# TARGET T0295 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3565 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.012 0.002 0.006 0.029 0.013 0.014 0.923 2 L 0.114 0.049 0.064 0.121 0.034 0.082 0.535 3 L 0.063 0.041 0.073 0.121 0.125 0.111 0.466 4 K 0.028 0.018 0.052 0.109 0.220 0.174 0.399 5 N 0.007 0.009 0.004 0.039 0.282 0.009 0.651 6 P 0.001 0.001 0.027 0.804 0.011 0.140 0.016 7 G 0.001 0.001 0.013 0.911 0.005 0.065 0.005 8 I 0.001 0.001 0.007 0.972 0.001 0.010 0.008 9 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.002 0.002 10 D 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 11 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 12 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 13 I 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.007 0.001 14 Y 0.001 0.001 0.004 0.956 0.001 0.036 0.002 15 A 0.001 0.001 0.014 0.853 0.004 0.112 0.015 16 A 0.002 0.003 0.025 0.476 0.073 0.295 0.127 17 K 0.012 0.015 0.019 0.090 0.050 0.346 0.467 18 I 0.011 0.018 0.006 0.012 0.054 0.013 0.885 19 K 0.014 0.004 0.015 0.013 0.059 0.040 0.855 20 S 0.006 0.004 0.086 0.043 0.141 0.626 0.095 21 S 0.015 0.001 0.056 0.012 0.209 0.603 0.103 22 D 0.112 0.007 0.016 0.005 0.329 0.091 0.440 23 I 0.793 0.012 0.002 0.003 0.036 0.011 0.141 24 V 0.967 0.006 0.001 0.002 0.002 0.001 0.022 25 L 0.977 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.013 26 E 0.938 0.004 0.004 0.005 0.007 0.002 0.040 27 I 0.751 0.008 0.011 0.007 0.029 0.023 0.171 28 G 0.266 0.014 0.022 0.005 0.180 0.080 0.433 29 C 0.081 0.029 0.023 0.015 0.387 0.116 0.349 30 G 0.039 0.031 0.014 0.020 0.533 0.138 0.225 31 T 0.013 0.008 0.069 0.304 0.162 0.206 0.239 32 G 0.003 0.002 0.051 0.803 0.062 0.044 0.035 33 N 0.001 0.002 0.030 0.927 0.012 0.019 0.009 34 L 0.002 0.001 0.031 0.943 0.003 0.017 0.003 35 T 0.003 0.002 0.033 0.934 0.002 0.021 0.005 36 V 0.003 0.001 0.071 0.888 0.005 0.029 0.004 37 K 0.004 0.001 0.134 0.706 0.008 0.142 0.005 38 L 0.004 0.005 0.180 0.585 0.008 0.203 0.015 39 L 0.005 0.004 0.388 0.349 0.065 0.076 0.113 40 P 0.003 0.001 0.551 0.193 0.023 0.196 0.031 41 L 0.006 0.005 0.518 0.062 0.038 0.334 0.037 42 A 0.061 0.009 0.198 0.015 0.154 0.154 0.410 43 K 0.098 0.002 0.038 0.005 0.445 0.147 0.264 44 K 0.816 0.004 0.004 0.001 0.046 0.025 0.105 45 V 0.944 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.051 46 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 47 T 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 48 I 0.942 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.044 49 D 0.676 0.010 0.003 0.001 0.046 0.006 0.259 50 I 0.079 0.021 0.008 0.002 0.274 0.046 0.572 51 D 0.010 0.005 0.002 0.002 0.233 0.006 0.743 52 S 0.001 0.001 0.112 0.798 0.013 0.068 0.009 53 R 0.001 0.001 0.045 0.923 0.001 0.030 0.002 54 M 0.001 0.001 0.018 0.971 0.001 0.010 0.001 55 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 56 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 57 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 