066 136 S 0.113 0.112 0.144 0.188 0.124 0.101 0.095 0.052 0.037 0.022 0.012 137 R 0.051 0.077 0.092 0.161 0.139 0.130 0.137 0.082 0.066 0.043 0.023 138 L 0.022 0.026 0.026 0.049 0.062 0.099 0.186 0.151 0.165 0.129 0.086 139 T 0.101 0.106 0.113 0.218 0.158 0.116 0.089 0.045 0.030 0.016 0.008 140 I 0.027 0.037 0.051 0.086 0.091 0.125 0.192 0.150 0.112 0.083 0.045 141 N 0.020 0.047 0.053 0.100 0.102 0.106 0.155 0.133 0.124 0.091 0.069 142 V 0.009 0.011 0.018 0.039 0.049 0.084 0.189 0.153 0.182 0.159 0.106 143 K 0.062 0.075 0.172 0.241 0.194 0.116 0.071 0.031 0.021 0.012 0.005 144 L 0.004 0.008 0.017 0.037 0.044 0.082 0.235 0.170 0.165 0.145 0.093 145 F 0.012 0.020 0.035 0.062 0.062 0.069 0.144 0.163 0.171 0.156 0.105 146 C 0.008 0.009 0.021 0.022 0.036 0.073 0.164 0.191 0.196 0.171 0.110 147 K 0.057 0.176 0.176 0.246 0.173 0.094 0.043 0.020 0.010 0.004 0.002 148 V 0.011 0.011 0.010 0.025 0.032 0.064 0.176 0.153 0.197 0.182 0.138 149 T 0.196 0.128 0.079 0.180 0.134 0.087 0.085 0.042 0.034 0.022 0.013 150 K 0.072 0.092 0.084 0.210 0.138 0.124 0.145 0.061 0.041 0.023 0.010 151 V 0.029 0.031 0.057 0.076 0.083 0.098 0.159 0.127 0.130 0.121 0.090 152 C 0.037 0.037 0.046 0.087 0.087 0.117 0.218 0.127 0.112 0.080 0.051 153 N 0.109 0.137 0.187 0.230 0.136 0.077 0.057 0.033 0.019 0.011 0.005 154 V 0.016 0.015 0.014 0.023 0.037 0.069 0.163 0.175 0.177 0.164 0.148 155 N 0.264 0.252 0.068 0.160 0.103 0.060 0.041 0.025 0.016 0.007 0.004 156 R 0.171 0.102 0.060 0.142 0.122 0.101 0.109 0.062 0.059 0.044 0.028 157 S 0.337 0.160 0.070 0.134 0.105 0.069 0.056 0.027 0.021 0.012 0.007 158 S 0.155 0.122 0.052 0.170 0.122 0.097 0.111 0.069 0.053 0.031 0.017 159 F 0.056 0.042 0.028 0.051 0.068 0.094 0.154 0.156 0.142 0.119 0.090 160 N 0.169 0.178 0.108 0.194 0.123 0.081 0.060 0.036 0.025 0.014 0.010 161 P 0.109 0.121 0.060 0.131 0.117 0.108 0.127 0.084 0.065 0.047 0.029 162 P 0.217 0.138 0.039 0.127 0.123 0.096 0.090 0.068 0.051 0.032 0.021 163 P 0.329 0.132 0.044 0.113 0.087 0.077 0.076 0.050 0.047 0.027 0.017 164 K 0.225 0.223 0.065 0.195 0.132 0.071 0.040 0.024 0.014 0.007 0.003 165 V 0.013 0.015 0.007 0.019 0.031 0.057 0.134 0.157 0.195 0.191 0.180 166 D 0.110 0.158 0.054 0.216 0.158 0.112 0.085 0.050 0.031 0.017 0.011 167 S 0.095 0.077 0.085 0.151 0.134 0.120 0.113 0.078 0.073 0.049 0.026 168 V 0.036 0.042 0.029 0.087 0.100 0.107 0.161 0.138 0.127 0.099 0.074 169 I 0.014 0.019 0.015 0.053 0.062 0.080 0.165 0.159 0.188 0.142 0.103 170 V 0.019 0.020 0.051 0.062 0.067 0.074 0.131 0.120 0.160 0.164 0.130 171 K 0.048 0.076 0.111 0.213 0.179 0.137 0.124 0.054 0.032 0.017 0.008 172 L 0.018 0.019 0.028 0.043 0.046 0.066 0.151 0.150 0.180 0.174 0.125 173 I 0.093 0.092 0.046 0.121 0.118 0.123 0.169 0.102 0.067 0.041 0.027 174 P 0.242 0.190 0.120 0.163 0.099 0.064 0.052 0.029 0.022 0.012 0.006 175 K 0.229 0.128 0.062 0.120 0.116 0.105 0.105 0.056 0.039 0.024 0.015 176 E 0.391 0.207 0.060 0.124 0.083 0.053 0.039 0.020 0.014 0.006 0.003 177 S 0.200 0.108 0.057 0.126 0.106 0.100 0.121 0.070 0.055 0.035 0.022 178 S 0.246 0.162 0.106 0.154 0.107 0.076 0.066 0.035 0.025 0.014 0.009 179 F 0.124 0.108 0.085 0.141 0.114 0.108 0.125 0.075 0.060 0.037 0.022 180 L 0.126 0.123 0.085 0.146 0.122 0.110 0.117 0.070 0.049 0.031 0.020 181 T 0.182 0.141 0.093 0.164 0.117 0.094 0.089 0.050 0.037 0.021 0.011