# TARGET T0295 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3565 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.131 0.090 0.152 0.172 0.027 0.129 0.193 0.007 0.096 0.001 0.001 2 L 0.460 0.140 0.115 0.173 0.025 0.027 0.029 0.007 0.020 0.003 0.001 3 L 0.341 0.147 0.311 0.101 0.019 0.054 0.010 0.004 0.009 0.003 0.001 4 K 0.200 0.245 0.181 0.288 0.029 0.030 0.008 0.001 0.016 0.001 0.001 5 N 0.014 0.133 0.536 0.003 0.039 0.067 0.003 0.001 0.200 0.004 0.001 6 P 0.983 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 G 0.935 0.001 0.002 0.027 0.001 0.001 0.003 0.029 0.001 0.003 0.001 8 I 0.954 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 D 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 K 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 I 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 Y 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.718 0.001 0.002 0.277 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.363 0.041 0.202 0.329 0.008 0.012 0.011 0.007 0.025 0.001 0.001 17 K 0.197 0.037 0.171 0.116 0.013 0.103 0.325 0.008 0.024 0.004 0.001 18 I 0.193 0.160 0.484 0.084 0.011 0.051 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 19 K 0.160 0.190 0.389 0.096 0.038 0.056 0.014 0.003 0.049 0.004 0.001 20 S 0.277 0.070 0.436 0.095 0.029 0.026 0.030 0.008 0.012 0.017 0.002 21 S 0.248 0.044 0.104 0.280 0.042 0.014 0.082 0.160 0.009 0.015 0.001 22 D 0.056 0.181 0.464 0.129 0.037 0.050 0.047 0.010 0.024 0.001 0.001 23 I 0.012 0.590 0.335 0.007 0.030 0.015 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 24 V 0.013 0.824 0.105 0.003 0.018 0.016 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 25 L 0.016 0.695 0.200 0.004 0.020 0.030 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 26 E 0.019 0.322 0.463 0.003 0.019 0.136 0.004 0.001 0.031 0.001 0.002 27 I 0.092 0.432 0.254 0.092 0.016 0.058 0.005 0.001 0.050 0.001 0.001 28 G 0.050 0.039 0.124 0.008 0.234 0.007 0.035 0.071 0.007 0.424 0.001 29 C 0.312 0.069 0.313 0.206 0.041 0.027 0.008 0.004 0.007 0.007 0.007 30 G 0.133 0.015 0.076 0.030 0.097 0.005 0.019 0.094 0.003 0.527 0.001 31 T 0.674 0.021 0.058 0.210 0.008 0.015 0.005 0.002 0.004 0.002 0.002 32 G 0.751 0.005 0.040 0.020 0.020 0.004 0.011 0.072 0.002 0.074 0.001 33 N 0.951 0.001 0.004 0.030 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 L 0.978 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 T 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 V 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 K 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.925 0.001 0.001 0.073 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 L 0.940 0.006 0.028 0.011 0.001 0.004 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 40 P 0.959 0.001 0.013 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 L 0.500 0.008 0.015 0.470 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 42 A 0.279 0.051 0.267 0.132 0.029 0.035 0.101 0.070 0.027 0.008 0.001 43 K 0.265 0.136 0.234 0.206 0.085 0.013 0.027 0.013 0.008 0.013 0.001 44 K 0.052 0.407 0.356 0.050 0.047 0.047 0.019 0.001 0.019 0.001 0.001 45 V 0.007 0.650 0.269 0.002 0.009 0.033 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 46 I 0.134 0.566 0.159 0.038 0.004 0.068 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 47 T 0.006 0.687 0.130 0.004 0.126 0.024 