59 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.011 0.001 61 R 0.001 0.001 0.001 0.980 0.001 0.018 0.001 62 C 0.001 0.001 0.004 0.965 0.003 0.018 0.010 63 L 0.001 0.001 0.022 0.905 0.006 0.058 0.008 64 Y 0.001 0.001 0.037 0.842 0.017 0.091 0.011 65 E 0.001 0.001 0.029 0.322 0.029 0.604 0.014 66 G 0.002 0.003 0.010 0.025 0.043 0.860 0.058 67 Y 0.015 0.008 0.008 0.002 0.073 0.020 0.873 68 N 0.049 0.006 0.015 0.002 0.324 0.124 0.480 69 N 0.273 0.009 0.021 0.002 0.133 0.214 0.348 70 L 0.668 0.005 0.003 0.003 0.023 0.002 0.297 71 E 0.959 0.004 0.001 0.002 0.006 0.001 0.028 72 V 0.978 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 73 Y 0.953 0.003 0.001 0.005 0.005 0.001 0.033 74 E 0.812 0.002 0.004 0.013 0.033 0.012 0.125 75 G 0.344 0.005 0.010 0.012 0.265 0.042 0.322 76 D 0.340 0.014 0.015 0.028 0.175 0.036 0.392 77 A 0.175 0.017 0.203 0.229 0.082 0.165 0.129 78 I 0.147 0.015 0.309 0.192 0.054 0.195 0.088 79 K 0.101 0.013 0.317 0.126 0.091 0.193 0.159 80 T 0.111 0.021 0.081 0.041 0.328 0.109 0.308 81 V 0.099 0.061 0.028 0.009 0.236 0.088 0.478 82 F 0.031 0.012 0.031 0.006 0.107 0.022 0.791 83 P 0.045 0.005 0.103 0.018 0.184 0.219 0.425 84 K 0.061 0.021 0.128 0.009 0.138 0.354 0.288 85 F 0.121 0.005 0.022 0.002 0.049 0.021 0.780 86 D 0.199 0.002 0.009 0.002 0.538 0.022 0.227 87 V 0.968 0.001 0.003 0.001 0.005 0.005 0.017 88 C 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 89 T 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 90 A 0.850 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.139 91 N 0.209 0.002 0.002 0.001 0.201 0.014 0.572 92 I 0.088 0.004 0.020 0.010 0.466 0.031 0.381 93 P 0.082 0.014 0.196 0.080 0.136 0.115 0.377 94 Y 0.114 0.025 0.327 0.151 0.083 0.166 0.133 95 K 0.105 0.027 0.235 0.184 0.106 0.220 0.123 96 I 0.073 0.019 0.108 0.147 0.133 0.263 0.256 97 S 0.044 0.010 0.029 0.130 0.242 0.130 0.415 98 S 0.017 0.007 0.014 0.363 0.307 0.049 0.242 99 P 0.004 0.002 0.017 0.858 0.025 0.034 0.059 100 L 0.001 0.001 0.009 0.965 0.003 0.011 0.011 101 I 0.001 0.001 0.007 0.974 0.003 0.005 0.009 102 F 0.002 0.001 0.007 0.981 0.002 0.004 0.004 103 K 0.002 0.001 0.009 0.975 0.002 0.011 0.002 104 L 0.004 0.001 0.021 0.914 0.005 0.051 0.004 105 I 0.004 0.002 0.053 0.800 0.011 0.123 0.008 106 S 0.004 0.004 0.091 0.617 0.009 0.259 0.015 107 H 0.002 0.003 0.100 0.651 0.027 0.167 0.049 108 R 0.003 0.002 0.311 0.457 0.066 0.053 0.110 109 P 0.002 0.001 0.458 0.347 0.024 0.144 0.025 110 L 0.008 0.005 0.454 0.270 0.034 0.199 0.031 111 F 0.063 0.024 0.065 0.170 0.401 0.062 0.216 112 K 0.076 0.012 0.047 0.107 0.087 0.091 0.581 113 C 0.037 0.004 0.061 0.123 0.203 0.498 0.075 114 A 0.059 0.001 0.037 0.053 0.183 0.585 0.082 115 V 0.757 0.009 0.018 0.031 0.021 0.028 0.137 116 L 0.953 0.005 0.001 0.013 0.003 0.002 0.023 117 M 0.970 0.002 0.001 0.013 0.003 0.002 0.009 118 F 0.913 0.004 0.001 0.026 0.003 0.003 0.050 119 Q 0.690 0.002 0.008 0.079 0.036 0.010 0.175 120 K 0.332 0.004 0.035 0.250 0.168 0.022 0.189 