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 48 I 0.013 0.843 0.048 0.010 0.026 0.019 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 49 D 0.009 0.342 0.376 0.005 0.096 0.123 0.004 0.001 0.041 0.002 0.001 50 I 0.337 0.064 0.115 0.425 0.009 0.042 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 51 D 0.015 0.164 0.520 0.005 0.178 0.054 0.001 0.001 0.056 0.006 0.001 52 S 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 R 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 M 0.983 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 E 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 V 0.987 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 K 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 R 0.943 0.001 0.001 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 C 0.928 0.005 0.013 0.040 0.001 0.003 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 63 L 0.948 0.008 0.011 0.022 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 64 Y 0.856 0.021 0.016 0.086 0.005 0.006 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 65 E 0.208 0.021 0.041 0.677 0.009 0.005 0.025 0.002 0.012 0.001 0.001 66 G 0.018 0.001 0.005 0.014 0.006 0.002 0.247 0.673 0.001 0.034 0.001 67 Y 0.085 0.313 0.421 0.064 0.018 0.060 0.005 0.001 0.032 0.002 0.001 68 N 0.344 0.094 0.228 0.238 0.021 0.027 0.028 0.004 0.007 0.009 0.001 69 N 0.037 0.075 0.047 0.266 0.075 0.044 0.388 0.024 0.041 0.002 0.001 70 L 0.006 0.616 0.321 0.004 0.037 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 71 E 0.007 0.689 0.242 0.002 0.009 0.036 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 72 V 0.011 0.698 0.224 0.001 0.013 0.035 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 73 Y 0.055 0.704 0.096 0.016 0.037 0.051 0.002 0.001 0.039 0.001 0.001 74 E 0.044 0.550 0.195 0.038 0.084 0.040 0.009 0.001 0.038 0.001 0.001 75 G 0.103 0.099 0.121 0.022 0.405 0.008 0.032 0.086 0.007 0.115 0.001 76 D 0.119 0.161 0.249 0.086 0.094 0.157 0.028 0.003 0.094 0.006 0.003 77 A 0.695 0.067 0.066 0.118 0.017 0.018 0.007 0.004 0.006 0.002 0.001 78 I 0.632 0.096 0.079 0.158 0.013 0.011 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 79 K 0.295 0.130 0.139 0.266 0.043 0.031 0.052 0.008 0.035 0.001 0.001 80 T 0.162 0.265 0.378 0.078 0.041 0.033 0.013 0.002 0.026 0.001 0.001 81 V 0.178 0.226 0.233 0.160 0.018 0.110 0.027 0.002 0.041 0.003 0.001 82 F 0.060 0.203 0.421 0.014 0.019 0.049 0.030 0.002 0.197 0.005 0.001 83 P 0.458 0.014 0.437 0.013 0.008 0.014 0.003 0.006 0.001 0.006 0.039 84 K 0.331 0.082 0.089 0.380 0.022 0.020 0.038 0.024 0.010 0.003 0.002 85 F 0.041 0.207 0.547 0.012 0.106 0.054 0.008 0.004 0.018 0.003 0.001 86 D 0.592 0.003 0.005 0.390 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 V 0.004 0.783 0.010 0.004 0.194 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 88 C 0.005 0.906 0.041 0.001 0.009 0.009 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 89 T 0.007 0.822 0.050 0.002 0.020 0.026 0.001 0.001 0.073 0.001 0.001 90 A 0.034 0.489 0.121 0.035 0.105 0.134 0.016 0.002 0.058 0.007 0.001 91 N 0.091 0.175 0.198 0.121 0.086 0.127 0.055 0.010 0.113 0.020 0.004 92 I 0.072 0.230 0.345 0.007 0.059 0.061 0.107 0.001 0.102 0.005 0.010 93 P 0.270 0.014 0.502 0.022 0.001 0.078 0.002 0.001 0.004 0.001 0.105 94 Y 0.376 0.138 0.169 0.140 0.051 0.035 0.052 0.014 0.018 0.004 0.002 95 K 0.285 0.111 0.118 0.102 0.057 0.082 0.178 0.027 0.030 0.009 0.001 96 I 0.288 0.180 0.122 0.311 0.018 0.042 0.012 0.002 0.023 0.001 0.001 97 S 0.261 0.167 0.269 0.144 0.068 0.029 0.020 0.006 0.019 0.015 0.001 98 S 0.358 0.059 0.368 0.006 0.070 0.015 0.013 0.014 0.029 0.066 0.003 99 P 0.841 0.001 0.073 0.019 0.001 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.043 100 L 0.939 0.007 0.015 0.029 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 I 0.977 0.004 0.008 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 F 0.986 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 K 0.980 0.003 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 L 0.980 0.002 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 I 0.986 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 S 0.968 0.002 0.003 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 H 0.833 0.003 0.006 0.153 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 R 0.865 0.016 0.056 0.005 0.005 0.003 0.009 0.003 0.030 0.008 0.001 109 P 0.961 0.001 0.021 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 110 L 0.794 0.008 0.015 0.175 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 111 F 0.325 0.101 0.210 0.272 0.020 0.042 0.008 0.003 0.018 0.001 0.001 112 K 0.398 0.167 0.171 0.069 0.033 0.031 0.063 0.007 0.052 0.009 0.001 113 C 0.335 0.101 0.371 0.118 0.040 0.013 0.006 0.004 0.004 0.007 0.002 114 A 0.154 0.047 0.068 0.288 0.067 0.018 0.160 0.170 0.015 0.013 0.001 115 V 0.029 0.505 0.328 0.013 0.082 0.017 0.005 0.001 0.019 0.002 0.001 116 L 0.045 0.602 0.289 0.006 0.011 0.031 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 117 M 0.078 0.651 0.176 0.010 0.020 0.035 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 118 F 0.069 0.639 0.130 0.016 0.049 0.047 0.003 0.001 0.046 0.001 0.001 119 Q 0.139 0.365 0.310 0.019 0.043 0.084 0.006 0.001 0.032 0.002 0.001 120 K 0.459 0.186 0.192 0.044 0.036 0.045 0.011 0.003 0.019 0.002 0.002 121 E 0.554 0.148 0.158 0.047 0.033 0.025 0.010 0.004 0.016 0.004 0.001 122 F 0.688 0.080 0.084 0.065 0.023 0.020 0.015 0.004 0.017 0.004 0.001 123 A 0.800 0.033 0.062 0.046 0.015 0.012 0.017 0.005 0.004 0.005 0.001 124 E 0.814 0.044 0.049 0.062 0.011 0.007 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 125 R 0.690 0.069 0.094 0.096 0.013 0.013 0.010 0.002 0.012 0.001 0.001 126 M 0.665 0.084 0.102 0.097 0.009 0.018 0.010 0.001 0.013 0.001 0.001 127 L 0.489 0.139 0.141 0.117 0.022 0.034 0.019 0.002 0.032 0.002 0.001 128 A 0.505 0.070 0.295 0.068 0.024 0.016 0.005 0.003 0.005 0.006 0.001 129 N 0.241 0.155 0.339 0.096 0.029 0.062 0.025 0.004 0.045 0.002 0.002 130 V 0.333 0.109 0.339 0.172 0.009 0.016 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 131 G 0.082 0.011 0.065 0.036 0.065 0.006 0.070 0.333 0.004 0.327 0.001 132 D 0.232 0.088 0.368 0.157 0.026 0.077 0.015 0.004 0.025 0.005 0.003 133 S 0.569 0.075 0.108 0.176 0.023 0.010 0.017 0.010 0.006 0.004 0.001 134 N 0.321 0.107 0.130 0.290 0.026 0.042 0.040 0.007 0.033 0.002 0.001 135 Y 0.327 0.174 0.177 0.180 0.049 0.025 0.037 0.009 0.017 0.005 0.001 136 S 0.356 0.174 0.158 0.119 0.094 0.024 0.031 0.014 0.015 0.015 0.001 137 R 0.267 0.372 0.189 0.061 0.050 0.023 0.009 0.002 0.025 0.001 0.001 138 L 0.219 0.219 0.416 0.051 0.019 0.049 0.012 0.002 0.011 0.001 0.001 139 T 0.186 0.548 0.119 0.027 0.080 0.015 0.005 0.002 0.015 0.002 