121 E 0.152 0.010 0.044 0.539 0.072 0.025 0.159 122 F 0.050 0.004 0.034 0.767 0.023 0.028 0.094 123 A 0.029 0.004 0.031 0.841 0.017 0.023 0.054 124 E 0.021 0.001 0.030 0.892 0.014 0.023 0.018 125 R 0.018 0.001 0.035 0.873 0.010 0.045 0.018 126 M 0.031 0.005 0.032 0.777 0.021 0.103 0.032 127 L 0.052 0.010 0.044 0.625 0.035 0.129 0.106 128 A 0.072 0.010 0.042 0.425 0.087 0.099 0.265 129 N 0.058 0.018 0.031 0.205 0.097 0.119 0.471 130 V 0.015 0.010 0.059 0.194 0.099 0.364 0.260 131 G 0.022 0.011 0.055 0.111 0.153 0.340 0.309 132 D 0.023 0.010 0.056 0.077 0.214 0.089 0.531 133 S 0.023 0.008 0.116 0.198 0.143 0.294 0.219 134 N 0.051 0.016 0.112 0.288 0.097 0.260 0.175 135 Y 0.077 0.016 0.087 0.373 0.089 0.117 0.241 136 S 0.107 0.013 0.037 0.445 0.093 0.085 0.219 137 R 0.141 0.010 0.032 0.597 0.047 0.056 0.117 138 L 0.210 0.006 0.016 0.601 0.025 0.034 0.106 139 T 0.300 0.006 0.007 0.538 0.025 0.025 0.099 140 I 0.405 0.006 0.006 0.448 0.036 0.022 0.076 141 N 0.403 0.005 0.006 0.461 0.028 0.033 0.064 142 V 0.368 0.007 0.013 0.485 0.029 0.040 0.059 143 K 0.316 0.006 0.020 0.472 0.051 0.050 0.085 144 L 0.276 0.005 0.025 0.464 0.050 0.077 0.102 145 F 0.306 0.011 0.023 0.307 0.056 0.124 0.173 146 C 0.361 0.015 0.016 0.144 0.089 0.103 0.272 147 K 0.465 0.008 0.011 0.058 0.085 0.090 0.282 148 V 0.509 0.013 0.008 0.039 0.042 0.019 0.369 149 T 0.652 0.014 0.014 0.037 0.043 0.019 0.221 150 K 0.732 0.011 0.021 0.045 0.040 0.026 0.124 151 V 0.614 0.011 0.027 0.036 0.043 0.029 0.239 152 C 0.617 0.012 0.024 0.026 0.071 0.045 0.206 153 N 0.564 0.023 0.018 0.011 0.086 0.046 0.252 154 V 0.341 0.060 0.005 0.004 0.196 0.014 0.381 155 N 0.110 0.016 0.009 0.002 0.049 0.012 0.801 156 R 0.006 0.003 0.666 0.061 0.020 0.212 0.033 157 S 0.003 0.001 0.686 0.049 0.014 0.231 0.017 158 S 0.007 0.004 0.703 0.044 0.026 0.162 0.055 159 F 0.058 0.050 0.104 0.043 0.226 0.181 0.339 160 N 0.068 0.025 0.011 0.006 0.377 0.058 0.456 161 P 0.049 0.019 0.002 0.002 0.150 0.016 0.761 162 P 0.025 0.008 0.001 0.001 0.032 0.005 0.928 163 P 0.093 0.013 0.014 0.004 0.102 0.025 0.749 164 K 0.273 0.030 0.040 0.004 0.170 0.051 0.432 165 V 0.424 0.011 0.016 0.002 0.071 0.015 0.461 166 D 0.529 0.003 0.007 0.002 0.231 0.019 0.210 167 S 0.936 0.002 0.002 0.001 0.009 0.003 0.048 168 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 169 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 170 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 171 K 0.960 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.034 172 L 0.885 0.003 0.001 0.001 0.008 0.003 0.100 173 I 0.581 0.011 0.001 0.001 0.049 0.004 0.353 174 P 0.387 0.023 0.004 0.003 0.076 0.012 0.494 175 K 0.083 0.019 0.018 0.005 0.259 0.088 0.528 176 E 0.031 0.010 0.053 0.013 0.314 0.128 0.451 177 S 0.021 0.006 0.130 0.035 0.209 0.141 0.458 178 S 0.019 0.010 0.199 0.056 0.137 0.243 0.335 179 F 0.038 0.020 0.173 0.060 0.148 0.295 0.266 180 L 0.056 0.039 0.033 0.046 0.105 0.063 0.658 181 T 0.016 0.004 0.009 0.015 0.026 0.018 0.912