0.001 140 I 0.216 0.563 0.110 0.021 0.058 0.014 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 141 N 0.259 0.326 0.211 0.038 0.026 0.083 0.011 0.001 0.044 0.001 0.001 142 V 0.388 0.369 0.090 0.052 0.049 0.026 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 143 K 0.390 0.289 0.161 0.036 0.031 0.035 0.017 0.002 0.037 0.001 0.001 144 L 0.440 0.201 0.189 0.107 0.021 0.021 0.007 0.002 0.010 0.001 0.001 145 F 0.275 0.157 0.124 0.180 0.050 0.046 0.111 0.015 0.036 0.006 0.001 146 C 0.167 0.347 0.238 0.064 0.132 0.013 0.013 0.007 0.012 0.009 0.001 147 K 0.119 0.247 0.303 0.079 0.036 0.110 0.053 0.003 0.047 0.002 0.001 148 V 0.143 0.316 0.424 0.029 0.017 0.049 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 149 T 0.228 0.521 0.089 0.060 0.048 0.014 0.004 0.001 0.035 0.001 0.001 150 K 0.116 0.233 0.551 0.012 0.033 0.035 0.006 0.001 0.009 0.002 0.002 151 V 0.214 0.435 0.137 0.115 0.027 0.029 0.004 0.001 0.037 0.001 0.001 152 C 0.208 0.270 0.176 0.088 0.157 0.023 0.025 0.008 0.027 0.017 0.001 153 N 0.084 0.198 0.304 0.137 0.047 0.099 0.070 0.007 0.045 0.003 0.004 154 V 0.051 0.500 0.350 0.034 0.026 0.021 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 155 N 0.012 0.101 0.659 0.005 0.024 0.148 0.005 0.001 0.044 0.002 0.001 156 R 0.854 0.013 0.028 0.079 0.004 0.007 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 157 S 0.750 0.027 0.033 0.159 0.010 0.002 0.007 0.007 0.003 0.002 0.001 158 S 0.431 0.091 0.045 0.380 0.030 0.003 0.008 0.008 0.004 0.001 0.001 159 F 0.109 0.191 0.390 0.120 0.046 0.039 0.063 0.011 0.016 0.014 0.001 160 N 0.008 0.454 0.237 0.001 0.016 0.014 0.009 0.001 0.262 0.001 0.001 161 P 0.011 0.002 0.846 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.131 162 P 0.016 0.002 0.889 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.085 163 P 0.144 0.006 0.748 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 164 K 0.131 0.205 0.219 0.147 0.074 0.072 0.068 0.036 0.043 0.003 0.001 165 V 0.052 0.476 0.337 0.020 0.025 0.058 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 166 D 0.402 0.149 0.118 0.248 0.020 0.043 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 167 S 0.056 0.431 0.070 0.045 0.379 0.004 0.004 0.004 0.006 0.002 0.001 168 V 0.016 0.727 0.115 0.011 0.101 0.011 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 169 I 0.007 0.761 0.166 0.003 0.027 0.018 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 170 V 0.009 0.841 0.066 0.007 0.040 0.013 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 171 K 0.003 0.596 0.324 0.002 0.020 0.035 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 172 L 0.010 0.437 0.451 0.005 0.013 0.054 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 173 I 0.002 0.606 0.214 0.001 0.012 0.018 0.002 0.001 0.146 0.001 0.001 174 P 0.030 0.011 0.915 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 175 K 0.076 0.321 0.418 0.022 0.079 0.037 0.009 0.003 0.031 0.003 0.001 176 E 0.349 0.117 0.298 0.088 0.037 0.048 0.025 0.008 0.016 0.009 0.004 177 S 0.214 0.198 0.279 0.120 0.123 0.018 0.010 0.005 0.024 0.009 0.001 178 S 0.475 0.068 0.213 0.149 0.040 0.022 0.011 0.007 0.007 0.006 0.003 179 F 0.269 0.198 0.188 0.197 0.049 0.034 0.019 0.008 0.034 0.003 0.001 180 L 0.179 0.218 0.347 0.124 0.023 0.053 0.014 0.003 0.035 0.002 0.001 181 T 0.218 0.225 0.261 0.095 0.082 0.030 0.031 0.016 0.022 0.020 0.001